Thermus thermophilus 16S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (17 of 48)
| Basepair (400:482)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
88.3* |
-- |
0.1* |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
10.6 | 6924 |
| 3 |
-- |
-- |
99.5 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 5936 |
| B |
-- |
-- |
99.7 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 4703 |
| A |
-- |
-- |
98.6 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 222 |
| C |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 165 |
| E |
-- |
-- |
99.0 |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 | 1011 |
| M |
-- |
-- |
5.5* |
0.1 |
0.5* |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
4.9 |
-- |
-- |
-- |
88.8 | 824 |
| |
| Basepair (401:431)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
73.7* |
-- |
0.1* |
0.5* |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
24.9 | 7096 |
| 3 |
82.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
16.9 | 6109 |
| B |
99.1 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 | 4861 |
| A |
97.7 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 218 |
| C |
98.2* |
-- |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 |
-- | 164 |
| E |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.8 | 1031 |
| M |
4.6* |
0.2* |
0.4* |
4.6* |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
88.7 | 824 |
| |
| Basepair (402:430)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
8.1* |
8.3* |
15.0* |
39.8* |
3.6 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
24.7 | 7123 |
| 3 |
8.7* |
9.6* |
17.3* |
43.6* |
3.6 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
16.8 | 6135 |
| B |
10.9* |
8.1* |
21.5* |
54.6* |
4.4 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- | 4877 |
| A |
0.4* |
85.1* |
6.1* |
3.1* |
0.4 |
2.2 |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
0.9 |
-- | 228 |
| C |
20.6* |
2.4* |
1.2* |
53.3* |
19.4 |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
1.2 |
-- | 165 |
| E |
0.1* |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.8 | 1031 |
| M |
0.7* |
-- |
0.7* |
8.9* |
0.6 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
88.7 | 824 |
| |
| Basepair (403:429)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
50.0* |
2.5* |
1.1* |
20.1* |
1.0 |
0.3 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
24.4 | 7231 |
| 3 |
56.5* |
2.8* |
0.6* |
21.5* |
1.2 |
0.3 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
16.6 | 6242 |
| B |
70.0* |
0.7* |
0.4* |
26.8* |
1.5 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 | 4983 |
| A |
17.0* |
61.6* |
9.2* |
3.1* |
-- |
7.4 |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 229 |
| C |
33.7* |
0.6* |
-- |
62.7* |
-- |
-- |
0.6 |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 166 |
| E |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.9 | 1030 |
| M |
3.6* |
0.6* |
5.2* |
1.2* |
0.1 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
88.6 | 824 |
| |
| Basepair (404:428)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
28.4* |
6.6 |
5.3 |
0.1* |
0.2 |
31.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
27.7 | 7256 |
| 3 |
29.7* |
7.6 |
6.1 |
-- |
0.1 |
36.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
20.1 | 6267 |
| B |
37.3* |
9.6 |
7.6 |
0.1* |
0.1 |
45.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- | 5000 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.1 | 237 |
| C |
96.4* |
0.6 |
-- |
0.6* |
-- |
1.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 166 |
| E |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.8 | 1031 |
| M |
4.1* |
0.2 |
0.7 |
0.5* |
1.5 |
3.4* |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
88.9 | 824 |
| |
| Basepair (405:427)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
0.4 |
0.2* |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
71.1* |
-- |
-- |
-- |
27.8 | 7245 |
| 3 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
79.2 |
-- |
-- |
-- |
20.4 | 6255 |
| B |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
99.3 |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 4988 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 237 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.2 |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 166 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
99.8 | 1031 |
| M |
-- |
-- |
2.7 |
1.7* |
0.6 |
0.2* |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.5* |
0.2 |
-- |
-- |
89.6 | 825 |
| |
| Basepair (406:425)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
0.4 |
0.1 |
-- |
0.4* |
69.8* |
0.1 |
0.4 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
28.2 | 7141 |
| 3 |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
78.3 |
-- |
0.5 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
20.7 | 6151 |
| B |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
98.6 |
-- |
0.6 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 4884 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 237 |
| C |
-- |
1.2 |
10.2 |
-- |
-- |
17.5* |
66.3* |
-- |
-- |
1.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
0.6 | 166 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.8 | 1031 |
| M |
-- |
-- |
0.4 |
0.5 |
0.2 |
-- |
7.2* |
0.6 |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
1.2* |
89.4 | 825 |
| |
| Basepair (410:423)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.4* |
15.7 |
0.2* |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
55.5* |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
27.7 | 7263 |
| 3 |
-- |
17.6 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
61.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
20.3 | 6271 |
| B |
-- |
22.0 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
77.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 5004 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 237 |
| C |
-- |
18.0 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
3.0 |
0.6 |
74.9* |
-- |
-- |
-- |
1.8* |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 | 167 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.8 | 1031 |
| M |
3.1* |
1.0 |
1.3* |
0.7 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
3.9* |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
89.3 | 826 |
| |
| Basepair (411:422)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
12.5 |
-- |
0.4* |
0.8 |
56.1* |
-- |
-- |
0.7* |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
1.4 |
27.8 | 7239 |
| 3 |
13.4 |
-- |
-- |
0.4 |
63.4* |
-- |
-- |
0.8* |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
1.5 |
20.4 | 6249 |
| B |
16.8 |
-- |
-- |
0.5 |
79.5* |
-- |
-- |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
1.8 |
0.1 | 4982 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 237 |
| C |
40.6 |
-- |
-- |
6.7 |
44.8* |
0.6* |
-- |
1.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.8 |
0.6 | 165 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.9 | 1030 |
| M |
0.4 |
0.1 |
3.6* |
2.5 |
3.0* |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.2* |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
89.4 | 826 |
| |
| Basepair (412:421)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.6 |
2.2* |
2.7* |
0.8 |
65.4* |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
27.6 | 7257 |
| 3 |
0.4 |
2.5* |
3.0* |
0.2 |
73.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
20.2 | 6265 |
| B |
0.6 |
3.1* |
3.8* |
0.3 |
91.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
0.1 | 4998 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 237 |
| C |
6.0 |
0.6* |
0.6* |
1.2 |
89.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 167 |
| E |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.8 | 1031 |
| M |
0.4* |
0.4* |
0.4* |
5.3* |
3.4 |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
89.1 | 826 |
| |
| Basepair (413:420)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
1.2* |
50.5* |
16.0* |
3.0* |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
28.5 | 7217 |
| 3 |
1.0* |
56.1* |
17.9* |
3.1* |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
21.1 | 6227 |
| B |
1.3* |
70.5* |
22.5* |
3.9* |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.9 | 4960 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 237 |
| C |
1.8* |
83.0* |
7.9* |
6.7* |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 165 |
| E |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.9 | 1030 |
| M |
2.3* |
2.2* |
3.4* |
1.7* |
-- |
0.4 |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
89.4 | 826 |
| |
| Basepair (414:419)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.2* |
56.0* |
0.7* |
0.4* |
-- |
12.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
30.1 | 7217 |
| 3 |
0.3* |
62.3* |
0.4* |
0.2* |
-- |
13.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
23.0 | 6225 |
| B |
0.4* |
78.2* |
0.4* |
0.2* |
-- |
17.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
3.2 | 4957 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 237 |
| C |
-- |
85.0* |
2.4* |
0.6* |
-- |
10.2 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 167 |
| E |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.9 | 1031 |
| M |
-- |
2.5* |
3.0* |
1.9* |
0.1 |
0.6 |
0.5 |
-- |
0.5 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
90.5 | 826 |
| |
| Basepair (415:418)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
5.7 |
0.2 |
0.1* |
-- |
58.8* |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1* |
-- |
1.4* |
0.1 |
0.4 |
1.2 |
31.6 | 7200 |
| 3 |
-- |
5.6 |
-- |
-- |
-- |
66.8* |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.6* |
-- |
-- |
0.9 |
24.8 | 6209 |
| B |
-- |
7.1 |
-- |
-- |
-- |
83.9* |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.1* |
-- |
0.1 |
1.1 |
5.5 | 4942 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 237 |
| C |
-- |
34.9 |
0.6 |
1.2 |
0.6* |
54.2* |
1.2* |
-- |
1.2 |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 |
1.2 |
-- |
1.8 |
1.8 | 166 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.9 | 1030 |
| M |
0.1 |
0.2 |
1.0 |
0.5 |
0.1 |
0.4 |
0.5* |
0.2 |
0.5 |
0.2 |
1.0* |
0.2 |
0.1 |
-- |
2.8 |
3.9* |
88.1 | 826 |
| |
| Basepair (424:426)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
71.4* |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
27.9 | 7260 |
| 3 |
-- |
-- |
79.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
20.3 | 6268 |
| B |
-- |
-- |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 5001 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 237 |
| C |
-- |
-- |
97.0 |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 167 |
| E |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.8 | 1031 |
| M |
0.2 |
-- |
4.7* |
-- |
-- |
-- |
3.0 |
0.4* |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
91.1 | 826 |
| |
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