23S rRNA Model Base Pair Collective Scoring Data for Helical Element 35

Base Pair (35:445)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 13 12 9 0.72 0.77 0.99 1.76 0.99 0.99 1.58 1.49 0.02 0.63 681
3 1 2 1 0.67 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.90 1.97 0.01 0.63 402
B 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 2.00 2.00 0.00 0.77 251
A 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 2.00 2.00 0.00 0.88 36
C 1 1 1 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.85 1.92 0.00 0.45 46
E 1 2 1 0.67 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.71 1.93 0.01 0.43 115
M 11 9 7 0.70 0.73 0.98 1.72 0.97 0.98 1.12 0.68 0.08 0.68 233
 
Base Pair (36:444)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 15 15 9 0.60 0.95 0.98 1.94 0.98 0.99 0.68 0.70 0.02 0.63 682
3 4 4 1 0.25 0.73 0.99 1.72 0.99 0.99 1.68 1.78 0.00 0.64 403
B 3 2 1 0.40 0.69 0.98 1.68 0.98 0.98 1.66 1.71 0.00 0.77 251
A 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 2.00 2.00 0.00 0.88 36
C 1 1 1 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.85 1.92 0.00 0.45 46
E 1 2 0 0.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.70 1.85 0.01 0.43 116
M 10 10 7 0.70 0.86 0.97 1.83 0.97 0.98 0.57 0.20 0.08 0.68 233
 
Base Pair (37:442)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 36 34 20 0.57 0.77 0.95 1.72 0.95 0.99 0.83 0.85 0.03 0.63 680
3 13 12 5 0.40 0.55 0.95 1.50 0.95 1.00 1.32 1.53 0.00 0.64 401
B 5 4 3 0.67 0.77 0.99 1.76 0.99 1.00 1.63 1.73 0.00 0.77 250
A 1 0 0 0.00 0.50 0.97 1.47 0.97 1.00 1.69 1.82 0.00 0.88 36
C 3 6 1 0.22 0.43 0.91 1.34 0.91 0.96 1.50 1.48 0.00 0.45 46
E 7 8 2 0.27 0.45 0.86 1.31 0.86 1.00 0.83 1.29 0.00 0.43 115
M 20 16 14 0.78 0.90 0.95 1.85 0.95 0.99 0.27 -0.06 0.09 0.67 233
 
Base Pair (38:441)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 34 39 31 0.85 0.96 0.98 1.95 0.98 0.99 0.09 0.07 0.03 0.63 680
3 15 16 14 0.90 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 0.55 0.66 0.00 0.64 401
B 12 13 11 0.88 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.12 1.13 0.00 0.77 250
A 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 2.00 2.00 0.00 0.88 36
C 2 4 2 0.67 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.70 1.73 0.00 0.45 46
E 3 3 3 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.31 1.69 0.00 0.43 115
M 17 19 15 0.83 0.88 0.94 1.82 0.94 0.98 0.03 -0.24 0.09 0.67 233
 
Base Pair (39:440)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 47 63 37 0.67 0.85 0.92 1.77 0.92 0.92 -0.20 -0.19 0.02 0.62 711
3 19 24 14 0.65 0.99 0.99 1.98 0.99 1.00 0.34 0.47 0.00 0.64 401
B 12 13 8 0.64 0.99 0.99 1.98 0.99 1.00 0.13 0.19 0.00 0.77 250
A 3 3 3 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.29 1.30 0.00 0.88 36
C 4 6 3 0.60 0.85 0.96 1.81 0.96 1.00 1.17 1.26 0.00 0.75 77
E 4 8 3 0.50 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.00 0.96 0.00 0.43 115
M 24 33 20 0.70 0.49 0.69 1.19 0.71 0.71 -0.48 -0.62 0.08 0.54 233
 
Base Pair (40:439)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 38 48 32 0.74 0.96 0.98 1.95 0.98 1.00 -0.59 -0.54 0.01 0.50 709
3 25 33 20 0.69 0.96 0.98 1.95 0.98 0.99 0.30 0.30 0.00 0.63 399
B 14 15 14 0.97 0.99 1.00 1.98 1.00 1.00 0.81 0.79 0.00 0.76 248
A 0 0 0 0.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.59 1.59 0.00 0.88 36
C 7 8 6 0.80 0.97 0.99 1.96 0.99 1.00 1.00 1.00 0.00 0.75 77
E 11 18 6 0.41 0.92 0.95 1.87 0.95 0.99 0.02 0.18 0.00 0.43 115
M 6 7 6 0.92 0.96 0.98 1.94 0.98 1.00 -0.64 -0.64 0.04 0.15 233
 
Base Pair (41:438)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 42 47 35 0.79 0.99 0.99 1.99 0.99 1.00 -0.77 -0.69 0.02 0.50 711
3 29 35 23 0.72 1.00 1.00 1.99 1.00 1.00 0.09 0.09 0.00 0.63 401
B 17 15 14 0.88 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 0.24 0.22 0.00 0.76 250
A 3 3 3 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.19 1.20 0.00 0.88 36
C 6 7 7 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.26 1.26 0.00 0.75 77
E 9 17 6 0.46 0.98 0.99 1.97 0.99 0.99 0.51 0.68 0.00 0.43 115
M 7 5 5 0.83 0.92 0.95 1.87 0.95 1.00 -0.66 -0.62 0.07 0.14 233
 
Base Pair (42:437)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 29 36 23 0.71 0.99 0.99 1.98 0.99 1.00 -0.30 -0.30 0.02 0.50 711
3 22 29 17 0.67 0.99 0.99 1.98 0.99 1.00 0.73 0.63 0.00 0.64 401
B 10 11 8 0.76 0.99 1.00 1.99 1.00 1.00 0.92 0.90 0.00 0.77 250
A 1 1 1 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.69 1.70 0.00 0.88 36
C 1 2 1 0.67 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.83 1.78 0.00 0.75 77
E 11 17 8 0.57 0.95 0.98 1.94 0.98 0.99 0.60 0.48 0.00 0.43 115
M 6 5 5 0.91 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 -0.61 -0.55 0.08 0.13 233
 
Base Pair (43:436)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 33 39 27 0.75 0.88 0.94 1.82 0.94 0.95 -0.68 -0.68 0.02 0.47 714
3 21 27 17 0.71 0.87 0.92 1.79 0.92 0.93 -0.09 -0.07 0.01 0.59 402
B 13 13 11 0.85 0.82 0.92 1.74 0.92 0.92 0.49 0.41 0.00 0.76 250
A 2 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.62 -0.63 -0.43 0.02 0.20 36
C 5 6 4 0.73 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.43 1.45 0.00 0.77 79
E 6 14 6 0.60 0.94 0.98 1.92 0.98 0.98 0.51 0.56 0.01 0.43 116
M 7 6 6 0.92 0.96 0.98 1.93 0.98 0.98 -0.64 -0.58 0.08 0.14 233
 
Base Pair (44:434)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 23 36 12 0.41 0.55 0.88 1.43 0.88 0.91 -0.15 -0.23 0.03 0.50 712
3 11 26 4 0.22 0.49 0.87 1.36 0.87 0.89 0.98 0.61 0.01 0.63 400
B 1 2 1 0.67 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.96 1.93 0.00 0.76 249
A 2 2 2 1.00 0.50 0.86 1.36 0.86 0.86 0.99 0.75 0.00 0.88 36
C 2 1 1 0.67 0.33 0.97 1.31 0.97 1.00 1.73 1.92 0.00 0.77 79
E 8 22 1 0.07 0.31 0.58 0.89 0.58 0.66 0.61 0.00 0.01 0.43 115
M 10 9 7 0.74 0.76 0.86 1.62 0.86 0.88 -0.62 -0.61 0.07 0.14 233
 
Base Pair (45:433)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 22 34 15 0.54 0.44 0.82 1.26 0.82 0.86 -0.30 -0.28 0.04 0.49 713
3 10 21 6 0.39 0.33 0.80 1.13 0.78 0.82 0.76 0.52 0.03 0.62 401
B 2 2 2 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.80 1.82 0.00 0.76 249
A 2 2 2 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.42 1.43 0.00 0.88 36
C 3 4 2 0.57 0.85 0.97 1.82 0.97 1.00 1.42 1.39 0.00 0.77 79
E 6 17 2 0.17 0.17 0.00 0.17 0.16 0.33 0.39 -0.23 0.07 0.40 116
M 9 9 7 0.78 0.77 0.88 1.65 0.88 0.93 -0.57 -0.59 0.07 0.14 233
 
Last generated : Mon Jul 2 2001 (16 : 9)