Group I Intron RNA Base Pair Frequencies for Helical Element 58


 
Base Pair (58 : 93)   Get: Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
A -- 1.2* 20.0* -- -- 1.2 -- -- -- 1.2 -- -- -- -- -- 2.5 73.8 80
B -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 1.4 98.6 69
C 73.7* -- 17.0* -- -- -- -- 0.3 -- -- -- -- -- 0.3 -- -- 8.7 300
Z -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 124
D -- -- -- -- -- -- -- 5.9* -- -- -- -- -- 5.9* -- -- 88.2 17
E 97.8 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 2.2 -- -- -- 46
U 18.8* -- 3.1* 25.0* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 53.1 32
 
Base Pair (59 : 92)   Get: Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
A -- 5.1* 13.9* 1.3* -- 2.5 -- -- -- -- -- -- -- -- 1.3 -- 75.9 79
B -- -- 1.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 98.6 69
C 17.2* 17.2 1.0 -- -- 55.6* -- -- 0.3 -- -- -- -- -- -- -- 8.6 302
Z -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 124
D -- -- 5.9* -- -- -- -- -- -- -- -- 5.9* -- -- -- -- 88.2 17
E -- -- -- -- -- 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 46
U -- 31.2 -- -- -- 12.5 -- -- -- -- -- -- -- 3.1 -- -- 53.1 32
 
Base Pair (60 : 91)   Get: Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
A -- 12.5* 5.0* 2.5* 1.2 -- -- -- 3.8 -- -- 1.2 -- -- -- -- 73.8 80
B -- -- -- 1.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 98.6 69
C 12.0* 37.9* 0.7* 23.3* 13.0 -- -- 0.7 -- -- 0.3 1.7 -- -- 0.3 0.7 9.6 301
Z -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 124
D -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 5.9* -- -- 5.9* 88.2 17
E 2.2 82.6* -- 2.2 8.7* 2.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 2.2 -- 46
U -- 37.5* -- -- -- -- 3.1* -- -- -- 3.1 -- -- -- -- -- 56.2 32
 
Base Pair (61 : 90)   Get: Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
A -- 3.8* 1.2* 13.8* -- 1.2 3.8 -- -- 1.2 -- -- -- 1.2 -- -- 73.8 80
B -- -- -- -- -- -- 1.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 98.6 69
C 29.9* 17.9* 9.6* 11.6* 1.3 2.7 4.7 0.3 -- 3.3 -- 0.3 6.3 0.7 -- 0.7 10.6 301
Z -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 124
D -- -- 5.9* 5.9* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 88.2 17
E 54.3* 28.3* 4.3* -- -- 4.3 -- -- -- -- 2.2 -- 2.2 -- -- -- 4.3 46
U -- 6.2 -- 3.1 6.2* -- -- -- -- -- 15.6* 6.2 -- -- 3.1 -- 59.4 32
 
Base Pair (62 : 89)   Get: Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
A 3.8* 3.8* 2.5* 12.5* -- 1.2 -- -- -- -- 1.2 -- -- -- -- 1.2 73.8 80
B -- -- -- 1.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 98.6 69
C -- -- 1.0 -- -- -- -- -- -- -- 0.3* 0.7 0.3* -- 0.3 1.7* 95.7 303
Z -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 124
D -- -- -- -- -- -- 5.9 -- -- 5.9 -- -- -- -- -- -- 88.2 17
E 2.2 -- 4.3* 15.2 -- -- 4.3 54.3* 13.0 -- -- 2.2* -- -- -- -- 4.3 46
U 6.2* 25.0* -- -- -- -- -- -- -- -- -- 3.1 -- 6.2 -- -- 59.4 32
 

 
Base Pair (63 : 87)   Get: Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
A -- -- -- -- -- 1.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 1.2 97.5 80
B -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 69
C 9.2* 13.9* 5.9* 8.6* 0.3 2.3 0.7 6.3 0.3 -- 2.3 0.7 -- -- 0.7 -- 48.8 303
Z -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 124
D -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 17
E 2.2 17.4 2.2 2.2 2.2 8.7 -- 2.2* 8.7 17.4* -- -- -- 21.7* 2.2 -- 13.0 46
U -- -- -- -- 3.1* -- -- -- 3.1* -- -- -- -- -- -- -- 93.8 32
 
Base Pair (64 : 86)   Get: Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
A -- -- 8.8* -- 2.5* -- -- -- -- -- -- 1.2 1.2 -- -- 1.2 85.0 80
B -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 1.4 98.6 69
C 5.6* 10.9* 4.6* 5.3* 1.3 2.0 0.3 3.6 0.7 1.3 0.7 1.3 -- 0.7 1.7 -- 60.1 303
Z -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 124
D -- -- -- -- -- 5.9* -- -- -- -- -- 5.9* -- -- -- -- 88.2 17
E -- 10.9 2.2* 6.5 4.3 6.5 -- -- 23.9* -- -- 4.3* -- 4.3 -- -- 37.0 46
U -- -- -- -- -- -- -- 3.1 -- -- -- -- -- -- -- -- 96.9 32
 
Base Pair (65 : 85)   Get: Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
A -- -- 1.2* 5.0* -- 1.2 2.5 -- 2.5 -- -- 1.2 -- -- -- -- 86.2 80
B -- -- 1.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 98.6 69
C 5.6* 12.2* 2.0* 5.0* 2.0 1.7 0.3 0.3 0.3 -- 1.0 0.3 0.3 0.7 1.3 0.7 66.3 303
Z -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 124
D -- -- 5.9 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 5.9 -- -- -- 88.2 17
E -- -- -- -- 4.3 6.5* -- -- -- -- -- 8.7* -- -- -- 2.2 78.3 46
U -- -- -- -- 3.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 96.8 31
 
Base Pair (66 : 84)   Get: Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
A -- -- -- 6.2* -- -- 2.5 2.5 -- 1.2* -- -- -- -- -- 1.2 86.4 81
B -- -- -- 1.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 98.6 69
C 7.3* 5.3* 3.3* 6.9* 0.7 2.6 0.7 0.3 0.7 -- -- -- 0.3 0.7 -- -- 71.3 303
Z -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 124
D -- -- -- -- -- 5.9* 5.9* -- -- -- -- 5.9* -- -- -- -- 82.4 17
E -- -- -- -- -- -- 2.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 97.8 46
U -- -- -- -- -- -- -- -- 3.1 -- -- -- -- -- -- -- 96.9 32
 
Base Pair (67 : 83)   Get: Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
A -- 1.2 1.2 -- -- 3.7* -- -- -- 1.2* -- -- -- -- -- 1.2 91.4 81
B -- -- -- 1.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 98.6 69
C 2.3* 4.3* 5.0* 7.3* 1.0 0.7 1.0 0.3 0.3 -- -- -- 0.7 -- -- 0.3 76.9 303
Z -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 124
D -- -- 11.8 -- -- 5.9 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 82.4 17
E -- -- -- -- -- -- -- -- -- 2.2 -- -- -- -- -- -- 97.8 46
U -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 3.2 -- -- -- 96.8 31
 
Base Pair (68 : 82)   Get: Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
A -- -- 3.7* -- -- -- -- -- 3.7* -- -- -- -- -- -- -- 92.6 81
B -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 1.4 -- 98.6 69
C 4.6* 7.3* 0.3* 3.0* -- 1.7 -- 0.3 -- 0.3 0.3 0.7 -- 1.0 0.7 -- 79.9 303
Z -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 124
D -- -- 5.9* -- -- -- -- 5.9* -- -- -- -- -- -- -- 5.9 82.4 17
E -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 46
U -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 3.2 -- -- -- -- -- 96.8 31
 
Base Pair (69 : 81) (Tertiary) Get: Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
A -- -- 1.2 -- -- 1.2 -- -- 2.5* -- -- -- 1.2* -- -- 1.2* 92.6 81
B -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 1.4 98.6 69
C 3.3* -- -- 2.0* 3.0 -- -- 2.6 -- -- -- 1.3 -- -- -- 0.3 87.4 302
Z -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 124
D -- -- -- -- -- 11.8* -- -- -- -- -- 5.9* -- -- -- -- 82.4 17
E -- 8.7 -- -- -- 6.5 -- -- 15.2 -- -- -- -- 10.9 -- -- 58.7 46
U -- -- -- -- -- 3.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 96.8 31
 
Base Pair (70 : 80)   Get: Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
A -- -- -- 1.2* -- -- -- -- 1.2 1.2* -- -- -- 2.5* -- -- 93.8 81
B -- -- 1.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 98.6 69
C 3.6* 3.0* 0.7* 2.3* -- 0.3 -- 0.7 -- -- -- 0.3 0.3 -- -- -- 88.8 303
Z -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 124
D -- -- 5.9* 5.9* 5.9 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 82.4 17
E -- 6.5 2.2 -- 2.2* 4.3 -- -- 26.1* 2.2* -- -- -- 8.7 -- 2.2 45.7 46
U -- -- -- -- -- -- -- -- -- 3.2 -- -- -- -- -- -- 96.8 31
 
Base Pair (71 : 79)   Get: Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
A 2.5* -- -- 1.2 -- -- 1.2* -- -- -- -- -- -- -- 1.2 -- 93.8 81
B -- -- -- 1.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 98.6 69
C -- 1.7* 2.3* -- -- 0.3 -- 0.3* -- -- -- -- -- -- -- -- 95.4 302
Z -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 124
D -- -- -- -- -- 5.9* -- -- -- 11.8* -- -- -- -- -- -- 82.4 17
E 2.2 4.3* -- 6.5* -- 8.7 -- 6.5 2.2 2.2 2.2 -- -- -- 17.4* 6.5 41.3 46
U -- -- -- -- -- -- -- 3.2 -- -- -- -- -- -- -- -- 96.8 31


Last generated: Mon Sep 20 12:28:08 1999