Thermus thermophilus 16S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (11 of 48)
| Basepair (204:214)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
59.8* |
0.5* |
0.5* |
3.7* |
8.5 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
26.0 | 7137 |
| 3 |
67.7* |
0.5* |
0.5* |
3.7* |
9.7 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.3 |
0.1 |
-- |
17.1 | 6144 |
| B |
81.3* |
0.6* |
0.6* |
4.3* |
11.8 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.3 |
0.1 |
-- |
0.5 | 4898 |
| A |
82.2* |
-- |
0.9* |
7.3* |
7.3 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.4 |
-- |
-- |
0.5 | 219 |
| C |
60.8* |
4.1* |
0.6* |
18.1* |
7.0 |
-- |
0.6 |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
0.6 |
0.6 |
1.8 |
3.5 | 171 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.9 | 1028 |
| M |
0.2* |
-- |
0.1 |
1.3* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
97.3 | 823 |
| |
| Basepair (205:213)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
11.8* |
17.9* |
4.2* |
26.0* |
5.4 |
1.2 |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.9 |
0.1 |
-- |
0.1 |
31.7 | 7117 |
| 3 |
12.0* |
20.8* |
4.8* |
29.5* |
6.2 |
1.4 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
1.0 |
0.1 |
-- |
0.1 |
23.6 | 6124 |
| B |
13.6* |
24.3* |
6.0* |
36.6* |
7.7 |
1.2 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
1.2 |
0.1 |
-- |
0.2 |
8.3 | 4880 |
| A |
30.9* |
38.7* |
2.8* |
10.1* |
1.8 |
10.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
0.5 |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
3.3 | 217 |
| C |
63.7* |
1.2* |
0.6* |
24.6* |
4.1 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
3.5 | 171 |
| E |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.9 | 1028 |
| M |
-- |
-- |
0.1 |
0.6 |
0.1* |
-- |
1.2* |
0.1 |
-- |
-- |
0.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.6 | 823 |
| |
| Basepair (206:212)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
10.8* |
5.2* |
6.2* |
12.5* |
0.9 |
1.4 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.5 |
0.2 |
-- |
0.2 |
61.7 | 7093 |
| 3 |
12.5* |
5.9* |
6.8* |
12.9* |
1.0 |
1.5 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.5 |
0.2 |
-- |
0.2 |
58.0 | 6101 |
| B |
15.5* |
6.6* |
8.3* |
15.7* |
1.1 |
1.8 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.7 |
0.2 |
-- |
0.2 |
49.5 | 4854 |
| A |
6.8* |
19.6* |
5.5* |
9.1* |
3.2 |
0.5 |
-- |
2.3 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
52.1 | 219 |
| C |
2.3* |
0.6* |
15.2* |
59.6* |
0.6 |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
1.2 |
0.6 |
1.2 |
-- |
0.6 |
16.4 | 171 |
| E |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.9 | 1028 |
| M |
0.1 |
0.2 |
0.5 |
0.4 |
0.4* |
1.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.2 | 823 |
| |
| Basepair (207:211)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
3.9 |
2.9* |
1.8* |
0.8 |
21.0* |
0.5 |
0.1 |
0.1* |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.3 |
67.8 | 7143 |
| 3 |
4.5 |
3.3* |
2.0* |
0.7 |
24.4* |
0.5 |
-- |
0.1* |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.3 |
63.5 | 6151 |
| B |
5.5 |
3.4* |
2.2* |
0.9 |
30.6* |
0.5 |
0.1 |
0.1* |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.4 |
55.9 | 4903 |
| A |
3.2* |
16.4* |
7.3* |
0.5* |
0.5 |
3.2 |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
0.5 |
-- |
1.8 |
-- |
-- |
66.0 | 220 |
| C |
3.5* |
0.6* |
4.1* |
5.3* |
1.8 |
1.8 |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
81.3 | 171 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.9 | 1028 |
| M |
-- |
-- |
0.2* |
0.1 |
0.2* |
-- |
-- |
0.4 |
1.1* |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
97.2 | 823 |
| |
Last generated : Fri Jun 28 2002 (11 : 6)