Thermus thermophilus 16S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (10 of 48)
| Basepair (173:202)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
70.7* |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
2.6 |
0.1* |
-- |
-- |
25.9 | 7098 |
| 3 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
80.0* |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
2.4 |
0.1* |
-- |
-- |
17.0 | 6105 |
| B |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
96.3* |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
2.8 |
0.2* |
-- |
-- |
0.2 | 4861 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
94.9 |
0.9 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
3.7 |
-- |
-- |
-- |
-- | 217 |
| C |
-- |
-- |
1.8 |
1.8 |
1.2* |
-- |
69.0* |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
24.0 |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 171 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.9 | 1028 |
| M |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
2.2* |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1* |
97.0 | 823 |
| |
| Basepair (174:201)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
72.6 |
-- |
-- |
0.3 |
0.3 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.3 |
26.0 | 7094 |
| 3 |
-- |
-- |
81.8 |
-- |
-- |
0.3 |
0.2 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
17.0 | 6102 |
| B |
-- |
-- |
98.5 |
-- |
-- |
0.4 |
0.3 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 | 4858 |
| A |
-- |
-- |
95.4 |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
3.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 217 |
| C |
-- |
-- |
93.5* |
0.6* |
-- |
0.6 |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
0.6 |
0.6 |
2.4 | 170 |
| E |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.9 | 1028 |
| M |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
1.5* |
96.9 | 823 |
| |
| Basepair (175:176)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.8 |
-- |
0.1 |
10.4 |
5.0* |
0.1* |
21.6* |
18.7 |
8.2 |
-- |
-- |
-- |
5.3 |
1.2 |
-- |
-- |
28.6 | 7088 |
| 3 |
0.9 |
-- |
-- |
10.7 |
5.8* |
0.1* |
23.7* |
21.7 |
8.7 |
-- |
-- |
-- |
6.2 |
1.4 |
-- |
-- |
20.6 | 6094 |
| B |
1.1 |
-- |
0.1 |
13.5 |
7.2* |
0.1* |
29.8* |
27.3 |
10.9 |
-- |
-- |
-- |
7.8 |
1.7 |
-- |
-- |
0.3 | 4850 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 217 |
| C |
-- |
-- |
0.6* |
44.8* |
3.5 |
-- |
16.9 |
2.3 |
29.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
2.3 | 172 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.9 | 1028 |
| M |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
7.0* |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1* |
92.0 | 823 |
| |
| Basepair (176:218)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
1.4* |
6.1 |
3.7 |
11.5* |
2.6 |
4.0* |
9.5 |
1.9 |
3.9 |
9.9* |
1.7 |
1.9 |
2.5 |
3.0 |
1.4 |
6.4 |
28.7 | 7044 |
| 3 |
0.9* |
7.1 |
4.1 |
12.5* |
3.0 |
4.6* |
10.9 |
2.1 |
4.2 |
11.5* |
1.9 |
2.2 |
2.9 |
3.5 |
1.6 |
6.3 |
20.7 | 6051 |
| B |
1.1* |
8.9 |
5.1 |
15.8* |
3.7 |
5.8* |
13.7 |
2.6 |
5.3 |
14.5* |
2.4 |
2.8 |
3.6 |
4.3 |
2.0 |
8.0 |
0.4 | 4814 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 215 |
| C |
26.9* |
2.3* |
7.0 |
4.7 |
2.3 |
3.5 |
5.8* |
5.8 |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
37.4* |
2.4 | 171 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1023 |
| M |
-- |
0.1* |
0.2* |
4.9* |
-- |
-- |
0.6 |
0.1 |
2.2 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
91.3 | 823 |
| |
| Basepair (177:200)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.8 |
2.7 |
1.7 |
0.6* |
2.8 |
9.6 |
0.7 |
0.9 |
2.5 |
1.0* |
3.1 |
1.0 |
2.0 |
29.3* |
4.7* |
3.9 |
32.8 | 7024 |
| 3 |
0.9 |
3.1 |
1.8 |
0.5 |
3.2 |
11.0 |
0.8* |
1.0 |
2.8 |
1.1 |
3.6 |
1.2* |
2.2 |
34.1* |
5.5* |
4.5 |
22.6 | 6032 |
| B |
1.1 |
3.9 |
2.2 |
0.6 |
4.0 |
13.9 |
1.0* |
1.3 |
3.5 |
1.4 |
4.6 |
1.5* |
2.8 |
42.9* |
6.9* |
5.7 |
2.7 | 4794 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 211 |
| C |
-- |
1.8 |
-- |
2.4* |
0.6 |
4.7* |
1.2 |
-- |
2.4 |
-- |
1.2* |
-- |
1.2* |
-- |
-- |
2.4 |
82.4 | 170 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.9 | 1028 |
| M |
0.1 |
-- |
1.5* |
0.6* |
-- |
0.1 |
0.4 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
96.3 | 823 |
| |
| Basepair (178:199)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
3.6* |
7.3* |
2.6* |
19.9* |
2.9 |
0.3 |
0.3 |
0.1 |
1.0 |
0.1 |
0.6 |
0.5 |
0.4 |
0.2 |
0.4 |
0.6 |
59.3 | 7102 |
| 3 |
4.2* |
8.5* |
3.0* |
23.2* |
3.4 |
0.3 |
0.4 |
0.1 |
1.2 |
0.1 |
0.7 |
0.6 |
0.5 |
0.2 |
0.4 |
0.7 |
52.5 | 6100 |
| B |
3.0* |
10.6* |
3.6* |
28.7* |
3.4 |
0.4 |
0.5 |
0.1 |
1.4 |
0.1 |
0.5 |
0.7 |
0.6 |
0.3 |
0.5 |
0.7 |
44.6 | 4855 |
| A |
50.7* |
2.3* |
4.1* |
8.3* |
18.9 |
-- |
0.5 |
0.5 |
2.8 |
-- |
7.8 |
0.5 |
-- |
-- |
0.9 |
2.3 |
0.5 | 217 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 181 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1028 |
| M |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 823 |
| |
| Basepair (179:198)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
2.8* |
15.7* |
12.4* |
5.9* |
1.8 |
1.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.3 |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.3 |
58.6 | 7101 |
| 3 |
3.3* |
18.3* |
14.4* |
6.8* |
2.1 |
1.3 |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
0.3 |
0.1 |
0.3 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.4 |
51.8 | 6099 |
| B |
1.9* |
22.5* |
18.0* |
7.8* |
2.3 |
1.6 |
0.1 |
0.2 |
0.2 |
0.4 |
-- |
0.3 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.3 |
44.2 | 4854 |
| A |
50.2* |
12.4* |
2.8* |
16.1* |
6.0 |
1.4 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
3.2 |
0.9 |
-- |
0.9 |
1.4 |
4.1 |
-- | 217 |
| C |
-- |
-- |
-- |
2.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.8 | 181 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1028 |
| M |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 823 |
| |
| Basepair (180:197)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
3.0* |
17.9* |
7.8* |
6.9* |
1.4 |
1.8 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.3 |
0.3 |
0.6 |
59.2 | 7077 |
| 3 |
3.5* |
20.8* |
9.1* |
8.1* |
1.6 |
2.1 |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.2 |
0.1 |
0.3 |
-- |
0.3 |
0.3 |
0.7 |
52.4 | 6075 |
| B |
3.2* |
25.0* |
10.6* |
9.4* |
1.9 |
2.3 |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.2 |
0.1 |
0.3 |
-- |
0.4 |
0.4 |
0.9 |
44.9 | 4831 |
| A |
26.4* |
26.9* |
18.1* |
17.1* |
3.2 |
6.5 |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- | 216 |
| C |
-- |
2.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.8 | 181 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1028 |
| M |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 823 |
| |
| Basepair (181:196)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
4.5* |
7.0* |
7.6* |
11.7* |
2.9 |
2.9 |
0.3 |
0.3 |
0.3 |
0.2 |
-- |
0.4 |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
2.4 |
59.0 | 7061 |
| 3 |
5.2* |
8.1* |
8.8* |
13.6* |
3.4 |
3.4 |
0.4 |
0.4 |
0.3 |
0.2 |
-- |
0.4 |
0.2 |
0.2 |
0.1 |
2.8 |
52.3 | 6059 |
| B |
4.9* |
8.6* |
10.7* |
16.4* |
4.3 |
4.2 |
0.5 |
0.5 |
0.4 |
0.2 |
-- |
0.5 |
0.2 |
0.3 |
0.1 |
3.5 |
44.8 | 4815 |
| A |
37.0* |
37.5* |
7.9* |
16.2* |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 216 |
| C |
-- |
-- |
2.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.8 | 181 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1028 |
| M |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 823 |
| |
| Basepair (182:195)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
2.5* |
10.1* |
8.6* |
8.3* |
2.8 |
4.1 |
0.4 |
0.2 |
0.3 |
0.2 |
0.3 |
0.4 |
0.2 |
0.3 |
0.1 |
1.4 |
59.9 | 7072 |
| 3 |
3.0* |
11.7* |
10.0* |
9.6* |
3.3 |
4.8 |
0.5 |
0.2 |
0.3 |
0.2 |
0.4 |
0.5 |
0.3 |
0.3 |
0.1 |
1.6 |
53.3 | 6070 |
| B |
3.4* |
14.7* |
11.7* |
8.8* |
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0.2 |
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0.2 |
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-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
2.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
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0.5 |
-- |
0.5 |
0.5 |
-- |
6.9 |
-- | 217 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.8 | 181 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
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| AA
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| Seq
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|---|
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-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
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89.9 | 823 |
| |
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