Thermus thermophilus 16S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (3 of 48)
| Basepair (26:541)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
18.1* |
2.2 |
0.1 |
0.2 |
1.0 |
2.0 |
61.2* |
0.2 |
0.1 |
0.2* |
-- |
-- |
0.4 |
0.5 |
13.7 | 4361 |
| 3 |
-- |
0.1 |
22.2* |
2.2 |
-- |
0.3 |
1.1 |
2.4 |
71.2* |
0.1 |
0.1* |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 | 3547 |
| B |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
99.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 2525 |
| A |
-- |
-- |
-- |
23.8 |
0.6* |
-- |
16.5 |
51.2* |
3.7 |
0.6* |
1.8 |
-- |
-- |
-- |
1.8 |
-- |
-- | 164 |
| C |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
1.5 |
0.8 |
95.5* |
1.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 132 |
| E |
-- |
-- |
91.6* |
4.4* |
-- |
0.9 |
0.2 |
-- |
1.4 |
0.2 |
-- |
0.6 |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 | 859 |
| M |
-- |
-- |
0.3 |
2.3 |
0.4 |
-- |
0.4 |
0.3 |
2.9* |
0.4* |
0.1 |
0.6 |
-- |
-- |
1.9 |
2.9* |
87.3 | 684 |
| |
| Basepair (27:539)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
71.0* |
3.4* |
2.3* |
18.6* |
0.3 |
0.1 |
2.0 |
0.8 |
0.2 |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.5 |
0.4 | 4476 |
| 3 |
78.8* |
2.4* |
0.1* |
17.2* |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.4 |
0.2 | 3638 |
| B |
99.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 | 2600 |
| A |
63.9* |
29.7* |
-- |
1.3* |
-- |
-- |
-- |
3.2 |
-- |
-- |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 155 |
| C |
97.8* |
-- |
-- |
1.5* |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 134 |
| E |
21.0* |
4.9* |
0.2* |
70.7* |
0.5 |
-- |
0.6 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
1.8 |
0.1 | 884 |
| M |
26.3* |
9.1* |
14.3* |
29.0* |
0.8 |
0.4 |
12.2 |
3.3 |
1.3 |
0.1 |
0.3 |
0.3 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.7 |
1.4 | 706 |
| |
| Basepair (28:538)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
40.4* |
7.5* |
2.1* |
32.1* |
14.2 |
0.5 |
0.1 |
1.2 |
-- |
0.4 |
0.1 |
0.5 |
-- |
-- |
0.1 |
0.4 |
0.2 | 4977 |
| 3 |
45.4* |
1.4* |
-- |
35.5* |
16.8 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 | 4137 |
| B |
51.4* |
0.2* |
-- |
46.9* |
1.0 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 3080 |
| A |
56.5* |
28.0* |
-- |
1.2* |
11.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.8 | 168 |
| C |
92.6* |
-- |
-- |
5.2* |
1.5 |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 135 |
| E |
22.4 |
0.4* |
0.1* |
2.6 |
72.5* |
0.1 |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
0.1 |
-- |
-- |
0.6 |
0.2 | 890 |
| M |
1.6* |
44.4* |
14.6* |
17.7* |
1.0 |
3.5 |
0.8 |
7.9 |
-- |
3.1 |
0.1 |
2.1 |
0.1 |
-- |
0.4 |
2.3 |
0.3 | 707 |
| |
| Basepair (29:537)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
7.5* |
2.4* |
36.6* |
46.9* |
0.5 |
1.1 |
0.2 |
1.1 |
-- |
0.4 |
0.4 |
0.7 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
0.6 |
1.1 | 5079 |
| 3 |
7.7* |
2.4* |
36.3* |
51.0* |
0.2 |
0.5 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.3 |
1.2 | 4239 |
| B |
10.0* |
-- |
21.2* |
67.7* |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
0.3 |
-- | 3182 |
| A |
1.1* |
56.5* |
26.0* |
1.7* |
-- |
10.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.8 |
-- |
-- |
1.7 | 177 |
| C |
1.5* |
-- |
1.5* |
91.9* |
3.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.5 |
-- | 136 |
| E |
0.5* |
-- |
92.7* |
0.2* |
0.2 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
5.3 | 881 |
| M |
7.8* |
3.4* |
45.8* |
13.6* |
1.4 |
5.0 |
1.0 |
7.8 |
0.1 |
2.3 |
2.8 |
4.2 |
0.3 |
-- |
1.4 |
2.7 |
0.4 | 706 |
| |
| Basepair (30:536)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
7.3* |
33.6* |
34.0* |
22.1* |
0.6 |
1.2 |
0.2 |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.2 | 5157 |
| 3 |
1.4* |
40.1* |
35.8* |
20.0* |
0.3 |
1.4 |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 4314 |
| B |
0.1* |
50.4* |
47.0* |
-- |
-- |
1.6 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.3 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- | 3238 |
| A |
28.1* |
50.6* |
14.0* |
1.1* |
-- |
5.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- | 178 |
| C |
-- |
2.2* |
92.6* |
1.5* |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.9 |
-- |
-- |
-- |
-- | 136 |
| E |
0.7* |
0.7* |
0.1* |
95.7* |
1.7 |
-- |
0.4 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.6 | 899 |
| M |
44.7* |
0.3* |
11.7* |
38.9* |
2.1 |
0.1 |
0.1 |
1.0 |
-- |
0.3 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.3 | 709 |
| |
| Basepair (32:535)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.5* |
0.2* |
27.4* |
70.3* |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.5 |
-- |
0.2 |
0.4 | 5253 |
| 3 |
0.6* |
-- |
19.1* |
78.7* |
0.3 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.5 |
-- |
0.2 |
0.3 | 4408 |
| B |
-- |
-- |
0.2* |
98.8* |
0.4 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 | 3333 |
| A |
1.1* |
-- |
-- |
98.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 178 |
| C |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 137 |
| E |
2.6 |
0.1 |
93.0* |
0.1* |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
2.7* |
0.1 |
0.1 |
1.0 | 898 |
| M |
-- |
1.1* |
84.1* |
12.7* |
0.1 |
-- |
0.3 |
-- |
0.3 |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.4 |
0.4 | 710 |
| |
| Basepair (33:534)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1* |
5.5* |
9.3* |
84.1* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.5 | 5282 |
| 3 |
-- |
3.0* |
1.1* |
95.2* |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 4439 |
| B |
-- |
-- |
-- |
99.6 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 3361 |
| A |
-- |
71.6* |
27.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 183 |
| C |
-- |
-- |
1.5* |
97.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 137 |
| E |
0.2* |
-- |
-- |
98.3* |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.1 | 896 |
| M |
0.4* |
22.3* |
62.1* |
11.7* |
1.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.3 |
1.3 | 708 |
| |
| Basepair (34:533)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.9* |
69.8* |
0.9* |
9.4* |
0.4 |
17.0 |
-- |
0.3 |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.3 |
-- |
0.1 |
0.3 | 5366 |
| 3 |
-- |
78.2* |
0.6* |
-- |
-- |
20.0 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.3 | 4520 |
| B |
-- |
98.6* |
0.3* |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.2 | 3444 |
| A |
-- |
29.0 |
-- |
-- |
-- |
71.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 183 |
| C |
-- |
98.6 |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 138 |
| E |
-- |
9.7 |
1.8 |
0.2 |
0.1 |
86.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2* |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
0.9 | 894 |
| M |
6.8* |
11.1* |
3.0* |
71.1* |
3.2 |
0.6 |
0.3 |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.7 |
0.6 | 710 |
| |
| Basepair (35:532)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
82.3* |
0.1* |
0.3* |
4.1* |
10.8 |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
0.1 |
0.3 |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.3 | 5420 |
| 3 |
93.4* |
0.1* |
-- |
-- |
5.3 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
0.4 | 4555 |
| B |
98.8* |
0.1* |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 | 3467 |
| A |
3.8 |
1.1* |
-- |
-- |
94.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 184 |
| C |
87.0 |
-- |
-- |
-- |
13.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 138 |
| E |
90.8* |
-- |
-- |
0.1 |
7.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
0.3 |
0.2* |
1.1 | 905 |
| M |
12.3 |
0.4* |
1.8* |
30.5 |
44.4* |
-- |
0.3 |
8.2* |
-- |
0.4 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.5 |
0.5 |
0.3 | 729 |
| |
| Basepair (36:531)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
88.7* |
9.2* |
-- |
-- |
0.7 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.3 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.4 | 5516 |
| 3 |
-- |
96.8* |
1.8* |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.4 | 4632 |
| B |
-- |
96.2* |
2.4* |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.3 | 3539 |
| A |
-- |
99.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 184 |
| C |
-- |
99.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- | 154 |
| E |
-- |
98.4 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 910 |
| M |
-- |
35.8* |
57.4* |
0.1 |
0.1* |
4.4 |
0.4 |
0.1* |
0.1 |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.3 | 732 |
| |
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