Thermus thermophilus 16S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (12 of 48)
| Basepair (235:281)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
16.0* |
67.3* |
10.5* |
4.7* |
0.1 |
0.5 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.6 | 7196 |
| 3 |
8.1* |
74.9* |
11.9* |
4.0* |
-- |
0.6 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 6203 |
| B |
10.0* |
69.7* |
14.3* |
4.9* |
-- |
0.4 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 4956 |
| A |
0.5* |
86.9* |
6.3* |
-- |
-- |
6.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 221 |
| C |
1.2* |
96.5* |
1.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 171 |
| E |
0.7* |
97.2* |
1.3* |
0.5* |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 1027 |
| M |
78.5* |
4.4* |
1.8* |
10.9* |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.4 | 823 |
| |
| Basepair (236:280)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
32.6* |
40.6* |
12.6* |
9.0* |
2.2 |
2.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.5 | 7233 |
| 3 |
26.5* |
47.0* |
11.8* |
9.5* |
2.2 |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- | 6240 |
| B |
32.7* |
36.8* |
14.7* |
11.8* |
2.8 |
0.5 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- | 4993 |
| A |
5.4* |
91.0* |
0.5* |
2.3* |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 221 |
| C |
1.2* |
1.2* |
96.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 171 |
| E |
0.9* |
87.0* |
0.1* |
-- |
-- |
12.0 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 1027 |
| M |
85.8* |
-- |
0.6* |
7.0* |
2.6 |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
3.4 | 823 |
| |
| Basepair (237:279)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
38.1* |
18.2 |
10.1 |
0.2* |
0.1 |
32.3* |
-- |
-- |
0.1 |
0.1* |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.4 | 7218 |
| 3 |
40.6* |
17.8 |
5.7 |
0.1* |
-- |
35.2* |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- | 6225 |
| B |
48.4* |
20.6 |
6.8 |
0.1* |
-- |
23.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- | 4979 |
| A |
54.5* |
21.4* |
4.5* |
-- |
-- |
19.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 220 |
| C |
97.1* |
-- |
-- |
1.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 171 |
| E |
0.1* |
3.5 |
0.3 |
-- |
-- |
95.6* |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- | 1027 |
| M |
7.2* |
24.7* |
46.1* |
0.6* |
0.5 |
16.5 |
0.1 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
3.4 | 823 |
| |
| Basepair (238:277)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
0.3 |
0.1 |
0.1* |
-- |
98.3* |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.8 | 7219 |
| 3 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
99.5 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- | 6225 |
| B |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
99.5 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- | 4980 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 221 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 172 |
| E |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
99.4 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 1025 |
| M |
-- |
-- |
2.2 |
0.4 |
0.6* |
-- |
89.4* |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
6.6 | 823 |
| |
| Basepair (239:870)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1* |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
78.9* |
19.6 |
1.0 | 6499 |
| 3 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
77.5* |
22.0 |
-- | 5522 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
93.3* |
6.3 |
-- | 4337 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.5 |
0.5 |
-- | 206 |
| C |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
66.2 |
30.6 |
2.4 | 160 |
| E |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
3.7 |
95.9* |
0.1 | 979 |
| M |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
0.6* |
0.1 |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
90.0* |
1.3 |
6.7 | 818 |
| |
| Basepair (240:278)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
42.1* |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
56.3* |
0.5 | 7222 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
38.0* |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
61.5* |
-- | 6230 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
25.2* |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
74.3* |
-- | 4985 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
44.3* |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
55.2* |
-- | 221 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
98.8 |
-- | 172 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
99.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7* |
-- | 1024 |
| M |
0.1 |
-- |
0.4 |
0.2 |
2.1 |
0.1 |
0.1* |
1.0 |
-- |
-- |
82.1* |
-- |
-- |
-- |
1.3 |
8.3* |
4.3 | 821 |
| |
| Basepair (241:276)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
12.2 |
1.4 |
84.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1* |
0.8 | 7211 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
10.1 |
1.5 |
87.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 6218 |
| B |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
99.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 4973 |
| A |
-- |
-- |
-- |
5.9 |
-- |
-- |
46.4 |
8.2 |
39.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 220 |
| C |
-- |
-- |
-- |
2.3 |
-- |
-- |
2.3 |
-- |
95.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 172 |
| E |
-- |
-- |
-- |
2.7 |
-- |
-- |
48.7* |
6.9 |
41.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1* |
-- | 1026 |
| M |
-- |
-- |
-- |
2.7 |
-- |
-- |
30.0 |
1.3 |
58.2* |
-- |
0.1* |
0.1 |
0.2* |
-- |
-- |
0.5* |
6.9 | 822 |
| |
| Basepair (242:272)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
84.4* |
0.1* |
0.1* |
14.3* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 7251 |
| 3 |
87.3* |
0.1* |
0.1* |
11.9* |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 6257 |
| B |
99.2* |
-- |
-- |
0.1* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- | 5011 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 221 |
| C |
97.1* |
-- |
-- |
0.6* |
2.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 172 |
| E |
26.9* |
0.7* |
0.5* |
71.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- | 1026 |
| M |
59.8* |
0.1* |
0.4* |
35.1* |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.6 | 823 |
| |
| Basepair (242:277)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
14.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
84.7 |
0.1 |
-- |
-- |
0.5 | 7245 |
| 3 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
11.9 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
87.6 |
0.1 |
-- |
-- |
-- | 6251 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
99.5 |
0.1 |
-- |
-- |
-- | 5006 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 221 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.4 |
-- |
-- |
-- |
-- | 172 |
| E |
-- |
-- |
0.6 |
0.1 |
-- |
-- |
71.5 |
0.1 |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
27.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 1025 |
| M |
-- |
0.4* |
0.4 |
-- |
0.7 |
-- |
34.8 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
59.3* |
-- |
-- |
-- |
4.2 | 823 |
| |
| Basepair (243:271)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
20.5* |
72.6* |
3.7* |
1.2* |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.4 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.4 | 7247 |
| 3 |
11.3* |
81.5* |
4.2* |
1.2* |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.4 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- | 6253 |
| B |
9.8* |
82.2* |
4.7* |
1.5* |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.5 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 | 5006 |
| A |
95.5* |
2.7* |
1.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 223 |
| C |
-- |
95.3* |
2.9* |
-- |
-- |
1.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 172 |
| E |
0.3* |
95.0* |
2.3* |
0.4* |
-- |
1.5 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.3 | 1025 |
| M |
94.4* |
0.2* |
0.2* |
1.0* |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.8 | 823 |
| |
| Basepair (244:270)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
9.1 |
0.1 |
0.1* |
-- |
88.7* |
-- |
-- |
0.1 |
1.2* |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.5 | 7256 |
| 3 |
-- |
0.4 |
0.1 |
-- |
-- |
97.9* |
-- |
-- |
-- |
1.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- | 6263 |
| B |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
98.4* |
-- |
-- |
0.1 |
1.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- | 5017 |
| A |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
91.5* |
-- |
-- |
-- |
8.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 223 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.7* |
-- |
-- |
-- |
2.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 172 |
| E |
-- |
1.8 |
-- |
0.2* |
-- |
97.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3* |
0.1 |
-- |
0.4 |
0.3 | 1024 |
| M |
0.1* |
77.3* |
0.1* |
0.4* |
-- |
16.5 |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.6 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
4.1 | 822 |
| |
| Basepair (247:269)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
2.0* |
0.2* |
74.9* |
20.7* |
0.1 |
0.1 |
0.4 |
0.3 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.4 |
0.6 | 7244 |
| 3 |
-- |
0.2* |
82.6* |
16.4* |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- | 6251 |
| B |
-- |
0.2* |
98.2* |
1.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- | 5006 |
| A |
-- |
0.5* |
80.6* |
18.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 222 |
| C |
-- |
-- |
97.7* |
2.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 172 |
| E |
-- |
0.1* |
7.1* |
89.2* |
0.2 |
-- |
1.7 |
0.1 |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- | 1024 |
| M |
18.0* |
-- |
11.2* |
57.2* |
0.6 |
0.6 |
1.0 |
2.3 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
0.6 |
2.4 |
5.3 | 822 |
| |
| Basepair (248:268)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.2* |
8.5* |
83.6* |
4.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
2.4 | 7209 |
| 3 |
-- |
2.7* |
92.9* |
3.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- | 6207 |
| B |
-- |
0.4* |
95.5* |
3.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- | 4958 |
| A |
-- |
17.5* |
66.4* |
15.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 223 |
| C |
-- |
-- |
98.3* |
1.2* |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 172 |
| E |
0.2* |
10.1* |
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2.4* |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
0.4 |
-- | 1027 |
| M |
1.3* |
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11.1* |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
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0.4 |
-- |
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0.2 |
0.1 |
-- |
21.0 | 831 |
| |
| Basepair (249:267)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
88.3* |
0.3* |
2.1* |
0.9* |
0.5 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
7.2 | 7105 |
| 3 |
98.9* |
-- |
0.1* |
0.1* |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- | 6090 |
| B |
99.2 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- | 4855 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 212 |
| C |
98.8* |
-- |
-- |
1.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 172 |
| E |
97.0* |
0.1* |
0.9* |
0.4* |
1.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 | 1024 |
| M |
10.4* |
2.6* |
16.6* |
7.1* |
0.4 |
-- |
0.1 |
0.4 |
-- |
0.5 |
0.5 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.5 |
60.6 | 844 |
| |
| Basepair (250:266)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
87.2* |
0.2* |
1.8* |
0.2* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
9.7 | 7290 |
| 3 |
97.9* |
0.1* |
1.6* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- | 6269 |
| B |
99.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- | 5019 |
| A |
80.4* |
-- |
17.0* |
-- |
1.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- | 224 |
| C |
97.7* |
-- |
-- |
1.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 172 |
| E |
92.7* |
0.4* |
6.2* |
0.1* |
0.3 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- | 1027 |
| M |
6.5* |
1.3* |
3.8* |
1.3* |
2.9 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
83.4 | 850 |
| |
| Basepair (251:265)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.4* |
1.0* |
81.8* |
0.5* |
0.4 |
0.1 |
0.6 |
0.4 |
-- |
4.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
0.1 |
10.1 | 7283 |
| 3 |
0.4* |
1.1* |
91.6* |
0.1* |
0.4 |
0.1 |
0.7 |
0.4 |
-- |
4.8 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- | 6262 |
| B |
0.1 |
0.1* |
92.1* |
-- |
-- |
0.2 |
0.8 |
0.5* |
-- |
5.8 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- | 5014 |
| A |
7.2 |
14.3* |
62.8* |
-- |
12.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 223 |
| C |
0.6* |
-- |
89.5* |
0.6* |
-- |
-- |
1.2 |
0.6 |
-- |
1.7 |
-- |
-- |
2.3 |
-- |
3.5 |
-- |
-- | 172 |
| E |
0.3* |
3.3* |
95.2* |
0.3* |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
0.3 |
-- | 1026 |
| M |
0.5* |
0.2* |
8.0* |
3.8* |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
86.8 | 850 |
| |
| Basepair (252:264)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
34.6* |
0.3* |
0.5* |
25.8* |
27.2 |
0.4 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
10.4 | 7236 |
| 3 |
39.9* |
0.1* |
0.4* |
28.4* |
30.1 |
0.4 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- | 6215 |
| B |
45.7* |
0.1 |
-- |
15.8* |
37.7 |
0.3* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- | 4967 |
| A |
90.6* |
-- |
-- |
8.1* |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- | 223 |
| C |
14.0 |
-- |
-- |
29.7 |
55.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 | 172 |
| E |
0.7* |
-- |
2.2* |
93.6* |
-- |
0.8 |
0.3 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
1.7 |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 | 1026 |
| M |
0.7* |
2.0* |
1.4* |
5.9* |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.1 |
88.8 | 850 |
| |
| Basepair (253:263)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
50.5* |
0.2* |
0.6* |
30.5* |
4.0 |
0.5 |
-- |
2.2 |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
10.4 | 7275 |
| 3 |
58.1* |
0.2 |
0.4 |
32.8* |
4.4 |
0.5* |
-- |
2.5 |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- | 6254 |
| B |
54.0* |
0.1 |
0.5 |
36.3* |
5.4 |
0.6* |
-- |
2.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- | 5005 |
| A |
93.7* |
-- |
-- |
1.8* |
-- |
-- |
-- |
4.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 223 |
| C |
18.6* |
0.6* |
5.2* |
65.1* |
8.7 |
0.6 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 172 |
| E |
70.0* |
0.7* |
0.1* |
22.4* |
0.2 |
0.3 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
4.9 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- | 1027 |
| M |
1.3* |
0.4* |
1.3* |
6.8* |
0.6 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.1 |
88.8 | 850 |
| |
| Basepair (254:262)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
83.7* |
-- |
3.0* |
1.6* |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.1 |
10.4 | 7297 |
| 3 |
93.6* |
-- |
3.3* |
1.6* |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- | 6276 |
| B |
97.5* |
-- |
1.1* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 5029 |
| A |
82.9* |
-- |
14.9* |
2.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 222 |
| C |
96.5* |
-- |
1.2* |
1.2* |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 172 |
| E |
76.3* |
-- |
12.1* |
9.5* |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
0.4 |
0.1 | 1026 |
| M |
8.2* |
0.1* |
0.7* |
1.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
88.9 | 850 |
| |
| Basepair (255:260)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
0.4 |
0.7 |
1.6 |
1.3 |
0.2 |
1.8* |
0.2 |
3.8 |
0.4 |
0.6 |
0.3* |
4.7 |
75.6* |
1.7* |
0.7 |
5.9 | 7265 |
| 3 |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
1.3 |
0.3 |
1.3* |
-- |
4.3 |
0.1 |
0.1 |
0.1* |
4.6 |
85.0* |
1.7* |
0.7 |
0.2 | 6273 |
| B |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
1.5 |
0.1 |
1.7* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
5.8 |
90.5* |
-- |
-- |
0.2 | 5023 |
| A |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
1.3 |
3.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
94.6 |
-- |
-- |
-- | 224 |
| C |
0.6 |
-- |
1.2 |
-- |
6.4 |
-- |
4.7* |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
27.5 |
58.5* |
-- |
-- |
0.6 | 171 |
| E |
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0.8 |
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0.1 |
0.2 |
0.4 |
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0.2 |
25.6 |
0.4 |
0.4 |
0.9* |
0.1 |
56.0* |
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| M |
0.1 |
2.2 |
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50.7 | 822 |
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