23S rRNA Tentative Base Pair Frequencies for Helical Element 858


 
Base Pair (858 : 919)     Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 5.0 0.2* 0.2* 0.5 66.8* 0.2 -- -- -- -- -- -- 0.2 0.2 0.1 0.6 25.9 858
3 8.3 0.4* 0.2* 0.4 88.4* 0.4 -- -- -- -- -- -- 0.2 -- 0.2 1.0 0.4 492
B -- -- -- 0.4 98.8* 0.8* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 243
A 91.9 -- -- -- 8.1 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 37
C -- -- -- 1.0 99.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100
E 3.3 0.9* 0.5* 0.5 90.5* -- -- -- -- -- -- -- 0.5 -- 0.5 2.4 0.9 211
M 0.8 -- 0.4* 0.4 14.7* -- -- -- -- -- -- -- 0.4 0.8 -- -- 82.7 266
 
Base Pair (859 : 918) (Tertiary)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T -- 0.1* -- -- 0.6 -- 0.3 -- -- 0.1 -- -- 72.6* 0.5 -- -- 25.8 858
3 -- 0.2* -- -- 0.8 -- -- -- -- -- -- -- 98.2* 0.6 -- -- 0.2 492
B -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 -- -- -- -- 243
A -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 -- -- -- -- 37
C -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 99.0 -- -- -- 1.0 100
E -- 0.5* -- -- 1.9 -- -- -- -- -- -- -- 95.7* 1.4 -- -- 0.5 211
M -- -- -- -- 0.4 -- 1.1 -- -- 0.4 -- -- 15.4 0.4 -- -- 82.3 266
 
Base Pair (860 : 917) (Tertiary)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T -- -- 73.7* 0.1* -- -- -- -- -- 0.1 -- 0.1 -- -- 0.1 0.1 25.8 858
3 -- -- 99.6 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.2 -- 0.2 492
B -- -- 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 243
A -- -- 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 37
C -- -- 99.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 1.0 100
E -- -- 99.1 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.5 -- 0.5 211
M -- -- 16.2* 0.4* -- -- -- -- -- 0.4 -- 0.4 -- -- -- 0.4 82.3 266


Last generated: Sat Oct 16 11:41:28 1999