Thermus thermophilus 16S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (2 of 48)
| Basepair (16:896)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
14.6* |
-- |
-- |
0.8 |
0.1 |
-- |
83.5* |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
0.4 | 3891 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.3 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 3109 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.3 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 2149 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 146 |
| C |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
97.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.7 | 120 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 | 815 |
| M |
85.5* |
-- |
-- |
4.7 |
0.6 |
-- |
7.1* |
0.9 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
0.5 |
-- |
0.5 | 664 |
| |
| Basepair (17:895)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
0.1* |
98.3* |
0.1* |
-- |
0.4 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.2 |
0.4 | 3912 |
| 3 |
-- |
-- |
98.5 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.2 |
0.3 | 3123 |
| B |
-- |
-- |
99.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 | 2163 |
| A |
-- |
-- |
98.6 |
-- |
-- |
1.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 148 |
| C |
-- |
-- |
98.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.7 | 121 |
| E |
-- |
-- |
96.8* |
0.1* |
-- |
1.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
0.1 |
0.5 | 813 |
| M |
-- |
0.4* |
97.3* |
0.4* |
-- |
0.1 |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.3 |
0.3 |
0.3 | 670 |
| |
| Basepair (18:894)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.6* |
92.5* |
3.9* |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.3 |
1.7 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 3930 |
| 3 |
-- |
92.8* |
3.9* |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
0.2 |
2.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 3137 |
| B |
-- |
95.2* |
3.0* |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
0.2 |
0.5 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 2163 |
| A |
-- |
99.3 |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 149 |
| C |
-- |
97.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.6 | 122 |
| E |
-- |
85.5* |
7.1* |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
6.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 826 |
| M |
3.4* |
90.5* |
4.3* |
0.1* |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.6 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.3 | 673 |
| |
| Basepair (19:893)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1* |
86.3* |
1.4* |
8.0* |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
1.3 |
0.4 |
0.1 |
1.8 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.4 | 3959 |
| 3 |
-- |
85.3* |
0.9* |
9.6* |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
1.2 |
0.3 |
0.1 |
2.2 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 | 3166 |
| B |
-- |
79.9* |
0.3* |
13.9* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
1.7 |
0.2 |
0.1 |
3.2 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 | 2190 |
| A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 150 |
| C |
-- |
88.4* |
-- |
1.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
8.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.7 | 121 |
| E |
-- |
96.9* |
2.4* |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 827 |
| M |
0.4* |
90.5* |
4.5* |
2.1* |
-- |
0.1 |
0.3 |
-- |
0.4 |
0.9 |
-- |
0.1 |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.3 | 674 |
| |
| Basepair (20:892)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
96.3 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
2.5 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.3 | 4059 |
| 3 |
-- |
-- |
98.5 |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.3 | 3254 |
| B |
-- |
-- |
99.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
0.3 | 2282 |
| A |
-- |
-- |
85.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
15.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 147 |
| C |
-- |
-- |
98.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.6 | 122 |
| E |
-- |
-- |
99.3 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 | 826 |
| M |
-- |
0.1 |
85.5* |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.3 |
-- |
0.1* |
11.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
0.9 |
0.5 | 685 |
| |
| Basepair (21:891)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
8.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
90.2 |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 4064 |
| 3 |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.0 |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 3262 |
| B |
0.1 |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.7 |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 2286 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 150 |
| C |
-- |
-- |
4.9 |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
92.6 |
-- |
-- |
-- |
1.6 | 122 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.6 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 827 |
| M |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
51.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
47.8 |
0.1* |
-- |
0.1* |
0.6 | 682 |
| |
Last generated : Fri Jun 28 2002 (11 : 6)