23S rRNA Model Base Pair Collective Scoring Data for Helical Element 837

Base Pair (837:942)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 22 25 14 0.60 0.36 0.92 1.27 0.92 0.93 1.24 1.17 0.00 0.79 851
3 3 4 3 0.86 0.46 0.99 1.45 0.99 0.99 1.82 1.78 0.00 0.77 485
B 1 1 1 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.89 1.89 0.00 0.74 240
A 1 2 1 0.67 0.29 0.86 1.15 0.86 0.86 1.70 0.99 0.00 0.88 36
C 1 1 1 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.92 1.92 0.00 0.97 100
E 1 1 1 1.00 0.33 0.99 1.32 0.99 0.99 1.80 1.90 0.00 0.79 209
M 18 20 10 0.53 0.33 0.75 1.08 0.75 0.77 0.39 0.31 0.01 0.76 266
 
Base Pair (838:940)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 50 56 36 0.68 0.78 0.86 1.64 0.86 0.88 -0.20 -0.14 0.02 0.77 852
3 18 24 14 0.67 0.78 0.87 1.65 0.87 0.87 -0.06 0.06 0.02 0.74 486
B 12 13 12 0.96 0.99 1.00 1.98 1.00 1.00 1.07 1.04 0.00 0.74 240
A 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 2.00 2.00 0.00 0.88 36
C 6 6 5 0.83 0.50 0.88 1.38 0.88 0.91 1.11 1.26 0.00 0.97 100
E 6 11 2 0.23 0.49 0.69 1.18 0.69 0.70 0.42 0.50 0.06 0.73 210
M 26 26 17 0.65 0.71 0.83 1.53 0.83 0.89 -0.29 -0.27 0.01 0.76 266
 
Base Pair (839:939)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 34 38 20 0.56 0.56 0.70 1.26 0.62 0.98 0.34 -0.04 0.00 0.79 851
3 12 13 5 0.40 0.80 0.91 1.70 0.41 1.00 0.66 0.63 0.00 0.77 485
B 3 2 1 0.40 0.80 1.00 1.80 0.02 1.00 1.83 1.87 0.00 0.74 240
A 5 2 1 0.29 0.21 0.69 0.91 0.39 1.00 0.75 1.21 0.00 0.88 36
C 3 4 2 0.57 0.83 0.98 1.81 0.98 0.98 1.43 1.30 0.00 0.97 100
E 4 9 3 0.46 0.30 0.85 1.16 0.85 0.99 1.48 1.07 0.00 0.79 209
M 19 21 13 0.65 0.73 0.92 1.65 0.92 0.97 0.27 0.27 0.00 0.76 266
 
Base Pair (840:938)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 46 47 32 0.69 0.89 0.93 1.82 0.93 0.99 -0.05 -0.04 0.00 0.79 852
3 24 20 16 0.73 0.91 0.95 1.86 0.95 1.00 0.22 0.30 0.00 0.77 486
B 12 11 7 0.61 0.69 0.93 1.61 0.93 1.00 1.10 1.26 0.00 0.74 241
A 5 5 2 0.40 0.71 0.89 1.60 0.89 1.00 0.69 0.71 0.00 0.88 36
C 4 10 2 0.29 0.40 0.77 1.17 0.77 0.99 1.39 0.97 0.00 0.97 100
E 7 4 7 1.00 0.95 0.98 1.94 0.98 0.99 0.65 0.67 0.00 0.78 209
M 18 17 14 0.80 0.86 0.95 1.81 0.95 0.97 0.14 0.16 0.00 0.76 266
 
Base Pair (841:937)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 73 65 49 0.71 0.79 0.88 1.67 0.88 0.93 0.07 -0.03 0.00 0.78 850
3 40 34 31 0.84 0.90 0.94 1.83 0.94 0.97 0.31 0.22 0.01 0.76 484
B 18 19 17 0.92 0.91 0.96 1.87 0.96 1.00 0.87 0.88 0.00 0.73 239
A 7 8 6 0.80 0.91 0.94 1.85 0.94 1.00 0.11 0.15 0.00 0.88 36
C 14 10 8 0.67 0.51 0.69 1.20 0.69 0.78 0.33 0.23 0.00 0.97 100
E 15 7 8 0.73 0.81 0.91 1.72 0.91 0.94 0.35 0.18 0.01 0.78 209
M 19 21 10 0.50 0.76 0.92 1.68 0.92 0.98 0.11 0.09 0.00 0.76 266
 
Base Pair (842:936)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 77 81 57 0.72 0.82 0.89 1.71 0.89 0.95 -0.05 -0.00 0.00 0.78 852
3 41 43 34 0.81 0.84 0.90 1.74 0.90 0.98 0.12 0.10 0.00 0.77 486
B 25 27 20 0.77 0.92 0.95 1.87 0.95 1.00 0.13 0.10 0.00 0.74 240
A 3 3 3 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 0.77 0.75 0.00 0.88 36
C 15 16 9 0.58 0.83 0.92 1.75 0.92 0.94 0.45 0.61 0.01 0.96 100
E 13 13 11 0.85 0.71 0.84 1.55 0.84 0.98 0.58 0.55 0.01 0.79 210
M 21 22 14 0.65 0.70 0.87 1.58 0.87 0.89 -0.02 0.07 0.00 0.76 266
 
Base Pair (843:935)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 85 80 62 0.75 0.86 0.90 1.76 0.90 0.94 -0.17 -0.16 0.00 0.78 852
3 36 35 31 0.87 0.87 0.92 1.79 0.92 0.96 0.11 0.17 0.00 0.77 486
B 21 23 21 0.95 0.91 0.97 1.87 0.97 0.97 0.61 0.69 0.00 0.74 241
A 4 1 1 0.40 0.16 0.00 0.16 0.56 1.00 0.60 1.51 0.00 0.88 36
C 15 13 9 0.64 0.88 0.93 1.81 0.93 0.96 0.24 0.30 0.00 0.97 100
E 11 11 9 0.82 0.79 0.95 1.74 0.95 0.96 1.05 1.02 0.00 0.79 209
M 34 32 22 0.67 0.69 0.87 1.56 0.87 0.91 -0.08 -0.14 0.00 0.75 266
 
Base Pair (844:934)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 90 89 50 0.56 0.43 0.60 1.03 0.60 0.74 -0.12 -0.19 0.01 0.76 855
3 40 43 22 0.53 0.32 0.49 0.81 0.49 0.68 0.08 0.05 0.01 0.76 489
B 20 23 11 0.51 0.40 0.55 0.94 0.32 0.57 0.12 0.02 0.00 0.73 242
A 4 6 1 0.20 0.39 0.61 1.00 0.00 0.31 0.41 0.20 0.00 0.88 36
C 16 16 11 0.69 0.78 0.85 1.63 0.85 0.92 0.19 0.11 0.00 0.97 100
E 16 14 10 0.67 0.54 0.76 1.29 0.76 0.88 0.18 0.21 0.02 0.77 211
M 34 30 17 0.53 0.57 0.73 1.31 0.73 0.79 -0.36 -0.42 0.05 0.69 266
 
Base Pair (847:933)   (Tertiary) Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 31 44 12 0.32 0.75 0.83 1.58 0.83 0.88 -0.92 -0.77 0.15 0.43 855
3 17 29 10 0.43 0.84 0.90 1.74 0.90 0.95 -0.67 0.31 0.28 0.50 489
B 15 14 9 0.62 0.88 0.94 1.81 0.94 0.98 0.86 0.78 0.00 0.74 242
A 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 2.00 0.90 0.00 36
C 10 8 2 0.22 0.34 0.77 1.11 0.75 0.79 0.91 0.48 0.01 0.96 100
E 2 15 1 0.12 0.61 0.79 1.40 0.79 0.87 -0.84 0.52 0.53 0.27 211
M 4 7 0 0.00 0.19 0.00 0.19 0.63 0.66 -0.56 -0.51 0.05 0.11 266
 
Base Pair (848:930)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 43 59 22 0.43 0.41 0.54 0.95 0.46 0.70 -0.96 -0.85 0.15 0.41 855
3 19 28 7 0.30 0.46 0.59 1.05 0.49 0.75 -0.90 -0.27 0.27 0.44 489
B 17 15 6 0.38 0.57 0.70 1.27 0.44 0.74 0.07 -0.08 0.04 0.70 241
A 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.89 1.00 2.00 1.51 0.00 0.90 37
C 12 20 6 0.38 0.31 0.48 0.79 0.32 0.55 0.51 0.29 0.00 0.97 100
E 2 13 1 0.13 0.29 0.61 0.90 0.23 0.23 -0.30 -0.27 0.70 0.05 211
M 12 11 9 0.78 0.61 0.71 1.32 0.71 0.75 -0.67 -0.65 0.03 0.15 266
 
Base Pair (849:929)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 45 54 30 0.61 0.77 0.89 1.67 0.89 0.93 -0.83 -0.57 0.15 0.43 857
3 19 27 12 0.52 0.84 0.94 1.78 0.94 0.97 -0.68 0.17 0.26 0.48 491
B 16 17 10 0.61 0.87 0.96 1.83 0.96 0.97 0.66 0.68 0.00 0.74 243
A 2 2 2 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.30 1.30 0.00 0.90 37
C 16 17 9 0.55 0.64 0.79 1.43 0.79 0.84 0.47 0.33 0.00 0.97 100
E 1 8 0 0.00 0.25 0.57 0.82 0.57 0.95 -0.41 0.08 0.62 0.08 211
M 10 10 9 0.90 0.79 0.92 1.71 0.92 0.96 -0.56 -0.54 0.03 0.15 266
 
Base Pair (850:928)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 40 53 21 0.45 0.80 0.87 1.67 0.87 0.94 -0.88 -0.72 0.15 0.43 854
3 22 34 14 0.50 0.86 0.90 1.76 0.90 0.97 -0.84 -0.10 0.27 0.47 488
B 18 18 12 0.67 0.95 0.97 1.93 0.97 0.97 0.17 0.16 0.00 0.74 241
A 3 5 2 0.50 0.00 0.00 0.00 0.46 1.00 1.25 1.20 0.00 0.90 37
C 11 13 3 0.25 0.36 0.84 1.20 0.84 0.89 1.11 1.14 0.00 0.97 100
E 1 11 0 0.00 0.60 0.91 1.50 0.91 0.91 -0.35 0.38 0.64 0.08 210
M 7 6 4 0.61 0.75 0.92 1.67 0.92 0.92 -0.53 -0.49 0.03 0.15 266
 
Base Pair (851:926)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 46 46 32 0.70 0.53 0.66 1.19 0.66 0.93 -0.59 -0.63 0.00 0.60 858
3 22 22 17 0.77 0.42 0.61 1.03 0.61 0.94 0.51 0.60 0.01 0.77 492
B 14 15 13 0.90 0.96 0.98 1.94 0.98 0.99 0.73 0.77 0.00 0.74 243
A 4 4 3 0.75 0.96 0.97 1.93 0.97 0.97 0.14 0.10 0.00 0.90 37
C 14 15 8 0.55 0.55 0.80 1.34 0.80 0.92 0.65 0.72 0.00 0.97 100
E 4 3 1 0.29 0.38 0.85 1.23 0.11 0.87 0.71 1.26 0.03 0.77 212
M 10 9 7 0.74 0.82 0.88 1.69 0.88 0.90 -0.67 -0.65 0.03 0.15 266
 
Base Pair (852:925)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 62 67 45 0.70 0.79 0.89 1.68 0.89 0.95 -0.58 -0.65 0.01 0.61 858
3 44 42 31 0.72 0.82 0.90 1.73 0.90 0.95 0.25 0.20 0.00 0.78 492
B 31 30 22 0.72 0.87 0.91 1.79 0.91 0.98 0.05 0.11 0.00 0.74 243
A 6 4 4 0.80 0.81 0.92 1.73 0.92 1.00 0.78 0.85 0.00 0.90 37
C 10 19 9 0.62 0.59 0.86 1.45 0.86 0.96 1.02 0.74 0.00 0.97 100
E 7 8 5 0.67 0.67 0.89 1.56 0.89 0.92 0.81 0.60 0.00 0.80 212
M 8 6 5 0.71 0.75 0.83 1.58 0.83 0.94 -0.64 -0.61 0.03 0.15 266
 
Base Pair (853:924)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 60 55 43 0.75 0.87 0.94 1.81 0.94 0.98 -0.54 -0.53 0.01 0.61 857
3 43 42 31 0.73 0.85 0.94 1.79 0.94 0.99 0.46 0.47 0.00 0.78 491
B 33 30 23 0.73 0.84 0.90 1.74 0.90 0.97 0.20 0.31 0.00 0.74 242
A 5 6 5 0.91 0.96 0.97 1.93 0.97 1.00 0.30 0.22 0.00 0.90 37
C 9 6 6 0.80 0.74 0.93 1.67 0.93 1.00 0.83 0.98 0.00 0.97 100
E 5 6 3 0.55 0.76 0.98 1.74 0.98 0.99 1.39 1.35 0.00 0.80 212
M 8 7 6 0.80 0.89 0.94 1.83 0.94 0.94 -0.60 -0.56 0.04 0.15 266
 
Base Pair (854:923)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 49 48 41 0.84 0.93 0.96 1.89 0.96 0.98 -0.74 -0.75 0.01 0.61 857
3 34 34 27 0.79 0.94 0.96 1.90 0.96 0.99 0.05 0.07 0.00 0.78 491
B 23 24 20 0.85 0.97 0.98 1.95 0.98 1.00 0.35 0.34 0.00 0.74 242
A 4 4 3 0.75 0.31 0.76 1.06 0.76 0.95 1.21 1.06 0.00 0.90 37
C 7 7 6 0.86 0.89 0.98 1.87 0.98 0.99 1.13 1.21 0.00 0.97 100
E 7 6 4 0.61 0.91 0.98 1.88 0.98 0.99 1.01 1.00 0.00 0.80 212
M 8 7 8 1.00 0.76 0.83 1.59 0.83 0.85 -0.66 -0.63 0.04 0.15 266
 
Base Pair (855:922)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 33 29 16 0.52 0.73 0.83 1.56 0.66 0.98 -0.63 -0.70 0.01 0.61 858
3 17 14 7 0.45 0.76 0.87 1.63 0.58 0.98 0.47 0.53 0.00 0.78 492
B 4 6 3 0.60 0.47 0.96 1.43 0.96 1.00 1.61 1.54 0.01 0.74 243
A 3 5 2 0.50 0.61 0.76 1.36 0.76 0.86 1.00 0.85 0.00 0.90 37
C 6 6 5 0.83 0.96 0.99 1.95 0.99 0.99 1.13 1.15 0.00 0.97 100
E 10 3 2 0.31 0.24 0.88 1.12 0.13 0.99 1.12 1.48 0.00 0.80 212
M 10 9 4 0.42 0.63 0.73 1.36 0.73 0.88 -0.67 -0.66 0.04 0.15 266
 
Base Pair (856:921)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 26 29 18 0.66 0.61 0.85 1.46 0.85 0.98 -0.17 -0.45 0.01 0.61 858
3 13 15 8 0.57 0.59 0.82 1.41 0.82 0.99 0.89 0.46 0.00 0.77 492
B 3 3 2 0.67 0.80 1.00 1.80 1.00 1.00 1.79 1.83 0.00 0.74 243
A 3 5 3 0.75 0.10 0.00 0.10 0.51 1.00 1.34 0.68 0.00 0.90 37
C 4 4 3 0.75 0.86 0.99 1.85 0.99 1.00 1.67 1.63 0.00 0.97 100
E 7 7 3 0.43 0.67 0.85 1.52 0.67 0.98 0.58 0.38 0.01 0.78 212
M 9 10 7 0.74 0.73 0.83 1.57 0.83 0.85 -0.66 -0.65 0.04 0.15 266
 
Base Pair (857:920)   (Tertiary) Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 39 33 17 0.47 0.41 0.64 1.05 0.22 0.28 -0.60 -0.46 0.01 0.61 857
3 26 23 11 0.45 0.42 0.60 1.02 0.26 0.33 0.19 0.44 0.00 0.78 491
B 10 8 6 0.67 0.93 0.96 1.89 0.03 0.03 0.92 0.86 0.00 0.74 242
A 2 3 1 0.40 0.61 0.86 1.48 0.86 1.00 1.07 0.85 0.00 0.90 37
C 5 2 2 0.57 0.18 0.00 0.18 0.02 0.02 1.41 1.84 0.00 0.97 100
E 14 12 4 0.31 0.23 0.45 0.68 0.42 0.56 -0.00 0.56 0.00 0.80 212
M 8 8 4 0.50 0.31 0.48 0.79 0.26 0.35 -0.58 -0.57 0.04 0.15 266
 
Base Pair (862:915)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 16 23 14 0.72 0.78 0.89 1.66 0.89 0.89 -0.22 -0.49 0.01 0.61 856
3 8 9 6 0.71 0.95 0.98 1.93 0.98 0.98 0.97 0.88 0.00 0.78 490
B 6 5 5 0.91 0.50 0.98 1.48 0.97 0.97 1.75 1.73 0.00 0.74 241
A 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 2.00 2.00 0.00 0.90 37
C 3 10 3 0.46 0.12 0.00 0.12 0.40 0.40 1.71 0.74 0.00 0.97 100
E 2 4 1 0.33 0.64 0.98 1.62 0.98 0.99 1.59 1.57 0.00 0.80 212
M 5 4 5 1.00 0.92 0.96 1.87 0.96 0.96 -0.63 -0.60 0.04 0.15 266
 
Base Pair (863:913)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 6 5 2 0.36 0.44 0.99 1.42 0.99 0.99 0.53 0.55 0.01 0.61 857
3 4 4 1 0.25 0.56 0.99 1.55 0.99 1.00 1.83 1.88 0.00 0.78 491
B 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 2.00 2.00 0.00 0.74 242
A 1 1 1 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.82 1.82 0.00 0.90 37
C 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 2.00 2.00 0.00 0.97 100
E 3 3 0 0.00 0.50 0.98 1.48 0.98 0.99 1.70 1.79 0.00 0.80 212
M 2 1 1 0.67 0.29 0.89 1.18 0.89 0.89 -0.45 -0.39 0.04 0.15 266
 
Base Pair (864:912)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 5 4 2 0.44 0.39 0.99 1.37 0.99 0.99 0.55 0.53 0.01 0.61 857
3 2 2 1 0.50 0.57 0.99 1.56 0.99 1.00 1.87 1.87 0.00 0.78 491
B 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 2.00 2.00 0.00 0.74 242
A 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 2.00 2.00 0.00 0.90 37
C 0 1 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 1.90 1.92 0.01 0.96 100
E 2 2 1 0.50 0.57 0.99 1.56 0.99 0.99 1.74 1.74 0.00 0.80 212
M 3 1 1 0.50 0.50 0.94 1.44 0.89 0.89 -0.45 -0.39 0.04 0.15 266
 
Base Pair (868:909)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 17 14 12 0.77 0.47 0.97 1.44 0.97 0.97 0.37 0.43 0.01 0.61 858
3 10 7 6 0.71 0.52 0.98 1.50 0.98 0.98 1.64 1.77 0.00 0.78 492
B 1 1 1 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.93 1.93 0.00 0.74 243
A 6 4 3 0.60 0.47 0.78 1.25 0.78 0.78 0.41 1.04 0.00 0.90 37
C 2 2 2 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.86 1.86 0.00 0.97 100
E 3 2 2 0.80 0.50 0.99 1.49 0.99 0.99 1.75 1.84 0.00 0.80 212
M 5 5 4 0.80 0.33 0.78 1.11 0.78 0.84 -0.53 -0.47 0.03 0.14 266
 
Base Pair (869:908)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 14 15 9 0.62 0.38 0.91 1.29 0.91 0.98 0.30 0.06 0.01 0.60 857
3 6 7 4 0.61 0.33 0.94 1.26 0.94 1.00 1.71 1.42 0.01 0.77 491
B 4 5 3 0.67 0.29 0.88 1.17 0.88 1.00 1.72 1.34 0.00 0.74 242
A 1 1 1 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.59 1.59 0.00 0.90 37
C 1 1 0 0.00 0.33 0.98 1.31 0.97 0.99 1.92 1.81 0.00 0.97 100
E 1 1 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.99 0.99 1.86 1.72 0.01 0.78 212
M 7 7 5 0.71 0.47 0.64 1.11 0.49 0.71 -0.61 -0.60 0.03 0.14 266
 
Base Pair (870:907)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 22 24 13 0.56 0.69 0.85 1.55 0.69 0.95 -0.41 -0.55 0.01 0.60 856
3 13 15 9 0.64 0.66 0.89 1.55 0.84 0.98 0.64 0.51 0.00 0.77 490
B 12 13 8 0.64 0.67 0.78 1.45 0.69 0.96 0.34 0.08 0.00 0.74 241
A 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 2.00 2.00 0.00 0.90 37
C 1 3 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 1.00 1.92 1.67 0.00 0.97 100
E 1 2 1 0.67 0.50 0.99 1.50 0.99 0.99 1.67 1.67 0.00 0.78 212
M 8 6 4 0.57 0.33 0.46 0.79 0.41 0.52 -0.63 -0.64 0.03 0.14 266
 
Base Pair (872:905)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 29 28 20 0.70 0.05 0.00 0.05 0.49 0.49 0.17 -0.27 0.01 0.60 856
3 22 20 15 0.71 0.05 0.00 0.05 0.50 0.51 1.24 0.69 0.00 0.77 490
B 13 13 9 0.69 0.56 0.90 1.46 0.90 0.91 1.37 1.14 0.00 0.74 241
A 5 3 3 0.75 0.41 0.65 1.06 0.54 0.54 0.67 0.56 0.00 0.90 37
C 1 3 1 0.50 0.00 0.00 0.00 0.24 0.24 1.92 1.09 0.00 0.97 100
E 4 4 3 0.75 0.36 0.97 1.33 0.03 0.03 1.39 1.50 0.00 0.78 212
M 6 5 4 0.73 0.85 0.95 1.80 0.95 0.95 -0.52 -0.49 0.04 0.13 266
 
Base Pair (873:904)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 26 26 17 0.65 0.90 0.93 1.83 0.93 0.99 -0.70 -0.70 0.01 0.60 858
3 18 20 14 0.74 0.89 0.94 1.82 0.94 0.99 0.30 0.32 0.00 0.77 492
B 14 17 9 0.58 0.79 0.91 1.70 0.91 1.00 0.56 0.35 0.00 0.74 243
A 1 2 1 0.67 0.33 0.95 1.28 0.95 1.00 1.82 1.59 0.00 0.90 37
C 2 2 1 0.50 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.76 1.76 0.00 0.97 100
E 3 1 4 1.00 0.42 0.97 1.38 0.97 0.98 1.39 1.46 0.00 0.78 212
M 6 4 2 0.40 0.70 0.77 1.47 0.77 0.93 -0.65 -0.64 0.03 0.14 266
 
Base Pair (874:903)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 18 22 10 0.50 0.14 0.00 0.14 0.48 0.67 0.13 -0.62 0.01 0.60 859
3 9 16 6 0.48 0.09 0.00 0.09 0.37 0.59 1.42 0.20 0.00 0.77 493
B 6 6 3 0.50 0.26 0.66 0.91 0.66 1.00 1.29 0.66 0.00 0.75 244
A 0 7 0 0.00 0.05 0.00 0.05 0.41 0.86 1.82 0.61 0.00 0.90 37
C 3 3 2 0.67 0.33 0.94 1.27 0.92 0.96 1.56 1.67 0.00 0.97 100
E 3 3 3 1.00 0.15 0.00 0.15 0.03 0.05 1.60 1.33 0.00 0.78 212
M 6 3 2 0.44 0.62 0.74 1.36 0.74 0.86 -0.57 -0.57 0.04 0.14 266
 
Base Pair (875:902)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 44 34 23 0.59 0.61 0.79 1.40 0.79 0.94 -0.55 -0.48 0.01 0.60 857
3 30 29 21 0.71 0.72 0.86 1.59 0.86 0.93 0.33 0.35 0.00 0.77 491
B 21 19 16 0.80 0.75 0.88 1.63 0.88 0.96 0.40 0.45 0.00 0.74 242
A 4 6 2 0.40 0.19 0.00 0.19 0.16 0.49 0.96 0.07 0.00 0.90 37
C 8 1 0 0.00 0.02 0.00 0.02 0.43 0.98 0.85 1.84 0.00 0.97 100
E 5 4 3 0.67 0.81 0.97 1.78 0.97 0.98 0.99 1.06 0.00 0.78 212
M 6 4 2 0.40 0.71 0.81 1.52 0.81 0.93 -0.63 -0.61 0.04 0.14 266
 
Base Pair (879:898)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 23 28 12 0.47 0.63 0.82 1.45 0.82 0.91 -0.56 -0.69 0.01 0.59 859
3 18 22 10 0.50 0.64 0.80 1.44 0.80 0.89 0.30 0.14 0.00 0.78 493
B 6 11 5 0.59 0.78 0.96 1.74 0.83 0.86 1.39 1.29 0.00 0.74 244
A 4 3 1 0.29 0.17 0.00 0.17 0.27 0.49 0.09 1.21 0.00 0.90 37
C 1 3 1 0.50 0.60 0.98 1.58 0.98 1.00 1.62 1.53 0.00 0.95 100
E 8 8 4 0.50 0.72 0.85 1.57 0.85 0.99 0.74 0.67 0.00 0.80 212
M 4 3 1 0.29 0.47 0.67 1.14 0.67 0.90 -0.44 -0.43 0.03 0.10 266
 
Base Pair (880:897)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 14 14 10 0.71 0.44 0.90 1.35 0.90 0.99 0.16 -0.01 0.01 0.59 857
3 9 11 7 0.70 0.44 0.89 1.33 0.89 0.99 1.31 1.10 0.00 0.77 491
B 1 3 1 0.50 0.33 0.99 1.32 0.99 0.99 1.96 1.90 0.00 0.74 242
A 2 2 2 1.00 0.90 0.97 1.87 0.97 1.00 1.08 0.96 0.00 0.90 37
C 0 0 0 0.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.74 1.74 0.00 0.95 100
E 6 6 4 0.67 0.40 0.76 1.16 0.76 0.98 0.95 0.77 0.01 0.79 212
M 5 3 3 0.75 0.54 0.79 1.33 0.79 0.97 -0.42 -0.41 0.04 0.09 266
 
Base Pair (881:895)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 10 12 7 0.64 0.26 0.94 1.20 0.06 0.98 0.27 0.25 0.01 0.58 858
3 7 9 6 0.75 0.24 0.94 1.19 0.06 0.98 1.58 1.52 0.00 0.78 492
B 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 2.00 2.00 0.00 0.75 244
A 5 6 3 0.55 0.42 0.62 1.04 0.62 0.92 0.73 0.59 0.00 0.90 37
C 0 0 0 0.00 1.00 1.00 2.00 0.01 1.00 1.60 1.74 0.02 0.93 100
E 2 3 3 1.00 0.82 0.99 1.81 0.02 0.97 1.49 1.46 0.00 0.79 211
M 3 3 1 0.33 0.25 0.65 0.90 0.42 0.96 -0.41 -0.37 0.04 0.08 266
 
Base Pair (882:894)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 22 28 15 0.60 0.43 0.64 1.07 0.62 0.98 -0.35 -0.70 0.01 0.58 857
3 17 24 12 0.58 0.24 0.57 0.82 0.55 0.99 1.02 0.36 0.00 0.77 491
B 7 13 3 0.30 0.66 0.93 1.59 0.22 1.00 1.41 1.04 0.00 0.74 243
A 5 3 5 1.00 0.94 0.97 1.91 0.97 1.00 0.50 0.25 0.02 0.88 37
C 1 1 1 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.60 1.60 0.00 0.95 100
E 5 8 4 0.61 0.54 0.88 1.42 0.88 0.99 1.07 0.75 0.00 0.79 211
M 4 3 2 0.57 0.22 0.46 0.68 0.42 0.73 -0.43 -0.36 0.04 0.08 266
 
Base Pair (883:893)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 39 45 31 0.74 0.36 0.64 1.00 0.70 0.97 -0.58 -0.71 0.01 0.58 858
3 33 38 28 0.79 0.63 0.82 1.45 0.82 0.97 0.42 0.24 0.01 0.77 492
B 19 21 16 0.80 0.88 0.93 1.81 0.93 1.00 0.38 0.36 0.00 0.74 243
A 4 4 4 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 0.61 0.61 0.00 0.90 37
C 2 3 1 0.40 0.08 0.00 0.08 0.11 0.99 1.34 1.49 0.00 0.95 100
E 10 13 8 0.70 0.18 0.00 0.18 0.66 0.94 0.86 0.65 0.02 0.78 212
M 4 4 2 0.50 0.57 0.76 1.33 0.76 1.00 -0.41 -0.41 0.04 0.08 266
 
Base Pair (884:892)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 51 56 40 0.75 0.84 0.89 1.74 0.89 0.94 -0.79 -0.84 0.01 0.58 858
3 43 46 33 0.74 0.83 0.89 1.73 0.89 0.93 0.03 -0.01 0.00 0.77 492
B 19 19 15 0.79 0.90 0.97 1.87 0.97 0.99 0.58 0.62 0.00 0.74 242
A 5 4 3 0.67 0.94 0.97 1.91 0.97 1.00 0.53 0.66 0.00 0.90 37
C 4 7 4 0.73 0.33 0.88 1.21 0.88 0.99 1.41 1.11 0.00 0.95 100
E 19 23 15 0.71 0.70 0.80 1.50 0.80 0.84 -0.08 0.14 0.00 0.78 213
M 4 3 3 0.86 0.87 0.92 1.79 0.92 1.00 -0.42 -0.39 0.04 0.08 266
 
Base Pair (885:891)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 42 40 27 0.66 0.66 0.90 1.56 0.90 0.92 -0.35 -0.40 0.01 0.56 861
3 33 32 23 0.71 0.65 0.88 1.54 0.88 0.90 0.47 0.40 0.00 0.74 495
B 16 14 7 0.47 0.27 0.81 1.07 0.79 0.81 0.83 0.59 0.00 0.70 244
A 5 5 5 1.00 1.00 1.00 2.00 0.95 0.95 0.96 0.96 0.00 0.90 37
C 7 5 3 0.50 0.67 0.95 1.62 0.94 1.00 1.10 1.20 0.00 0.95 100
E 12 13 11 0.88 0.95 0.98 1.93 0.98 1.00 0.17 0.21 0.00 0.76 214
M 2 3 1 0.40 0.90 0.95 1.85 0.95 0.95 -0.40 -0.36 0.04 0.06 266
 
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