5S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 70


Base Pair (70:106)
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
3 *9.2 *78.2 *5.1 *1.6 -- 0.5 1.1 -- -- 0.2 -- -- -- -- 0.3 3.8 -- 610
B *9.6 *84.1 *3.3 *1.3 -- 0.3 -- -- 0.3 0.3 -- -- -- -- 0.3 -- 0.3 302
A -- *2.3 25.0 -- -- -- *18.2 -- -- -- -- -- -- -- 2.3 *52.3 -- 44
E *9.4 *84.5 *3.4 *2.0 -- 0.7 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 297
 
Base Pair (71:105)
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
3 *8.9 *66.7 *9.7 *3.1 1.0 8.2 -- -- 0.2 -- -- 0.2 -- -- -- 2.1 -- 609
B -- *85.8 *3.0 *1.0 -- 9.3 -- -- -- 0.3 -- -- -- -- -- 0.3 0.3 302
A *4.5 *2.3 *29.5 *11.4 -- 20.5 -- -- 2.3 -- -- 2.3 -- -- -- 27.3 -- 44
E *17.9 *56.4 *13.5 *3.7 2.0 6.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 296
 
Base Pair (72:104)
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
3 7.7 *14.8 15.6 *10.0 1.1 4.8 7.4 0.3 -- 0.5 0.8 -- *34.9 -- *0.5 1.1 0.5 610
B 0.3 -- 1.0 *1.3 0.3 -- 15.3 0.7 -- 0.7 *1.3 -- *76.7 -- 1.0 -- 1.3 301
A *27.3 *31.8 *13.6 *9.1 2.3 -- -- -- -- 2.3 -- -- -- -- -- 13.6 -- 44
E *12.1 *27.2 *30.2 *18.5 1.7 9.7 -- -- -- -- 0.3 -- -- -- -- 0.3 -- 298
 
Base Pair (73:103)
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
3 *31.0 *5.6 *3.6 *57.0 0.8 1.5 -- 0.2 -- -- -- -- 0.2 -- -- -- 0.2 610
B *0.3 -- *1.3 *95.7 0.3 1.0 0.3 0.3 -- -- -- -- 0.3 -- -- -- 0.3 302
A *15.9 *40.9 *27.3 *2.3 -- 11.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 2.3 44
E *63.0 *5.7 *2.0 *26.9 2.0 0.3 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 297
 
Base Pair (74:102)
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
3 *36.8 2.8 1.1 2.9 0.8 *37.5 *3.3 9.2 0.2 3.1 -- *0.5 0.2 0.3 0.3 1.0 -- 611
B -- 0.3 0.7 1.0 -- *80.5 *7.3 1.3 0.7 6.3 -- -- 0.3 0.7 0.7 -- 0.3 302
A *34.1 *18.2 *11.4 *15.9 6.8 2.3 -- 2.3 -- -- -- -- -- -- -- 9.1 -- 44
E *72.5 *4.0 *0.3 *3.0 0.7 0.3 -- 17.4 -- -- -- 1.0 -- -- -- 0.7 -- 298
 
Base Pair (75:101) ( Tertiary )
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
3 1.1 -- 1.6 *27.3 -- *1.3 3.9 11.5 11.1 -- *0.2 -- *40.9 0.2 0.5 0.2 0.2 611
B -- -- 2.6 0.3 -- -- 3.0 0.3 *5.0 -- *0.3 -- *88.1 0.3 -- -- -- 302
A *52.3 *6.8 *18.2 *4.5 2.3 2.3 -- -- -- -- -- -- -- -- 9.1 4.5 -- 44
E -- -- -- 57.7 -- -- 2.7 20.8 18.8 -- -- -- -- -- -- -- -- 298
 
Base Pair (76:100) ( Tertiary )
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
3 1.0 -- -- -- 0.2 -- 13.7 *0.2 0.2 0.2 -- -- *52.5 32.1 -- -- -- 611
B -- -- -- -- 0.3 -- *29.8 0.3 0.7 0.3 -- -- 1.0 *67.5 -- -- -- 302
A *31.8 *11.4 *11.4 *20.5 4.5 6.8 -- -- -- 2.3 -- -- -- -- 2.3 9.1 -- 44
E -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 99.7 0.3 -- -- -- 298
 
Base Pair (77:99) ( Tertiary )
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
3 -- *1.0 *98.7 -- -- 0.2 0.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 611
B -- -- 98.7 -- -- 0.3 0.3 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.7 302
A -- *13.6 *86.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 44
E -- -- 99.7 -- -- 0.3 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 298
 
Base Pair (78:98) ( Tertiary )
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
3 -- -- 0.3 0.5 -- -- 5.2 0.3 *92.3 *0.7 -- -- 0.2 0.3 -- -- 0.2 611
B -- -- 0.3 1.3 -- -- 10.6 0.7 *85.8 -- -- -- *0.3 0.7 -- -- 0.3 302
A -- -- 2.3 -- -- -- 2.3 -- *86.4 *9.1 -- -- -- -- -- -- -- 44
E -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- 298
 
Base Pair (79:97)
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
3 *15.9 *66.2 *2.0 *0.5 15.1 -- -- 0.2 -- -- -- -- -- -- -- 0.2 -- 610
B 15.9 *48.2 *1.3 1.0 *33.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.3 -- 301
A *13.6 *86.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 44
E *16.1 *80.9 *2.7 -- -- -- -- 0.3 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 298
 
Base Pair (80:96)
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
3 *0.3 8.5 0.2 -- 0.2 *89.2 -- -- -- -- -- *0.2 -- 0.2 0.2 1.1 -- 611
B *0.3 3.6 0.3 -- -- *94.7 -- -- -- -- -- -- -- 0.7 -- 0.3 -- 302
A -- -- -- -- -- 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 44
E *0.7 14.8 -- -- 0.3 *80.9 -- -- -- -- -- *0.3 -- -- 0.3 2.7 -- 298
 
Base Pair (81:95)
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
3 17.4 *2.0 *3.9 17.7 *28.7 -- -- *3.0 0.3 -- 1.0 0.7 -- -- 3.9 21.1 0.3 610
B 10.0 *1.0 2.0 9.0 *51.2 0.3 -- -- 0.7 -- 2.0 1.3 -- -- *8.6 13.0 1.0 301
A 36.4 -- -- 11.4 52.3 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 44
E *22.1 *3.0 6.4 26.8 4.4 -- -- 6.0 -- -- -- -- -- -- -- *31.2 -- 298
 
Base Pair (82:94)
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
3 *34.7 *27.5 *22.5 *9.5 1.2 1.6 -- -- 0.3 -- 0.2 0.2 0.2 -- 1.3 0.2 0.7 608
B *19.0 *35.3 *32.7 *4.0 0.7 2.7 -- -- 0.3 -- 0.3 0.3 0.3 -- 2.7 0.3 1.3 300
A *40.9 *29.5 *6.8 *22.7 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 44
E *47.1 *21.5 *15.2 *12.5 2.4 0.7 -- -- 0.3 -- 0.3 -- -- -- -- -- -- 297
 
Base Pair (83:93)
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
3 *71.5 *5.2 *1.0 *15.5 2.5 -- -- -- 0.2 0.7 0.2 -- 0.5 0.2 0.2 0.3 2.1 611
B *64.2 *4.3 *1.7 *18.5 2.3 0.3 -- -- 0.3 1.7 -- -- 1.0 -- 0.3 0.7 4.6 302
A *13.6 *13.6 *4.5 *54.5 13.6 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 44
E *86.6 *5.0 *0.3 *6.0 1.0 -- -- -- -- -- 0.3 -- -- 0.3 -- -- 0.3 298
 
Base Pair (84:92)
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
3 *24.5 7.5 *6.2 9.8 0.8 3.1 0.5 1.0 *14.6 0.2 -- *0.2 23.9 2.0 0.2 0.5 5.1 611
B *43.0 *14.2 *10.3 *10.3 1.3 7.3 0.7 0.3 -- 0.3 -- -- 0.3 -- 0.3 1.0 10.6 302
A *68.2 *4.5 *6.8 *2.3 -- 2.3 -- -- 2.3 -- -- -- -- -- -- -- 13.6 44
E -- 0.3 1.3 10.1 0.7 -- 0.7 1.7 *29.9 -- -- *0.3 *51.0 4.0 -- -- -- 298
 
Base Pair (85:91)
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
3 *64.6 *17.8 *0.3 *2.1 2.9 2.3 -- 1.3 -- 0.2 -- -- -- -- 0.8 0.2 7.4 611
B *42.7 *27.5 *0.3 *1.7 3.6 3.3 -- 2.6 -- 0.3 -- -- -- -- 1.3 0.3 16.2 302
A *36.4 *25.0 -- *11.4 2.3 9.1 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 15.9 44
E *88.9 *6.4 *0.7 *1.0 2.0 0.3 -- 0.3 -- -- -- -- -- -- 0.3 -- -- 298
 
Base Pair (86:90)
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
3 *65.6 *7.0 *0.2 *3.1 1.0 1.6 -- -- -- -- -- 0.2 -- -- 0.2 1.0 20.1 611
B *44.0 *7.3 -- *0.7 2.0 1.3 -- -- -- -- -- 0.3 -- -- 0.3 0.7 43.4 302
A *11.4 *40.9 2.3 6.8 -- 13.6 -- -- -- -- -- -- -- -- -- *9.1 15.9 44
E *94.0 *1.0 -- *5.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 298


Last modified on Fri Feb 19 13:58:30 1999 using program web_freq.