Thermus thermophilus 16S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (14 of 48)
| Basepair (311:332)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
14.0* |
53.1* |
11.5* |
2.4* |
0.2 |
6.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
12.1 | 7399 |
| 3 |
16.5* |
60.0* |
12.5* |
2.8* |
0.2 |
7.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 6247 |
| B |
1.5* |
74.0* |
12.1* |
2.5* |
-- |
9.6 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 5003 |
| A |
-- |
19.8* |
80.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 222 |
| C |
0.6* |
91.1* |
6.0* |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 168 |
| E |
93.6* |
0.1* |
0.1* |
4.9* |
1.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 1022 |
| M |
0.4* |
3.4* |
5.9* |
0.2* |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
89.8 | 985 |
| |
| Basepair (312:331)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
18.3* |
0.8* |
67.0* |
0.2* |
0.3 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
12.7 | 6988 |
| 3 |
21.9* |
0.8* |
76.3* |
0.2* |
0.4 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 | 5836 |
| B |
1.8* |
0.8* |
96.6* |
-- |
0.4 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 | 4606 |
| A |
94.3* |
2.4* |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- | 212 |
| C |
-- |
3.0* |
95.8* |
1.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 168 |
| E |
97.8* |
0.6* |
0.5* |
0.8* |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- | 1018 |
| M |
-- |
0.7* |
7.4* |
0.4* |
-- |
1.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
89.8 | 985 |
| |
| Basepair (313:330)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
73.1* |
0.1* |
0.1* |
0.2* |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
13.7 |
-- |
-- |
-- |
12.5 | 7174 |
| 3 |
82.9 |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
16.3 |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 6022 |
| B |
99.1* |
0.1* |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 | 4779 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 231 |
| C |
98.2* |
-- |
-- |
1.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 168 |
| E |
2.5 |
-- |
-- |
0.2* |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
96.5* |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 1013 |
| M |
9.1* |
0.1* |
0.4* |
0.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
89.8 | 985 |
| |
| Basepair (313:1445)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
85.6 |
0.4 |
-- |
-- |
12.9 | 5266 |
| 3 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
98.9 |
0.4 |
-- |
-- |
0.2 | 4406 |
| B |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
99.4 |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 | 3270 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.6 |
-- |
-- |
-- |
2.4 | 170 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
95.8 |
1.4 |
-- |
-- |
0.7 | 144 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
0.1* |
0.2 |
-- |
-- |
97.4* |
1.5 |
-- |
-- |
0.4 | 965 |
| M |
2.4* |
0.1* |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
0.3 |
-- |
-- |
93.7 | 718 |
| |
| Basepair (314:329)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
72.0* |
0.1* |
0.3* |
15.3* |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
11.8 | 7474 |
| 3 |
81.3* |
0.1* |
0.3* |
17.8* |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- | 6322 |
| B |
99.5* |
-- |
-- |
0.1* |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 5069 |
| A |
35.2* |
-- |
8.3* |
53.5* |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.2 |
-- |
-- |
-- | 230 |
| C |
94.6* |
-- |
-- |
1.2* |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.6 |
-- |
-- |
-- |
-- | 168 |
| E |
1.6* |
0.6* |
0.1* |
97.4* |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- | 1024 |
| M |
8.4* |
-- |
0.1 |
1.3* |
-- |
0.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
89.8 | 985 |
| |
| Basepair (314:1416)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
6.9 |
0.1 |
10.5* |
0.1 |
-- |
-- |
65.5* |
0.3 |
-- |
-- |
15.2 | 5662 |
| 3 |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
8.0 |
0.1 |
12.5* |
0.1 |
-- |
-- |
74.0* |
0.3 |
-- |
-- |
3.6 | 4778 |
| B |
1.5 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- | 3599 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.4 | 173 |
| C |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
3.4 |
-- |
1.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
92.6 |
0.7 |
-- |
-- |
-- | 148 |
| E |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
37.8 |
0.3 |
59.3* |
0.5 |
-- |
-- |
0.5* |
1.1 |
-- |
-- |
0.1 | 1005 |
| M |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.4 |
0.4 |
-- |
-- |
93.5 | 738 |
| |
| Basepair (315:328)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
61.7* |
3.1* |
3.6* |
18.5* |
0.3 |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
12.0 | 7437 |
| 3 |
70.0* |
3.5* |
4.2* |
21.2* |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 | 6285 |
| B |
66.9* |
2.7* |
4.0* |
25.2* |
0.3 |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 | 5035 |
| A |
7.9* |
34.5* |
27.5* |
27.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 229 |
| C |
72.0* |
-- |
-- |
21.4* |
2.4 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.0 |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 168 |
| E |
98.9* |
0.1* |
-- |
0.2* |
0.2 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 1022 |
| M |
7.0* |
1.6* |
0.5* |
0.8* |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
89.6 | 985 |
| |
| Basepair (316:327)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
14.2 |
1.5* |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
71.5* |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
12.0 | 7470 |
| 3 |
-- |
16.7 |
1.5* |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
81.2* |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 6318 |
| B |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
99.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 5065 |
| A |
-- |
12.7 |
42.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
43.0* |
-- |
2.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 228 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
98.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 168 |
| E |
-- |
99.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- | 1026 |
| M |
-- |
0.1 |
1.9 |
0.5 |
0.2* |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
4.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4* |
-- |
89.8 | 985 |
| |
| Basepair (317:324)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
0.2 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
85.7 |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
12.5 | 7438 |
| 3 |
-- |
0.2 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
97.9 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 | 6286 |
| B |
-- |
0.2 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.3 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- | 5035 |
| A |
-- |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.8 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 228 |
| C |
-- |
0.6 |
6.0 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
92.3 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 168 |
| E |
-- |
0.1 |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
91.3* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.2* |
4.6 | 1023 |
| M |
0.1* |
0.2 |
0.2 |
0.3* |
-- |
0.1* |
1.5 |
-- |
-- |
6.7* |
0.1 |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
89.8 | 985 |
| |
| Basepair (318:322)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
87.8 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
11.8 | 7496 |
| 3 |
-- |
-- |
99.6 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 6343 |
| B |
-- |
-- |
99.7 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 5089 |
| A |
-- |
-- |
97.8 |
-- |
-- |
2.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 229 |
| C |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 169 |
| E |
-- |
-- |
99.2 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- | 1026 |
| M |
-- |
-- |
9.6 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
90.0 | 985 |
| |
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