23S rRNA Model Base Pair Collective Scoring Data for Helical Element 2675

Base Pair (2675:2732)   (Tertiary) Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 36 44 16 0.40 0.39 0.69 1.07 0.10 0.16 -0.47 -0.05 0.12 0.54 723
3 8 15 3 0.26 0.48 0.76 1.24 0.06 0.09 0.47 0.36 0.00 0.66 415
B 3 3 2 0.67 0.67 0.99 1.65 0.01 0.03 1.81 1.68 0.00 0.72 236
A 1 4 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.24 0.24 1.34 0.94 0.00 1.00 41
C 3 2 2 0.80 0.83 0.97 1.80 0.09 0.21 0.98 1.19 0.00 0.56 58
E 4 8 1 0.17 0.09 0.00 0.09 0.08 0.12 1.28 0.47 0.00 0.52 138
M 25 27 11 0.42 0.32 0.44 0.75 0.29 0.49 -0.97 -0.35 0.41 0.28 250
 
Base Pair (2676:2731)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 42 45 30 0.69 0.82 0.92 1.74 0.92 0.99 0.33 0.39 0.00 0.69 725
3 6 10 4 0.50 0.58 0.94 1.52 0.94 1.00 1.32 1.26 0.00 0.66 416
B 4 4 3 0.75 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.68 1.68 0.00 0.72 236
A 0 5 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.44 1.00 2.00 1.01 0.00 1.00 41
C 3 2 2 0.80 0.92 0.98 1.91 0.98 1.00 1.23 1.26 0.00 0.56 58
E 2 1 1 0.67 0.67 0.99 1.65 0.99 0.99 1.69 1.81 0.00 0.53 139
M 33 33 24 0.73 0.80 0.88 1.68 0.88 0.98 0.13 0.14 0.00 0.79 251
 
Base Pair (2677:2730)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 68 62 55 0.85 0.90 0.95 1.84 0.95 1.00 0.42 0.43 0.00 0.69 725
3 31 29 26 0.87 0.88 0.95 1.83 0.95 1.00 0.52 0.57 0.00 0.66 416
B 15 14 13 0.90 0.83 0.95 1.78 0.94 1.00 0.73 0.80 0.00 0.72 236
A 5 4 3 0.67 0.87 0.93 1.80 0.93 1.00 0.51 0.30 0.00 1.00 41
C 4 6 4 0.80 0.88 0.95 1.83 0.95 1.00 1.01 1.04 0.00 0.56 58
E 11 11 10 0.91 0.97 0.99 1.96 0.98 1.00 0.72 0.79 0.00 0.53 139
M 33 27 25 0.83 0.88 0.94 1.82 0.94 0.99 0.29 0.29 0.00 0.79 251
 
Base Pair (2678:2729)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 46 51 45 0.93 0.96 0.98 1.94 0.98 0.99 0.03 0.06 0.00 0.69 724
3 29 30 27 0.92 0.96 0.98 1.94 0.98 0.99 0.02 0.06 0.00 0.66 415
B 18 19 17 0.92 0.95 0.97 1.91 0.97 1.00 0.20 0.22 0.00 0.72 235
A 2 2 2 1.00 0.93 0.98 1.90 0.98 0.98 0.85 0.82 0.00 1.00 41
C 3 5 4 1.00 0.88 0.93 1.81 0.93 0.93 0.39 0.51 0.01 0.55 58
E 9 9 8 0.89 0.98 0.99 1.97 0.99 1.00 0.61 0.66 0.00 0.53 139
M 14 16 14 0.93 0.98 0.99 1.97 0.99 1.00 0.62 0.64 0.00 0.80 251
 
Base Pair (2679:2728)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 20 23 21 0.98 0.98 0.99 1.98 0.99 1.00 0.77 0.77 0.00 0.69 726
3 8 9 8 0.94 0.96 0.99 1.95 0.99 1.00 1.28 1.27 0.00 0.66 416
B 5 5 5 1.00 0.94 1.00 1.93 1.00 1.00 1.56 1.58 0.00 0.72 236
A 1 1 1 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.83 1.83 0.00 1.00 41
C 1 1 1 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.11 1.11 0.00 0.56 58
E 2 3 2 0.80 0.83 0.99 1.82 0.99 0.99 1.57 1.53 0.00 0.53 139
M 11 13 12 1.00 0.97 0.99 1.96 0.99 1.00 0.63 0.64 0.00 0.78 252
 
Base Pair (2680:2727)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 24 24 19 0.79 0.75 0.95 1.70 0.95 0.95 0.98 0.91 0.00 0.67 726
3 8 10 7 0.78 0.75 0.93 1.68 0.93 0.93 1.22 1.07 0.00 0.66 416
B 5 5 5 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.36 1.36 0.00 0.72 236
A 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 2.00 2.00 0.00 1.00 41
C 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 2.00 2.00 0.00 0.56 58
E 3 5 2 0.50 0.65 0.79 1.44 0.79 0.79 0.99 0.90 0.00 0.53 139
M 16 14 12 0.80 0.76 0.96 1.72 0.96 0.98 0.63 0.72 0.00 0.74 252
 
Base Pair (2684:2725)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 7 7 6 0.86 0.94 0.99 1.93 0.99 0.99 1.06 1.11 0.00 0.66 726
3 3 3 3 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.85 1.88 0.00 0.66 416
B 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 1.95 1.95 0.00 0.72 236
A 2 2 2 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.54 1.54 0.00 1.00 41
C 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 2.00 2.00 0.00 0.56 58
E 1 1 1 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.85 1.85 0.00 0.53 139
M 4 4 3 0.75 0.94 0.98 1.91 0.97 0.97 0.22 0.28 0.00 0.70 252
 
Base Pair (2685:2724)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 40 26 9 0.27 0.56 0.83 1.38 0.24 0.86 0.49 0.38 0.00 0.66 726
3 12 10 3 0.27 0.34 0.90 1.24 0.10 0.95 1.53 1.31 0.01 0.65 416
B 6 6 1 0.17 0.13 0.00 0.13 0.13 1.00 1.60 1.46 0.00 0.72 236
A 4 2 2 0.67 0.64 0.81 1.44 0.20 0.66 1.07 1.00 0.00 1.00 41
C 4 2 0 0.00 0.16 0.00 0.16 0.41 0.76 0.85 1.00 0.00 0.56 58
E 2 2 0 0.00 0.33 0.96 1.29 0.03 0.96 1.74 1.47 0.01 0.52 139
M 24 14 6 0.32 0.70 0.78 1.48 0.46 0.70 -0.38 -0.34 0.00 0.70 252
 
Base Pair (2686:2723)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 26 22 15 0.62 0.89 0.97 1.86 0.97 0.97 0.50 0.50 0.00 0.66 726
3 2 7 2 0.44 0.27 0.98 1.25 0.98 0.98 1.91 1.80 0.00 0.66 416
B 1 1 1 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.88 1.93 0.00 0.72 236
A 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 2.00 2.00 0.00 1.00 41
C 3 3 3 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.71 1.71 0.00 0.56 58
E 1 6 1 0.29 0.11 0.00 0.11 0.94 0.95 1.94 1.60 0.00 0.53 139
M 21 12 10 0.61 0.91 0.94 1.85 0.94 0.95 -0.35 -0.36 0.01 0.68 252
 
Base Pair (2691:2718)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 28 23 18 0.71 0.41 0.81 1.22 0.81 0.97 -0.30 -0.03 0.01 0.49 726
3 18 13 9 0.58 0.26 0.77 1.02 0.77 0.97 0.74 1.38 0.01 0.65 416
B 10 9 8 0.84 0.93 0.99 1.92 0.99 1.00 1.36 1.39 0.00 0.72 236
A 1 1 1 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.72 1.72 0.00 1.00 41
C 3 3 3 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.23 1.23 0.00 0.56 58
E 7 3 0 0.00 0.06 0.00 0.06 0.30 0.90 0.48 1.41 0.02 0.51 139
M 7 7 6 0.86 0.92 0.95 1.87 0.95 0.95 -0.58 -0.59 0.00 0.13 252
 
Base Pair (2692:2717)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 16 18 15 0.88 0.97 0.99 1.96 0.99 0.99 -0.26 -0.27 0.00 0.49 726
3 9 9 9 1.00 0.99 1.00 1.99 1.00 1.00 0.85 0.84 0.00 0.66 416
B 2 2 2 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.54 1.54 0.00 0.72 236
A 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 2.00 2.00 0.00 1.00 41
C 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 2.00 2.00 0.00 0.56 58
E 7 7 7 1.00 0.94 0.99 1.93 0.99 1.00 1.39 1.37 0.00 0.53 139
M 7 9 6 0.75 0.69 0.90 1.59 0.90 0.90 -0.51 -0.51 0.00 0.13 252
 
Base Pair (2693:2716)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 26 24 24 0.96 0.91 0.95 1.86 0.95 1.00 -0.80 -0.77 0.00 0.49 726
3 18 16 16 0.94 0.91 0.94 1.84 0.94 1.00 0.07 0.10 0.00 0.66 416
B 12 12 12 1.00 0.99 1.00 1.99 1.00 1.00 0.68 0.64 0.00 0.72 236
A 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 2.00 2.00 0.00 1.00 41
C 2 2 2 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.12 1.12 0.00 0.56 58
E 6 4 4 0.80 0.36 0.82 1.18 0.82 1.00 0.91 1.19 0.01 0.52 139
M 6 6 6 1.00 0.96 0.98 1.94 0.98 0.98 -0.59 -0.59 0.00 0.13 252
 
Base Pair (2694:2715)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 17 19 14 0.78 0.52 0.93 1.46 0.93 0.98 0.21 0.03 0.00 0.49 726
3 7 9 4 0.50 0.37 0.92 1.29 0.92 0.97 1.65 1.27 0.00 0.66 416
B 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 2.00 2.00 0.00 0.72 236
A 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 2.00 2.00 0.00 1.00 41
C 1 1 1 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.87 1.87 0.00 0.56 58
E 7 9 4 0.50 0.37 0.75 1.12 0.76 0.91 1.21 0.55 0.01 0.52 139
M 9 9 9 1.00 0.94 0.97 1.91 0.97 1.00 -0.54 -0.54 0.00 0.13 252
 
Base Pair (2695:2714)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 13 11 7 0.58 0.42 0.83 1.25 0.29 1.00 -0.32 0.02 0.00 0.49 725
3 10 7 6 0.71 0.44 0.80 1.24 0.34 1.00 0.62 1.20 0.00 0.66 415
B 2 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 1.00 1.80 2.00 0.00 0.72 235
A 1 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 1.00 1.83 2.00 0.00 1.00 41
C 0 1 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 1.00 2.00 1.78 0.00 0.56 58
E 7 7 6 0.86 0.97 0.99 1.96 0.99 1.00 0.53 0.54 0.00 0.53 139
M 3 3 1 0.33 0.14 0.00 0.14 0.15 0.98 -0.42 -0.40 0.00 0.13 252
 
Base Pair (2696:2711)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 8 13 5 0.48 0.18 0.00 0.18 0.82 0.94 0.27 -0.07 0.00 0.49 727
3 7 11 4 0.44 0.18 0.00 0.18 0.79 0.94 1.58 1.04 0.00 0.66 417
B 1 1 1 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.88 1.93 0.00 0.73 237
A 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 2.00 2.00 0.00 1.00 41
C 0 1 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.97 0.97 2.00 1.78 0.00 0.56 58
E 6 10 3 0.38 0.13 0.00 0.13 0.37 0.81 1.20 0.59 0.00 0.53 139
M 1 1 1 1.00 0.50 0.97 1.47 0.97 0.97 -0.34 -0.36 0.00 0.12 252
 
Base Pair (2697:2710)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 21 19 19 0.95 0.98 0.99 1.97 0.99 0.99 -0.53 -0.54 0.00 0.49 727
3 12 12 12 1.00 0.99 0.99 1.98 0.99 1.00 0.78 0.73 0.00 0.66 417
B 6 6 6 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.64 1.64 0.00 0.73 237
A 1 1 1 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.62 1.62 0.00 1.00 41
C 5 4 3 0.67 0.86 0.95 1.81 0.95 0.97 0.66 0.62 0.00 0.56 58
E 5 5 5 1.00 0.82 0.99 1.80 0.99 0.99 1.45 1.40 0.00 0.53 139
M 4 3 4 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 -0.48 -0.45 0.00 0.12 252
 
Base Pair (2698:2709)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 11 11 9 0.82 0.91 0.97 1.88 0.29 1.00 -0.24 -0.29 0.01 0.48 726
3 8 8 8 1.00 0.96 0.98 1.94 0.34 1.00 0.81 0.59 0.02 0.64 416
B 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.95 1.66 0.03 0.69 236
A 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 2.00 2.00 0.00 1.00 41
C 1 1 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.97 1.87 1.78 0.00 0.56 58
E 8 8 8 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.00 0.96 0.00 0.53 139
M 2 2 1 0.50 0.29 0.87 1.16 0.18 1.00 -0.42 -0.40 0.00 0.12 252
 
Base Pair (2699:2708)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 40 41 28 0.69 0.75 0.85 1.60 0.85 0.99 -0.69 -0.62 0.00 0.49 727
3 34 30 23 0.72 0.78 0.86 1.64 0.86 0.99 0.27 0.30 0.01 0.66 417
B 23 20 15 0.70 0.68 0.84 1.52 0.84 1.00 0.53 0.55 0.01 0.72 237
A 1 1 1 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.54 1.54 0.00 1.00 41
C 2 3 1 0.40 0.61 0.84 1.45 0.84 0.95 0.78 1.08 0.00 0.56 58
E 10 9 7 0.74 0.55 0.86 1.40 0.86 0.99 0.69 0.69 0.00 0.53 139
M 4 8 4 0.67 0.31 0.70 1.01 0.70 0.97 -0.42 -0.50 0.00 0.12 252
 
Base Pair (2700:2707)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 43 35 32 0.82 0.74 0.86 1.60 0.86 0.98 -0.76 -0.65 0.00 0.49 727
3 32 24 23 0.82 0.67 0.85 1.51 0.85 0.99 0.33 0.56 0.00 0.66 417
B 22 18 19 0.95 0.93 0.96 1.89 0.96 1.00 0.17 0.16 0.01 0.72 237
A 2 2 2 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.62 1.62 0.00 1.00 41
C 6 7 6 0.92 0.93 0.97 1.90 0.97 0.97 0.22 0.31 0.00 0.56 58
E 8 4 2 0.33 0.15 0.00 0.15 0.60 0.98 0.91 1.57 0.00 0.53 139
M 5 4 3 0.67 0.71 0.83 1.54 0.83 0.86 -0.54 -0.51 0.00 0.11 252
 
Base Pair (2701:2706)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 29 30 26 0.88 0.91 0.97 1.87 0.97 0.98 -0.35 -0.37 0.00 0.44 727
3 21 21 20 0.95 0.95 0.98 1.93 0.98 0.99 0.43 0.40 0.00 0.59 417
B 16 17 15 0.91 0.96 0.98 1.95 0.98 0.99 1.00 0.90 0.00 0.73 237
A 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.23 0.05 0.00 41
C 4 4 2 0.50 0.67 0.95 1.61 0.95 0.98 1.33 1.35 0.00 0.56 58
E 5 4 5 1.00 0.88 0.98 1.85 0.98 0.99 1.13 1.03 0.00 0.52 139
M 4 5 4 0.89 0.67 0.85 1.51 0.85 0.91 -0.45 -0.50 0.00 0.11 252
 
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