tRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 49


Base Pair (49:65)
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
Z *30.0 *29.2 *1.9 *20.4 15.3 2.2 -- 0.2 -- 0.1 -- 0.1 -- 0.1 0.1 0.3 -- 891
A *10.9 *31.2 *9.4 *37.5 7.8 3.1 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 64
R *37.1 *21.0 -- *24.2 12.9 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 4.8 -- 62
N *68.6 *8.6 -- *20.0 2.9 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 35
D 5.9 *41.2 -- 8.8 *35.3 8.8 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 34
C *21.1 *52.6 *10.5 *15.8 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 19
X *43.8 *25.0 -- *20.3 10.9 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 64
E *22.4 *46.9 *4.1 *22.4 -- 4.1 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 49
Q *31.4 *57.1 -- *11.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 35
G 15.9 *36.2 -- 7.2 *34.8 -- -- *2.9 -- 1.4 -- -- -- -- 1.4 -- -- 69
H 10.5 *28.9 -- -- *55.3 2.6 -- -- -- -- -- 2.6 -- -- -- -- -- 38
I *30.4 7.1 -- *28.6 17.9 *16.1 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 56
K *47.2 *34.0 -- *9.4 7.5 -- -- -- -- -- -- -- -- 1.9 -- -- -- 53
M *41.7 *8.3 *2.8 *47.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 36
F *34.0 *45.3 -- *20.8 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 53
P 7.4 *48.1 -- 13.0 *31.5 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 54
T *30.6 *10.2 -- *32.7 26.5 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 49
W *60.0 *3.3 -- *6.7 30.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 30
Y *80.9 *2.1 -- *17.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 47
V *20.0 *35.4 *9.2 *23.1 7.7 4.6 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 65
 
Base Pair (50:64)
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
Z *16.0 *46.6 *20.4 *8.8 5.5 2.1 -- -- -- 0.1 0.1 0.1 -- -- 0.1 0.1 -- 890
A *42.2 *28.1 *7.8 *14.1 -- 4.7 -- -- -- -- 1.6 -- -- -- -- 1.6 -- 64
R 16.1 *35.5 *22.6 3.2 *21.0 1.6 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 62
N *20.0 *42.9 *34.3 -- 2.9 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 35
D *28.6 *62.9 *8.6 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 35
C -- *73.7 *26.3 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 19
X *15.0 *45.0 *5.0 *20.0 5.0 10.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 60
E *38.8 *55.1 -- *4.1 -- 2.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 49
Q *17.1 *42.9 *17.1 *8.6 11.4 2.9 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 35
G *1.4 *68.1 *18.8 *11.6 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 69
H -- *65.8 *34.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 38
I *23.2 *42.9 *26.8 *3.6 1.8 -- -- -- -- -- -- 1.8 -- -- -- -- -- 56
K *13.2 *22.6 *34.0 *24.5 3.8 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 1.9 -- -- 53
M *2.8 *22.2 *41.7 *25.0 8.3 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 36
F 7.4 *59.3 *14.8 -- *14.8 3.7 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 54
P *12.7 *61.8 *9.1 *10.9 1.8 3.6 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 55
T *22.4 *18.4 *44.9 *6.1 4.1 2.0 -- -- -- 2.0 -- -- -- -- -- -- -- 49
W -- *30.0 *36.7 10.0 *20.0 3.3 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 30
Y *12.8 *66.0 *2.1 *10.6 8.5 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 47
V *10.8 *49.2 *21.5 *9.2 7.7 1.5 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 65
 
Base Pair (51:63)
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
Z *43.9 *19.7 *10.7 *18.0 2.3 4.6 -- 0.3 -- -- -- 0.2 0.1 0.1 -- -- -- 895
A *45.3 *53.1 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 1.6 -- -- -- 64
R *41.9 -- *3.2 *50.0 4.8 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 62
N *8.6 *2.9 *37.1 *51.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 35
D 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 35
C *5.3 *84.2 -- -- -- 10.5 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 19
X *10.8 *12.3 *30.8 *43.1 3.1 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 65
E 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 49
Q *31.4 *8.6 *20.0 *34.3 -- -- -- -- -- -- -- 5.7 -- -- -- -- -- 35
G *92.8 *4.3 -- *2.9 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 69
H *73.7 *7.9 *7.9 *7.9 2.6 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 38
I *14.3 *16.1 *53.6 *14.3 1.8 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 56
K *84.9 -- -- *13.2 -- -- -- -- -- -- -- -- 1.9 -- -- -- -- 53
M *50.0 -- *33.3 *8.3 -- -- -- 8.3 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 36
F *25.9 *42.6 -- -- -- 31.5 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 54
P *40.0 *9.1 -- *47.3 3.6 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 55
T *24.5 *51.0 -- *14.3 10.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 49
W *40.0 -- -- *36.7 23.3 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 30
Y *12.8 10.6 17.0 *10.6 -- *48.9 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 47
V *9.2 *69.2 *13.8 *7.7 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 65
 
Base Pair (52:62)
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
Z *83.2 *0.9 *2.1 *12.1 1.1 0.1 -- 0.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 895
A *96.9 -- -- *3.1 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 64
R *90.3 *1.6 -- *6.5 1.6 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 62
N *91.4 -- -- *8.6 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 35
D *97.1 -- -- *2.9 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 35
C *52.6 -- -- *36.8 -- -- -- 10.5 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 19
X *92.3 *1.5 -- *6.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 65
E 98.0 -- -- -- 2.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 49
Q *74.3 -- -- *22.9 -- -- -- 2.9 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 35
G *84.1 *1.4 *1.4 *11.6 1.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 69
H *84.2 -- -- *2.6 13.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 38
I *83.9 -- -- *16.1 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 56
K *94.3 -- -- *3.8 -- *1.9 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 53
M *55.6 -- -- *41.7 2.8 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 36
F *57.4 -- *24.1 *18.5 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 54
P *87.3 -- -- *12.7 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 55
T *83.7 -- -- *12.2 2.0 -- -- 2.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 49
W *66.7 *3.3 *16.7 *13.3 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 30
Y *80.9 *8.5 -- *10.6 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 47
V *75.4 -- -- *24.6 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 65
 
Base Pair (53:61)
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
Z *98.1 -- -- *1.8 0.1 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 895
A 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 64
R 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 62
N 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 35
D 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 35
C 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 19
X 98.5 -- -- -- 1.5 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 65
E *75.5 -- -- *24.5 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 49
Q 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 35
G 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 69
H *94.7 -- -- *5.3 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 38
I *98.2 -- -- *1.8 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 56
K 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 53
M 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 36
F 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 54
P 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 55
T *98.0 -- -- *2.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 49
W 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 30
Y 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 47
V 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 65
 

 
Base Pair (54:58) ( Tertiary )
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
Z -- -- 95.2 -- -- 0.2 4.4 -- -- -- -- -- -- -- -- 0.1 0.1 888
A -- -- 87.5 -- -- -- 10.9 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 1.6 64
R -- -- 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 62
N -- -- 93.5 -- -- 3.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 3.2 -- 31
D -- -- 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 35
C -- -- 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 19
X -- -- 53.1 -- -- -- 46.9 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 64
E -- -- 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 49
Q -- -- 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 35
G -- -- 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 69
H -- -- 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 37
I -- -- 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 56
K -- -- 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 52
M -- -- 94.4 -- -- 2.8 2.8 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 36
F -- -- 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 54
P -- -- 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 55
T -- -- 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 49
W -- -- 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 30
Y -- -- 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 47
V -- -- 98.5 -- -- -- 1.5 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 65


Last modified on Tue Aug 18 16:31:31 1998 using program web_freq.