Thermus thermophilus 16S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (18 of 48)
| Basepair (432:479)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
71.2* |
0.2 |
0.6* |
0.2 |
0.5 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
26.9 | 6808 |
| 3 |
-- |
-- |
79.9* |
-- |
0.7* |
0.2 |
0.5 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
18.3 | 5818 |
| B |
-- |
-- |
97.0* |
-- |
0.8* |
0.3 |
0.7 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 | 4575 |
| A |
-- |
-- |
99.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 213 |
| C |
-- |
-- |
99.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 165 |
| E |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.9 | 1030 |
| M |
-- |
0.1* |
3.9* |
1.2* |
-- |
0.5 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
93.4 | 826 |
| |
| Basepair (433:480)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
53.9* |
-- |
-- |
0.2 |
1.5 |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
1.5 |
16.2* |
-- |
0.2 |
25.9 | 6924 |
| 3 |
-- |
-- |
59.6* |
-- |
-- |
0.2 |
1.5 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
1.7 |
18.9* |
0.1 |
0.2 |
17.5 | 5934 |
| B |
-- |
-- |
71.9* |
-- |
-- |
0.2 |
1.9 |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
2.2 |
22.9* |
0.1 |
0.2 |
-- | 4678 |
| A |
-- |
-- |
77.0* |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
21.7* |
-- |
-- |
0.4 | 226 |
| C |
-- |
-- |
98.8 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- | 165 |
| E |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.9 | 1030 |
| M |
-- |
-- |
4.5* |
0.1* |
-- |
-- |
1.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.2 |
93.1 | 826 |
| |
| Basepair (434:478)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
0.1 |
3.2 |
0.7* |
0.1 |
57.3* |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
6.4 |
4.9 |
26.3 | 6955 |
| 3 |
-- |
0.1 |
3.7 |
0.7* |
0.1 |
63.6* |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
7.5 |
5.6 |
17.9 | 5965 |
| B |
-- |
0.1 |
4.1 |
0.9* |
0.1 |
76.7* |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
9.5 |
6.7 |
0.8 | 4708 |
| A |
-- |
-- |
11.5 |
-- |
-- |
80.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
7.5 |
-- | 227 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.6* |
0.6 |
-- |
-- |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- | 165 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.9 | 1030 |
| M |
-- |
0.1 |
0.6 |
0.7* |
0.1 |
3.8* |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.2* |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
92.9 | 826 |
| |
| Basepair (435:477)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1 |
4.0 |
9.9 |
0.8* |
0.6 |
6.7 |
2.1 |
0.8 |
0.7 |
29.6* |
1.2 |
1.1 |
0.3 |
-- |
9.7* |
6.4 |
26.1 | 6940 |
| 3 |
0.2 |
4.4 |
10.9 |
0.7 |
0.7* |
5.8 |
2.4 |
0.9 |
0.8* |
34.3* |
1.3 |
1.3 |
0.3 |
-- |
11.2* |
7.2 |
17.5 | 5951 |
| B |
0.2 |
5.1 |
13.4 |
0.9 |
0.8* |
4.4 |
3.0 |
1.1 |
1.0* |
43.4* |
1.5 |
1.6 |
0.4 |
-- |
13.6* |
9.0 |
0.2 | 4697 |
| A |
-- |
11.2 |
8.9 |
-- |
-- |
60.7* |
-- |
-- |
0.4 |
0.9 |
2.7* |
-- |
-- |
-- |
12.9 |
2.2 |
-- | 224 |
| C |
-- |
-- |
17.1 |
-- |
-- |
71.3* |
0.6 |
-- |
-- |
1.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.0 |
5.5 |
0.6 | 164 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1* |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.8 | 1031 |
| M |
0.1* |
2.1* |
0.7* |
1.3* |
0.2 |
0.4 |
0.2 |
0.1 |
-- |
1.2 |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.4 |
92.7 | 826 |
| |
| Basepair (436:476)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
24.4* |
11.1* |
27.6* |
4.7* |
0.6 |
1.0 |
0.2 |
0.1 |
0.3 |
0.4 |
0.1 |
0.1 |
1.7 |
0.1 |
-- |
1.4 |
25.9 | 6961 |
| 3 |
28.4* |
12.3* |
29.6* |
5.4* |
0.7 |
1.1 |
0.2 |
0.1 |
0.4 |
0.5 |
0.2 |
-- |
1.9 |
0.1 |
0.1 |
1.5 |
17.5 | 5971 |
| B |
35.5* |
14.0* |
36.6* |
5.5* |
0.7 |
1.3 |
0.3 |
0.2 |
0.5 |
0.6 |
0.2 |
-- |
2.4 |
0.1 |
0.1 |
1.7 |
0.2 | 4708 |
| A |
10.3* |
34.3* |
21.0* |
26.2* |
2.1 |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.3 |
-- |
-- |
3.0 |
0.4 | 233 |
| C |
1.8* |
21.2* |
73.9* |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- | 165 |
| E |
0.1* |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.8 | 1031 |
| M |
0.5* |
-- |
3.8* |
0.2* |
0.1 |
0.4 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
1.2 |
93.3 | 826 |
| |
| Basepair (437:475)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
5.1* |
31.9* |
20.7* |
10.2* |
0.5 |
2.4 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
2.0 |
26.2 | 6883 |
| 3 |
6.0* |
34.6* |
23.5* |
11.8* |
0.6 |
2.7 |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
2.3 |
17.6 | 5894 |
| B |
5.9* |
42.1* |
29.7* |
14.8* |
0.5 |
3.2 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
2.5 |
0.1 | 4634 |
| A |
33.5* |
39.6* |
4.3 |
3.9 |
3.5 |
3.5 |
0.4* |
2.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
8.3* |
0.4 | 230 |
| C |
0.6* |
83.5* |
11.6* |
1.2* |
-- |
1.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
0.6 |
-- | 164 |
| E |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.8 | 1031 |
| M |
0.1* |
2.7* |
2.3* |
0.6* |
0.4 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
92.9 | 826 |
| |
| Basepair (438:474)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
17.5* |
10.1* |
6.1* |
36.3* |
1.1 |
0.8 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
1.0 |
26.3 | 6958 |
| 3 |
19.8* |
11.8* |
7.1* |
40.2* |
0.7 |
1.0 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
1.1 |
17.8 | 5968 |
| B |
23.9* |
13.3* |
8.7* |
49.3* |
0.7 |
1.2 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
1.3 |
0.6 | 4705 |
| A |
23.6* |
33.5* |
4.3* |
33.5* |
1.7 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.0 |
-- | 233 |
| C |
10.3* |
-- |
1.2* |
64.2* |
22.4 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- | 165 |
| E |
0.1* |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.8 | 1031 |
| M |
2.7* |
-- |
0.4* |
3.0* |
0.5 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
92.8 | 826 |
| |
| Basepair (439:473)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
55.3* |
1.1* |
2.0* |
12.8* |
1.1 |
1.3 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
25.7 | 7003 |
| 3 |
62.4* |
1.3* |
2.1* |
13.8* |
1.2 |
1.5 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
17.1 | 6013 |
| B |
77.9* |
1.7 |
1.5 |
14.9* |
1.5 |
1.9* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- | 4751 |
| A |
22.4* |
-- |
22.8* |
51.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
2.6 |
-- | 232 |
| C |
72.1* |
-- |
1.2* |
23.0* |
-- |
-- |
1.2 |
1.8 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 165 |
| E |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.8 | 1031 |
| M |
0.4* |
0.1* |
1.5* |
4.0* |
0.5 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
93.0 | 826 |
| |
| Basepair (440:472)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
53.9* |
4.5* |
3.5* |
6.7* |
0.2 |
3.9 |
0.4 |
0.2 |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
0.3 |
0.1 |
-- |
0.1 |
25.6 | 7013 |
| 3 |
61.4* |
5.2* |
4.0* |
5.9* |
0.1 |
4.5 |
0.4 |
0.1 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.3 |
0.1 |
-- |
-- |
17.1 | 6023 |
| B |
74.9* |
4.8 |
4.8 |
7.4* |
0.2 |
5.7* |
0.5 |
0.2 |
-- |
0.7* |
0.1 |
-- |
0.4 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- | 4758 |
| A |
57.0* |
36.6* |
4.3* |
2.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 235 |
| C |
35.2* |
-- |
0.6* |
61.2* |
-- |
-- |
0.6 |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- | 165 |
| E |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.8 | 1031 |
| M |
3.0* |
0.1* |
0.7* |
1.7* |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
93.0 | 826 |
| |
| Basepair (441:471)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
0.8 |
0.7 |
0.1* |
0.4 |
2.1* |
3.6 |
-- |
-- |
0.3 |
0.1* |
-- |
65.5* |
0.3 |
-- |
-- |
25.9 | 6991 |
| 3 |
-- |
0.9 |
0.5 |
-- |
0.4 |
2.4* |
3.6 |
-- |
-- |
0.4 |
0.2* |
-- |
73.9* |
0.3 |
-- |
-- |
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| B |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1* |
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-- |
4.5 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
93.6* |
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-- |
-- |
0.2 | 4736 |
| A |
-- |
23.4 |
9.8 |
-- |
-- |
61.3* |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
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-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- | 235 |
| C |
-- |
-- |
0.6 |
1.2* |
-- |
0.6* |
13.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
82.4* |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 165 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
0.1 |
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-- |
-- |
-- |
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| |
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|
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| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
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| CU
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| GG
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| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
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1.2 |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
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| B |
-- |
-- |
-- |
94.0* |
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-- |
0.8 |
1.1 |
1.9 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2* |
-- |
0.1 |
0.1 | 4757 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 237 |
| C |
-- |
-- |
0.6* |
92.1* |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
4.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6* |
-- |
0.6 |
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| E |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
1.3* |
1.2* |
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
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-- |
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93.8 | 826 |
| |
| Basepair (443:468)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
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2.0 |
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-- |
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-- |
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2.0* |
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0.6* |
0.2 |
2.0 |
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-- |
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-- |
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24.1 |
2.5* |
2.8 |
0.8* |
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2.5 |
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0.1 |
-- |
0.3 |
1.0 |
17.3 |
0.1 |
0.1 |
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| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 237 |
| C |
-- |
1.2 |
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-- |
0.6 |
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-- |
83.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
9.1 |
-- |
-- |
1.2 | 164 |
| E |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
99.8 | 1031 |
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-- |
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-- |
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-- |
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| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
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| CU
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| GG
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| UU
| gap
| Seq
|
|---|
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
0.1 |
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-- |
-- |
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1.3* |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
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| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 237 |
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93.3* |
-- |
0.6* |
1.8* |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
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| E |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
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-- |
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93.9 | 826 |
| |
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|
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| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
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| UU
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| Seq
|
|---|
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
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-- |
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| B |
-- |
-- |
0.1* |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
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-- |
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| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 237 |
| C |
-- |
-- |
-- |
94.5 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.8 |
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| E |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.9 | 1030 |
| M |
0.1 |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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94.5 | 826 |
| |
| Basepair (447:463)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
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| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
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-- |
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| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 237 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.1 | 165 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.9 | 1031 |
| M |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 826 |
| |
| Basepair (448:462)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
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-- |
0.2* |
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
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-- |
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| B |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
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0.3* |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
98.4 | 4779 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 237 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1030 |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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| |
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|
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| CU
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| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
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2.8 |
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3.6 |
17.0* |
4.2* |
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| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 237 |
| C |
-- |
-- |
0.6 |
4.3 |
-- |
-- |
8.5 |
-- |
-- |
22.6* |
-- |
1.2 |
2.4 |
-- |
-- |
7.3* |
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| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
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| M |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
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| |
| Basepair (450:460)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
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| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 237 |
| C |
1.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.1 | 165 |
| E |
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0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.8 | 1031 |
| M |
0.1* |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2* |
1.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.4 | 826 |
| |
| Basepair (451:459)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
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-- |
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-- |
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-- |
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| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 237 |
| C |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.8 | 165 |
| E |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.9 | 1030 |
| M |
-- |
-- |
0.1* |
1.3* |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.4 | 826 |
| |
| Basepair (452:458)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
7.2* |
5.3* |
6.6* |
8.3* |
4.8 |
3.1 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
0.3 |
0.1 |
0.1 |
0.7 |
63.0 | 6972 |
| 3 |
8.3* |
6.2* |
7.7* |
9.7* |
5.6 |
3.6 |
0.2 |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
0.4 |
0.1 |
0.1 |
0.6 |
57.1 | 5983 |
| B |
10.6* |
7.9* |
9.7* |
12.3* |
7.2 |
4.6 |
0.2 |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
0.5 |
0.1 |
0.1 |
0.8 |
45.5 | 4715 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 237 |
| C |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.8 | 165 |
| E |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.9 | 1030 |
| M |
0.1* |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.1* |
98.4 | 826 |
| |
| Basepair (453:457)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
0.1 |
19.4* |
0.1 |
0.3 |
1.0 |
1.8 |
0.2* |
0.1 |
0.6 |
-- |
0.1* |
3.5 |
0.4* |
0.5 |
0.9 |
70.6 | 7014 |
| 3 |
-- |
0.1* |
22.5* |
0.1 |
0.4* |
1.1 |
2.1 |
0.2* |
0.1 |
0.7 |
-- |
0.1 |
4.1 |
0.4 |
0.6 |
1.0 |
66.4 | 6024 |
| B |
-- |
0.1 |
25.5* |
0.1 |
0.5 |
0.5 |
2.6 |
0.3* |
0.2 |
0.8 |
-- |
0.1* |
5.1 |
0.6* |
0.3 |
0.8 |
62.4 | 4758 |
| A |
-- |
-- |
59.7 |
-- |
-- |
17.8 |
-- |
-- |
-- |
1.7 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
9.3 |
11.0 |
-- | 236 |
| C |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
95.2 | 165 |
| E |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
99.8 | 1031 |
| M |
0.1* |
-- |
1.1* |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
98.2 | 826 |
| |
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