Thermus thermophilus 16S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (5 of 48)
| Basepair (47:356)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
18.0* |
65.2* |
3.2* |
2.5* |
0.2 |
0.4 |
-- |
0.7 |
-- |
0.1 |
1.4 |
3.3 |
1.1 |
0.5 |
0.1 |
2.7 |
0.4 | 6093 |
| 3 |
21.2* |
72.3* |
3.5* |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
1.2 |
0.6 |
-- |
-- |
0.4 | 5173 |
| B |
-- |
92.6* |
3.9* |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.6 |
0.7 |
-- |
-- |
0.3 | 4038 |
| A |
91.0* |
0.5* |
4.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
2.5 | 199 |
| C |
-- |
96.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
1.3 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 | 158 |
| E |
97.5* |
0.1* |
1.7* |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 | 937 |
| M |
-- |
10.5 |
1.4* |
20.2 |
1.3 |
0.1 |
0.1 |
5.6* |
-- |
0.3 |
10.7 |
26.3* |
0.5 |
-- |
0.9 |
21.3 |
0.7 | 764 |
| |
| Basepair (52:354)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
19.1* |
60.4* |
16.0* |
2.5* |
0.7 |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 | 6188 |
| 3 |
22.4* |
57.7* |
15.0* |
2.8* |
0.8 |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 5252 |
| B |
2.2* |
72.8* |
19.1* |
3.6* |
1.0 |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
0.2 |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- | 4113 |
| A |
95.5* |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.5 | 199 |
| C |
-- |
96.2* |
2.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 158 |
| E |
95.5* |
3.8* |
0.1* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 | 941 |
| M |
0.4* |
71.8* |
25.3* |
0.4* |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.7 | 780 |
| |
| Basepair (53:353)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
2.5* |
18.4* |
-- |
77.2* |
1.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 | 6181 |
| 3 |
3.0* |
21.7* |
-- |
73.5* |
1.3 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 | 5240 |
| B |
3.8* |
0.1* |
-- |
94.0* |
1.6 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 | 4095 |
| A |
-- |
96.5* |
-- |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 201 |
| C |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 160 |
| E |
-- |
99.5* |
-- |
0.2* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 945 |
| M |
-- |
0.1 |
-- |
97.7* |
0.9 |
0.1* |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
0.7 | 783 |
| |
| Basepair (54:352)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
99.0* |
0.3* |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 6225 |
| 3 |
-- |
99.3* |
0.3* |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 5285 |
| B |
-- |
99.3* |
0.4* |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 4138 |
| A |
-- |
97.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 201 |
| C |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 160 |
| E |
-- |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 947 |
| M |
-- |
96.9* |
0.1 |
-- |
-- |
1.8 |
0.1* |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 782 |
| |
| Basepair (55:352)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.4 |
-- |
99.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 6228 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.4 |
-- |
99.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 5286 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.4 |
-- |
99.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 4127 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.5 |
-- |
97.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 201 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 160 |
| E |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
99.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 | 958 |
| M |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.3 |
-- |
98.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.9 | 784 |
| |
| Basepair (55:363)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
-- |
99.3 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 | 6232 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
99.5 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 | 5289 |
| B |
-- |
-- |
-- |
99.6 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- | 4130 |
| A |
-- |
-- |
-- |
97.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.5 | 201 |
| C |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 160 |
| E |
-- |
-- |
-- |
99.4 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 | 958 |
| M |
-- |
-- |
0.1* |
98.5* |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 785 |
| |
| Basepair (56:351)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
99.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 6225 |
| 3 |
-- |
-- |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 | 5283 |
| B |
-- |
-- |
99.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- | 4124 |
| A |
-- |
-- |
97.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.5 | 201 |
| C |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 160 |
| E |
-- |
-- |
99.5 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 | 958 |
| M |
-- |
-- |
98.6 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 784 |
| |
| Basepair (57:350)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
98.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.3 | 6323 |
| 3 |
98.8 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.2 | 5351 |
| B |
98.8 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- | 4194 |
| A |
95.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.5 |
-- |
-- |
3.0 | 200 |
| C |
99.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 159 |
| E |
99.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 | 957 |
| M |
97.5* |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
0.1 |
-- |
-- |
0.7 | 815 |
| |
| Basepair (58:349)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.6* |
98.2* |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.3 | 6357 |
| 3 |
0.7* |
98.5* |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 | 5381 |
| B |
-- |
99.3 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 4221 |
| A |
19.0* |
76.5* |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.5 | 200 |
| C |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 160 |
| E |
-- |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 960 |
| M |
0.4* |
96.2* |
0.1* |
0.2* |
-- |
1.6 |
0.1 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.6 | 818 |
| |
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