Thermus thermophilus 16S rRN Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (7 of 48)
| Basepair (95:145)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
1.6 |
-- |
-- |
16.9 |
-- |
-- |
68.3 |
-- |
-- |
-- |
12.2 | 6827 |
| 3 |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
1.8 |
-- |
-- |
19.7 |
0.1* |
-- |
77.0* |
0.1 |
-- |
-- |
0.3 | 5838 |
| B |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
3.6 |
-- |
-- |
94.9 |
-- |
-- |
-- |
0.3 | 4627 |
| A |
-- |
-- |
11.9 |
-- |
-- |
-- |
25.7 |
-- |
-- |
11.4 |
-- |
-- |
50.0 |
0.5 |
-- |
-- |
0.5 | 202 |
| C |
-- |
-- |
1.2 |
1.2* |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
94.7* |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 170 |
| E |
-- |
0.2 |
1.7 |
-- |
-- |
-- |
1.8 |
-- |
-- |
95.2 |
0.3 |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 1009 |
| M |
-- |
-- |
0.1 |
0.1* |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7* |
-- |
0.1* |
-- |
98.2 | 821 |
| |
| Basepair (102:319)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
0.1 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
88.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
10.6 | 6839 |
| 3 |
-- |
0.1 |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
99.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 5852 |
| B |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
99.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 4639 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.5 |
-- |
97.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 202 |
| C |
-- |
-- |
-- |
1.8 |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
97.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 166 |
| E |
-- |
0.1 |
-- |
1.7 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
97.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 | 1011 |
| M |
-- |
0.4 |
0.2* |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
11.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
87.8 | 823 |
| |
| Basepair (104:326)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.2 |
1.0 |
1.9 |
0.5* |
0.1 |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
83.2* |
-- |
0.1* |
11.3 | 6896 |
| 3 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
1.1 |
2.2 |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
93.8* |
-- |
0.1* |
1.0 | 5909 |
| B |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
1.3 |
1.8 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
96.3 |
-- |
-- |
0.2 | 4694 |
| A |
-- |
1.5 |
0.5 |
-- |
1.5 |
21.2 |
-- |
0.5* |
20.2 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
52.7* |
-- |
1.5* |
-- | 203 |
| C |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
1.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.0* |
-- |
-- |
0.6 | 166 |
| E |
0.3 |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1* |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
3.9 |
90.4* |
-- |
-- |
4.7 | 1012 |
| M |
-- |
-- |
-- |
1.3 |
-- |
0.7 |
3.8* |
0.5 |
1.0 |
-- |
0.1* |
-- |
0.1 |
4.4* |
-- |
0.1* |
87.9 | 823 |
| |
| Basepair (105:310)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1 |
0.2 |
2.3 |
0.1 |
0.5 |
0.2 |
4.6 |
-- |
0.8* |
0.7 |
-- |
-- |
89.9* |
-- |
-- |
0.1* |
0.4 | 6885 |
| 3 |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
0.5 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
98.9 |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 5900 |
| B |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
99.4 |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 4683 |
| A |
2.5 |
-- |
-- |
-- |
12.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
84.3 |
-- |
-- |
-- |
-- | 204 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.8 |
-- |
-- |
-- |
-- | 166 |
| E |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
99.3 |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 1013 |
| M |
-- |
1.3 |
19.2 |
0.5 |
0.2* |
1.8* |
37.8* |
0.2 |
6.3 |
4.6 |
-- |
-- |
24.2 |
0.1 |
0.1 |
0.6 |
2.7 | 821 |
| |
| Basepair (106:309)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
81.3* |
17.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.3 | 6916 |
| 3 |
78.8* |
20.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 5931 |
| B |
99.0* |
0.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 4720 |
| A |
-- |
97.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 203 |
| C |
99.4* |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 166 |
| E |
0.1* |
99.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 | 1008 |
| M |
96.3* |
0.1* |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
0.1* |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2* |
2.4 | 821 |
| |
| Basepair (107:308)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.4* |
0.1* |
98.3* |
0.3* |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.3 | 6906 |
| 3 |
0.5* |
0.1* |
98.6* |
0.3* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 | 5921 |
| B |
0.6* |
0.1* |
98.5* |
0.4* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 4704 |
| A |
-- |
-- |
97.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.5 |
-- | 204 |
| C |
-- |
-- |
99.4 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 166 |
| E |
-- |
-- |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 1013 |
| M |
-- |
0.5* |
95.7* |
0.2* |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
1.0 |
1.9 | 821 |
| |
| Basepair (108:307)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
81.1* |
17.2* |
0.7* |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.3 | 6856 |
| 3 |
78.5* |
20.1* |
0.8* |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 5871 |
| B |
98.1* |
0.3* |
1.0* |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 4659 |
| A |
18.2* |
79.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 203 |
| C |
99.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 166 |
| E |
0.1* |
99.2* |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 1009 |
| M |
96.1* |
-- |
0.4* |
0.1* |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
0.1 |
1.8 | 821 |
| |
| Basepair (112:282)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
0.2* |
97.6* |
0.1 |
-- |
0.4 |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
0.8 | 6810 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
99.0* |
0.1 |
-- |
0.3 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2* |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 5821 |
| B |
-- |
-- |
-- |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 | 4603 |
| A |
-- |
-- |
-- |
99.5 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 205 |
| C |
-- |
-- |
0.6* |
98.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.6* |
-- |
-- |
-- | 169 |
| E |
-- |
-- |
-- |
96.1* |
0.1 |
-- |
1.7 |
0.6 |
0.2 |
-- |
0.1* |
-- |
1.2* |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 1013 |
| M |
-- |
-- |
1.3* |
88.1* |
0.9 |
-- |
1.1 |
0.7 |
0.1 |
0.4 |
0.1* |
0.4 |
0.1 |
0.2* |
0.2 |
1.3 |
4.9 | 822 |
| |
Last generated : Fri Jun 28 2002 (11 : 6)