tRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 10


Base Pair (10:25)
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
Z *79.4 -- -- *3.8 16.5 *0.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.1 -- 892
A 95.3 -- -- -- 4.7 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 64
R *82.3 -- -- *1.6 16.1 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 62
N 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 35
D 29.4 -- -- -- 70.6 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 34
C *89.5 -- -- *10.5 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 19
X 67.7 -- -- -- 32.3 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 65
E 49.0 -- -- -- 46.9 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 4.1 -- -- 49
Q 91.4 -- -- -- 8.6 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 35
G *60.9 -- -- *1.4 34.8 -- -- -- -- -- 1.4 -- -- -- -- 1.4 -- 69
H *78.9 -- -- -- 15.8 *5.3 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 38
I 96.4 -- -- -- 3.6 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 56
K *90.6 -- -- *9.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 53
M *72.2 -- -- *25.0 2.8 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 36
F 98.1 -- -- -- 1.9 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 53
P 48.1 -- -- -- 51.9 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 54
T *83.7 -- -- *16.3 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 49
W 96.7 -- -- -- 3.3 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 30
Y *70.2 *29.8 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 47
V *87.7 -- -- *12.3 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 65
 
Base Pair (11:24)
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
Z *2.5 *64.4 *27.5 *4.0 -- 1.6 -- -- -- -- -- 0.1 -- -- -- -- -- 895
A -- *89.1 *6.2 *4.7 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 64
R *3.2 *72.6 *17.7 *6.5 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 62
N -- *91.4 *8.6 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 35
D -- *17.1 *62.9 *2.9 -- 17.1 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 35
C -- 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 19
X *12.3 *44.6 -- *43.1 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 65
E -- -- 95.9 -- -- -- -- -- -- 4.1 -- -- -- -- -- -- -- 49
Q *5.7 *51.4 *42.9 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 35
G -- *14.5 *82.6 *1.4 -- 1.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 69
H *10.5 *57.9 *31.6 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 38
I -- 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 56
K -- 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 53
M -- 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 36
F -- *94.4 *5.6 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 54
P *10.9 *52.7 *34.5 -- -- 1.8 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 55
T -- 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 49
W -- *40.0 *53.3 -- -- 6.7 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 30
Y -- *91.5 *6.4 -- -- 2.1 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 47
V -- *44.6 *49.2 -- -- 6.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 65
 
Base Pair (12:23)
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
Z *22.4 *16.8 *54.1 *4.3 0.1 0.3 0.1 0.7 0.1 0.6 -- -- 0.3 -- 0.1 0.1 -- 894
A *9.4 *3.1 *87.5 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 64
R *19.4 *25.8 *53.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 1.6 -- -- -- -- 62
N *25.7 *2.9 *71.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 35
D *28.6 -- *31.4 *34.3 -- 5.7 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 35
C 10.5 *63.2 -- 10.5 -- -- -- *15.8 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 19
X *86.2 *1.5 *3.1 *7.7 1.5 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 65
E *22.4 *73.5 -- -- -- 4.1 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 49
Q *42.9 *42.9 *5.7 *8.6 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 35
G *10.1 *8.7 *62.3 *7.2 -- -- -- 4.3 -- 7.2 -- -- -- -- -- -- -- 69
H *21.1 *39.5 *18.4 *21.1 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 38
I -- *7.1 *91.1 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 1.8 -- -- 56
K *3.8 -- *90.6 -- -- 1.9 -- -- -- -- -- -- 3.8 -- -- -- -- 53
M *22.2 *2.8 *72.2 *2.8 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 36
F *3.8 -- *96.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 53
P *40.0 *34.5 *23.6 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 1.8 -- 55
T -- *4.1 *93.9 *2.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 49
W *23.3 *10.0 *63.3 *3.3 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 30
Y *17.0 *31.9 *48.9 -- 2.1 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 47
V *33.8 *20.0 *44.6 -- -- -- 1.5 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 65
 
Base Pair (13:22)
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
Z *0.2 *61.2 3.2 1.2 0.3 12.6 *5.9 -- -- 1.8 0.6 0.2 1.6 0.1 0.1 *10.9 -- 894
A -- 89.1 -- -- -- 10.9 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 64
R -- *53.2 *11.3 *3.2 -- 14.5 -- -- -- 9.7 3.2 -- -- -- 1.6 3.2 -- 62
N -- *91.4 -- -- -- 2.9 *2.9 -- -- -- 2.9 -- -- -- -- -- -- 35
D -- 23.5 -- *11.8 5.9 *44.1 -- -- -- -- -- 2.9 -- -- -- 11.8 -- 34
C -- *10.5 -- -- -- -- *57.9 -- -- -- -- -- 31.6 -- -- -- -- 19
X *3.1 *86.2 1.5 3.1 -- 1.5 -- -- -- -- -- -- -- -- -- *4.6 -- 65
E -- 4.1 2.0 -- -- *65.3 *10.2 -- 4.1 -- -- -- -- -- -- 14.3 -- 49
Q -- 2.9 5.7 -- -- *31.4 *40.0 -- -- 2.9 -- -- -- -- -- 17.1 -- 35
G -- *39.1 *15.9 *1.4 1.4 20.3 -- -- -- 4.3 -- -- 1.4 1.4 -- 14.5 -- 69
H -- 15.8 5.3 -- -- *23.7 *42.1 -- -- 2.6 -- -- -- -- -- 10.5 -- 38
I -- *75.0 1.8 -- -- 1.8 -- -- -- 7.1 3.6 -- *10.7 -- -- -- -- 56
K -- 96.2 -- -- -- 3.8 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 53
M -- *91.7 -- -- -- 2.8 -- -- -- -- -- -- *2.8 -- -- *2.8 -- 36
F -- 96.3 -- -- -- 3.7 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 54
P -- *50.9 -- -- -- 3.6 -- -- -- -- -- -- -- -- -- *45.5 -- 55
T -- *85.7 *8.2 -- -- -- 6.1 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 49
W -- *80.0 -- *10.0 -- 6.7 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 3.3 -- 30
Y -- *46.8 2.1 -- *14.9 -- *23.4 -- -- -- -- -- 10.6 -- -- 2.1 -- 47
V -- *44.6 -- -- -- 3.1 -- -- -- 1.5 -- -- -- -- -- *50.8 -- 65


Last modified on Tue Aug 18 16:31:31 1998 using program web_freq.