Thermus thermophilus 16S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (9 of 48)
| Basepair (138:172)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
30.6* |
30.1* |
6.9* |
8.3* |
0.2 |
10.6 |
0.1 |
0.1 |
0.4 |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.3 |
0.1 |
0.1 |
11.6 | 6972 |
| 3 |
33.5* |
34.9* |
7.4* |
8.9* |
0.2 |
12.4 |
0.1 |
0.1 |
0.4 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.3 |
0.1 |
0.1 |
1.5 | 5980 |
| B |
40.4* |
23.7* |
8.9* |
10.9* |
0.2 |
14.5 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.5 | 4750 |
| A |
39.7* |
46.3* |
6.5* |
5.1* |
0.5 |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 214 |
| C |
77.1* |
3.5* |
2.9* |
8.2* |
2.4 |
-- |
0.6 |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
2.4 | 170 |
| E |
0.2* |
85.0* |
0.4* |
0.2* |
-- |
4.8 |
-- |
-- |
2.4 |
0.7 |
-- |
0.4 |
-- |
1.3 |
0.1 |
-- |
4.7 | 1017 |
| M |
0.5* |
0.5* |
4.5* |
4.3* |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
89.1 | 823 |
| |
| Basepair (139:171)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
8.1 |
17.8 |
1.9 |
6.8 |
0.3 |
15.1 |
0.3* |
0.2 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.3 |
0.1 |
28.0* |
-- |
9.4* |
11.4 | 7032 |
| 3 |
7.4 |
20.3 |
2.1 |
6.6 |
0.3 |
17.5 |
0.3* |
0.3 |
0.3 |
0.1 |
-- |
0.4 |
0.1 |
32.5* |
-- |
11.0* |
0.9 | 6040 |
| B |
6.7 |
24.1 |
2.4* |
2.8* |
0.2 |
21.8 |
0.1 |
0.1 |
0.3 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
40.8* |
-- |
0.1 |
0.3 | 4809 |
| A |
55.1* |
29.0* |
2.8* |
6.5* |
-- |
5.6 |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 214 |
| C |
71.8* |
-- |
-- |
17.6* |
1.8 |
-- |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
4.7 |
-- |
-- |
2.4 | 170 |
| E |
0.3* |
0.3* |
0.1 |
24.7 |
1.2 |
-- |
1.3* |
0.9 |
0.2 |
0.1 |
-- |
2.0 |
-- |
0.1 |
0.1 |
64.6* |
4.3 | 1018 |
| M |
-- |
3.3* |
1.0* |
5.6* |
0.1 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
88.9 | 823 |
| |
| Basepair (140:170)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
67.5* |
4.4* |
9.9* |
3.5* |
3.0 |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
10.9 | 7057 |
| 3 |
75.7* |
5.0* |
11.4* |
3.3* |
3.1 |
0.4 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.4 | 6065 |
| B |
91.6* |
0.4* |
0.4* |
2.9* |
3.6 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 | 4836 |
| A |
71.6* |
4.2* |
2.8* |
15.3* |
4.2 |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 215 |
| C |
81.2* |
-- |
1.2* |
14.1* |
1.2 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 170 |
| E |
1.0* |
27.0* |
65.1* |
2.8* |
0.5 |
0.1 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.4 |
2.2 | 1015 |
| M |
4.3* |
0.5* |
0.6* |
2.3* |
2.7 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
88.9 | 823 |
| |
| Basepair (141:169)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
87.1* |
0.5* |
0.2* |
0.7* |
0.3 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
10.8 | 7071 |
| 3 |
97.6* |
0.6* |
0.1* |
0.7* |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 | 6079 |
| B |
98.7* |
-- |
-- |
0.6* |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.3 | 4845 |
| A |
81.9* |
10.2* |
0.9* |
4.6* |
0.9 |
0.5 |
-- |
0.5 |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 216 |
| C |
94.1* |
-- |
0.6* |
1.8* |
1.2 |
-- |
1.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 170 |
| E |
95.6* |
1.0* |
0.2* |
0.8* |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
1.1 | 1019 |
| M |
8.4* |
0.2* |
0.7* |
0.5* |
0.7 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
89.1 | 823 |
| |
| Basepair (142:168)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
3.2 |
0.1 |
0.3 |
0.4 |
0.1 |
0.1 |
13.7 |
0.1 |
2.6* |
0.5 |
-- |
0.5* |
67.1* |
0.1 |
0.2* |
0.1 |
10.9 | 7050 |
| 3 |
2.8 |
-- |
0.2 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
15.3 |
0.1 |
2.8* |
0.4 |
-- |
0.6* |
76.5* |
0.2 |
0.2* |
0.1 |
0.3 | 6058 |
| B |
1.6 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
18.8 |
-- |
3.1* |
0.2 |
-- |
0.4* |
74.8* |
0.1 |
0.2* |
-- |
0.3 | 4828 |
| A |
44.4* |
-- |
1.4* |
3.7 |
-- |
-- |
3.3 |
2.8 |
5.6* |
4.7 |
0.5 |
7.0* |
24.8 |
0.5 |
1.4 |
-- |
-- | 214 |
| C |
1.2 |
1.8 |
2.4 |
4.1 |
0.6 |
-- |
24.7 |
-- |
6.5* |
0.6 |
-- |
-- |
57.1* |
-- |
0.6* |
-- |
0.6 | 170 |
| E |
0.1 |
-- |
0.5 |
-- |
0.3 |
0.5 |
1.0 |
-- |
0.5* |
0.2 |
-- |
-- |
95.4* |
0.3 |
-- |
0.2* |
1.1 | 1017 |
| M |
6.4* |
0.2 |
0.4 |
0.9* |
-- |
0.1* |
0.2 |
0.1 |
-- |
1.2* |
-- |
0.1 |
0.4 |
-- |
0.2 |
0.1 |
89.5 | 823 |
| |
| Basepair (143:166)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
87.5* |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1* |
-- |
-- |
11.7 | 7098 |
| 3 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
99.1* |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 |
0.2* |
-- |
-- |
0.1 | 6107 |
| B |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 4870 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.2 |
-- |
-- |
1.4 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- | 217 |
| C |
-- |
-- |
0.6 |
1.2 |
-- |
-- |
95.3 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
1.8 |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 170 |
| E |
-- |
-- |
0.3 |
0.2 |
-- |
-- |
96.6* |
-- |
-- |
1.4 |
-- |
-- |
0.3 |
1.0* |
-- |
-- |
0.3 | 1020 |
| M |
0.1* |
0.1* |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1* |
98.6 | 823 |
| |
| Basepair (144:165)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
0.1* |
76.3* |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
11.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
11.8 | 7005 |
| 3 |
-- |
0.1* |
87.6* |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
11.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 | 6014 |
| B |
-- |
-- |
85.0 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
14.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 4781 |
| A |
-- |
1.9* |
94.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 216 |
| C |
-- |
0.6 |
47.1 |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
48.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.8 | 170 |
| E |
-- |
-- |
98.5 |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
0.1 | 1017 |
| M |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.4 | 823 |
| |
| Basepair (145:164)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
-- |
86.8 |
0.1 |
-- |
0.2 |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
11.7 | 7094 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
98.3 |
0.1 |
-- |
0.1 |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 6103 |
| B |
-- |
-- |
-- |
98.7 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 4866 |
| A |
-- |
-- |
-- |
89.4 |
0.5 |
-- |
-- |
9.7 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 217 |
| C |
-- |
-- |
-- |
94.1 |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.8 |
1.8 | 170 |
| E |
0.1* |
-- |
-- |
97.8* |
0.1 |
-- |
0.2 |
1.4 |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 1020 |
| M |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.3 | 823 |
| |
| Basepair (146:163)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.2 |
-- |
-- |
0.4 |
7.2* |
0.2* |
2.5 |
69.9* |
0.4 |
0.1* |
2.1 |
0.4 |
0.7 |
3.7 |
0.2 |
0.1 |
11.9 | 7096 |
| 3 |
0.2 |
-- |
-- |
0.4 |
8.4* |
0.3* |
2.8 |
78.7* |
0.4 |
0.2* |
2.5 |
0.5 |
0.8 |
4.3 |
0.3 |
0.1 |
0.3 | 6105 |
| B |
0.1 |
-- |
-- |
0.4 |
10.5* |
0.3* |
1.1 |
79.6* |
0.2 |
0.1* |
0.6 |
0.5 |
0.8 |
5.4 |
0.1 |
-- |
0.3 | 4869 |
| A |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
47.9* |
35.8 |
0.9 |
-- |
11.2* |
2.3 |
-- |
-- |
-- |
1.4* |
-- | 215 |
| C |
-- |
-- |
0.6* |
2.9 |
-- |
-- |
1.8 |
90.0* |
1.8 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.6* |
-- |
-- |
1.8 | 170 |
| E |
0.4 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2* |
1.3 |
83.7* |
1.0 |
0.6 |
9.7 |
-- |
0.9* |
-- |
1.4 |
0.2 |
0.6 | 1021 |
| M |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1* |
0.1* |
0.2* |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.0 | 823 |
| |
| Basepair (147:162)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
66.9* |
1.1* |
-- |
9.0* |
0.5 |
0.1 |
-- |
-- |
9.7 |
0.2 |
0.3 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
12.0 | 7070 |
| 3 |
-- |
75.3* |
1.2* |
-- |
10.5* |
0.5 |
0.1 |
-- |
-- |
11.2 |
0.2 |
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-- |
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-- |
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-- |
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-- |
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-- |
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
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| Seq
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-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
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0.6 |
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0.1* |
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-- |
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0.1* |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
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88.8 | 823 |
| |
Last generated : Fri Jun 28 2002 (11 : 6)