Thermus thermophilus 16S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (19 of 48)
| Basepair (481:530)
| | Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
22.0 |
-- |
-- |
0.4* |
12.5 |
-- |
0.1 |
1.1 |
-- |
-- |
36.6* |
0.1 |
-- |
-- |
27.2 | 6618 |
| 3 |
-- |
-- |
22.4 |
-- |
-- |
0.4* |
14.3 |
-- |
0.1 |
1.2 |
-- |
-- |
42.3* |
-- |
-- |
-- |
19.1 | 5644 |
| B |
-- |
-- |
25.1 |
-- |
-- |
0.5* |
17.9 |
-- |
0.1 |
0.6 |
-- |
-- |
54.0* |
-- |
-- |
-- |
1.5 | 4418 |
| A |
-- |
-- |
74.4 |
-- |
-- |
-- |
7.2 |
-- |
-- |
17.9 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- | 207 |
| C |
-- |
-- |
94.4 |
-- |
-- |
-- |
2.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 162 |
| E |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
99.3 | 1019 |
| M |
-- |
-- |
4.2* |
0.1* |
0.1 |
-- |
2.6 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
3.9 |
0.2* |
-- |
-- |
88.4 | 813 |
| |
| Basepair (483:528)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
83.2* |
0.8* |
11.9* |
0.6* |
2.6 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.2 | 6530 |
| 3 |
81.1* |
0.9* |
13.9* |
0.3* |
3.0 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.2 | 5555 |
| B |
98.6* |
-- |
-- |
0.3* |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.3 | 4344 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 205 |
| C |
98.1* |
-- |
-- |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- | 162 |
| E |
1.7 |
4.8* |
76.8* |
0.4 |
16.0* |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- | 1006 |
| M |
94.6* |
0.2* |
0.6* |
2.9* |
0.6 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.2 | 814 |
| |
| Basepair (484:527)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
13.4* |
64.5* |
14.1* |
3.0* |
1.0 |
2.8 |
0.1 |
0.3 |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 6575 |
| 3 |
6.7* |
72.6* |
15.7* |
0.7* |
1.0 |
2.6 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 | 5593 |
| B |
6.8* |
87.5* |
1.3* |
0.2* |
0.2 |
3.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.3 |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 | 4384 |
| A |
37.9* |
24.6* |
3.9* |
10.8* |
22.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 203 |
| C |
-- |
93.8* |
2.5* |
1.2* |
-- |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 161 |
| E |
0.2* |
17.2* |
80.9* |
0.8* |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 1006 |
| M |
61.7* |
4.4* |
5.6* |
19.1* |
1.5 |
3.8 |
0.5 |
2.8 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.2 | 822 |
| |
| Basepair (485:526)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
32.9* |
25.9* |
1.8* |
38.1* |
0.2 |
0.3 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 6594 |
| 3 |
26.6* |
29.0* |
1.7* |
41.5* |
0.2 |
0.3 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 5611 |
| B |
11.1* |
36.8* |
2.2* |
48.5* |
0.1 |
0.4 |
0.1 |
0.1 |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 4402 |
| A |
93.1* |
-- |
-- |
6.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 203 |
| C |
-- |
1.9* |
3.7* |
94.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 162 |
| E |
80.9* |
0.6* |
-- |
18.1* |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 1006 |
| M |
82.5* |
10.0* |
2.1* |
4.3* |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.4 |
-- |
0.1 |
-- |
0.3 | 822 |
| |
| Basepair (486:525)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
16.6* |
57.6* |
12.7* |
12.1* |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.4 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 6590 |
| 3 |
19.2* |
62.1* |
3.8* |
14.1* |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 5606 |
| B |
0.5* |
76.1* |
4.9* |
17.9* |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 4406 |
| A |
33.7* |
66.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 196 |
| C |
-- |
8.0* |
91.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 162 |
| E |
98.8* |
0.1* |
-- |
0.3* |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.2 | 1004 |
| M |
1.6* |
36.8* |
57.2* |
0.7* |
0.6 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
2.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 823 |
| |
| Basepair (487:524)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.9* |
71.6* |
8.7* |
15.6* |
0.5 |
1.9 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 | 6497 |
| 3 |
1.0* |
76.2* |
2.6* |
18.3* |
0.5 |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 | 5515 |
| B |
0.5* |
96.8* |
1.3* |
-- |
0.3 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 | 4309 |
| A |
16.6* |
15.1* |
41.2* |
3.5* |
6.5 |
16.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- | 199 |
| C |
-- |
98.1* |
1.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 161 |
| E |
-- |
0.1* |
0.2* |
99.2* |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 1007 |
| M |
0.2 |
36.4* |
51.6* |
0.5 |
0.9* |
8.4 |
0.2 |
-- |
0.5 |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.4 | 822 |
| |
| Basepair (488:509)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
98.6* |
0.2* |
0.2* |
0.1* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 | 6520 |
| 3 |
98.8* |
0.2* |
0.1* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 | 5536 |
| B |
98.5* |
0.2* |
0.1* |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.1 | 4329 |
| A |
99.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- | 205 |
| C |
99.4* |
-- |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 163 |
| E |
99.7 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 1002 |
| M |
97.8* |
0.1* |
0.5* |
0.6* |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 822 |
| |
| Basepair (489:508)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
97.6* |
-- |
0.1* |
1.1* |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 | 6563 |
| 3 |
98.7* |
-- |
-- |
0.3* |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.2 | 5579 |
| B |
99.0* |
-- |
-- |
0.3* |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 | 4377 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 204 |
| C |
98.1* |
-- |
1.2* |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 162 |
| E |
96.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.2 | 998 |
| M |
90.0* |
0.2* |
0.9* |
7.3* |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
0.4 |
-- | 823 |
| |
| Basepair (490:507)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
89.5* |
8.7* |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.5 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 6527 |
| 3 |
-- |
98.4* |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
0.1* |
0.3 |
0.1 |
0.6 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 5544 |
| B |
-- |
99.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 4344 |
| A |
-- |
93.5 |
-- |
-- |
-- |
4.5 |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 201 |
| C |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 162 |
| E |
-- |
96.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3* |
0.8 |
-- |
2.3 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 999 |
| M |
-- |
28.0* |
69.0* |
0.4* |
-- |
2.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- | 822 |
| |
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