23S rRNA Model Base Pair Collective Scoring Data for Helical Element 2836

Base Pair (2836:2882)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 13 12 5 0.40 0.60 0.93 1.53 0.93 0.97 0.78 0.92 0.00 0.39 424
3 10 8 2 0.22 0.58 0.91 1.50 0.91 0.97 0.72 0.89 0.00 0.51 329
B 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 2.00 2.00 0.00 0.63 205
A 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 2.00 2.00 0.00 0.93 38
C 1 1 1 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.77 1.76 0.00 0.48 50
E 10 8 2 0.22 0.51 0.65 1.15 0.65 0.87 -0.03 -0.13 0.01 0.30 86
M 2 3 2 0.80 0.75 0.97 1.72 0.97 0.97 0.85 0.75 0.00 0.12 45
 
Base Pair (2837:2881)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 17 16 11 0.67 0.89 0.97 1.86 0.97 0.98 0.50 0.64 0.00 0.40 425
3 14 13 8 0.59 0.89 0.96 1.85 0.96 0.97 0.45 0.62 0.00 0.51 330
B 1 2 2 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.83 1.88 0.00 0.63 205
A 3 3 3 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.01 1.01 0.00 0.93 38
C 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 2.00 2.00 0.00 0.48 50
E 10 8 3 0.33 0.72 0.85 1.57 0.85 0.90 0.28 0.20 0.01 0.31 87
M 3 3 3 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 0.20 0.17 0.00 0.12 45
 
Base Pair (2838:2880)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 10 10 6 0.60 0.71 0.95 1.67 0.95 0.98 1.07 1.07 0.00 0.40 424
3 9 7 4 0.50 0.69 0.94 1.64 0.94 0.97 1.11 1.15 0.00 0.52 329
B 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 1.96 2.00 0.00 0.63 205
A 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 2.00 2.00 0.00 0.93 38
C 0 1 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.98 0.98 2.00 1.86 0.00 0.48 50
E 9 7 4 0.50 0.65 0.79 1.44 0.79 0.89 0.36 0.37 0.00 0.32 86
M 1 2 2 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 0.56 0.54 0.00 0.12 45
 
Base Pair (2839:2878)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 16 16 6 0.38 0.32 0.82 1.13 0.21 0.95 0.67 1.05 0.00 0.40 425
3 8 7 0 0.00 0.28 0.78 1.06 0.23 0.94 0.69 1.12 0.00 0.52 330
B 1 1 0 0.00 0.33 0.98 1.31 0.02 0.99 1.87 1.81 0.00 0.63 205
A 1 2 0 0.00 0.55 0.87 1.41 0.13 0.84 1.26 1.21 0.00 0.93 38
C 3 1 1 0.50 0.50 0.96 1.46 0.08 1.00 1.46 1.76 0.00 0.48 50
E 6 4 0 0.00 0.59 0.81 1.40 0.81 0.85 0.42 0.32 0.01 0.32 87
M 5 8 5 0.77 0.67 0.92 1.59 0.18 0.95 0.56 0.22 0.00 0.12 45
 
Base Pair (2840:2877)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 42 42 30 0.71 0.71 0.82 1.54 0.86 0.96 0.07 0.12 0.00 0.40 423
3 28 28 17 0.61 0.69 0.81 1.50 0.82 0.95 0.16 0.16 0.00 0.52 328
B 18 15 14 0.85 0.97 0.98 1.96 0.98 1.00 0.81 0.81 0.00 0.63 205
A 3 3 1 0.33 0.83 0.92 1.75 0.92 1.00 0.56 0.42 0.00 0.90 37
C 7 6 6 0.92 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 0.60 0.74 0.00 0.48 50
E 7 10 2 0.23 0.39 0.64 1.03 0.39 0.82 0.41 0.44 0.00 0.32 86
M 7 8 7 0.93 0.91 0.95 1.86 0.95 0.95 -0.08 -0.13 0.00 0.12 45
 
Base Pair (2841:2876)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 43 43 36 0.84 0.86 0.91 1.78 0.91 0.98 -0.06 -0.13 0.00 0.39 422
3 29 30 24 0.81 0.81 0.89 1.71 0.89 0.98 0.18 0.13 0.00 0.52 327
B 18 16 15 0.88 0.99 0.99 1.98 0.99 1.00 0.71 0.71 0.00 0.63 204
A 5 5 4 0.80 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 0.52 0.46 0.00 0.90 37
C 5 5 5 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 0.76 0.84 0.00 0.48 50
E 6 9 5 0.67 0.32 0.59 0.92 0.59 0.94 0.83 0.44 0.00 0.32 86
M 9 8 7 0.82 0.94 0.97 1.92 0.97 0.97 -0.47 -0.66 0.01 0.11 45
 
Base Pair (2842:2875)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 38 39 29 0.75 0.88 0.94 1.82 0.94 0.98 0.12 0.06 0.00 0.39 424
3 26 28 21 0.78 0.90 0.96 1.86 0.96 0.98 0.36 0.38 0.01 0.52 329
B 18 19 16 0.86 0.98 0.99 1.97 0.99 1.00 0.10 0.26 0.02 0.63 205
A 3 3 3 1.00 0.92 0.97 1.90 0.97 1.00 0.81 0.94 0.00 0.93 38
C 3 3 2 0.67 0.33 0.80 1.13 0.80 1.00 1.38 0.79 0.00 0.48 50
E 5 6 2 0.36 0.36 0.89 1.25 0.88 0.92 1.14 1.04 0.00 0.32 86
M 9 8 6 0.71 0.90 0.95 1.85 0.95 0.97 -0.38 -0.38 0.00 0.12 45
 
Base Pair (2843:2874)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 19 16 9 0.51 0.65 0.92 1.56 0.92 0.98 0.71 0.71 0.00 0.39 425
3 7 8 4 0.53 0.46 0.96 1.42 0.96 0.98 1.47 1.49 0.00 0.52 330
B 6 5 4 0.73 0.64 0.98 1.62 0.98 1.00 1.58 1.53 0.00 0.63 205
A 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 2.00 2.00 0.00 0.93 38
C 6 3 2 0.44 0.24 0.68 0.92 0.68 1.00 0.69 1.53 0.00 0.48 50
E 1 3 0 0.00 0.40 0.93 1.33 0.89 0.93 1.26 1.20 0.00 0.31 87
M 6 5 3 0.55 0.79 0.86 1.65 0.86 0.89 -0.54 -0.49 0.00 0.12 45
 
Base Pair (2844:2872)   (Tertiary) Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 24 28 6 0.23 0.50 0.68 1.18 0.14 0.18 0.10 -0.04 0.01 0.39 427
3 20 17 5 0.27 0.58 0.71 1.28 0.13 0.18 0.19 0.02 0.00 0.51 332
B 14 10 2 0.17 0.55 0.77 1.32 0.02 0.06 0.83 0.79 0.01 0.63 205
A 2 4 2 0.67 0.50 0.87 1.37 0.87 1.00 1.31 0.78 0.00 0.93 38
C 1 4 1 0.40 0.33 0.88 1.21 0.08 0.10 1.62 1.16 0.00 0.48 50
E 4 3 1 0.29 0.23 0.88 1.11 0.07 0.11 1.10 0.88 0.00 0.31 89
M 3 7 0 0.00 0.10 0.00 0.10 0.29 0.29 -0.18 -0.29 0.01 0.11 45
 
Base Pair (2845:2871)   (Tertiary) Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 34 30 13 0.41 0.35 0.51 0.86 0.47 0.68 0.09 0.44 0.00 0.40 426
3 21 19 10 0.50 0.40 0.58 0.98 0.41 0.63 0.19 0.71 0.01 0.52 331
B 15 12 7 0.52 0.32 0.63 0.94 0.14 0.43 0.36 1.07 0.00 0.63 205
A 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 2.00 2.00 0.00 0.93 38
C 4 3 0 0.00 0.59 0.76 1.35 0.76 0.94 0.53 0.75 0.00 0.48 50
E 6 7 3 0.46 0.76 0.89 1.64 0.79 0.94 0.32 0.58 0.01 0.33 88
M 9 8 3 0.35 0.52 0.68 1.20 0.62 0.78 -0.43 -0.35 0.00 0.12 45
 
Base Pair (2846:2870)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 23 29 19 0.73 0.86 0.95 1.82 0.95 0.98 0.37 0.43 0.00 0.40 426
3 17 21 15 0.79 0.89 0.96 1.85 0.96 0.99 0.45 0.52 0.00 0.52 331
B 9 9 9 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.39 1.33 0.00 0.63 205
A 2 2 2 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.26 1.26 0.00 0.93 38
C 1 1 1 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.86 1.86 0.00 0.48 50
E 6 10 4 0.50 0.57 0.85 1.42 0.85 0.95 0.91 0.73 0.01 0.33 88
M 5 7 3 0.50 0.70 0.84 1.54 0.84 0.92 -0.22 -0.37 0.00 0.12 45
 
Base Pair (2849:2866)   (Tertiary) Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 22 18 8 0.40 0.75 0.90 1.65 0.01 0.07 0.70 0.45 0.02 0.40 447
3 16 12 7 0.50 0.82 0.93 1.75 0.00 0.05 0.82 0.70 0.02 0.54 352
B 12 11 7 0.61 0.85 0.93 1.77 0.00 0.05 0.90 0.89 0.00 0.63 205
A 0 1 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.14 2.00 0.80 0.07 0.85 38
C 2 3 1 0.40 0.62 0.88 1.50 0.00 0.12 1.24 1.12 0.00 0.48 50
E 4 0 0 0.00 0.33 0.96 1.29 0.00 0.02 1.34 1.06 0.03 0.38 109
M 4 3 0 0.00 0.17 0.00 0.17 0.08 0.19 0.16 -0.75 0.03 0.08 45
 
Base Pair (2852:2865)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 23 17 8 0.40 0.10 0.00 0.10 0.28 0.94 0.93 0.70 0.01 0.41 447
3 13 12 4 0.32 0.05 0.00 0.05 0.26 0.95 1.37 0.95 0.00 0.55 352
B 4 1 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.97 1.76 1.86 0.01 0.62 205
A 2 3 2 0.80 0.57 0.92 1.49 0.18 1.00 1.51 1.13 0.00 0.93 38
C 2 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.40 0.98 0.91 1.44 0.02 0.47 50
E 7 8 2 0.27 0.23 0.77 1.00 0.77 0.89 0.91 0.80 0.01 0.40 109
M 8 5 4 0.61 0.45 0.66 1.11 0.34 0.72 -0.45 -0.36 0.01 0.10 45
 
Base Pair (2853:2864)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 42 36 31 0.80 0.91 0.95 1.86 0.95 0.97 0.23 0.17 0.01 0.41 447
3 29 26 22 0.80 0.92 0.96 1.88 0.96 0.97 0.61 0.57 0.00 0.55 352
B 18 17 16 0.91 0.99 0.99 1.98 0.99 0.99 0.72 0.65 0.01 0.62 204
A 2 2 2 1.00 1.00 1.00 2.00 0.97 1.00 1.53 1.53 0.00 0.93 38
C 3 3 2 0.67 0.76 0.88 1.64 0.88 0.98 0.47 0.27 0.02 0.47 50
E 9 7 4 0.50 0.76 0.90 1.66 0.89 0.91 0.50 0.41 0.00 0.40 110
M 10 7 7 0.82 0.95 0.97 1.92 0.97 1.00 -0.46 -0.56 0.01 0.11 45
 
Base Pair (2854:2863)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 55 44 24 0.48 0.73 0.85 1.58 0.85 0.98 0.19 0.05 0.01 0.41 447
3 39 32 16 0.45 0.80 0.91 1.71 0.91 0.97 0.44 0.30 0.02 0.54 352
B 25 23 10 0.42 0.82 0.93 1.75 0.93 1.00 0.68 0.61 0.00 0.63 205
A 5 4 3 0.67 0.86 0.92 1.78 0.92 0.92 0.18 -0.12 0.05 0.88 38
C 6 6 3 0.50 0.29 0.52 0.81 0.48 1.00 0.19 0.28 0.00 0.48 50
E 9 5 3 0.43 0.74 0.86 1.60 0.86 0.93 0.51 0.33 0.03 0.38 109
M 10 6 5 0.62 0.62 0.82 1.45 0.82 1.00 -0.42 -0.40 0.01 0.11 45
 
Base Pair (2855:2862)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 41 32 23 0.63 0.83 0.90 1.73 0.90 0.92 0.07 0.01 0.01 0.41 446
3 31 24 16 0.58 0.81 0.88 1.70 0.88 0.90 0.15 0.12 0.00 0.55 351
B 18 16 13 0.77 0.96 0.98 1.94 0.98 0.99 0.60 0.56 0.00 0.62 204
A 5 5 3 0.60 0.78 0.90 1.67 0.90 0.92 0.33 0.30 0.00 0.93 38
C 4 4 3 0.75 0.85 0.96 1.81 0.96 1.00 1.17 1.24 0.00 0.48 50
E 8 3 0 0.00 0.09 0.00 0.09 0.69 0.72 0.44 1.15 0.00 0.39 109
M 6 4 4 0.80 0.93 0.97 1.90 0.97 1.00 -0.47 -0.47 0.02 0.10 45
 
Base Pair (2856:2861)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 34 32 30 0.91 0.86 0.94 1.80 0.94 0.99 0.14 0.23 0.00 0.40 446
3 25 23 21 0.88 0.83 0.93 1.76 0.93 0.98 0.21 0.40 0.01 0.54 351
B 22 21 20 0.93 0.83 0.91 1.74 0.90 0.99 0.34 0.40 0.01 0.62 204
A 1 1 1 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.29 1.51 0.02 0.90 38
C 1 1 1 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.86 1.86 0.00 0.48 50
E 2 1 0 0.00 0.29 0.95 1.24 0.95 0.96 1.06 1.27 0.01 0.38 109
M 8 8 8 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 -0.68 -0.77 0.01 0.11 45
 
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