Thermus thermophilus 16S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (15 of 48)
| Basepair (333:346)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1* |
0.1 |
0.7* |
0.1 |
-- |
0.3 |
0.1 |
0.1 |
84.4* |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
3.3 |
-- |
-- |
10.6 | 6900 |
| 3 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.1 |
0.1 |
95.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.8 |
-- |
-- |
0.2 | 5912 |
| B |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
0.2 |
0.1 |
98.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 | 4664 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.3 |
-- |
-- |
2.2 | 223 |
| C |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
97.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 166 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
99.8* |
-- |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- | 1025 |
| M |
0.9* |
0.2 |
5.5* |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
4.3* |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
0.6 |
-- |
-- |
87.7 | 823 |
| |
| Basepair (334:345)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
2.5* |
86.2* |
0.2* |
0.5* |
0.8 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
5.4 |
1.1 |
2.5 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 7156 |
| 3 |
2.8* |
95.9* |
-- |
0.4* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- | 6167 |
| B |
-- |
99.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 4931 |
| A |
81.5* |
-- |
-- |
2.8* |
12.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
0.5 | 211 |
| C |
-- |
98.2* |
1.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 167 |
| E |
0.3 |
96.9* |
0.2 |
1.9* |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4* |
0.2 |
-- |
-- |
-- | 1026 |
| M |
0.2 |
11.7 |
1.0 |
1.5 |
3.9* |
0.4* |
0.2 |
-- |
0.1 |
46.7* |
9.1 |
20.8 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
4.2 | 823 |
| |
| Basepair (335:344)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.3* |
3.3* |
71.1* |
1.2* |
0.5 |
0.9 |
12.0 |
0.3 |
-- |
6.6 |
0.4 |
2.7 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.6 | 7137 |
| 3 |
0.3* |
3.2* |
79.4* |
1.3* |
0.6 |
0.7 |
13.9 |
0.3 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- | 6148 |
| B |
-- |
0.1* |
97.9* |
1.1* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 4924 |
| A |
-- |
91.3* |
0.5* |
-- |
2.4* |
1.4 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.9 |
-- |
-- |
1.9 | 208 |
| C |
-- |
0.6* |
95.8* |
0.6* |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- | 167 |
| E |
1.5 |
-- |
5.6 |
2.1 |
3.2* |
1.9* |
83.7* |
1.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 1017 |
| M |
0.4* |
4.6 |
4.3 |
0.6* |
-- |
2.2* |
0.1 |
0.2 |
-- |
55.7* |
3.5 |
23.8 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
4.3 | 823 |
| |
| Basepair (336:343)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1* |
82.6* |
14.5* |
0.3* |
-- |
0.4 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
1.4 | 7124 |
| 3 |
-- |
81.9* |
16.5* |
0.3* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 | 6135 |
| B |
-- |
98.2* |
0.4* |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.8 | 4892 |
| A |
-- |
97.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 225 |
| C |
-- |
89.8* |
9.0* |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 167 |
| E |
-- |
0.2* |
97.1* |
1.7* |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- | 1019 |
| M |
0.6* |
86.6* |
1.1* |
0.6* |
0.1 |
0.5 |
0.6 |
0.1 |
0.1 |
1.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
8.1 | 823 |
| |
| Basepair (337:342)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1* |
94.9* |
0.4* |
0.1* |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
1.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
2.1 | 7119 |
| 3 |
0.1* |
98.2* |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
1.3 | 6131 |
| B |
-- |
98.1 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
1.4 | 4889 |
| A |
2.2* |
92.9* |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.5 | 224 |
| C |
-- |
93.4* |
1.2* |
-- |
-- |
4.2 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- | 167 |
| E |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 1018 |
| M |
0.2* |
70.6* |
2.8* |
0.5* |
-- |
1.7 |
0.4 |
0.1 |
14.2 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.4 |
8.7 | 822 |
| |
| Basepair (338:341)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
20.6 |
0.2 |
0.1 |
-- |
76.6* |
0.5* |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
1.2 | 7138 |
| 3 |
-- |
13.0 |
0.1 |
-- |
-- |
86.1* |
-- |
0.1* |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 | 6151 |
| B |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
99.0 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.2 | 4899 |
| A |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
96.9* |
-- |
2.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 229 |
| C |
-- |
-- |
1.8 |
-- |
-- |
96.4 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- | 167 |
| E |
-- |
77.7* |
-- |
-- |
-- |
22.0 |
0.1* |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 1023 |
| M |
-- |
81.6* |
1.0 |
1.0 |
-- |
1.7 |
4.6* |
-- |
0.5 |
0.5 |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
1.0* |
7.7 | 821 |
| |
Last generated : Fri Jun 28 2002 (11 : 6)