23S rRNA Model Base Pair Collective Scoring Data for Helical Element 271

Base Pair (271:366)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 31 16 8 0.34 0.48 0.59 1.07 0.59 0.70 -0.97 -0.79 0.14 0.15 872
3 26 12 8 0.42 0.47 0.59 1.06 0.59 0.70 -0.94 -0.91 0.20 0.23 518
B 5 1 0 0.00 0.90 0.95 1.85 0.95 0.97 -0.36 -0.15 0.07 0.67 277
A 6 6 6 1.00 0.95 0.97 1.93 0.97 1.00 0.10 0.16 0.00 0.88 36
C 5 3 0 0.00 0.20 0.00 0.20 0.29 0.43 -0.68 -0.62 0.22 0.07 100
E 15 5 2 0.20 0.37 0.52 0.89 0.34 0.52 -0.47 -0.95 0.31 0.32 204
M 0 1 0 0.00 0.50 0.83 1.33 0.83 0.83 -0.22 -0.22 0.00 0.02 254
 
Base Pair (272:365)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 37 19 7 0.25 0.30 0.44 0.75 0.44 0.54 -0.98 -0.79 0.14 0.16 871
3 32 16 7 0.29 0.33 0.48 0.81 0.48 0.58 -0.95 -0.88 0.20 0.24 517
B 7 4 0 0.00 0.79 0.90 1.68 0.90 0.97 -0.40 -0.14 0.05 0.70 277
A 6 6 6 1.00 0.88 0.94 1.83 0.94 0.94 0.30 0.28 0.00 0.88 36
C 4 2 0 0.00 0.38 0.50 0.88 0.10 0.20 -0.92 -0.64 0.24 0.10 100
E 19 6 1 0.08 0.43 0.59 1.03 0.17 0.33 -0.58 -0.79 0.24 0.33 203
M 1 1 0 0.00 0.50 0.71 1.21 0.14 0.29 -0.23 -0.27 0.01 0.02 254
 
Base Pair (273:364)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 37 18 9 0.33 0.25 0.43 0.68 0.42 0.56 -0.95 -0.86 0.14 0.19 870
3 30 15 9 0.40 0.27 0.45 0.72 0.43 0.55 -0.83 -0.92 0.19 0.29 516
B 9 2 1 0.18 0.86 0.91 1.76 0.91 0.96 -0.47 -0.46 0.03 0.72 277
A 4 3 3 0.86 0.90 0.94 1.84 0.94 1.00 0.56 0.67 0.00 0.88 36
C 6 2 0 0.00 0.50 0.60 1.10 0.50 0.60 -0.89 -0.62 0.30 0.10 100
E 17 10 5 0.37 0.30 0.52 0.82 0.23 0.31 -0.72 -0.77 0.10 0.40 203
M 1 1 0 0.00 0.20 0.00 0.20 0.25 0.75 -0.23 -0.28 0.01 0.03 254
 
Base Pair (274:363)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 32 17 4 0.16 0.32 0.46 0.78 0.46 0.56 -0.97 -0.85 0.16 0.20 872
3 27 14 4 0.20 0.32 0.46 0.78 0.45 0.56 -0.90 -0.96 0.22 0.30 518
B 8 2 1 0.20 0.88 0.92 1.79 0.92 0.98 -0.36 -0.38 0.01 0.73 276
A 4 4 1 0.25 0.58 0.72 1.31 0.72 0.75 0.44 0.59 0.00 0.88 36
C 5 2 0 0.00 0.43 0.56 0.98 0.44 0.44 -0.85 -0.64 0.32 0.09 100
E 15 8 2 0.17 0.31 0.51 0.82 0.37 0.39 -0.64 -0.88 0.13 0.41 204
M 0 1 0 0.00 0.50 0.75 1.25 0.50 0.75 -0.23 -0.30 0.01 0.03 254
 
Base Pair (281:359)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 41 56 13 0.27 0.32 0.43 0.75 0.46 0.61 -0.97 -0.87 0.09 0.40 869
3 26 44 9 0.26 0.34 0.46 0.81 0.44 0.61 -0.79 -0.35 0.14 0.56 516
B 15 22 5 0.27 0.33 0.49 0.82 0.38 0.58 0.08 0.03 0.01 0.83 276
A 5 5 3 0.60 0.79 0.86 1.65 0.86 0.92 0.15 0.06 0.00 0.88 36
C 14 9 3 0.26 0.32 0.55 0.87 0.55 0.61 -0.80 -0.62 0.05 0.49 99
E 6 17 1 0.09 0.34 0.57 0.91 0.51 0.55 -0.73 -0.56 0.35 0.20 204
M 1 3 1 0.50 0.55 0.67 1.21 0.67 0.73 -0.35 -0.35 0.00 0.05 254
 
Base Pair (282:358)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 45 65 24 0.44 0.25 0.51 0.76 0.30 0.34 -0.81 -0.89 0.10 0.41 870
3 29 46 20 0.53 0.28 0.55 0.83 0.30 0.32 -0.56 -0.27 0.16 0.58 517
B 18 21 13 0.67 0.16 0.00 0.16 0.21 0.23 0.81 0.34 0.01 0.83 277
A 4 4 4 1.00 0.71 0.80 1.51 0.80 0.86 -0.06 0.03 0.02 0.85 36
C 13 17 3 0.20 0.21 0.39 0.60 0.36 0.43 -0.67 -0.61 0.08 0.54 99
E 7 21 3 0.21 0.38 0.53 0.90 0.32 0.39 -0.84 -0.43 0.39 0.22 204
M 3 2 1 0.40 0.30 0.50 0.80 0.29 0.36 -0.33 -0.35 0.00 0.04 254
 
Base Pair (283:357)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 62 66 27 0.42 0.42 0.55 0.96 0.55 0.70 -0.96 -0.92 0.06 0.40 868
3 44 48 20 0.43 0.46 0.59 1.05 0.59 0.75 -0.76 -0.47 0.10 0.55 515
B 27 23 13 0.52 0.42 0.58 1.01 0.58 0.78 0.07 -0.22 0.06 0.78 276
A 7 8 5 0.67 0.67 0.78 1.44 0.78 0.78 0.17 0.20 0.00 0.88 36
C 16 15 6 0.39 0.27 0.41 0.68 0.35 0.44 -0.73 -0.79 0.02 0.52 99
E 10 17 2 0.15 0.43 0.55 0.98 0.55 0.59 -0.97 -0.52 0.36 0.24 203
M 2 3 1 0.40 0.08 0.00 0.08 0.25 0.50 -0.37 -0.35 0.00 0.05 254
 
Base Pair (284:356)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 73 65 23 0.33 0.35 0.51 0.86 0.51 0.63 -0.91 -0.88 0.00 0.51 870
3 49 44 17 0.37 0.37 0.55 0.92 0.55 0.66 -0.39 -0.30 0.01 0.70 517
B 29 23 11 0.42 0.44 0.63 1.07 0.63 0.70 0.04 -0.07 0.02 0.82 277
A 3 2 0 0.00 0.30 0.81 1.11 0.81 0.94 0.95 1.18 0.00 0.88 36
C 22 16 4 0.21 0.22 0.34 0.56 0.33 0.49 -0.48 -0.68 0.01 0.74 99
E 17 19 6 0.33 0.29 0.42 0.70 0.34 0.53 -0.71 -0.44 0.06 0.54 204
M 2 5 2 0.57 0.33 0.50 0.83 0.38 0.44 -0.34 -0.38 0.00 0.05 254
 
Base Pair (285:355)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 72 71 28 0.39 0.39 0.48 0.87 0.48 0.60 -0.91 -0.85 0.01 0.54 872
3 51 53 21 0.40 0.42 0.50 0.92 0.50 0.64 -0.36 -0.21 0.02 0.74 519
B 32 32 12 0.38 0.39 0.52 0.91 0.52 0.66 0.07 0.17 0.01 0.84 277
A 2 2 1 0.50 0.20 0.00 0.20 0.67 0.75 0.95 0.62 0.00 0.88 36
C 20 13 6 0.36 0.10 0.00 0.10 0.40 0.48 -0.58 -0.34 0.02 0.75 99
E 17 19 8 0.44 0.32 0.47 0.79 0.45 0.58 -0.56 -0.35 0.06 0.59 206
M 1 5 1 0.33 0.67 0.75 1.42 0.12 0.12 -0.36 -0.39 0.00 0.05 254
 
Base Pair (286:354)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 66 65 22 0.34 0.37 0.53 0.90 0.53 0.67 -0.93 -0.89 0.06 0.43 872
3 49 48 17 0.35 0.40 0.56 0.95 0.56 0.72 -0.69 -0.45 0.09 0.56 518
B 31 30 11 0.36 0.47 0.64 1.11 0.64 0.81 0.15 -0.43 0.10 0.74 276
A 5 4 2 0.44 0.58 0.69 1.27 0.47 0.64 0.33 0.03 0.00 0.88 36
C 16 16 5 0.31 0.27 0.41 0.68 0.44 0.47 -0.63 -0.45 0.04 0.76 100
E 13 14 4 0.30 0.27 0.42 0.69 0.35 0.48 -0.98 -0.48 0.34 0.29 206
M 1 1 0 0.00 0.17 0.00 0.17 0.31 0.44 -0.33 -0.36 0.00 0.05 254
 
Base Pair (287:353)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 70 69 26 0.37 0.39 0.49 0.89 0.49 0.59 -0.88 -0.86 0.01 0.52 877
3 52 50 19 0.37 0.40 0.50 0.90 0.50 0.62 -0.35 -0.31 0.02 0.71 523
B 32 27 12 0.41 0.39 0.52 0.91 0.52 0.62 0.08 0.07 0.01 0.83 275
A 5 4 3 0.67 0.55 0.72 1.27 0.72 0.83 0.21 0.35 0.00 0.88 36
C 17 16 7 0.42 0.24 0.46 0.70 0.46 0.47 -0.36 -0.25 0.01 0.79 100
E 15 19 4 0.23 0.16 0.00 0.16 0.41 0.56 -0.32 -0.54 0.06 0.53 212
M 1 3 0 0.00 0.11 0.00 0.11 0.47 0.53 -0.33 -0.33 0.00 0.05 254
 
Base Pair (288:352)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 75 73 30 0.41 0.28 0.38 0.66 0.45 0.57 -0.86 -0.84 0.04 0.54 879
3 54 55 25 0.46 0.26 0.36 0.63 0.46 0.59 -0.34 -0.08 0.06 0.75 525
B 32 27 16 0.54 0.16 0.00 0.16 0.46 0.55 0.17 0.20 0.00 0.85 277
A 4 6 1 0.20 0.35 0.64 0.99 0.61 0.78 0.46 0.32 0.00 0.88 36
C 19 15 4 0.23 0.36 0.53 0.89 0.42 0.46 -0.55 -0.35 0.01 0.79 100
E 18 22 8 0.40 0.29 0.47 0.77 0.42 0.62 -0.61 -0.12 0.16 0.61 212
M 2 3 1 0.40 0.55 0.69 1.23 0.31 0.38 -0.36 -0.36 0.00 0.05 254
 
Base Pair (289:351)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 68 72 33 0.47 0.39 0.50 0.89 0.50 0.59 -0.94 -0.86 0.05 0.51 885
3 46 52 24 0.49 0.41 0.53 0.94 0.53 0.62 -0.57 -0.16 0.08 0.70 531
B 26 26 13 0.50 0.58 0.73 1.30 0.73 0.79 -0.51 -0.10 0.09 0.70 277
A 6 6 5 0.83 0.41 0.53 0.94 0.53 0.59 0.01 -0.11 0.05 0.83 36
C 20 19 9 0.46 0.25 0.38 0.64 0.35 0.43 -0.58 -0.49 0.01 0.79 100
E 14 20 6 0.35 0.33 0.44 0.77 0.28 0.42 -0.59 -0.08 0.11 0.68 218
M 2 1 0 0.00 0.36 0.56 0.93 0.38 0.44 -0.35 -0.38 0.00 0.05 254
 
Base Pair (290:350)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 68 73 24 0.34 0.45 0.56 1.01 0.56 0.72 -0.91 -0.82 0.05 0.53 886
3 47 54 15 0.30 0.43 0.55 0.98 0.55 0.72 -0.52 -0.06 0.09 0.72 532
B 30 28 10 0.34 0.50 0.65 1.15 0.65 0.90 0.20 0.03 0.01 0.84 277
A 5 5 4 0.80 0.69 0.78 1.47 0.78 0.83 0.12 0.06 0.00 0.88 36
C 18 15 7 0.42 0.47 0.63 1.10 0.63 0.69 -0.36 -0.43 0.00 0.79 100
E 12 21 1 0.06 0.21 0.42 0.64 0.29 0.36 -0.74 -0.06 0.20 0.56 219
M 3 4 2 0.57 0.54 0.67 1.21 0.67 0.72 -0.41 -0.38 0.01 0.06 254
 
Base Pair (291:349)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 74 77 30 0.40 0.52 0.61 1.13 0.61 0.79 -0.88 -0.87 0.01 0.56 884
3 48 51 19 0.38 0.51 0.62 1.13 0.62 0.83 -0.28 -0.17 0.02 0.77 530
B 23 30 11 0.41 0.53 0.63 1.16 0.63 0.93 0.07 -0.02 0.01 0.83 275
A 7 4 3 0.55 0.33 0.50 0.83 0.50 0.56 0.16 0.32 0.00 0.88 36
C 21 21 8 0.38 0.45 0.56 1.00 0.56 0.59 -0.59 -0.58 0.00 0.79 100
E 18 17 5 0.29 0.39 0.63 1.02 0.64 0.71 -0.38 0.05 0.06 0.66 219
M 5 5 3 0.60 0.50 0.63 1.13 0.63 0.74 -0.43 -0.40 0.01 0.06 254
 
Base Pair (292:348)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 62 70 26 0.39 0.49 0.62 1.11 0.62 0.70 -0.83 -0.85 0.00 0.56 887
3 42 54 20 0.42 0.52 0.63 1.15 0.63 0.72 -0.17 -0.20 0.01 0.78 533
B 21 29 13 0.52 0.79 0.87 1.66 0.87 0.95 0.15 0.11 0.00 0.85 277
A 4 5 3 0.67 0.54 0.67 1.21 0.67 0.67 0.25 0.13 0.00 0.88 36
C 15 13 4 0.29 0.37 0.56 0.92 0.56 0.63 -0.57 -0.37 0.01 0.79 100
E 17 20 4 0.22 0.22 0.46 0.68 0.26 0.38 -0.26 -0.32 0.02 0.68 220
M 5 3 2 0.50 0.43 0.56 0.98 0.56 0.61 -0.43 -0.36 0.02 0.06 254
 
Base Pair (293:347)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 52 48 20 0.40 0.34 0.69 1.03 0.69 0.75 -0.58 -0.56 0.01 0.56 888
3 31 34 14 0.43 0.36 0.72 1.08 0.72 0.77 0.12 0.24 0.04 0.76 534
B 11 9 2 0.20 0.12 0.00 0.12 0.86 0.91 1.20 1.53 0.01 0.84 278
A 1 2 1 0.67 0.21 0.57 0.78 0.49 0.69 0.37 0.92 0.02 0.85 36
C 17 10 5 0.37 0.23 0.61 0.84 0.61 0.61 0.12 0.16 0.14 0.78 100
E 19 23 11 0.52 0.34 0.55 0.88 0.53 0.56 -0.54 -0.18 0.06 0.65 220
M 4 4 1 0.25 0.20 0.00 0.20 0.48 0.70 -0.43 -0.40 0.00 0.07 254
 
Base Pair (295:343)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 47 57 21 0.40 0.39 0.70 1.09 0.70 0.84 -0.58 -0.58 0.02 0.58 887
3 32 39 14 0.39 0.32 0.68 1.00 0.68 0.83 0.12 0.24 0.03 0.78 533
B 12 20 7 0.44 0.50 0.89 1.39 0.89 1.00 1.30 0.96 0.00 0.85 278
A 1 2 0 0.00 0.78 0.94 1.72 0.94 1.00 0.99 0.81 0.00 0.88 36
C 10 14 4 0.33 0.61 0.78 1.39 0.78 0.97 0.43 0.35 0.00 0.95 100
E 19 17 7 0.39 0.33 0.42 0.75 0.31 0.53 -0.51 -0.17 0.08 0.67 219
M 5 4 3 0.67 0.53 0.64 1.17 0.64 0.64 -0.43 -0.43 0.00 0.07 254
 
Base Pair (296:342)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 64 58 37 0.61 0.79 0.85 1.64 0.85 0.92 -0.85 -0.85 0.03 0.53 887
3 49 46 29 0.61 0.79 0.84 1.63 0.84 0.93 -0.28 -0.48 0.05 0.69 533
B 27 28 21 0.76 0.95 0.97 1.92 0.97 0.99 0.11 0.16 0.00 0.85 277
A 3 3 3 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 0.71 0.71 0.00 0.88 36
C 11 7 6 0.67 0.83 0.95 1.78 0.95 1.00 0.74 0.82 0.00 0.95 100
E 19 15 5 0.29 0.40 0.53 0.93 0.53 0.76 -0.51 -0.69 0.12 0.47 220
M 4 5 2 0.44 0.31 0.52 0.83 0.52 0.52 -0.45 -0.42 0.00 0.07 254
 
Base Pair (297:341)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 44 66 27 0.49 0.57 0.71 1.29 0.71 0.86 -0.92 -0.74 0.09 0.51 887
3 30 51 19 0.47 0.55 0.67 1.22 0.67 0.84 -0.74 -0.14 0.15 0.65 533
B 19 28 16 0.68 0.63 0.72 1.35 0.72 0.94 -0.02 0.17 0.00 0.85 277
A 4 3 1 0.29 0.64 0.86 1.50 0.86 0.97 0.57 0.77 0.00 0.88 36
C 10 10 7 0.70 0.79 0.94 1.72 0.94 0.99 0.71 0.79 0.00 0.95 100
E 7 20 2 0.15 0.29 0.45 0.74 0.45 0.50 -0.92 -0.43 0.35 0.36 220
M 4 5 1 0.22 0.43 0.64 1.06 0.59 0.73 -0.41 -0.44 0.00 0.07 254
 
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