Thermus thermophilus 16S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (21 of 48)
| Basepair (546:861)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
0.1 |
1.4 |
73.6* |
0.2 |
-- |
2.6 |
0.8 |
0.1 |
2.4* |
0.7 |
0.2 |
0.9 |
14.9* |
0.4* |
0.2 |
1.5 | 6646 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
82.0* |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
17.6* |
-- |
-- |
-- | 5593 |
| B |
-- |
-- |
-- |
99.7 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 4385 |
| A |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 212 |
| C |
-- |
-- |
-- |
97.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
1.2 | 166 |
| E |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1* |
0.1 |
99.0* |
-- |
-- |
0.1 | 996 |
| M |
0.1 |
0.3 |
10.4 |
16.3 |
0.7 |
0.1 |
19.5* |
6.1 |
0.5 |
17.8 |
5.3* |
1.5 |
6.3 |
-- |
3.2 |
1.2* |
10.8 | 888 |
| |
| Basepair (550:860)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
84.5* |
14.2* |
0.3* |
0.3* |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 6761 |
| 3 |
82.4* |
16.8* |
0.3* |
0.1* |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 5721 |
| B |
99.8 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 4511 |
| A |
99.1* |
-- |
-- |
0.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 213 |
| C |
98.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 166 |
| E |
0.1* |
96.1* |
1.5* |
0.5* |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
0.1 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 997 |
| M |
96.2* |
0.1* |
0.5* |
1.8* |
0.6 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 875 |
| |
| Basepair (551:859)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
86.4* |
0.1* |
0.5* |
8.0* |
0.1 |
-- |
-- |
4.4 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 | 6764 |
| 3 |
84.3* |
0.1* |
0.5* |
9.3* |
0.1 |
-- |
-- |
5.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 5727 |
| B |
99.3 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 | 4516 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 212 |
| C |
98.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 166 |
| E |
13.2* |
0.5* |
2.9* |
53.4* |
0.4 |
-- |
-- |
29.4 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 999 |
| M |
97.6* |
0.1* |
0.6* |
0.5* |
0.2 |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.2 | 872 |
| |
| Basepair (552:858)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
14.6* |
77.3* |
6.6* |
0.1* |
0.1 |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.4 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 6740 |
| 3 |
17.3* |
75.1* |
6.5* |
0.1* |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 5704 |
| B |
-- |
91.3* |
7.5* |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 4484 |
| A |
-- |
84.0* |
15.5* |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 219 |
| C |
-- |
95.8* |
2.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 165 |
| E |
98.3* |
0.1* |
-- |
0.4* |
0.8 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 | 1001 |
| M |
0.2* |
89.1* |
8.0* |
0.2* |
0.1 |
0.7 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
0.5 |
-- |
-- |
0.3 | 872 |
| |
| Basepair (553:843)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
76.0* |
2.9* |
19.8* |
0.3* |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.3 | 6826 |
| 3 |
74.0* |
3.1* |
22.5* |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 | 5790 |
| B |
94.0* |
-- |
5.5* |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 | 4558 |
| A |
-- |
81.3* |
18.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 219 |
| C |
92.8* |
-- |
-- |
1.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 166 |
| E |
0.1* |
-- |
99.8* |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 1013 |
| M |
86.7* |
2.4* |
5.4* |
1.5* |
0.6 |
-- |
0.7 |
0.5 |
-- |
0.3 |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.2 |
1.3 | 871 |
| |
| Basepair (554:842)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
0.3* |
98.8* |
0.1 |
0.1* |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 6825 |
| 3 |
-- |
-- |
99.7 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 5788 |
| B |
-- |
-- |
99.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 4553 |
| A |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 220 |
| C |
-- |
-- |
97.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
1.8 | 166 |
| E |
-- |
-- |
99.6 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 1015 |
| M |
-- |
2.3* |
93.2* |
0.5* |
0.5 |
0.8 |
0.7 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.2 |
1.3 | 872 |
| |
| Basepair (558:857)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
81.5* |
-- |
0.1* |
16.1* |
0.6 |
-- |
0.1 |
0.7 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.4 | 6647 |
| 3 |
81.0* |
-- |
-- |
17.7* |
0.7 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.3 | 5604 |
| B |
98.6* |
-- |
-- |
0.4* |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.4 | 4383 |
| A |
97.2* |
-- |
-- |
2.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 216 |
| C |
97.6* |
-- |
-- |
1.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 166 |
| E |
0.7* |
-- |
0.1* |
95.9* |
3.0 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 1005 |
| M |
82.2* |
0.2* |
0.3* |
8.7* |
0.5 |
0.1 |
0.5 |
4.7 |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
1.7 |
-- |
0.4 | 878 |
| |
Last generated : Fri Jun 28 2002 (11 : 6)