Thermus thermophilus 16S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (8 of 48)
Basepair (115:234)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
8.9 |
-- |
1.2 |
8.9 |
35.7* |
0.1 |
4.7 |
5.0 |
26.2* |
0.1* |
0.5 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
7.6* |
-- |
0.5 | 6923 |
3 |
0.3 |
-- |
0.3 |
9.3 |
39.0* |
-- |
5.4 |
5.2 |
30.1* |
0.1* |
0.5 |
0.2 |
0.2 |
0.2 |
8.9* |
-- |
0.2 | 5935 |
B |
0.3 |
-- |
-- |
11.5 |
49.1* |
-- |
0.7 |
4.1 |
33.6* |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 | 4717 |
A |
-- |
-- |
-- |
4.4 |
-- |
-- |
-- |
5.4 |
87.7* |
-- |
-- |
-- |
0.5* |
2.0 |
-- |
-- |
-- | 204 |
C |
0.6 |
-- |
-- |
18.2 |
56.5* |
-- |
-- |
11.2 |
12.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 170 |
E |
0.8 |
-- |
1.9 |
-- |
0.3* |
-- |
28.0* |
10.6 |
2.2 |
0.7 |
3.2 |
-- |
0.6 |
0.1 |
51.7* |
-- |
0.1 | 1014 |
M |
72.7* |
-- |
7.4* |
4.3* |
7.7 |
0.4 |
1.2 |
2.2 |
0.5 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
3.1 | 820 |
|
Basepair (116:233)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
0.1* |
92.0* |
5.4* |
0.7* |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
0.5 | 6977 |
3 |
0.1 |
93.0* |
5.7* |
0.1 |
0.2* |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.2 | 5989 |
B |
0.1 |
91.9* |
7.1* |
-- |
0.2* |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 | 4769 |
A |
-- |
99.5* |
0.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 206 |
C |
-- |
91.7* |
7.1* |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 169 |
E |
0.2* |
96.5* |
0.4* |
0.5* |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.2 |
1.3 |
-- |
-- |
0.2 | 1014 |
M |
0.5* |
84.9* |
2.9* |
4.8* |
0.5 |
0.1 |
0.5 |
0.1 |
-- |
2.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
3.1 | 821 |
|
Basepair (117:232)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
57.3* |
14.9* |
3.1* |
23.0* |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.4 |
0.5 | 6975 |
3 |
63.8* |
5.8* |
3.4* |
26.2* |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 | 5987 |
B |
75.6* |
7.2* |
3.5* |
12.8* |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 | 4767 |
A |
99.0* |
-- |
-- |
0.5* |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 206 |
C |
91.7* |
1.2* |
-- |
5.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 169 |
E |
1.3* |
0.6* |
3.3* |
94.0* |
0.5 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 1014 |
M |
3.0* |
83.8* |
1.6* |
3.5* |
0.2 |
0.4 |
0.2 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.4 |
0.1 |
-- |
2.9 |
3.1 | 821 |
|
Basepair (118:231)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
14.2* |
10.2 |
18.4 |
0.5* |
0.1 |
55.2* |
0.1 |
0.3 |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.6 | 6897 |
3 |
16.4* |
0.5 |
20.5 |
0.3* |
-- |
61.6* |
-- |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.3 | 5909 |
B |
-- |
0.2 |
25.4 |
0.1* |
-- |
73.6* |
-- |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.2 | 4679 |
A |
-- |
1.4 |
7.8 |
-- |
-- |
89.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
0.5 | 217 |
C |
-- |
-- |
12.5 |
-- |
-- |
86.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 168 |
E |
95.9* |
1.6* |
0.6* |
1.3* |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 | 1013 |
M |
0.9 |
82.1* |
4.7* |
1.7 |
0.5* |
2.9 |
0.4 |
2.7* |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.1 |
3.2 | 822 |
|
Basepair (119:230)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
42.7* |
5.5* |
8.6* |
21.4* |
5.2 |
0.3 |
0.5 |
0.5 |
-- |
0.6 |
-- |
3.0 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
10.5 |
1.0 | 6969 |
3 |
48.8* |
5.9* |
0.2* |
22.8* |
5.6 |
0.1 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.5 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
12.1 |
0.4 | 5980 |
B |
61.2* |
6.7* |
0.2* |
27.8* |
3.2 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.3 | 4751 |
A |
5.5 |
5.1* |
-- |
5.1 |
83.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 217 |
C |
30.2* |
-- |
-- |
48.5* |
2.4 |
-- |
-- |
18.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 169 |
E |
0.2* |
2.3* |
0.5 |
2.9 |
0.1 |
-- |
1.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
20.4 |
-- |
0.2 |
0.5 |
71.0* |
0.3 | 1012 |
M |
1.0* |
3.4* |
70.8* |
6.0* |
2.7 |
2.2 |
1.8 |
0.1 |
-- |
5.0 |
0.2 |
-- |
0.5 |
-- |
0.5 |
1.1 |
4.6 | 822 |
|
Basepair (120:229)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
55.8* |
2.4* |
8.5* |
13.1* |
1.8 |
3.6 |
0.8 |
0.2 |
0.1 |
2.0 |
0.4 |
0.2 |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
9.5 |
0.9 | 6995 |
3 |
64.4* |
1.7* |
4.3* |
12.1* |
2.0 |
3.2 |
-- |
0.1 |
-- |
0.3 |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.1 |
11.0 |
0.3 | 6006 |
B |
76.3* |
1.5* |
4.5* |
13.8* |
2.3 |
0.7 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.5 | 4777 |
A |
96.8* |
3.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 216 |
C |
2.4* |
-- |
-- |
96.4* |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 169 |
E |
1.2* |
2.6* |
4.3 |
6.6 |
1.3 |
15.7 |
0.2* |
-- |
0.1 |
1.9 |
-- |
0.5 |
-- |
0.1 |
0.3 |
65.1* |
0.2 | 1013 |
M |
4.7* |
8.0* |
41.2* |
2.9* |
0.9 |
7.4 |
6.6 |
0.6 |
0.2 |
15.1 |
3.4 |
0.7 |
0.7 |
0.1 |
0.5 |
0.6 |
6.2 | 822 |
|
Basepair (121:228)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
61.6* |
4.1* |
4.0* |
20.3* |
0.6 |
0.7 |
1.4 |
1.4 |
0.3 |
0.8 |
0.4 |
0.2 |
0.4 |
0.4 |
0.9 |
0.6 |
2.0 | 6986 |
3 |
68.3* |
4.7* |
1.6* |
22.2* |
0.6 |
0.5 |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.3 |
-- |
0.1 |
0.4 |
-- |
0.4 |
0.4 | 5997 |
B |
85.0* |
3.8* |
0.9* |
7.5* |
0.4 |
0.6 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
0.1 |
0.5 |
-- |
-- |
0.5 | 4770 |
A |
7.0* |
44.1* |
16.4* |
31.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- | 213 |
C |
97.0* |
-- |
-- |
1.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 169 |
E |
2.7* |
0.2* |
2.0* |
89.5* |
1.4 |
0.1 |
0.7 |
0.9 |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.2 |
-- |
1.9 |
0.1 | 1014 |
M |
6.0 |
1.2* |
22.3* |
9.9 |
1.1* |
1.8 |
10.6 |
10.3* |
2.2 |
6.4 |
1.3 |
1.1 |
2.7 |
0.2 |
7.8 |
2.2 |
13.0 | 822 |
|
Basepair (122:227)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
1.4* |
13.5 |
19.1* |
2.7 |
0.4 |
22.5 |
2.5 |
2.0 |
29.0* |
0.5 |
0.3 |
0.1* |
1.9 |
0.3 |
0.4 |
0.7 |
2.5 | 6964 |
3 |
1.2* |
15.7 |
21.8* |
0.8 |
0.3 |
26.1 |
0.1 |
0.1 |
30.3* |
0.2 |
0.1 |
-- |
1.9 |
0.2 |
0.1 |
-- |
1.0 | 5974 |
B |
1.5* |
17.8 |
11.5* |
1.0 |
0.4 |
25.1 |
0.1 |
0.1 |
38.0* |
0.2 |
0.2 |
-- |
2.4 |
0.3 |
0.1 |
-- |
1.2 | 4743 |
A |
-- |
38.9 |
11.1 |
-- |
-- |
50.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 216 |
C |
-- |
-- |
0.6* |
4.7 |
-- |
1.8 |
-- |
-- |
91.1* |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 | 169 |
E |
0.1 |
0.8* |
72.2* |
-- |
0.1* |
25.7 |
0.1 |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.1 | 1015 |
M |
3.2* |
0.5* |
3.0 |
15.8 |
1.0 |
0.6 |
20.8* |
16.9 |
7.7 |
2.7 |
1.6 |
0.9 |
2.2 |
0.6 |
3.0 |
5.3* |
14.4 | 823 |
|
Basepair (123:187)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
0.3 |
-- |
-- |
2.0 |
3.2* |
0.1 |
4.2 |
0.5 |
27.9* |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
2.9 |
-- |
0.7 |
57.8 | 6987 |
3 |
0.3 |
-- |
-- |
2.4 |
3.8* |
0.1 |
4.9 |
0.6 |
32.5* |
-- |
-- |
0.3 |
0.1 |
3.4 |
-- |
0.8 |
51.0 | 5997 |
B |
0.4 |
-- |
-- |
2.9 |
4.7* |
0.1 |
6.2 |
0.7 |
36.5* |
-- |
-- |
0.3 |
0.1 |
4.3 |
-- |
1.0 |
42.6 | 4759 |
A |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 215 |
C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.4 | 169 |
E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1023 |
M |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 823 |
|
Basepair (125:226)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
1.2* |
39.9* |
44.7* |
5.4* |
0.5 |
3.5 |
0.7 |
0.5 |
0.1 |
0.6 |
0.4 |
0.3 |
0.3 |
0.1 |
0.2 |
0.4 |
1.1 | 6998 |
3 |
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-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
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-- |
2.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 216 |
C |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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C |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
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C |
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-- |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
88.7 | 823 |
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| CG
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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C |
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-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
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Basepair (134:218)
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
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E |
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-- |
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-- |
-- |
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| Seq
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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M |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
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Basepair (136:202)
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Aln
| GC
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| UA
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-- |
-- |
54.8* |
0.1 |
-- |
-- |
17.1 | 6031 |
B |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
0.1 |
0.1* |
2.4 |
-- |
-- |
32.0 |
-- |
-- |
64.5* |
0.1 |
-- |
-- |
0.3 | 4800 |
A |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
2.3 |
-- |
-- |
95.8 |
0.5 |
-- |
-- |
-- | 216 |
C |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
1.8 |
-- |
3.6 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
91.1* |
-- |
-- |
1.2* |
1.2 | 169 |
E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
99.9 | 1016 |
M |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.4* |
-- |
1.7* |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
96.2 | 823 |
|
Basepair (136:216)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
49.7* |
22.1* |
0.7* |
2.5* |
0.7 |
1.4 |
1.1 |
0.4 |
0.9 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.6 |
8.7 |
0.1 |
0.1 |
11.0 | 7034 |
3 |
54.3* |
25.7* |
0.7* |
2.5* |
0.7 |
1.5 |
1.2 |
0.4 |
1.0 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.7 |
10.1 |
0.1 |
0.1 |
0.6 | 6043 |
B |
63.7* |
31.6* |
0.4* |
2.2* |
0.7 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.5 | 4814 |
A |
95.8* |
2.3* |
-- |
0.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
0.5 | 216 |
C |
92.3* |
0.6* |
1.2* |
3.6* |
0.6 |
0.6 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- | 169 |
E |
0.7 |
2.7 |
2.4 |
4.6 |
1.0 |
8.4 |
6.8* |
2.1 |
6.2 |
0.3 |
-- |
0.2 |
3.2 |
59.6* |
-- |
0.4* |
1.6 | 1014 |
M |
7.8* |
0.1* |
0.2* |
2.3* |
0.2 |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
88.7 | 823 |
|
Basepair (137:215)
|
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
0.1* |
1.2 |
0.4 |
-- |
-- |
44.1* |
5.2* |
0.1 |
20.8 |
2.4 |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
0.2 |
25.0 | 6996 |
3 |
-- |
1.2 |
0.4 |
-- |
-- |
50.0* |
5.8* |
0.1 |
22.1 |
2.8 |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
0.2 |
16.9 | 6006 |
B |
-- |
1.5 |
0.5 |
-- |
-- |
61.7* |
7.3* |
-- |
24.5 |
3.5 |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
0.3 |
0.3 | 4779 |
A |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
25.2 |
-- |
0.5 |
72.4* |
0.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 214 |
C |
0.6* |
3.0 |
1.8* |
-- |
-- |
11.3 |
4.8 |
-- |
72.6* |
1.8 |
-- |
-- |
-- |
1.8 |
-- |
0.6 |
1.8 | 168 |
E |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
0.3 |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
0.3* |
-- |
-- |
0.2* |
98.5 | 1014 |
M |
0.4* |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
7.8* |
1.1* |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
89.1 | 823 |
|
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