Thermus thermophilus 16S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (16 of 48)
| Basepair (357:360)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
0.4 |
1.2 |
72.1* |
-- |
2.5* |
0.9 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
17.1 |
0.1 |
4.2* |
0.8 |
0.5 | 7152 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
79.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
19.8 |
0.1 |
-- |
-- |
0.4 | 6162 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.4 | 4921 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
91.7 |
0.4 |
-- |
-- |
3.9 | 228 |
| C |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
97.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
0.6 | 167 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
99.5 |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 1014 |
| M |
-- |
-- |
3.3 |
10.6 |
11.9* |
0.1 |
21.6* |
7.3 |
0.1 |
0.6 |
0.5 |
0.2 |
0.2 |
-- |
36.2* |
6.7 |
0.7 | 824 |
| |
| Basepair (361:389)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
19.3 |
-- |
-- |
-- |
11.8 |
1.1 |
0.2 |
67.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
0.1 | 7143 |
| 3 |
-- |
21.0 |
-- |
-- |
-- |
10.8 |
0.1 |
0.2 |
67.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
-- | 6157 |
| B |
-- |
21.4 |
-- |
-- |
-- |
13.5 |
0.1 |
0.3 |
64.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
0.1 | 4906 |
| A |
-- |
64.3 |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
34.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- | 227 |
| C |
-- |
4.2 |
-- |
-- |
-- |
89.8 |
-- |
-- |
4.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 |
-- | 167 |
| E |
-- |
9.8 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
90.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 1025 |
| M |
-- |
9.1 |
0.2* |
0.1 |
-- |
3.9 |
8.7 |
0.2 |
77.0* |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.3 | 820 |
| |
| Basepair (362:388)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.6* |
2.7* |
95.7* |
0.1* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 | 7180 |
| 3 |
0.7* |
3.1* |
95.4* |
0.1* |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 6193 |
| B |
0.4* |
-- |
99.2* |
0.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 4947 |
| A |
10.9* |
84.3* |
2.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.2 | 229 |
| C |
-- |
-- |
98.2 |
-- |
-- |
1.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 167 |
| E |
0.1* |
0.1* |
98.0* |
-- |
-- |
1.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 1018 |
| M |
-- |
0.2* |
97.4* |
-- |
0.1* |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.5 |
0.6 | 821 |
| |
| Basepair (364:387)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
55.5* |
18.1* |
3.5* |
17.4* |
0.2 |
0.7 |
2.6 |
0.6 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.7 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.3 | 7188 |
| 3 |
61.0* |
18.6* |
2.8* |
16.1* |
0.2 |
0.8 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 | 6200 |
| B |
74.8* |
20.9* |
1.7* |
1.4* |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 | 4944 |
| A |
0.9* |
51.7* |
39.1* |
-- |
-- |
6.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.2 | 230 |
| C |
1.8* |
91.6* |
4.8* |
-- |
-- |
1.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 167 |
| E |
8.3* |
0.1 |
-- |
90.3* |
0.9 |
0.1* |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 1027 |
| M |
24.9* |
-- |
8.4* |
30.4* |
0.7 |
0.1 |
23.1 |
4.9 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
-- |
5.8 |
0.4 |
0.1 |
-- |
0.5 | 822 |
| |
| Basepair (365:386)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
27.8* |
59.1* |
2.0* |
9.4* |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.2 |
0.6 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 | 7174 |
| 3 |
30.5* |
66.0* |
1.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
0.2 |
0.7 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 6189 |
| B |
37.7* |
60.6* |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.8 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 4944 |
| A |
1.8* |
49.5* |
46.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.3 | 220 |
| C |
-- |
94.0* |
6.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 166 |
| E |
1.6* |
95.5* |
1.1* |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
1.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 1026 |
| M |
13.5* |
0.4* |
1.8* |
81.7* |
0.6 |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
0.6 | 820 |
| |
| Basepair (366:385)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
31.3* |
14.7* |
4.7* |
47.6* |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.5 |
0.2 |
0.1 |
0.1 | 7132 |
| 3 |
23.1* |
17.1* |
4.5* |
53.8* |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.6 |
0.1 |
0.1 |
-- | 6146 |
| B |
26.9* |
0.2* |
5.4* |
65.7* |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
0.7 |
0.1 |
0.1 |
-- | 4891 |
| A |
44.8* |
10.9* |
0.9* |
40.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.2 |
-- | 230 |
| C |
94.6* |
-- |
-- |
5.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 167 |
| E |
0.1* |
98.8* |
0.6* |
0.2* |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 1026 |
| M |
79.6* |
0.1* |
7.1* |
9.9* |
0.1 |
-- |
0.6 |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.5 |
0.2 |
0.7 | 820 |
| |
| Basepair (370:384)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
99.2 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.3 | 7212 |
| 3 |
-- |
-- |
99.4 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 | 6225 |
| B |
-- |
-- |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 4968 |
| A |
-- |
-- |
95.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.2 |
2.2 | 231 |
| C |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 167 |
| E |
0.1 |
-- |
99.1* |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
0.2* |
-- |
-- |
0.1 | 1027 |
| M |
0.2* |
0.2* |
97.6* |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.9 | 821 |
| |
| Basepair (371:382)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
3.6 |
12.7* |
1.0* |
5.3 |
74.8* |
0.1 |
-- |
0.2* |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
-- |
1.2 |
0.7 | 7139 |
| 3 |
2.6 |
14.6* |
0.7* |
0.1 |
80.8* |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
0.5 | 6151 |
| B |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
99.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.3 | 4898 |
| A |
61.6* |
-- |
-- |
0.4* |
32.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
1.7 |
-- |
-- |
3.1 | 229 |
| C |
0.6 |
-- |
0.6* |
2.4 |
92.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
3.6 | 167 |
| E |
1.5 |
87.8* |
4.2* |
0.4 |
3.8* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.1 |
0.4 |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.8 | 1024 |
| M |
11.7* |
0.9* |
3.3* |
44.3* |
26.3 |
0.4 |
0.1 |
1.3 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
10.1 |
1.1 | 822 |
| |
| Basepair (372:381)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
70.0* |
16.1* |
0.8* |
10.9* |
0.5 |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.8 | 7193 |
| 3 |
77.9* |
18.6* |
0.8* |
1.0* |
0.3 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.5 | 6205 |
| B |
97.1* |
0.2* |
-- |
1.2* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.6 | 4952 |
| A |
-- |
88.6* |
3.9* |
-- |
-- |
4.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.3 |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.9 | 228 |
| C |
81.4* |
-- |
-- |
4.2* |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
12.0 | 167 |
| E |
2.4* |
91.6* |
4.2* |
0.7* |
0.1 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 | 1026 |
| M |
8.8* |
0.7* |
1.0* |
86.4* |
1.2 |
0.1 |
-- |
0.4 |
0.1 |
0.5 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.4 |
0.2 | 822 |
| |
| Basepair (373:380)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
67.8* |
6.2* |
5.4* |
17.6* |
0.1 |
0.9 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
1.3 | 7208 |
| 3 |
70.0* |
6.7* |
6.1* |
14.4* |
0.1 |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
1.0 | 6220 |
| B |
82.6* |
0.2* |
0.5* |
15.5* |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.7 | 4967 |
| A |
58.3* |
0.4* |
3.1* |
37.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 228 |
| C |
82.6* |
-- |
-- |
4.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
13.2 | 167 |
| E |
12.0* |
39.4* |
33.5* |
4.0* |
-- |
6.1 |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
3.9 | 1026 |
| M |
48.3* |
3.9* |
1.8* |
44.3* |
0.1 |
-- |
-- |
0.5 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.6 | 822 |
| |
| Basepair (374:379)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
31.5* |
60.3* |
2.5* |
0.6* |
0.2 |
1.0 |
0.4 |
1.9 |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.9 | 7205 |
| 3 |
36.4* |
57.9* |
0.2 |
0.4 |
0.2 |
0.5 |
0.5* |
2.2 |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.9 | 6217 |
| B |
28.0* |
70.1* |
-- |
0.1* |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.3 |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.5 | 4962 |
| A |
44.5* |
48.9* |
-- |
5.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 | 229 |
| C |
-- |
95.8* |
1.8* |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 167 |
| E |
75.5* |
0.9* |
1.4 |
0.8 |
1.1 |
0.3 |
3.0* |
13.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
0.1* |
3.2 | 1027 |
| M |
0.7* |
72.0* |
20.0* |
2.2* |
-- |
4.4 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 822 |
| |
| Basepair (375:378)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2* |
0.8 |
0.1* |
-- |
0.4 |
-- |
0.1* |
83.9* |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
13.9 | 7218 |
| 3 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2* |
0.6 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
0.1* |
82.5* |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
15.7 | 6231 |
| B |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
98.7 |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 | 4978 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
98.3* |
-- |
0.4* |
-- |
0.8 | 230 |
| C |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.8* |
-- |
-- |
-- |
-- | 167 |
| E |
0.1* |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
1.5* |
1.8* |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.5* |
0.3 |
0.1 |
0.2 |
0.5 |
94.7 | 1024 |
| M |
0.1 |
-- |
1.3 |
0.1 |
-- |
-- |
2.4 |
0.5 |
0.4* |
1.1 |
0.1 |
0.1* |
91.6* |
-- |
0.7* |
0.4 |
1.1 | 821 |
| |
| Basepair (392:530)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
98.3* |
0.1 |
0.6 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.0 |
-- |
-- |
0.4 | 6617 |
| 3 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
99.0 |
0.1 |
0.6 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.0 |
-- |
-- |
0.0 | 5643 |
| B |
-- |
-- |
0.0 |
0.0 |
-- |
-- |
98.9 |
0.1 |
0.7 |
0.2 |
-- |
-- |
0.0 |
-- |
-- |
-- |
0.0 | 4420 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 207 |
| C |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
98.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 162 |
| E |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
98.7 |
0.1 |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
-- | 1016 |
| M |
-- |
-- |
0.2 |
0.6 |
-- |
-- |
93.7 |
0.2 |
0.9 |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
3.9 | 813 |
| |
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