23S rRNA Model Base Pair Collective Scoring Data for Helical Element 2093

Base Pair (2093:2196)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 4 6 3 0.60 0.75 0.99 1.74 0.99 0.99 0.33 0.33 0.00 0.55 847
3 1 2 1 0.67 0.83 1.00 1.83 1.00 1.00 1.91 1.90 0.00 0.69 437
B 0 1 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 2.00 1.96 0.00 0.74 241
A 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 2.00 2.00 0.00 1.00 41
C 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 2.00 2.00 0.00 0.98 101
E 1 1 1 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.79 1.79 0.00 0.59 155
M 3 4 2 0.57 0.71 0.90 1.62 0.90 0.90 -0.42 -0.43 0.00 0.13 309
 
Base Pair (2094:2195)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 39 36 18 0.48 0.63 0.74 1.37 0.74 0.98 -0.77 -0.67 0.00 0.55 847
3 24 20 11 0.50 0.64 0.76 1.40 0.76 0.98 0.18 0.41 0.00 0.69 437
B 14 6 3 0.30 0.20 0.64 0.84 0.64 0.98 0.72 1.45 0.00 0.74 241
A 7 7 5 0.71 0.81 0.88 1.69 0.88 0.98 0.14 0.06 0.00 1.00 41
C 12 12 4 0.33 0.32 0.59 0.91 0.59 0.98 1.11 0.96 0.00 0.98 101
E 3 7 3 0.60 0.36 0.91 1.27 0.91 0.99 1.60 1.41 0.00 0.59 155
M 3 4 3 0.86 0.76 0.88 1.64 0.88 0.90 -0.48 -0.52 0.00 0.13 309
 
Base Pair (2095:2194)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 46 37 25 0.60 0.27 0.53 0.80 0.57 0.94 -0.76 -0.51 0.00 0.55 847
3 26 28 17 0.63 0.26 0.49 0.75 0.62 0.96 0.20 0.46 0.00 0.69 437
B 16 15 8 0.52 0.63 0.82 1.45 0.82 0.95 0.25 0.38 0.00 0.74 241
A 6 7 6 0.92 0.74 0.85 1.59 0.85 0.90 0.56 0.26 0.00 1.00 41
C 14 3 2 0.23 0.17 0.00 0.17 0.20 0.84 0.50 1.55 0.00 0.98 101
E 4 6 3 0.60 0.02 0.00 0.02 0.25 0.99 1.44 1.28 0.00 0.59 155
M 6 6 6 1.00 0.84 0.90 1.74 0.90 0.98 -0.54 -0.52 0.00 0.13 309
 
Base Pair (2096:2193)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 34 32 20 0.61 0.78 0.86 1.64 0.86 0.92 -0.77 -0.75 0.00 0.55 846
3 25 23 13 0.54 0.69 0.83 1.52 0.83 0.90 0.18 0.24 0.00 0.69 436
B 14 14 5 0.36 0.71 0.79 1.50 0.79 0.89 0.11 -0.00 0.00 0.73 240
A 7 7 7 1.00 0.47 0.61 1.08 0.56 0.73 0.17 0.09 0.00 1.00 41
C 4 4 3 0.75 0.86 0.99 1.85 0.99 0.99 1.57 1.62 0.00 0.98 101
E 4 2 1 0.33 0.50 0.95 1.46 0.95 0.97 1.45 1.74 0.00 0.59 155
M 5 5 4 0.80 0.85 0.93 1.78 0.93 0.95 -0.50 -0.50 0.00 0.13 309
 
Base Pair (2097:2192)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 35 36 16 0.45 0.76 0.84 1.60 0.84 0.97 -0.71 -0.79 0.00 0.55 847
3 26 28 13 0.48 0.72 0.83 1.55 0.83 0.98 0.20 0.15 0.00 0.69 437
B 13 18 6 0.39 0.67 0.78 1.46 0.78 0.99 0.33 0.04 0.00 0.74 241
A 5 4 4 0.89 0.44 0.78 1.22 0.78 0.90 0.89 0.83 0.00 1.00 41
C 2 2 0 0.00 0.20 0.00 0.20 0.92 0.99 1.78 1.57 0.00 0.98 101
E 8 6 3 0.43 0.54 0.93 1.47 0.93 0.99 1.32 1.53 0.00 0.59 155
M 7 6 3 0.46 0.50 0.66 1.16 0.66 0.74 -0.50 -0.49 0.01 0.12 309
 
Base Pair (2098:2191)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 45 40 18 0.42 0.40 0.56 0.96 0.64 0.94 -0.74 -0.84 0.00 0.55 847
3 28 30 14 0.48 0.57 0.67 1.24 0.67 0.94 0.27 0.02 0.00 0.69 437
B 12 15 5 0.37 0.08 0.00 0.08 0.52 0.93 1.22 0.52 0.00 0.74 241
A 6 5 4 0.73 0.71 0.81 1.52 0.81 0.83 0.03 0.14 0.00 1.00 41
C 11 6 2 0.23 0.00 0.00 0.00 0.52 0.99 1.04 1.38 0.00 0.98 101
E 10 10 5 0.50 0.70 0.86 1.57 0.86 0.99 0.79 0.94 0.00 0.59 155
M 6 4 2 0.40 0.58 0.66 1.23 0.66 0.83 -0.56 -0.56 0.00 0.13 309
 
Base Pair (2099:2190)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 40 27 14 0.42 0.43 0.58 1.01 0.52 0.81 -0.82 -0.60 0.00 0.55 847
3 27 18 8 0.36 0.27 0.53 0.81 0.60 0.98 0.39 0.59 0.00 0.69 437
B 17 9 4 0.31 0.22 0.62 0.84 0.43 0.97 0.54 0.93 0.00 0.74 241
A 3 3 2 0.67 0.26 0.66 0.92 0.66 0.90 0.84 1.04 0.00 1.00 41
C 5 2 1 0.29 0.27 0.92 1.19 0.05 0.05 1.48 1.67 0.00 0.98 101
E 7 6 2 0.31 0.79 0.85 1.64 0.85 1.00 0.34 0.35 0.00 0.59 155
M 8 7 5 0.67 0.79 0.85 1.65 0.85 0.85 -0.53 -0.52 0.00 0.13 309
 
Base Pair (2100:2189)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 23 26 6 0.24 0.23 0.77 1.00 0.21 0.97 -0.17 -0.29 0.00 0.55 847
3 11 19 3 0.20 0.23 0.79 1.02 0.20 0.98 1.26 0.97 0.00 0.69 437
B 4 8 1 0.17 0.52 0.90 1.42 0.10 1.00 1.39 1.10 0.00 0.74 241
A 2 5 1 0.29 0.09 0.00 0.09 0.49 0.85 1.54 0.41 0.00 1.00 41
C 6 1 1 0.29 0.10 0.00 0.10 0.09 0.99 1.44 1.92 0.00 0.98 101
E 5 6 1 0.18 0.09 0.00 0.09 0.29 0.99 1.17 1.24 0.00 0.59 155
M 6 6 2 0.33 0.44 0.63 1.08 0.63 0.81 -0.50 -0.54 0.00 0.13 309
 
Base Pair (2101:2188)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 35 36 21 0.59 0.63 0.78 1.41 0.78 0.98 -0.45 -0.43 0.00 0.55 847
3 27 28 14 0.51 0.48 0.73 1.21 0.73 0.98 0.70 0.89 0.00 0.69 437
B 19 21 11 0.55 0.13 0.00 0.13 0.59 0.99 0.70 0.79 0.00 0.74 241
A 1 2 1 0.67 0.07 0.00 0.07 0.68 0.90 1.83 0.78 0.00 1.00 41
C 2 2 2 1.00 0.86 0.99 1.85 0.99 1.00 1.62 1.58 0.00 0.98 101
E 7 5 2 0.33 0.58 0.95 1.53 0.95 0.99 1.33 1.56 0.00 0.59 155
M 6 6 5 0.83 0.65 0.80 1.45 0.80 0.82 -0.49 -0.50 0.00 0.13 309
 
Base Pair (2102:2187)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 42 41 23 0.55 0.75 0.85 1.60 0.85 0.96 -0.77 -0.72 0.00 0.55 847
3 26 26 12 0.46 0.76 0.84 1.59 0.84 0.97 0.12 0.19 0.00 0.69 437
B 17 18 9 0.51 0.59 0.76 1.35 0.76 0.97 0.37 0.35 0.00 0.74 241
A 4 4 3 0.75 0.86 0.90 1.76 0.90 0.90 0.43 0.43 0.00 1.00 41
C 10 7 6 0.71 0.61 0.93 1.54 0.93 0.98 1.32 1.37 0.00 0.98 101
E 5 4 0 0.00 0.71 0.94 1.65 0.94 0.97 1.08 1.19 0.00 0.59 155
M 6 8 5 0.71 0.57 0.78 1.35 0.78 0.88 -0.53 -0.50 0.01 0.13 309
 
Base Pair (2103:2186)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 48 54 23 0.45 0.70 0.81 1.51 0.81 0.91 -0.71 -0.77 0.00 0.55 847
3 34 38 16 0.44 0.71 0.81 1.51 0.81 0.92 0.19 0.20 0.00 0.69 437
B 23 25 8 0.33 0.66 0.79 1.45 0.79 0.89 0.16 0.32 0.00 0.74 241
A 6 5 4 0.73 0.77 0.93 1.70 0.93 1.00 0.61 0.74 0.00 1.00 41
C 5 10 2 0.27 0.32 0.85 1.17 0.85 0.94 1.46 1.18 0.00 0.98 101
E 5 8 4 0.61 0.62 0.79 1.41 0.79 0.94 0.71 0.36 0.00 0.59 155
M 9 6 5 0.67 0.56 0.71 1.27 0.71 0.71 -0.52 -0.51 0.01 0.12 309
 
Base Pair (2104:2185)   (Tertiary) Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 51 51 25 0.49 0.54 0.70 1.24 0.70 0.86 -0.60 -0.76 0.00 0.55 846
3 32 34 12 0.36 0.60 0.76 1.36 0.76 0.86 0.38 0.19 0.00 0.69 436
B 22 21 7 0.33 0.46 0.67 1.13 0.67 0.75 0.60 0.32 0.00 0.74 240
A 6 7 4 0.61 0.43 0.68 1.12 0.68 0.98 0.75 0.47 0.00 1.00 41
C 11 10 6 0.57 0.02 0.00 0.02 0.51 1.00 1.12 1.10 0.00 0.98 101
E 4 6 1 0.20 0.52 0.93 1.45 0.93 0.98 1.41 1.22 0.00 0.59 155
M 8 7 7 0.93 0.46 0.57 1.03 0.57 0.64 -0.54 -0.55 0.00 0.14 309
 
Base Pair (2105:2184)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 53 60 27 0.48 0.65 0.74 1.39 0.74 0.93 -0.82 -0.82 0.00 0.55 847
3 37 41 16 0.41 0.61 0.71 1.32 0.71 0.93 0.16 0.21 0.00 0.69 437
B 20 23 7 0.33 0.70 0.78 1.49 0.78 0.92 0.08 0.13 0.00 0.74 241
A 6 7 3 0.46 0.66 0.76 1.41 0.76 0.98 0.43 0.15 0.00 1.00 41
C 9 11 6 0.60 0.36 0.86 1.23 0.86 0.94 1.32 1.05 0.00 0.98 101
E 11 11 6 0.55 0.10 0.00 0.10 0.59 0.94 0.57 0.66 0.00 0.59 155
M 7 8 5 0.67 0.59 0.73 1.32 0.73 0.83 -0.52 -0.50 0.00 0.13 309
 
Base Pair (2106:2183)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 43 50 19 0.41 0.66 0.75 1.41 0.75 0.97 -0.71 -0.78 0.00 0.55 847
3 32 37 14 0.41 0.60 0.72 1.32 0.72 0.98 0.35 0.28 0.00 0.69 437
B 21 23 9 0.41 0.58 0.71 1.29 0.71 0.97 0.46 0.15 0.00 0.74 241
A 3 5 0 0.00 0.59 0.73 1.32 0.73 1.00 0.43 0.07 0.00 1.00 41
C 5 6 2 0.36 0.47 0.91 1.38 0.91 0.96 1.24 1.28 0.02 0.96 101
E 8 9 5 0.59 0.47 0.76 1.23 0.72 0.98 0.64 0.87 0.00 0.59 155
M 6 7 3 0.46 0.66 0.74 1.40 0.74 0.86 -0.55 -0.56 0.00 0.14 309
 
Base Pair (2107:2182)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 47 42 26 0.58 0.68 0.79 1.47 0.79 0.97 -0.81 -0.82 0.00 0.56 847
3 32 28 16 0.53 0.65 0.74 1.39 0.74 0.97 0.16 0.07 0.00 0.69 437
B 21 16 10 0.54 0.59 0.78 1.38 0.78 0.98 0.29 0.39 0.00 0.74 241
A 4 6 3 0.60 0.50 0.71 1.21 0.68 0.90 0.43 0.44 0.00 1.00 41
C 9 8 6 0.71 0.73 0.96 1.69 0.96 0.99 1.39 1.43 0.00 0.98 101
E 7 6 3 0.46 0.42 0.70 1.12 0.70 0.99 1.01 0.74 0.00 0.59 155
M 6 6 4 0.67 0.76 0.86 1.62 0.86 0.88 -0.52 -0.51 0.00 0.14 309
 
Base Pair (2108:2181)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 36 40 21 0.55 0.62 0.78 1.40 0.71 0.96 -0.71 -0.68 0.00 0.55 846
3 26 21 15 0.64 0.64 0.83 1.47 0.79 0.98 0.28 0.46 0.00 0.69 436
B 16 13 8 0.55 0.57 0.75 1.32 0.64 0.97 0.42 0.60 0.00 0.74 240
A 3 2 2 0.80 0.83 0.93 1.76 0.93 0.98 0.70 0.76 0.00 1.00 41
C 3 12 2 0.27 0.03 0.00 0.03 0.32 0.95 1.47 0.99 0.00 0.98 101
E 7 6 5 0.77 0.92 0.98 1.90 0.98 0.99 1.01 1.07 0.00 0.59 155
M 7 7 4 0.57 0.56 0.81 1.36 0.81 0.86 -0.47 -0.49 0.00 0.14 309
 
Base Pair (2109:2180)   (Tertiary) Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 13 12 4 0.32 0.73 0.90 1.63 0.33 0.35 -0.22 -0.41 0.00 0.55 847
3 3 5 1 0.25 0.80 0.91 1.71 0.39 0.42 0.96 0.65 0.00 0.69 437
B 1 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 1.96 2.00 0.00 0.74 241
A 1 4 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.54 0.68 1.62 0.43 0.00 1.00 41
C 2 1 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 1.84 1.92 0.00 0.98 101
E 1 1 1 1.00 1.00 1.00 2.00 0.97 1.00 1.70 1.77 0.00 0.59 155
M 8 6 3 0.43 0.25 0.60 0.85 0.45 0.47 -0.47 -0.47 0.01 0.12 309
 
Base Pair (2110:2179)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 10 8 8 0.89 0.13 0.00 0.13 0.73 0.73 0.21 -0.26 0.01 0.55 847
3 3 3 3 1.00 0.03 0.00 0.03 0.66 0.66 1.78 0.96 0.01 0.69 437
B 1 1 1 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.93 1.88 0.00 0.74 241
A 1 1 1 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.62 1.62 0.00 1.00 41
C 1 1 1 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.81 1.81 0.00 0.98 101
E 1 1 1 1.00 0.50 0.99 1.49 0.01 0.01 1.67 1.89 0.02 0.57 155
M 6 4 4 0.80 0.70 0.82 1.52 0.82 0.82 -0.52 -0.51 0.00 0.13 309
 
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