tRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 1


Base Pair (1:72)
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
Z *68.7 *5.7 *8.3 *8.6 5.1 -- 0.2 -- -- 2.1 0.2 0.4 0.1 0.1 -- 0.3 -- 894
A 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 64
R *82.3 -- *3.2 -- 14.5 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 62
N *60.0 -- *40.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 35
D *62.9 -- *37.1 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 35
C 94.7 -- -- -- 5.3 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 19
X *1.5 -- 3.1 *50.8 3.1 -- 3.1 -- -- *27.7 3.1 6.2 -- -- -- 1.5 -- 65
E 20.8 -- *47.9 -- *31.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 48
Q *42.9 -- *42.9 *8.6 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 5.7 -- 35
G 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 69
H *94.7 -- *5.3 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 38
I *85.7 *5.4 -- *8.9 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 56
K *92.5 -- *5.7 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 1.9 -- -- -- 53
M *52.8 -- -- *22.2 25.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 36
F 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 54
P *45.5 *40.0 -- *12.7 -- -- -- -- -- 1.8 -- -- -- -- -- -- -- 55
T 98.0 -- -- -- 2.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 49
W *46.7 -- -- *30.0 23.3 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 30
Y *44.7 *55.3 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 47
V *76.9 -- -- *18.5 3.1 -- -- -- -- -- -- -- 1.5 -- -- -- -- 65
 
Base Pair (2:71)
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
Z *43.0 *43.4 *7.2 *2.3 2.7 0.8 -- -- -- 0.2 -- 0.2 0.1 -- -- -- 0.1 895
A 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 64
R *21.0 *48.4 *14.5 *4.8 11.3 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 62
N *14.3 *62.9 *20.0 *2.9 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 35
D *34.3 *54.3 -- -- 8.6 2.9 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 35
C *68.4 *26.3 -- -- 5.3 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 19
X *92.3 -- *7.7 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 65
E *6.1 *75.5 *10.2 -- 2.0 -- -- -- -- 4.1 -- -- -- -- -- -- 2.0 49
Q *97.1 -- *2.9 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 35
G -- *98.6 -- -- *1.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 69
H -- *73.7 *26.3 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 38
I *82.1 *14.3 -- -- 3.6 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 56
K *24.5 *52.8 -- *15.1 1.9 3.8 -- -- -- -- -- 1.9 -- -- -- -- -- 53
M *44.4 *55.6 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 36
F *16.7 *72.2 *3.7 -- -- 7.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 54
P *90.9 -- *7.3 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 1.8 -- -- -- -- 55
T *8.2 *91.8 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 49
W *36.7 *33.3 -- *26.7 3.3 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 30
Y *42.6 *46.8 *8.5 *2.1 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 47
V *49.2 *10.8 *26.2 *1.5 10.8 -- -- -- -- -- -- 1.5 -- -- -- -- -- 65
 
Base Pair (3:70)
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
Z *33.1 *41.5 *12.0 *5.6 7.2 0.4 -- -- -- 0.1 -- -- -- 0.2 -- -- -- 895
A 1.6 -- -- 1.6 96.9 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 64
R *53.2 *25.8 *11.3 *6.5 3.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 62
N *2.9 *88.6 *8.6 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 35
D *22.9 *54.3 *17.1 *5.7 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 35
C -- *84.2 *15.8 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 19
X *1.5 *96.9 -- -- -- 1.5 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 65
E -- *89.8 *8.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 2.0 -- -- -- 49
Q *45.7 *5.7 *42.9 *2.9 -- -- -- -- -- 2.9 -- -- -- -- -- -- -- 35
G *73.9 -- -- *26.1 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 69
H *65.8 *31.6 -- -- -- 2.6 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 38
I *57.1 *14.3 *8.9 *19.6 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 56
K *35.8 *64.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 53
M *8.3 *80.6 *8.3 *2.8 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 36
F *22.2 *66.7 *11.1 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 54
P *69.1 *30.9 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 55
T -- *63.3 *36.7 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 49
W *70.0 *20.0 -- *10.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 30
Y *38.3 *14.9 *29.8 *17.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 47
V *40.0 -- *41.5 *13.8 -- 3.1 -- -- -- -- -- -- -- 1.5 -- -- -- 65
 
Base Pair (4:69)
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
Z *31.1 *32.7 *17.8 *7.3 3.9 6.3 -- 0.1 -- -- 0.3 0.1 -- 0.1 0.1 -- 0.1 892
A *53.1 *42.2 -- *1.6 1.6 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 1.6 64
R -- *74.2 *21.0 -- -- 4.8 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 62
N *11.4 11.4 25.7 *2.9 2.9 *45.7 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 35
D *11.4 *34.3 -- *22.9 5.7 25.7 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 35
C *57.9 *10.5 -- *31.6 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 19
X *60.0 *1.5 *3.1 *35.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 65
E *16.3 *77.6 -- -- -- 6.1 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 49
Q *48.6 *25.7 *11.4 -- -- 14.3 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 35
G *60.9 *17.4 *17.4 *4.3 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 69
H 41.7 *2.8 *5.6 2.8 *47.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 36
I -- *80.4 *12.5 *5.4 -- 1.8 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 56
K -- *58.5 *35.8 -- -- 3.8 -- -- -- -- -- 1.9 -- -- -- -- -- 53
M *30.6 *5.6 *44.4 *2.8 -- 16.7 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 36
F *50.0 *11.1 *9.3 *3.7 22.2 1.9 -- 1.9 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 54
P *29.1 *34.5 *27.3 *9.1 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 55
T *36.7 *24.5 *20.4 *2.0 -- 8.2 -- -- -- -- 6.1 -- -- 2.0 -- -- -- 49
W *31.0 *44.8 -- *6.9 6.9 10.3 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 29
Y *27.7 *12.8 *27.7 *17.0 -- 14.9 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 47
V *30.8 *13.8 *52.3 -- -- 1.5 -- -- -- -- -- -- -- -- 1.5 -- -- 65
 
Base Pair (5:68)
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
Z *22.7 *37.8 *12.2 *15.2 5.1 4.7 -- 0.1 -- 0.1 0.3 0.1 0.9 0.4 0.1 0.2 -- 895
A *20.3 *42.2 *7.8 *15.6 9.4 1.6 -- 1.6 -- -- -- 1.6 -- -- -- -- -- 64
R *6.5 *56.5 *4.8 *6.5 4.8 9.7 -- -- -- 1.6 4.8 -- -- -- 1.6 3.2 -- 62
N *2.9 *82.9 *11.4 -- -- 2.9 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 35
D *5.7 *57.1 *17.1 -- -- 20.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 35
C *31.6 *15.8 -- *36.8 15.8 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 19
X *89.2 *9.2 *1.5 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 65
E *4.1 *44.9 *32.7 *16.3 -- 2.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 49
Q *22.9 *57.1 -- *8.6 11.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 35
G *43.5 *21.7 *14.5 *15.9 2.9 1.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 69
H *7.9 *23.7 *23.7 *39.5 2.6 2.6 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 38
I *3.6 *50.0 *12.5 *5.4 -- 25.0 -- -- -- -- -- -- -- 3.6 -- -- -- 56
K 17.0 *28.3 *18.9 -- *30.2 5.7 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 53
M *27.8 *22.2 *8.3 *38.9 2.8 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 36
F *27.8 *16.7 *1.9 *38.9 -- -- -- -- -- -- -- -- 14.8 -- -- -- -- 54
P *23.6 *32.7 -- *36.4 7.3 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 55
T *20.4 *30.6 *10.2 *30.6 4.1 4.1 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 49
W *26.7 *26.7 *30.0 -- 3.3 13.3 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 30
Y *23.4 *63.8 *6.4 *4.3 -- 2.1 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 47
V *13.8 *43.1 *26.2 *7.7 4.6 1.5 -- -- -- -- -- -- -- 3.1 -- -- -- 65
 
Base Pair (6:67)
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
Z *23.4 *29.6 *19.7 *17.2 3.0 4.6 -- -- 0.1 -- -- 0.3 -- -- -- 2.0 -- 894
A *4.7 *46.9 *35.9 *7.8 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 4.7 -- 64
R *8.1 *61.3 4.8 6.5 -- 4.8 -- -- -- -- -- 1.6 -- -- -- *12.9 -- 62
N *5.7 *28.6 *34.3 *31.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 35
D *48.6 *17.1 *25.7 *2.9 2.9 2.9 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 35
C *26.3 *52.6 *5.3 *5.3 -- 10.5 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 19
X *41.5 *12.3 -- *41.5 4.6 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 65
E *34.7 *32.7 *18.4 *2.0 -- 8.2 -- -- 2.0 -- -- -- -- -- -- 2.0 -- 49
Q -- *45.7 *37.1 *14.3 -- 2.9 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 35
G *27.5 *15.9 *33.3 *23.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 69
H *28.9 *13.2 *34.2 -- -- 23.7 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 38
I *5.4 *26.8 *26.8 *33.9 -- 1.8 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 5.4 -- 56
K 32.1 *5.7 -- 15.1 *41.5 3.8 -- -- -- -- -- 1.9 -- -- -- -- -- 53
M *38.9 *38.9 *5.6 *11.1 -- 5.6 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 36
F *42.6 *7.4 *13.0 *33.3 1.9 1.9 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 54
P *20.0 *9.1 *27.3 *36.4 -- -- -- -- -- -- -- 1.8 -- -- -- 5.5 -- 55
T *8.3 *33.3 *35.4 *6.2 -- 16.7 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 48
W *6.7 *70.0 -- *6.7 -- 16.7 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 30
Y *78.7 *19.1 -- -- -- 2.1 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 47
V *20.0 *43.1 *21.5 *13.8 -- 1.5 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 65
 
Base Pair (7:66)
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
Z *42.1 *3.5 *23.1 *27.7 3.2 0.1 -- 0.1 -- -- -- -- -- -- -- 0.1 -- 895
A *35.9 -- *20.3 *39.1 3.1 -- -- 1.6 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 64
R *66.1 *3.2 *11.3 *19.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 62
N *51.4 -- *20.0 *11.4 17.1 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 35
D *57.1 *2.9 *22.9 *17.1 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 35
C *21.1 -- *10.5 *68.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 19
X *89.2 -- *3.1 *7.7 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 65
E *18.4 -- *24.5 *38.8 14.3 2.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 2.0 -- 49
Q *25.7 -- *11.4 *62.9 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 35
G *63.8 *2.9 *2.9 *29.0 1.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 69
H *44.7 *2.6 *10.5 *34.2 7.9 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 38
I *19.6 *1.8 *53.6 *23.2 1.8 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 56
K *13.2 *43.4 *30.2 *13.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 53
M *38.9 -- *47.2 *2.8 11.1 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 36
F *20.4 -- *14.8 *64.8 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 54
P *54.5 -- *32.7 *9.1 3.6 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 55
T *22.4 *2.0 *49.0 *20.4 6.1 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 49
W *46.7 -- *40.0 *13.3 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 30
Y *34.0 -- *21.3 *44.7 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 47
V *49.2 -- *18.5 *32.3 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 65


Last modified on Tue Aug 18 16:31:31 1998 using program web_freq.