Thermus thermophilus 16S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (1 of 48)
| Basepair (9:25)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
56.7* |
24.9* |
0.2* |
15.1* |
0.9 |
0.1 |
0.1 |
1.1 |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.5 | 3661 |
| 3 |
65.7* |
31.5* |
-- |
-- |
0.8 |
0.1 |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.6 | 2878 |
| B |
97.2* |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
0.1* |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.3 |
-- |
0.1 | 1946 |
| A |
-- |
99.3 |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 148 |
| C |
97.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.6 |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 125 |
| E |
0.1* |
96.9* |
0.1* |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
2.0 | 785 |
| M |
9.7* |
0.5* |
1.1* |
83.6* |
1.4 |
-- |
0.3 |
2.3 |
0.3 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 | 660 |
| |
| Basepair (10:24)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
14.6* |
3.2* |
20.7* |
58.4* |
1.9 |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.3 | 3741 |
| 3 |
-- |
3.9* |
26.1* |
66.9* |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.3 | 2956 |
| B |
-- |
-- |
-- |
96.2 |
2.8 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- | 2016 |
| A |
-- |
73.5* |
25.9* |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 147 |
| C |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 126 |
| E |
-- |
0.8* |
92.4* |
5.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 794 |
| M |
82.8* |
0.8* |
0.2* |
12.3* |
2.1 |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.5 |
0.3 | 661 |
| |
| Basepair (11:23)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
93.8* |
0.1* |
0.4* |
1.1* |
0.1 |
-- |
-- |
4.0 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.3 | 3799 |
| 3 |
99.1* |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.3 | 3010 |
| B |
99.1* |
-- |
-- |
0.2* |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 2053 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 151 |
| C |
99.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 127 |
| E |
99.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.7 | 807 |
| M |
68.8* |
0.5* |
2.1* |
5.4* |
0.5 |
-- |
0.2 |
21.4 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
0.5 |
0.2 |
0.3 | 664 |
| |
| Basepair (12:22)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
23.1* |
0.6 |
0.9 |
0.2* |
-- |
68.2* |
0.2 |
1.0 |
0.1 |
4.9* |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.2 |
0.4 | 3888 |
| 3 |
29.1* |
0.3 |
0.1 |
0.2* |
-- |
68.3* |
-- |
1.3 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
0.3 | 3095 |
| B |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
98.6 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
0.2 | 2131 |
| A |
90.6* |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
8.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- | 149 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- | 128 |
| E |
93.8* |
-- |
-- |
0.6* |
0.1 |
0.1* |
-- |
4.8 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 816 |
| M |
-- |
1.9 |
5.1 |
-- |
-- |
61.9* |
1.0 |
-- |
0.3 |
28.5* |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.6 |
0.3 | 667 |
| |
| Basepair (15:897)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
1.6 |
-- |
0.1* |
4.1 |
93.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.4 |
0.4 | 3798 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
99.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.3 | 3018 |
| B |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
99.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 | 2058 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 148 |
| C |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
97.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.7 | 120 |
| E |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
99.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.6 | 813 |
| M |
8.9 |
-- |
0.5* |
22.7 |
65.9* |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
1.4 |
0.5 | 662 |
| |
Last generated : Fri Jun 28 2002 (11 : 6)