5S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 16


Base Pair (16:68)
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
3 *57.5 *32.5 *7.9 *0.7 0.7 0.7 -- 0.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 610
B *86.4 *3.3 *5.3 *1.0 1.7 1.3 -- 0.3 -- -- 0.3 -- 0.3 -- -- -- -- 302
A *97.7 -- -- *2.3 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 44
E *22.8 *65.3 *11.9 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 294
 
Base Pair (17:67)
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
3 *9.0 *69.9 *7.7 *5.7 -- 3.1 0.2 -- -- 3.9 -- -- 0.2 0.3 -- -- -- 611
B *2.0 *75.5 *3.0 *5.3 -- 5.6 0.3 -- -- 6.6 -- -- -- -- -- -- 1.7 302
A *2.3 *81.8 *13.6 -- -- -- -- -- -- 2.3 -- -- -- -- -- -- -- 44
E *16.6 *61.0 *13.2 *6.8 -- 1.0 -- -- -- 0.7 -- -- -- 0.7 -- -- -- 295
 

 
Base Pair (18:65)
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
3 *36.0 *3.9 *5.4 *42.7 9.7 0.2 0.5 0.8 -- 0.2 0.2 0.2 0.3 -- -- -- -- 611
B *54.6 *2.0 *4.0 *16.9 20.2 -- 0.3 1.0 -- -- 0.3 0.3 0.3 -- -- -- -- 302
A *90.9 -- -- *4.5 4.5 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 44
E *9.8 *7.1 *7.5 *73.2 0.3 0.3 0.7 0.7 -- -- 0.3 -- -- -- -- -- -- 295
 
Base Pair (19:64)
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
3 *23.0 *30.2 *18.9 *23.0 1.3 0.8 0.2 0.5 0.3 0.7 0.5 -- -- 0.3 0.2 0.2 -- 609
B *22.8 *14.9 *26.2 *31.1 2.0 0.7 0.3 0.3 -- 0.3 -- -- 0.3 0.3 0.3 0.3 -- 302
A *77.3 4.5 -- *9.1 -- *6.8 -- 2.3 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 44
E *15.0 *49.8 *14.7 *16.4 1.0 -- -- 0.3 0.3 1.0 1.0 -- -- 0.3 -- -- -- 293
 
Base Pair (20:63)
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
3 *36.1 *23.6 *14.9 *18.4 3.0 0.7 -- 0.8 -- -- 0.2 -- -- -- 0.8 1.5 -- 609
B *30.1 *8.9 *23.8 *29.8 3.3 0.7 -- -- -- -- -- -- -- -- 0.7 2.6 -- 302
A *18.2 *45.5 *6.8 *13.6 9.1 4.5 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 2.3 -- 44
E *45.1 *34.8 *8.9 *7.2 1.7 0.3 -- 1.7 -- -- -- -- -- -- 0.3 -- -- 293
 
Base Pair (21:62)
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
3 *37.2 *17.5 *19.0 *16.9 2.6 3.6 -- 1.1 0.3 0.3 0.2 0.2 0.2 0.2 -- 0.7 -- 610
B *57.6 *4.3 *14.6 *15.9 3.6 1.7 -- 0.3 0.3 -- -- -- 0.3 -- -- 1.3 -- 302
A *63.6 *11.4 *2.3 *18.2 2.3 -- -- -- -- -- 2.3 -- -- -- -- -- -- 44
E *15.0 *32.3 *25.9 *17.3 1.7 6.1 -- -- 0.3 0.7 -- 0.3 -- 0.3 -- -- -- 294
 
Base Pair (22:61)
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
3 *25.7 *10.2 *29.2 *16.2 0.7 15.2 -- 0.2 0.3 -- 0.2 -- -- 1.6 0.2 0.3 -- 610
B *29.1 5.3 11.6 *22.5 1.0 *29.8 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.7 -- 302
A *93.2 -- -- *4.5 2.3 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 44
E *12.6 *18.7 *50.7 *11.9 0.7 3.7 -- 0.3 0.7 -- 0.3 -- -- -- 0.3 -- -- 294
 
Base Pair (23:60)
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
3 *79.5 *0.8 0.2 1.1 1.6 0.5 -- 1.6 0.2 -- 0.3 1.0 2.1 0.5 8.9 *1.5 0.2 609
B *82.1 *1.7 -- *3.0 0.3 0.3 -- 0.3 -- -- -- -- 4.3 1.0 4.7 2.0 0.3 301
A *65.9 -- *2.3 -- 15.9 2.3 -- 2.3 -- -- -- -- -- -- 11.4 -- -- 44
E *78.0 *0.3 -- *1.7 0.7 0.3 -- 2.7 0.3 -- 0.7 0.3 0.3 -- 13.5 0.3 0.7 296
 

 
Base Pair (28:56)
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
3 0.2 20.9 -- 2.3 0.5 0.7 -- 0.3 -- 0.3 2.8 *62.2 -- *0.2 *7.7 2.0 -- 611
B -- *46.0 -- *4.3 0.3 -- -- -- -- -- 1.0 46.0 -- -- *1.3 1.0 -- 302
A -- -- -- 2.3 -- 2.3 -- -- -- 2.3 -- *77.3 -- *2.3 -- 13.6 -- 44
E 0.3 -- -- -- 0.7 1.0 -- 0.7 -- 0.3 4.7 *75.5 -- -- *14.8 1.7 0.3 298
 
Base Pair (29:55)
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
3 *10.5 -- *5.9 *83.3 0.2 -- -- 0.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 611
B *9.6 -- *0.3 *89.7 0.3 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 302
A *2.3 -- *34.1 *63.6 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 44
E *12.1 -- *6.7 *80.2 0.3 -- -- 0.3 -- -- -- -- -- -- -- -- 0.3 298
 
Base Pair (30:54)
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
3 *2.8 *94.9 *1.6 *0.2 -- 0.2 -- -- -- -- 0.2 -- -- 0.2 -- -- -- 611
B -- 99.3 -- -- -- 0.3 -- -- -- -- 0.3 -- -- -- -- -- -- 302
A -- *88.6 *11.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 44
E *5.7 *91.9 *1.7 *0.3 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.3 -- -- -- 298
 

 
Base Pair (31:51)
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
3 *5.2 *85.3 *4.1 *0.3 0.2 0.5 0.7 -- -- 2.0 0.2 0.8 0.2 -- 0.7 -- -- 611
B -- *88.1 *5.0 -- -- 0.7 1.0 -- -- 3.6 -- -- 0.3 -- 1.3 -- -- 302
A -- 97.7 -- -- -- -- -- -- -- 2.3 -- -- -- -- -- -- -- 44
E *10.7 *81.5 *4.0 *0.7 0.3 0.3 0.3 -- -- -- 0.3 1.7 -- -- -- -- -- 298
 
Base Pair (32:50)
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
3 *33.8 *38.4 *22.0 *4.6 -- 0.8 -- -- 0.2 0.2 0.2 -- -- -- -- -- -- 610
B *0.3 *57.6 *40.1 -- -- 1.3 -- -- -- 0.3 0.3 -- -- -- -- -- -- 302
A -- *63.6 *34.1 -- -- -- -- -- 2.3 -- -- -- -- -- -- -- -- 44
E *70.4 *16.5 *2.7 *10.1 -- 0.3 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 297
 
Base Pair (33:49)
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
3 *70.7 *21.1 *2.3 *4.3 0.2 1.1 -- -- -- -- -- -- -- 0.3 -- -- -- 611
B *81.1 *10.6 *0.7 *6.6 0.3 0.3 -- -- -- -- -- -- -- 0.3 -- -- -- 302
A 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 44
E *56.7 *33.6 *5.0 *2.3 -- 2.0 -- -- -- -- -- -- -- 0.3 -- -- -- 298
 
Base Pair (34:48)
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
3 *9.8 -- *32.9 *57.0 0.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.2 -- -- 611
B *13.2 -- *32.8 *53.6 0.3 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 302
A *25.0 -- *47.7 *27.3 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 44
E *4.4 -- *31.5 *63.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.3 -- 0.3 298


Last modified on Fri Feb 19 13:58:30 1999 using program web_freq.