Thermus thermophilus 16S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (4 of 48)
| Basepair (37:392)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
97.8* |
0.1* |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.8 | 5844 |
| 3 |
-- |
-- |
99.2 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.2 | 4944 |
| B |
-- |
-- |
99.3 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 | 3833 |
| A |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 193 |
| C |
-- |
-- |
97.5* |
1.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- | 157 |
| E |
-- |
-- |
98.6 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.9 | 919 |
| M |
-- |
-- |
89.3* |
0.1* |
-- |
-- |
0.7 |
0.1 |
-- |
5.4 |
-- |
-- |
0.3 |
0.1* |
0.1 |
0.1 |
3.7 | 745 |
| |
| Basepair (39:398)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
67.3* |
0.2* |
13.1* |
1.2* |
1.0 |
0.2 |
0.3 |
0.3 |
-- |
0.6 |
0.3 |
0.1 |
14.2 |
0.1 |
0.3 |
0.6 |
0.5 | 5839 |
| 3 |
75.2* |
-- |
5.4* |
0.4* |
1.1 |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
16.7 |
0.1 |
0.3 |
-- |
0.3 | 4942 |
| B |
96.4* |
-- |
1.0* |
0.5* |
1.0 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.3 |
-- |
0.1 | 3830 |
| A |
-- |
-- |
99.0 |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 193 |
| C |
98.1* |
-- |
-- |
0.6* |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- | 156 |
| E |
2.5 |
-- |
4.0 |
-- |
1.5 |
-- |
0.8 |
0.4* |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
89.6* |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 920 |
| M |
8.2* |
1.3* |
67.6* |
6.3* |
0.8 |
0.9 |
1.1 |
0.4 |
0.1 |
4.6 |
0.8 |
0.8 |
0.1 |
0.1 |
0.7 |
5.0 |
1.1 | 743 |
| |
| Basepair (40:397)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.5* |
71.5* |
23.1* |
2.9* |
0.1 |
0.4 |
0.3 |
0.1 |
0.2 |
0.3 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.2 | 5927 |
| 3 |
0.4* |
79.3* |
18.9* |
0.2* |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.2 | 5027 |
| B |
-- |
98.5* |
0.7* |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- | 3915 |
| A |
8.7* |
62.1* |
25.1* |
2.6* |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 195 |
| C |
-- |
96.2* |
1.3* |
0.6* |
-- |
-- |
1.3 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 157 |
| E |
0.2* |
1.0* |
95.2* |
0.4* |
-- |
0.7 |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.7 |
-- |
0.4 |
0.1 |
0.9 | 918 |
| M |
1.3* |
13.8* |
56.4* |
21.2* |
0.4 |
1.1 |
2.3 |
0.5 |
0.3 |
1.6 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.5 |
0.3 | 745 |
| |
| Basepair (41:396)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
71.2* |
7.2* |
2.3* |
9.0* |
0.4 |
0.6 |
0.2 |
0.2 |
-- |
3.5 |
0.1 |
4.6 |
0.1 |
0.1 |
0.3 |
-- |
0.3 | 5909 |
| 3 |
77.2* |
7.6* |
1.9* |
2.0* |
0.3 |
0.6 |
-- |
0.1 |
-- |
4.1 |
0.1 |
5.5 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 | 5009 |
| B |
94.6* |
-- |
2.3* |
2.1* |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.3 | 3896 |
| A |
90.7* |
1.6* |
-- |
7.3* |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 193 |
| C |
92.9* |
-- |
-- |
4.5* |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.3 |
-- |
-- | 156 |
| E |
1.0* |
41.2* |
0.7* |
0.4* |
0.1 |
3.1 |
0.2 |
-- |
-- |
22.5 |
-- |
29.6 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
1.1 | 921 |
| M |
26.3* |
5.9* |
5.5* |
56.7* |
1.3 |
0.5 |
1.1 |
0.4 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.3 |
0.1 |
1.3 |
-- |
0.3 | 746 |
| |
| Basepair (42:395)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
72.2* |
5.8* |
16.4* |
4.1* |
0.4 |
0.3 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.4 | 5987 |
| 3 |
79.1* |
0.4* |
17.5* |
1.9* |
0.3 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.4 | 5078 |
| B |
96.7* |
-- |
-- |
2.4* |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.3 | 3959 |
| A |
94.9* |
-- |
-- |
2.0* |
2.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 197 |
| C |
94.9* |
-- |
-- |
3.2* |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- | 157 |
| E |
0.1* |
2.3* |
96.2* |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 | 923 |
| M |
21.6* |
43.0* |
12.6* |
19.0* |
1.1 |
1.5 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 754 |
| |
| Basepair (42:605)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.7* |
0.1 |
-- |
1.9 |
0.2 |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
68.6* |
0.1 |
-- |
-- |
27.9 | 5729 |
| 3 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
0.1* |
0.2 |
-- |
-- |
78.2* |
-- |
-- |
-- |
19.2 | 4834 |
| B |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
2.5 |
-- |
0.1* |
0.2 |
-- |
-- |
96.6* |
0.1 |
-- |
-- |
0.3 | 3725 |
| A |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
96.8 |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 188 |
| C |
-- |
-- |
0.6 |
1.3* |
-- |
-- |
2.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
95.5* |
-- |
-- |
-- |
-- | 154 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
99.9 | 922 |
| M |
-- |
-- |
-- |
5.0* |
0.5 |
-- |
0.7 |
1.3 |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
0.9* |
0.3 |
-- |
-- |
90.1 | 743 |
| |
| Basepair (43:394)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
3.1* |
65.4* |
15.0* |
2.4* |
0.1 |
1.3 |
0.6 |
-- |
0.1 |
10.7 |
0.5 |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.2 |
0.4 | 5974 |
| 3 |
3.3* |
72.2* |
7.3* |
1.8* |
-- |
1.1 |
0.6 |
-- |
0.1 |
12.4 |
0.5 |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.3 | 5063 |
| B |
0.8* |
88.1* |
7.1* |
1.2* |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
0.1 |
0.4 |
0.6 |
0.2 |
-- |
0.3 |
0.1 |
-- |
0.2 | 3943 |
| A |
69.7* |
-- |
10.1* |
20.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 198 |
| C |
-- |
58.9* |
38.6* |
0.6* |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- | 158 |
| E |
-- |
19.5 |
7.4 |
0.1* |
-- |
2.2* |
3.4 |
-- |
-- |
66.3* |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.6 | 923 |
| M |
2.1* |
21.7* |
62.1* |
7.3* |
0.5 |
2.9 |
0.4 |
0.3 |
-- |
1.1 |
0.1 |
-- |
0.3 |
-- |
0.3 |
0.5 |
0.4 | 755 |
| |
| Basepair (44:393)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
38.9* |
1.1* |
2.3* |
39.8* |
0.3 |
0.1 |
1.3 |
14.4 |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.8 |
0.2 | 6046 |
| 3 |
44.3* |
0.2* |
0.2* |
35.3* |
0.3 |
0.1 |
1.3 |
16.7 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
0.3 |
0.8 |
0.4 | 5134 |
| B |
53.1* |
0.1* |
-- |
44.4* |
0.4 |
-- |
1.2 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 4002 |
| A |
75.4* |
2.0* |
5.5* |
14.6* |
-- |
1.5 |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- | 199 |
| C |
7.0* |
-- |
-- |
91.1* |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- | 158 |
| E |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
1.8 |
90.1* |
0.2 |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
1.3 |
4.3* |
0.8 | 934 |
| M |
8.5* |
7.3* |
17.2* |
60.3* |
-- |
0.1 |
1.6 |
1.6 |
0.1 |
0.5 |
0.3 |
0.1 |
0.8 |
0.3 |
0.3 |
0.8 |
0.3 | 756 |
| |
| Basepair (45:391)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
21.4* |
4.7 |
29.0* |
7.6 |
1.4 |
17.3 |
0.1 |
0.8 |
14.4* |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.4 |
2.4 |
0.1 |
0.2 | 6007 |
| 3 |
21.5* |
5.4 |
29.8* |
1.7 |
0.7 |
20.2 |
0.1 |
-- |
16.9* |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
0.4 |
2.8 |
-- |
0.2 | 5092 |
| B |
27.0* |
5.3* |
37.2* |
0.8* |
0.2 |
25.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
3.6 |
-- |
0.2 | 3969 |
| A |
11.7* |
31.4* |
19.1* |
16.0* |
6.4 |
14.9 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 188 |
| C |
1.9* |
-- |
92.4* |
-- |
-- |
5.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 158 |
| E |
0.3 |
0.3 |
0.3* |
2.5 |
1.7* |
-- |
0.4 |
-- |
92.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.1 |
-- |
-- |
0.1 | 936 |
| M |
25.0* |
1.3* |
10.3* |
48.9* |
6.2 |
0.3 |
0.7 |
6.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.5 |
0.4 | 759 |
| |
| Basepair (46:390)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
71.9* |
2.2* |
0.2* |
20.4* |
3.7 |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 | 6074 |
| 3 |
78.5* |
2.5* |
0.1* |
14.7* |
3.6 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.2 | 5159 |
| B |
99.2* |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 | 4020 |
| A |
17.9* |
63.7* |
3.0* |
6.0* |
8.5 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- | 201 |
| C |
97.5* |
-- |
-- |
1.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- | 158 |
| E |
3.0* |
-- |
-- |
78.8* |
17.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 | 939 |
| M |
21.7* |
0.4* |
0.9* |
63.5* |
4.7 |
0.3 |
0.1 |
5.8 |
0.3 |
-- |
0.3 |
0.7 |
0.3 |
-- |
0.1 |
0.5 |
0.4 | 759 |
| |
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