Thermus thermophilus 16S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (20 of 48)
| Basepair (491:493)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
64.7* |
0.1 |
-- |
-- |
9.1 |
-- |
17.7* |
7.9 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 | 6665 |
| 3 |
-- |
-- |
70.3* |
0.1 |
-- |
0.1 |
1.8 |
-- |
20.8* |
6.7 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 | 5678 |
| B |
-- |
-- |
89.2 |
-- |
-- |
0.1 |
1.8 |
-- |
-- |
8.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.2 | 4469 |
| A |
-- |
-- |
-- |
1.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 208 |
| C |
-- |
-- |
97.6 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- | 164 |
| E |
-- |
0.2 |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
2.1 |
-- |
97.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- | 1001 |
| M |
-- |
-- |
20.3 |
0.2 |
-- |
-- |
61.0* |
-- |
0.2 |
17.7 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2* |
-- | 824 |
| |
| Basepair (493:525)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
15.8* |
-- |
0.1* |
12.2 |
0.1 |
0.1 |
12.9 |
0.9 |
55.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.1 |
0.1 |
-- |
0.2 | 6582 |
| 3 |
18.5* |
0.1 |
-- |
14.2 |
0.1 |
0.1 |
3.9 |
0.8 |
59.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
0.1 |
-- |
0.1 | 5598 |
| B |
-- |
0.1 |
-- |
18.0 |
-- |
0.1 |
4.9 |
0.6 |
76.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 4399 |
| A |
32.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
66.5* |
1.5* |
-- |
-- | 197 |
| C |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
91.3 |
-- |
8.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 161 |
| E |
97.2* |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
2.1 |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- | 1002 |
| M |
-- |
-- |
0.4 |
1.3 |
-- |
-- |
59.2* |
1.5 |
37.3 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1* |
0.1* |
-- |
-- | 824 |
| |
| Basepair (494:523)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.6 |
64.8* |
5.4 |
1.6* |
-- |
2.2 |
0.8 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
0.3 |
0.6 |
-- |
0.1 |
14.4* |
5.4 |
3.3 | 6595 |
| 3 |
0.7* |
72.6* |
2.7* |
1.5* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.5 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
21.7 | 5611 |
| B |
0.8* |
92.5* |
3.5* |
1.9* |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.6 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 | 4402 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 207 |
| C |
-- |
93.2* |
5.6* |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 162 |
| E |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.9 | 1002 |
| M |
0.1* |
6.6* |
23.3 |
2.5 |
-- |
17.0 |
6.7* |
0.1 |
0.5 |
1.0 |
0.1 |
1.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
40.4* |
0.2 | 824 |
| |
| Basepair (495:522)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
21.4* |
67.4* |
0.2* |
-- |
3.6 |
-- |
-- |
0.1 |
0.3 |
1.2 |
1.7 |
-- |
-- |
0.1 |
3.8 |
0.1 | 6582 |
| 3 |
-- |
21.0* |
75.6* |
-- |
-- |
2.9 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 5597 |
| B |
-- |
0.1* |
95.9* |
-- |
-- |
3.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 4390 |
| A |
-- |
89.8* |
5.8* |
-- |
-- |
1.5 |
-- |
-- |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- | 206 |
| C |
-- |
1.9* |
73.5* |
-- |
-- |
24.1 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 162 |
| E |
-- |
98.2* |
1.0* |
0.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 1001 |
| M |
0.1* |
28.0* |
10.4 |
1.5 |
-- |
4.0 |
0.1* |
-- |
0.1 |
1.6 |
9.7 |
13.5 |
-- |
-- |
0.5 |
30.5* |
-- | 824 |
| |
| Basepair (496:521)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1* |
28.0* |
33.3* |
37.2* |
0.5 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 | 6573 |
| 3 |
0.1* |
29.5* |
26.6* |
42.7* |
0.5 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- | 5589 |
| B |
-- |
34.5* |
10.6* |
54.1* |
0.3 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 4381 |
| A |
1.5* |
66.0* |
31.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 206 |
| C |
-- |
94.4* |
-- |
3.1* |
-- |
2.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 162 |
| E |
-- |
0.1* |
95.6* |
1.6 |
1.8* |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- | 1002 |
| M |
0.2* |
5.1* |
85.4* |
7.0* |
0.4 |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
0.4 |
-- | 823 |
| |
| Basepair (497:520)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
19.6* |
70.3* |
8.8* |
0.5* |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 | 6568 |
| 3 |
20.9* |
72.4* |
5.6* |
0.4* |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.2 | 5585 |
| B |
-- |
92.2* |
7.2* |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 4385 |
| A |
98.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.5 |
-- |
-- | 200 |
| C |
-- |
40.1* |
59.3* |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 162 |
| E |
97.1* |
0.1* |
-- |
2.3* |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- | 1000 |
| M |
14.6* |
62.0* |
20.4* |
1.1* |
0.4 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.4 |
-- | 822 |
| |
| Basepair (498:519)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
99.5 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 6600 |
| 3 |
99.5 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 5606 |
| B |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 4397 |
| A |
99.5* |
0.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 207 |
| C |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 171 |
| E |
99.3 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 1002 |
| M |
99.3* |
-- |
-- |
0.1* |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- | 824 |
| |
| Basepair (499:516)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
99.7 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 6606 |
| 3 |
-- |
-- |
99.7 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 5611 |
| B |
-- |
-- |
99.7 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 4403 |
| A |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 208 |
| C |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 172 |
| E |
-- |
-- |
99.7 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- | 1000 |
| M |
-- |
-- |
99.4 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 | 824 |
| |
| Basepair (503:512)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
99.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 6571 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
99.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 5577 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
99.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 4372 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.9 | 208 |
| C |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 172 |
| E |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
97.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
2.0 | 997 |
| M |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
99.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 823 |
| |
| Basepair (503:516)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.6 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 6599 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.7 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 5604 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.4 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 4399 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.9 | 208 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.8 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 172 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- | 997 |
| M |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
99.8 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 824 |
| |
| Basepair (504:511)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
99.5 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 | 6570 |
| 3 |
99.5 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 5577 |
| B |
99.4 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 | 4373 |
| A |
99.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- | 203 |
| C |
99.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 172 |
| E |
99.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 1001 |
| M |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 822 |
| |
| Basepair (505:510)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
99.3* |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 6444 |
| 3 |
-- |
99.3* |
-- |
0.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 5452 |
| B |
-- |
99.2* |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 4252 |
| A |
-- |
99.5 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 200 |
| C |
-- |
99.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
-- | 170 |
| E |
-- |
99.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 1000 |
| M |
-- |
99.0* |
-- |
0.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 823 |
| |
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