Group I Intron RNA Base Pair Frequencies for Helical Element 313


 
Base Pair (313 : 413)   Get: Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
A 5.0* -- -- 82.5* -- -- 10.0 1.2 -- -- -- 1.2 -- -- -- -- -- 80
B 5.2* -- 5.2* 44.8* 6.9 -- 10.3 1.7 1.7 1.7 1.7 -- 3.4 -- -- -- 17.2 58
C 43.2* 1.4* 2.5* 35.4* 5.7 -- 2.1 0.4 -- -- -- 0.4 2.5 2.1 1.4 0.4 2.5 280
Z -- 0.8 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 99.2 124
D 17.6* -- -- 41.2* 35.3 -- -- -- -- -- -- -- 5.9 -- -- -- -- 17
E 8.7* 2.2* 4.3* 60.9* 10.9 -- 2.2 4.3 -- -- -- 4.3 -- 2.2 -- -- -- 46
U 35.5* 6.5* -- 19.4* 29.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 9.7 31
 
Base Pair (314 : 412)   Get: Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
A 8.8* 1.2* 15.0* 61.2* 3.8 -- 5.0 -- 1.2 1.2 -- -- -- -- 1.2 -- 1.2 80
B -- 3.4* 17.2* 37.9* 3.4 1.7 5.2 -- 5.2 -- -- 3.4 -- -- 1.7 3.4 17.2 58
C 10.0* 6.1* 53.8* 9.0* 0.7 2.5 1.4 0.7 -- 1.4 -- -- 2.2 -- 1.8 2.2 8.2 279
Z -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.8 99.2 124
D -- -- 17.6* 58.8* 5.9 -- 17.6 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 17
E -- 4.3* 56.5* 6.5* 2.2 4.3 10.9 -- -- 2.2 2.2 2.2 -- -- 2.2 4.3 2.2 46
U -- 61.3* 16.1* 3.2* -- 3.2 -- -- -- -- -- -- -- -- 3.2 3.2 9.7 31


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