Thermus thermophilus 16S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (6 of 48)
| Basepair (60:100)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
0.2 |
0.4* |
0.9 |
-- |
11.5 |
14.7 |
1.8 |
69.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.3 | 6541 |
| 3 |
-- |
0.2 |
0.5* |
-- |
-- |
13.5 |
10.7 |
0.1 |
74.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 5562 |
| B |
-- |
-- |
0.3* |
-- |
-- |
0.9 |
12.3 |
0.1 |
86.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 | 4398 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
23.2 |
-- |
76.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 203 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
98.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 164 |
| E |
-- |
0.9 |
1.6 |
-- |
-- |
74.0* |
0.6* |
0.3 |
22.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
0.1 |
0.1 | 961 |
| M |
-- |
0.1* |
0.1 |
7.0 |
-- |
0.1 |
44.2* |
13.8 |
32.3 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1* |
1.9 | 817 |
| |
| Basepair (61:99)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
96.2* |
-- |
-- |
2.0* |
0.6 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.3 |
-- |
-- |
0.4 | 6539 |
| 3 |
98.1* |
-- |
-- |
0.3* |
0.6 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.3 |
0.1 |
-- |
0.2 | 5558 |
| B |
98.5* |
-- |
-- |
0.3* |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.3 | 4392 |
| A |
99.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- | 203 |
| C |
97.6* |
-- |
-- |
2.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 164 |
| E |
96.3* |
-- |
-- |
0.3* |
2.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
0.1 | 963 |
| M |
82.9* |
-- |
-- |
13.1* |
1.1 |
0.1* |
0.2 |
0.6 |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
1.3 | 819 |
| |
| Basepair (62:98)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1 |
1.4 |
1.1 |
0.2 |
-- |
94.0* |
0.1 |
0.2* |
0.1 |
0.9* |
0.5 |
-- |
-- |
0.1 |
0.4 |
0.2 |
0.6 | 6551 |
| 3 |
-- |
1.0 |
0.7 |
-- |
-- |
97.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.3 |
0.1 |
0.1 | 5571 |
| B |
-- |
0.4 |
0.2 |
-- |
-- |
98.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.2 |
0.1 | 4404 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 202 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 164 |
| E |
-- |
3.8 |
3.1 |
-- |
-- |
92.3 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
0.1 |
0.1 | 965 |
| M |
1.0 |
4.8 |
4.0 |
1.3 |
-- |
69.1* |
0.5 |
1.8* |
1.0 |
6.8* |
3.9 |
0.1 |
-- |
-- |
0.9 |
1.0 |
3.6 | 818 |
| |
| Basepair (63:97)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1* |
71.2* |
1.2* |
0.3* |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
26.4 | 6600 |
| 3 |
0.1* |
80.3* |
1.0* |
0.2* |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
17.7 | 5580 |
| B |
0.1* |
98.0* |
0.7* |
0.3* |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 | 4402 |
| A |
-- |
82.2* |
11.9* |
-- |
-- |
5.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- | 202 |
| C |
-- |
86.0* |
6.7* |
-- |
-- |
6.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 164 |
| E |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.9 | 976 |
| M |
-- |
9.1* |
1.7* |
0.7* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
88.1 | 858 |
| |
| Basepair (66:96)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
30.3* |
0.1* |
0.7* |
53.9* |
0.7 |
0.3 |
-- |
2.0 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
11.3 | 6563 |
| 3 |
35.7* |
0.1* |
0.8* |
58.9* |
0.9 |
0.3 |
0.1 |
2.4 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
0.2 | 5579 |
| B |
43.8* |
-- |
0.4* |
53.9* |
0.9 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.2 | 4409 |
| A |
30.7* |
-- |
4.5* |
61.8* |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
1.5 | 199 |
| C |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 165 |
| E |
-- |
0.7 |
1.8 |
81.2* |
0.8 |
1.8* |
0.1 |
11.9 |
0.6 |
-- |
0.1* |
0.1 |
0.1* |
0.5 |
-- |
0.2 |
0.1 | 971 |
| M |
0.1* |
0.2* |
0.7* |
10.5* |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
87.7 | 821 |
| |
| Basepair (66:166)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
1.0 |
0.1 |
-- |
0.1* |
54.6* |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
31.3 |
0.1 |
-- |
-- |
12.6 | 6584 |
| 3 |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
0.1* |
61.3* |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
36.8 |
0.1 |
-- |
-- |
0.4 | 5600 |
| B |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
54.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
44.9 |
-- |
-- |
-- |
0.3 | 4428 |
| A |
-- |
-- |
4.5 |
-- |
-- |
-- |
61.5 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
32.0 |
-- |
-- |
-- |
1.5 | 200 |
| C |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
98.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 165 |
| E |
-- |
-- |
3.1 |
0.1 |
-- |
0.5* |
93.6* |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
0.9 |
0.5 |
-- |
0.1 |
0.2 | 972 |
| M |
-- |
-- |
0.4 |
0.1 |
-- |
-- |
0.7* |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
0.1* |
98.4 | 821 |
| |
| Basepair (67:95)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
16.6* |
68.6* |
1.5* |
0.7* |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.3 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
11.1 | 6597 |
| 3 |
19.5* |
76.6* |
1.4* |
0.7* |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.4 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.3 |
0.1 |
-- |
0.3 | 5613 |
| B |
3.4* |
94.5* |
0.3* |
0.1* |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.5 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.3 | 4438 |
| A |
11.4* |
50.7* |
25.4* |
11.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 201 |
| C |
-- |
95.8* |
1.8* |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- | 165 |
| E |
94.5* |
0.3* |
1.4* |
1.0* |
0.5 |
-- |
0.4 |
0.4 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.8 |
0.1 |
0.1 | 974 |
| M |
0.2* |
8.8* |
1.9* |
0.6* |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
87.8 | 821 |
| |
| Basepair (68:94)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
3.1 |
0.3 |
13.9 |
0.7* |
0.3 |
0.3* |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
68.8* |
0.4 |
-- |
0.2 |
11.6 | 6584 |
| 3 |
3.4 |
0.3* |
16.3 |
0.7* |
0.2 |
0.3 |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.3 |
-- |
-- |
77.1* |
0.4 |
-- |
0.2 |
0.6 | 5599 |
| B |
0.7 |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.3* |
0.2 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
97.0* |
0.5 |
-- |
-- |
0.6 | 4427 |
| A |
78.9* |
-- |
-- |
6.0* |
0.5 |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
11.6 |
0.5 |
-- |
-- |
1.5 | 199 |
| C |
1.8 |
-- |
2.4 |
0.6* |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
92.8* |
1.8 |
-- |
-- |
-- | 166 |
| E |
-- |
1.5* |
93.0* |
2.6* |
-- |
0.3 |
0.2 |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.3 |
0.1 |
-- |
1.3 |
0.1 | 973 |
| M |
1.2 |
-- |
0.4 |
0.7* |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
7.1* |
0.1 |
-- |
0.1 |
89.0 | 821 |
| |
| Basepair (68:146)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
1.2 |
-- |
12.5 |
-- |
0.3 |
0.2 |
0.7 |
0.1 |
-- |
0.4 |
0.1 |
-- |
59.1* |
10.9 |
1.5* |
0.3 |
12.6 | 6610 |
| 3 |
1.4 |
0.1 |
14.6 |
-- |
0.4 |
0.2 |
0.8 |
0.1 |
0.1* |
0.4 |
0.1 |
-- |
66.6* |
12.8 |
1.7* |
0.3 |
0.5 | 5625 |
| B |
1.1 |
0.1 |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
0.2 |
-- |
0.1* |
0.3 |
-- |
-- |
80.7* |
16.2 |
-- |
-- |
0.5 | 4450 |
| A |
14.6 |
-- |
1.0 |
-- |
1.5 |
-- |
6.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
75.4 |
-- |
-- |
-- |
1.5 | 199 |
| C |
0.6 |
-- |
1.8 |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
95.2* |
0.6 |
-- |
-- |
1.2 | 166 |
| E |
-- |
-- |
82.1* |
0.1* |
-- |
1.3 |
2.5 |
0.4 |
-- |
1.0 |
0.6* |
0.2 |
0.4 |
-- |
9.7 |
1.5 |
0.1 | 976 |
| M |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.1* |
-- |
-- |
0.4* |
98.2 | 821 |
| |
| Basepair (69:93)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
29.7* |
6.2* |
0.9* |
13.4* |
9.3 |
0.1 |
0.4 |
0.4 |
1.6 |
0.1 |
0.1 |
0.4 |
0.4 |
0.6 |
-- |
0.1 |
36.3 | 6585 |
| 3 |
34.0* |
7.2* |
0.4* |
14.8* |
10.6 |
0.2 |
0.3 |
0.2 |
1.2 |
0.1 |
0.1 |
0.5 |
0.4 |
0.7 |
-- |
-- |
29.4 | 5600 |
| B |
43.5* |
9.2* |
0.5* |
19.0* |
13.6 |
0.2 |
0.4 |
0.3 |
1.5 |
0.1 |
0.1 |
0.6 |
0.5 |
0.8 |
-- |
-- |
9.5 | 4378 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.9 | 1020 |
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-- |
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-- |
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| Seq
|
|---|
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.9 | 1020 |
| M |
0.1* |
-- |
0.1 |
1.2* |
0.1 |
-- |
0.4 |
0.6 |
0.5 |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
96.2 | 821 |
| |
| Basepair (79:83)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
28.8* |
26.5* |
2.8* |
9.0* |
0.5 |
3.3 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.2 |
28.1 | 6676 |
| 3 |
33.6* |
30.5* |
2.4* |
10.0* |
0.2 |
3.4 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
19.1 | 5690 |
| B |
42.2* |
36.8* |
1.9* |
12.3* |
0.3 |
4.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
1.4 | 4468 |
| A |
11.9* |
45.0* |
26.7* |
10.4* |
-- |
4.0 |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 202 |
| C |
8.4* |
21.0* |
28.7* |
13.2* |
10.8 |
14.4 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
1.8 | 167 |
| E |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.9 | 1020 |
| M |
0.1 |
0.1 |
0.5 |
0.6* |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
1.7* |
0.1 |
-- |
0.4 |
96.0 | 821 |
| |
Last generated : Fri Jun 28 2002 (11 : 6)