Group I Intron RNA Base Pair Frequencies for Helical Element 215


 
Base Pair (215 : 258)   Get: Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
A 18.3 -- -- 1.2 80.5 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 82
B 63.8* -- 2.9* 7.2* 21.7 -- -- 4.3 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 69
C -- -- 5.6* 0.7 92.1* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 1.7 -- 302
Z -- -- -- 2.4 97.6 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 124
D 11.8* 76.5* 5.9* -- -- 5.9 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 17
E 71.7* -- -- 2.2* 26.1 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 46
U 6.5 29.0* -- 3.2 48.4* -- -- -- -- -- 3.2 -- -- -- -- -- 9.7 31
 
Base Pair (216 : 257)   Get: Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
A 15.9* 81.7* 2.4* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 82
B 79.7* 5.8* 1.4* 7.2* 2.9 -- -- 2.9 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 69
C 18.5* 80.5* -- 0.3* -- -- -- -- -- -- 0.3 -- -- 0.3 -- -- -- 303
Z 0.8* 98.4* -- -- -- 0.8 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 124
D 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 17
E -- 13.0* 4.3* -- 82.6* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 46
U 9.7* 71.0* 6.5* -- 3.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 9.7 31
 

 
Base Pair (220 : 253)   Get: Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
A 15.9* 56.1* 18.3* 6.1* -- -- -- -- -- -- -- -- -- 1.2 -- -- 2.4 82
B 11.6* 46.4* 13.0* 11.6* 5.8 1.4 -- 1.4 -- -- -- 1.4 -- -- -- 1.4 5.8 69
C 3.6 59.9* 7.0* 5.0 19.2* 0.3 -- -- -- 2.0 -- 0.3 1.7 -- -- 0.3 0.7 302
Z 0.8* 17.7* 4.0* 74.2* 2.4 -- -- -- 0.8 -- -- -- -- -- -- -- -- 124
D -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 17
E 97.8* -- -- 2.2* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 46
U 12.9* 6.5* -- 9.7* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 71.0 31
 
Base Pair (221 : 252)   Get: Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
A 2.4* 8.5* 70.7* 12.2* 1.2 1.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 3.7 82
B 4.3* 39.1* 27.5* 17.4* -- 2.9 1.4 -- -- -- -- 1.4 -- -- -- -- 5.8 69
C 17.9* 33.1* 37.1* 7.3* 0.7 1.3 -- -- -- 0.7 0.7 0.3 -- -- -- 1.0 -- 302
Z -- 17.7* 79.8* -- 1.6* -- -- 0.8* -- -- -- -- -- -- -- -- -- 124
D -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 17
E -- 75.6* 17.8* -- -- 4.4 -- -- -- -- -- -- -- -- 2.2 -- -- 45
U -- 3.2* 9.7* 12.9* -- 3.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 71.0 31
 
Base Pair (222 : 251)   Get: Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
A 3.7* 11.0* 74.4* 7.3* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 3.7 82
B 1.4* 8.7* 29.0* 31.9* -- 2.9 10.1 1.4 -- -- -- -- -- -- -- 1.4 13.0 69
C 7.3* 74.5* 7.3* 2.3* 1.0 2.6 -- 1.0 0.3 1.0 0.7 -- 0.7 0.3 -- 0.7 0.3 302
Z 4.8* 83.9* 0.8* 5.6* 0.8 0.8 0.8 -- -- 0.8 0.8 -- -- -- -- -- 0.8 124
D -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 17
E 4.3* 47.8* 39.1* 2.2* -- 2.2 -- -- -- -- -- -- -- 2.2 -- -- 2.2 46
U 12.9* 6.5* -- -- -- 3.2 3.2* -- -- -- -- -- -- -- 3.2 -- 71.0 31
 
Base Pair (223 : 250)   Get: Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
A 8.5* 11.0* 9.8* 58.5* 2.4 1.2 -- -- -- -- 1.2 -- -- -- -- 1.2 6.1 82
B 7.2* 8.7* 27.5* 26.1* 4.3 1.4 1.4 -- -- 1.4 -- -- -- -- -- -- 21.7 69
C 0.7* 65.7* 2.6* 3.0* 0.3 2.3 -- -- 1.7 -- 0.3 -- -- -- 0.3 -- 23.1 303
Z 1.6* 71.0* 4.0* 4.0* -- 3.2 0.8 -- -- 1.6 -- 0.8 -- -- -- -- 12.9 124
D -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 17
E 4.3 23.9* 37.0* 2.2 10.9* -- -- -- -- 4.3 -- -- 2.2 6.5 -- 2.2 6.5 46
U -- 16.1* -- 6.5* -- 3.2 -- -- -- -- -- -- -- -- 3.2* -- 71.0 31
 

 
Base Pair (227 : 247)   Get: Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
A -- -- 1.2 -- 1.2* 2.4* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 95.1 82
B 1.4* 1.4* 2.9* 7.2* -- 2.9 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 84.1 69
C 8.3 11.3* 15.2* 7.0 29.5* 0.7 0.7 2.3* -- 1.0 1.3 1.0 3.3 0.3 -- 0.7 17.5 302
Z 6.5* -- 0.8* 4.0* 0.8 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 87.9 124
D -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 17
E -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 46
U -- -- -- 3.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 96.8 31
 
Base Pair (228 : 246)   Get: Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
A 1.2* 1.2* -- 2.4* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 95.1 82
B 2.9* 4.3* 2.9* 5.8* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 84.1 69
C 37.7* 13.6* 14.6* 10.3* 3.0 2.0 0.3 -- -- -- -- 0.3 0.3 0.3 1.0 0.3 16.2 302
Z 6.5* -- -- 4.8* 0.8 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 87.9 124
D -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 17
E -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 46
U 3.3 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 96.7 30
 
Base Pair (229 : 245)   Get: Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
A -- 1.2* 3.7* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 95.1 82
B -- 4.3* 2.9* 7.2* -- -- -- -- 1.4 -- -- -- -- -- -- -- 84.1 69
C 13.6* 32.1* 10.3* 12.6* 3.3 3.3 0.7 1.3 0.3 0.7 1.0 0.7 -- 0.3 0.3 0.7 18.9 302
Z 0.8* 1.6* 5.6* 0.8* -- 0.8 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 90.3 124
D -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 17
E -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 46
U -- 3.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 96.8 31
 
Base Pair (230 : 244)   Get: Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
A -- 1.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 2.4 -- -- -- -- 96.3 82
B -- 2.9* 4.3* 7.2* -- -- -- -- -- -- -- -- -- 1.4 -- -- 84.1 69
C 13.6* 25.5* 7.0* 12.3* 2.3 6.6 -- 0.7 -- 1.7 0.3 0.7 -- 0.3 0.7 2.0 26.5 302
Z -- -- -- -- -- 0.8 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 99.2 124
D -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 17
E -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 46
U 3.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 96.8 31
 
Base Pair (231 : 243)   Get: Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
A -- 1.2* -- 2.4* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 96.3 82
B -- 1.4* 4.3* 7.2* -- -- -- -- -- 2.9 -- -- -- -- -- -- 84.1 69
C 4.6* 15.2* 10.3* 15.2* 4.6 4.0 1.0 0.7 0.3 0.7 -- 0.3 -- 1.0 0.3 0.7 41.1 302
Z -- -- -- 0.8 -- -- 0.8 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 98.4 124
D -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 17
E -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 46
U -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 31
 
Base Pair (232 : 242)   Get: Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
A 1.2* -- -- 2.4* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 96.3 82
B -- 1.4* 1.4* 7.2* -- 1.4 -- -- -- -- -- -- -- 1.4 -- -- 87.0 69
C 9.3* 15.2* 7.9* 6.6* 1.7 3.6 -- 1.3 0.7 0.3 -- 0.7 1.0 0.7 1.0 0.7 49.3 302
Z -- -- 0.8 -- -- -- 1.6 1.6 -- -- -- -- -- -- -- -- 96.0 124
D -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 17
E -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 46
U -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 31
 
Base Pair (233 : 241)   Get: Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
A -- 1.2* -- 2.4* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 96.3 82
B -- -- 1.4* 5.8* -- 1.4 -- -- -- -- -- -- -- -- 1.4 -- 89.9 69
C 4.6* 8.3* 4.6* 7.9* -- 2.3 0.7 -- -- 0.3 1.3 1.0 -- 1.7 -- -- 67.2 302
Z -- -- 0.8 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 1.6* -- 1.6* -- 96.0 124
D -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 17
E -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 46
U -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 31
 
Base Pair (234 : 240)   Get: Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
A 1.2* -- -- 2.4* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 96.3 82
B 2.9* 1.4* -- 2.9* -- -- 1.4 1.4 -- -- -- -- -- -- -- -- 89.9 69
C 4.3* 5.6* 4.0* 0.3* 1.7 1.3 -- -- 0.7 0.7 0.7 0.3 -- 0.7 0.7 0.7 78.5 302
Z -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.8* 0.8 2.4* 96.0 124
D -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 17
E -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 46
U -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 31


Last generated: Mon Sep 20 12:28:08 1999