Thermus thermophilus 16S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (13 of 48)
| Basepair (284:306)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
76.4* |
16.8* |
1.5* |
3.6* |
0.8 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.4 | 7244 |
| 3 |
73.8* |
19.4* |
1.5* |
3.9* |
0.8 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- | 6254 |
| B |
91.2* |
0.6* |
1.8* |
4.9* |
1.0 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- | 5006 |
| A |
23.2* |
75.0* |
1.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 224 |
| C |
87.5* |
-- |
8.3* |
3.6* |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 168 |
| E |
0.2* |
99.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 1025 |
| M |
93.6* |
-- |
0.1* |
1.5* |
0.6 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
3.6 | 823 |
| |
| Basepair (285:305)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
20.7* |
74.6* |
1.7* |
0.1* |
0.1 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
1.3 |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 7276 |
| 3 |
23.9* |
74.8* |
0.2* |
0.1* |
0.1 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 6285 |
| B |
5.4* |
93.4* |
0.2* |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 5037 |
| A |
93.0* |
-- |
-- |
2.2* |
2.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
2.2 |
-- |
-- |
-- |
-- | 227 |
| C |
-- |
93.5* |
2.4* |
-- |
-- |
4.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 169 |
| E |
99.6* |
0.2* |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 1022 |
| M |
0.2* |
68.8* |
13.4* |
0.4* |
0.1 |
2.1 |
-- |
-- |
0.1 |
10.6 |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
3.8 | 823 |
| |
| Basepair (286:304)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
22.9* |
31.9* |
34.2* |
0.3* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
10.3 | 7325 |
| 3 |
26.6* |
36.4* |
36.4* |
0.3* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- | 6295 |
| B |
8.7* |
45.4* |
45.5* |
0.2* |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 5040 |
| A |
97.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.2 |
-- |
-- |
-- |
-- | 230 |
| C |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 169 |
| E |
98.6* |
0.1* |
0.1* |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 1026 |
| M |
0.1* |
5.2* |
5.3* |
0.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
88.7 | 862 |
| |
| Basepair (287:303)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
74.5* |
-- |
-- |
6.4* |
7.4 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.2 |
10.6 | 7204 |
| 3 |
82.8* |
-- |
-- |
7.4* |
8.6 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
0.1 |
0.3 |
-- | 6174 |
| B |
99.2* |
-- |
-- |
0.2* |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- | 4920 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 229 |
| C |
99.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 169 |
| E |
0.5 |
-- |
-- |
43.2 |
51.5* |
-- |
0.1 |
1.3* |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
1.5 |
-- |
-- |
1.8 |
0.1 | 1026 |
| M |
9.9* |
-- |
0.2* |
0.6* |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
89.0 | 862 |
| |
| Basepair (288:299)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
23.2 |
4.2* |
4.2* |
13.9 |
43.4* |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
10.6 | 7342 |
| 3 |
25.9 |
4.9* |
4.7* |
15.7 |
48.1* |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- | 6312 |
| B |
17.6 |
0.4* |
3.2* |
18.8 |
59.2* |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- | 5059 |
| A |
-- |
46.3* |
53.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 229 |
| C |
21.3 |
1.2* |
-- |
5.3 |
71.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- | 169 |
| E |
72.6* |
17.7* |
1.0* |
4.1* |
4.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.2 | 1025 |
| M |
3.8* |
0.1* |
1.3* |
1.7* |
3.5 |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
89.2 | 862 |
| |
| Basepair (289:298)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
1.7* |
32.8* |
39.7* |
12.5* |
2.1 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
10.5 | 7365 |
| 3 |
1.9* |
38.1* |
42.9* |
13.8* |
2.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- | 6335 |
| B |
1.9* |
42.1* |
50.6* |
3.7* |
0.7 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 | 5082 |
| A |
6.1* |
41.0* |
52.4* |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 229 |
| C |
-- |
1.8* |
98.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 169 |
| E |
0.8* |
17.7* |
2.9* |
66.8* |
11.4 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 1025 |
| M |
0.1* |
0.1* |
5.1* |
5.1* |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
89.1 | 862 |
| |
| Basepair (290:297)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
6.2* |
65.7* |
2.7* |
11.2* |
-- |
3.4 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
10.5 | 7363 |
| 3 |
7.3* |
73.5* |
2.7* |
12.9* |
-- |
3.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 6330 |
| B |
1.7* |
91.3* |
2.7* |
-- |
-- |
4.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 5075 |
| A |
73.2* |
9.1* |
7.8* |
9.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- | 231 |
| C |
-- |
66.9* |
9.3* |
-- |
-- |
23.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 172 |
| E |
20.1* |
0.2* |
1.9* |
77.3* |
0.1 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 1025 |
| M |
0.1* |
8.0* |
1.3* |
1.4* |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
89.0 | 862 |
| |
| Basepair (291:296)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
0.9 |
0.3 |
0.3* |
-- |
88.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
10.5 | 7377 |
| 3 |
-- |
0.4 |
0.2 |
0.3* |
-- |
99.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 6344 |
| B |
-- |
0.5 |
0.2 |
-- |
-- |
99.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 5088 |
| A |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
99.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 231 |
| C |
-- |
23.8 |
-- |
-- |
-- |
76.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 172 |
| E |
0.1* |
-- |
-- |
1.8* |
-- |
98.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- | 1026 |
| M |
-- |
0.1 |
0.7 |
0.1* |
-- |
9.7* |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
89.0 | 862 |
| |
| Basepair (292:295)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
2.8 |
1.0 |
0.1 |
2.5 |
6.9* |
0.4 |
-- |
0.8 |
0.1 |
-- |
0.3* |
74.6* |
0.1 |
0.5 |
0.1 |
9.6 | 7320 |
| 3 |
-- |
3.3 |
1.0 |
-- |
2.9 |
8.0* |
0.3 |
-- |
1.0 |
0.1 |
-- |
0.3* |
82.6* |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
-- | 6327 |
| B |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
98.4* |
0.1 |
0.1* |
-- |
0.1 | 5073 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 231 |
| C |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.3* |
-- |
0.6* |
-- |
-- | 172 |
| E |
0.2 |
20.2 |
2.5 |
-- |
17.7* |
49.1* |
-- |
-- |
6.0 |
-- |
-- |
2.1 |
0.3 |
0.5 |
0.9 |
0.4 |
0.1 | 1024 |
| M |
-- |
-- |
0.9 |
0.9* |
-- |
0.1 |
1.3 |
0.2 |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.1 |
8.4* |
-- |
2.8* |
0.1 |
84.9 | 822 |
| |
| Basepair (293:543)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1 |
-- |
0.7 |
15.3 |
0.4 |
0.2 |
56.8* |
1.0 |
11.0 |
0.1 |
-- |
-- |
0.5 |
3.0* |
-- |
0.2* |
10.7 | 6559 |
| 3 |
0.1 |
-- |
0.4 |
17.1 |
0.4 |
0.2 |
63.4* |
1.1 |
12.9 |
0.1 |
-- |
-- |
0.5 |
3.5* |
-- |
-- |
0.2 | 5589 |
| B |
-- |
-- |
0.1 |
20.9 |
0.1* |
0.1* |
78.0* |
0.1 |
0.3 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 4366 |
| A |
2.4 |
-- |
-- |
21.3 |
10.1* |
-- |
34.3* |
20.8 |
3.4 |
-- |
-- |
-- |
7.7 |
-- |
-- |
-- |
-- | 207 |
| C |
-- |
-- |
-- |
4.3 |
0.6* |
-- |
94.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 162 |
| E |
-- |
-- |
1.8* |
0.1 |
-- |
0.8 |
6.8 |
1.6 |
68.5* |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
19.0 |
-- |
-- |
0.3 | 1016 |
| M |
0.2 |
-- |
2.5* |
4.4* |
0.2 |
-- |
3.5 |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.1* |
-- |
0.2 |
0.2* |
0.4 |
1.5 |
86.2 | 809 |
| |
| Basepair (294:549)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.8 |
0.2* |
2.9 |
0.2 |
-- |
2.0 |
-- |
0.4 |
87.2* |
5.2* |
-- |
0.7 | 6541 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.1 |
-- |
-- |
0.1 | 5575 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.6 |
-- |
-- |
0.1 | 4350 |
| A |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
2.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
96.2 |
-- |
-- |
-- | 208 |
| C |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
1.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.1* |
-- |
-- |
-- | 162 |
| E |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
2.3 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
97.2 |
-- |
-- |
-- | 1017 |
| M |
1.1 |
0.1 |
0.9 |
0.2 |
0.1 |
2.4 |
1.0 |
23.4 |
0.5* |
0.2 |
16.6 |
0.1* |
3.5* |
2.7 |
42.5* |
-- |
4.5 | 805 |
| |
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