23S rRNA Model Base Pair Collective Scoring Data for Helical Element 533

Base Pair (533:560)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 38 44 28 0.68 0.92 0.96 1.88 0.96 0.99 0.34 0.28 0.01 0.83 883
3 15 16 8 0.52 0.91 0.97 1.88 0.97 0.98 0.74 0.69 0.01 0.83 527
B 4 5 4 0.89 0.95 1.00 1.95 1.00 1.00 1.58 1.56 0.00 0.86 282
A 2 3 2 0.80 0.50 0.95 1.45 0.89 0.97 1.59 1.40 0.00 0.90 37
C 2 2 2 1.00 0.56 0.96 1.52 0.96 1.00 1.71 1.56 0.00 0.97 100
E 9 8 2 0.23 0.79 0.95 1.74 0.95 0.97 0.94 0.80 0.02 0.77 208
M 21 26 18 0.77 0.83 0.95 1.78 0.95 0.99 0.59 0.54 0.01 0.79 256
 
Base Pair (534:559)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 36 33 17 0.49 0.79 0.88 1.68 0.53 0.97 0.23 0.12 0.01 0.83 881
3 19 17 7 0.39 0.81 0.91 1.72 0.44 0.98 0.55 0.52 0.01 0.82 525
B 2 3 1 0.40 0.33 0.97 1.30 0.04 1.00 1.86 1.68 0.00 0.86 280
A 2 3 0 0.00 0.73 0.89 1.62 0.89 1.00 0.92 0.80 0.00 0.90 37
C 1 4 0 0.00 0.15 0.00 0.15 0.08 0.95 1.78 1.35 0.00 0.97 100
E 15 11 6 0.46 0.57 0.90 1.47 0.90 0.94 0.82 0.87 0.01 0.78 208
M 16 12 10 0.71 0.69 0.90 1.58 0.90 0.97 0.39 0.26 0.02 0.79 256
 
Base Pair (535:558)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 66 60 45 0.71 0.70 0.81 1.51 0.81 0.90 0.11 -0.03 0.01 0.83 883
3 47 41 28 0.64 0.59 0.77 1.36 0.70 0.84 0.18 0.07 0.01 0.83 527
B 20 20 16 0.80 0.81 0.94 1.75 0.85 1.00 0.64 0.71 0.00 0.86 282
A 6 5 5 0.91 0.81 0.92 1.73 0.92 1.00 0.55 0.64 0.00 0.90 37
C 6 6 6 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.44 1.44 0.00 0.97 100
E 21 16 7 0.38 0.40 0.53 0.93 0.45 0.58 0.08 -0.02 0.01 0.77 208
M 13 13 11 0.85 0.86 0.96 1.82 0.96 0.99 0.48 0.31 0.02 0.79 256
 
Base Pair (536:557)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 40 33 33 0.90 0.92 0.96 1.88 0.96 0.96 -0.44 -0.44 0.01 0.65 883
3 32 26 25 0.86 0.91 0.95 1.86 0.95 0.95 0.36 0.30 0.01 0.82 527
B 11 10 9 0.86 0.99 1.00 1.99 1.00 1.00 0.83 0.85 0.00 0.86 282
A 5 5 5 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 0.76 0.76 0.00 0.90 37
C 1 1 1 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.92 1.92 0.00 0.97 100
E 16 11 11 0.81 0.80 0.88 1.68 0.88 0.88 0.35 0.17 0.02 0.76 208
M 7 6 7 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 -0.70 -0.69 0.02 0.17 256
 
Base Pair (537:556)   (Tertiary) Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 38 17 14 0.51 0.16 0.00 0.16 0.36 0.36 -0.48 0.06 0.00 0.63 883
3 28 16 13 0.59 0.16 0.00 0.16 0.43 0.44 0.23 0.95 0.01 0.81 527
B 10 3 1 0.15 0.11 0.00 0.11 0.02 0.02 1.20 1.87 0.01 0.86 282
A 7 6 6 0.92 0.95 0.97 1.93 0.97 1.00 0.23 0.25 0.00 0.90 37
C 4 1 1 0.40 0.10 0.00 0.10 0.01 0.01 1.44 1.92 0.00 0.97 100
E 11 7 6 0.67 0.77 0.94 1.71 0.94 0.94 0.52 0.53 0.01 0.73 208
M 6 0 0 0.00 0.04 0.00 0.04 0.27 0.29 -0.58 -0.49 0.02 0.15 256
 
Base Pair (538:555)   (Tertiary) Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 16 29 6 0.27 0.43 0.77 1.20 0.22 0.35 -0.24 -0.40 0.00 0.62 881
3 14 17 3 0.19 0.51 0.78 1.29 0.26 0.42 0.42 0.46 0.01 0.80 525
B 1 3 0 0.00 0.33 0.99 1.32 0.00 0.01 1.87 1.85 0.00 0.86 281
A 2 3 1 0.40 0.18 0.00 0.18 0.76 1.00 1.70 1.12 0.00 0.90 37
C 0 2 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 2.00 1.63 0.00 0.97 100
E 11 11 2 0.18 0.43 0.67 1.10 0.55 0.93 0.13 0.14 0.02 0.71 207
M 2 10 3 0.50 0.06 0.00 0.06 0.29 0.33 -0.47 -0.61 0.01 0.15 256
 
Base Pair (539:554)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 23 21 10 0.46 0.08 0.00 0.08 0.30 0.99 0.15 -0.01 0.01 0.62 880
3 16 16 9 0.56 0.08 0.00 0.08 0.36 0.99 1.09 0.81 0.01 0.81 524
B 1 4 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 1.00 1.97 1.81 0.00 0.86 280
A 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 2.00 2.00 0.00 0.90 37
C 1 1 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.99 1.92 1.92 0.00 0.97 100
E 15 12 9 0.67 0.77 0.90 1.67 0.90 0.98 0.35 0.24 0.03 0.73 207
M 6 4 1 0.20 0.12 0.00 0.12 0.34 0.98 -0.50 -0.46 0.02 0.14 256
 
Base Pair (540:553)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 41 38 30 0.76 0.87 0.93 1.80 0.93 0.98 -0.57 -0.57 0.01 0.62 882
3 24 18 15 0.71 0.84 0.93 1.77 0.93 0.97 0.30 0.30 0.01 0.80 526
B 10 9 10 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 0.99 0.92 0.01 0.86 282
A 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 2.00 2.00 0.00 0.90 37
C 10 12 8 0.73 0.81 0.95 1.76 0.95 0.99 0.98 0.81 0.00 0.97 100
E 14 9 5 0.43 0.71 0.81 1.52 0.81 0.93 -0.06 -0.09 0.01 0.72 207
M 7 8 7 0.93 0.91 0.95 1.86 0.95 1.00 -0.60 -0.60 0.01 0.14 256
 
Base Pair (541:552)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 56 50 44 0.83 0.86 0.92 1.78 0.92 0.97 -0.75 -0.76 0.03 0.57 879
3 38 35 29 0.80 0.84 0.92 1.76 0.92 0.96 0.03 -0.14 0.05 0.75 523
B 20 18 15 0.79 0.85 0.95 1.80 0.95 0.99 0.65 0.64 0.01 0.84 278
A 4 4 3 0.75 0.74 0.84 1.58 0.84 1.00 0.44 0.70 0.00 0.90 37
C 14 12 11 0.85 0.87 0.93 1.80 0.93 0.99 0.03 0.06 0.00 0.93 100
E 14 13 11 0.81 0.78 0.87 1.65 0.87 0.91 0.04 -0.57 0.10 0.60 208
M 4 3 4 1.00 0.71 0.88 1.59 0.88 1.00 -0.49 -0.48 0.01 0.10 256
 
Base Pair (542:551)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 56 53 27 0.49 0.56 0.76 1.32 0.76 0.95 -0.68 -0.58 0.02 0.59 880
3 37 32 14 0.41 0.41 0.72 1.14 0.75 0.96 0.20 0.28 0.03 0.78 524
B 19 14 8 0.48 0.43 0.84 1.27 0.84 0.98 0.70 0.97 0.03 0.83 279
A 3 2 0 0.00 0.61 0.86 1.48 0.86 1.00 0.93 1.13 0.00 0.90 37
C 14 15 9 0.62 0.75 0.81 1.56 0.81 0.92 -0.26 -0.12 0.02 0.92 100
E 15 16 6 0.39 0.52 0.63 1.15 0.59 0.92 -0.14 -0.33 0.05 0.69 208
M 5 6 4 0.73 0.84 0.90 1.74 0.90 0.97 -0.49 -0.51 0.01 0.09 256
 
Base Pair (543:550)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 33 41 16 0.43 0.55 0.67 1.22 0.67 0.81 -0.94 -0.95 0.01 0.41 879
3 21 26 9 0.38 0.49 0.63 1.12 0.63 0.81 -0.68 -0.71 0.01 0.53 523
B 13 16 7 0.48 0.55 0.65 1.20 0.65 0.85 -0.19 -0.26 0.01 0.77 278
A 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.12 -0.20 0.02 0.00 37
C 8 12 4 0.40 0.75 0.82 1.57 0.82 0.88 -0.79 -0.53 0.12 0.70 100
E 8 10 2 0.22 0.17 0.00 0.17 0.58 0.68 -0.54 -0.57 0.00 0.32 208
M 4 3 3 0.86 0.39 0.68 1.06 0.68 0.72 -0.41 -0.36 0.02 0.08 256
 
Base Pair (544:549)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 32 19 8 0.31 0.44 0.58 1.02 0.58 0.61 -0.91 -0.86 0.09 0.25 878
3 27 16 6 0.28 0.42 0.56 0.97 0.56 0.59 -0.84 -0.95 0.14 0.35 522
B 10 11 5 0.48 0.61 0.78 1.39 0.78 0.81 -0.89 -0.93 0.03 0.37 277
A 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.20 0.05 0.00 37
C 3 1 0 0.00 0.39 0.58 0.96 0.47 0.53 -0.68 -0.62 0.02 0.18 100
E 17 5 1 0.09 0.19 0.00 0.19 0.29 0.33 0.02 -0.77 0.38 0.38 208
M 2 2 2 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 -0.38 -0.36 0.02 0.06 256
 
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