Group I Intron RNA Base Pair Frequencies for Helical Element 2


 
Base Pair (2 : 21)   Get: Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
A 1.2* 3.8* 22.5* 52.5* 2.5 6.2 -- -- -- -- -- 1.2 -- -- -- 1.2 8.8 80
B 2.9* 20.3* 13.0* 31.9* 2.9 15.9 2.9 -- -- -- -- -- -- -- -- 1.4 8.7 69
C 19.1* 5.0* 34.6* 21.5* 6.4 5.4 -- -- -- 0.3 -- -- 2.0 0.3 -- 2.7 2.7 298
Z -- 2.4* -- 67.7* 7.3 0.8 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 21.8 124
D -- -- 5.9* -- 5.9* -- -- -- -- -- -- -- -- -- 5.9 -- 82.4 17
E 37.0* 4.3 -- 8.7* 4.3 43.5* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 2.2 46
U 3.0 9.1* 15.2* 12.1 21.2* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 39.4 33
 
Base Pair (3 : 20)   Get: Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
A 2.5* 1.2* 6.2* 42.5* 1.2 2.5 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 1.2 42.5 80
B 7.2* 2.9* 5.8* 24.6* 4.3 2.9 1.4 -- -- -- -- -- -- -- -- 1.4 49.3 69
C 0.7* 1.0* 29.9* 10.7* 1.3 -- -- -- -- 1.3 -- -- -- -- 0.3 -- 54.7 298
Z 11.3* -- 0.8* 62.1* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 25.8 124
D -- -- -- 11.8 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 5.9 82.4 17
E -- -- -- 6.5 2.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 91.3 46
U -- -- 9.1* 12.1* 12.1 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 6.1 60.6 33
 
Base Pair (4 : 19)   Get: Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
A 1.2* -- 1.2* 3.8* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 93.8 80
B -- 2.9* 5.8* 8.7* 1.4 1.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 79.7 69
C -- 18.8* 0.3 2.7* -- 6.7 0.3 -- 1.0 1.3 -- 0.3 0.3* 1.3 0.3* 0.7 65.8 298
Z -- -- 58.1* 0.8* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 41.1 124
D -- -- -- 5.9 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 94.1 17
E -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 46
U 3.0* -- 9.1* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 87.9 33


Last generated: Mon Sep 20 12:28:08 1999