Group I Intron RNA Base Pair Frequencies for Helical Element 139


 
Base Pair (139 : 164) (Tertiary) Get: Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
A -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 82
B -- -- -- -- -- -- -- -- 1.4* -- -- -- -- -- 1.4* -- 97.1 69
C 56.1* -- 0.7* -- 0.3 0.3 0.3 -- 40.3* -- -- -- 1.0 0.7 -- -- 0.3 303
Z -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 124
D -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 17
E -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 46
U -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 30
 
Base Pair (140 : 163) (Tertiary) Get: Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
A -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 82
B 1.4* -- 1.4 -- -- -- 1.4* -- -- -- -- -- -- -- -- -- 95.7 69
C -- 56.4* 1.7* -- 0.3* -- 0.3 -- 39.9 -- 0.3 -- -- 0.7 -- -- 0.3 303
Z -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 124
D -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 17
E -- -- -- -- -- -- -- -- -- 2.2 -- -- -- -- -- -- 97.8 46
U -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 31
 
Base Pair (141 : 162)   Get: Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
A -- -- -- 1.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 98.8 82
B -- -- -- 1.4* -- 1.4* -- -- -- -- -- -- -- -- -- 1.4 95.7 69
C 30.4 8.6* 5.0* 7.6 37.0* 1.0 3.6 2.3* -- -- 0.7 0.3 1.0 0.7 -- 1.3 0.7 303
Z -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 124
D -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 17
E -- -- -- -- -- 2.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 97.8 46
U -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 31
 
Base Pair (142 : 161)   Get: Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
A -- -- -- 1.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 98.8 82
B -- -- 1.4 -- -- -- 1.4* -- -- -- -- 1.4* -- -- -- -- 95.7 69
C 3.0* 38.3* 26.4* 1.7* 1.7 1.0 -- -- 2.0 -- 0.3 0.3 -- 4.3 -- 0.3 20.8 303
Z -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 124
D -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 17
E -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 2.2 -- -- -- 97.8 46
U -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 31
 
Base Pair (143 : 160)   Get: Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
A -- -- -- -- -- 1.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 98.8 82
B -- -- 1.4 -- -- -- 1.4* -- -- -- -- -- -- -- -- 1.4* 95.7 69
C 9.2* 54.8* 8.6* 9.2* 1.3 8.3 0.7 0.7 -- -- 1.3 5.0 -- 0.3 -- 0.3 0.3 303
Z -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 124
D -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 17
E -- -- -- -- -- 2.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 97.8 46
U -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 31
 
Base Pair (144 : 159)   Get: Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
A -- -- -- -- -- -- 1.2 -- -- 1.2 -- -- -- -- -- -- 97.6 82
B -- -- 1.4 -- -- -- 2.9 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 95.7 69
C 12.9* 36.1* 8.9* 13.9* 3.6 8.9 -- 2.3 3.3 1.3 -- -- -- 0.3 0.7 2.6 5.0 302
Z -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 124
D -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 17
E -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 2.2 97.8 46
U -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 31
 
Base Pair (145 : 158)   Get: Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
A -- -- 1.2 -- -- -- 1.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 97.6 82
B -- -- 1.4 -- -- -- 1.4 -- -- 1.4 -- -- -- -- -- -- 95.7 69
C 8.9* 22.1* 17.2* 3.6* 7.3 5.0 0.3 0.7 1.0 -- 1.0 1.0 5.3 1.0 0.7 1.0 24.1 303
Z -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 124
D -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 17
E -- -- -- -- -- 2.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 97.8 46
U -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 31
 
Base Pair (146 : 157)   Get: Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
A -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 1.2* -- -- -- -- 1.2* 97.6 82
B -- -- -- -- 1.4* -- 2.9* -- -- -- -- -- -- -- -- -- 95.7 69
C 23.1* 17.8* 6.9* 12.9* 2.6 1.7 0.7 0.3 -- -- 2.0 2.0 0.3 0.3 2.3 2.3 24.8 303
Z -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 124
D -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 17
E -- -- -- -- -- 2.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 97.8 46
U -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 31
 
Base Pair (147 : 156)   Get: Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
A -- -- -- 1.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 1.2 97.6 82
B -- -- 4.3 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 95.7 69
C 29.7* 6.6* 8.3* 16.5* 7.3 4.0 -- 0.3 -- 0.3 0.3 -- 0.7 0.3 -- 1.3 24.4 303
Z -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 124
D -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 17
E -- -- -- -- 2.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 97.8 46
U -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 31
 
Base Pair (148 : 155)   Get: Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
A -- -- -- 1.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 1.2 97.6 82
B -- -- -- 2.9* -- -- -- -- -- 1.4* -- -- -- -- -- -- 95.7 69
C 8.3* 24.4* 25.7* 3.3* 3.6 7.3 -- -- 0.3 -- 0.7 0.3 0.3 1.0 0.7 1.3 22.8 303
Z -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 124
D -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 17
E -- -- -- -- 2.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 97.8 46
U -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 31
 
Base Pair (149 : 154)   Get: Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
A -- -- -- 2.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 97.6 82
B -- -- -- -- -- -- 2.9* -- -- -- -- -- -- -- -- 1.4* 95.7 69
C 38.0* 22.1* 3.0* 4.3* 0.3 6.6 0.3 0.3 -- 0.3 0.3 0.3 -- -- 0.3 -- 23.8 303
Z -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 124
D -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 17
E -- -- -- -- -- -- -- -- 2.2 -- -- -- -- -- -- -- 97.8 46
U -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 31


Last generated: Mon Sep 20 12:28:08 1999