Thermus thermophilus 16S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (22 of 48)
| Basepair (560:747)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
97.1* |
-- |
0.2* |
2.0* |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.3 | 6957 |
| 3 |
97.8* |
-- |
-- |
1.7* |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 | 5914 |
| B |
97.6* |
-- |
-- |
1.7* |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 | 4670 |
| A |
90.9* |
-- |
-- |
8.2* |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- | 220 |
| C |
98.2* |
-- |
-- |
1.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 167 |
| E |
99.7* |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- | 1024 |
| M |
92.2* |
-- |
1.6* |
4.7* |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
0.3 | 877 |
| |
| Basepair (561:746)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.5* |
40.8* |
38.3* |
6.1* |
-- |
0.3 |
0.1 |
-- |
-- |
13.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 | 6959 |
| 3 |
0.5* |
47.3* |
28.7* |
7.1* |
-- |
0.3 |
0.1 |
-- |
-- |
15.3 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 5920 |
| B |
0.5* |
58.3* |
30.8* |
9.1* |
-- |
0.4 |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 | 4668 |
| A |
2.3* |
21.8* |
74.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 220 |
| C |
-- |
7.2* |
92.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 167 |
| E |
-- |
2.7 |
9.5 |
-- |
-- |
0.2* |
-- |
-- |
-- |
86.6* |
0.1 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.3 | 1032 |
| M |
0.2* |
4.0* |
93.2* |
0.3* |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.2 |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.5 |
0.3 | 873 |
| |
| Basepair (562:745)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
41.5* |
8.8* |
27.6* |
14.4* |
5.6 |
0.6 |
0.1 |
0.1 |
0.4 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
0.1 | 6988 |
| 3 |
36.4* |
7.9* |
32.0* |
15.5* |
6.5 |
0.6 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
0.2 |
0.2 | 5945 |
| B |
46.1* |
4.4* |
20.0* |
19.6* |
8.2 |
0.4 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
0.2 |
0.1 | 4693 |
| A |
-- |
89.5* |
4.5* |
-- |
-- |
5.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 | 220 |
| C |
0.6* |
81.4* |
10.2* |
5.4* |
-- |
1.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 167 |
| E |
-- |
6.3* |
92.4* |
0.1* |
0.1 |
0.7 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- | 1032 |
| M |
83.6* |
1.4* |
0.7* |
9.0* |
0.2 |
-- |
0.3 |
0.3 |
3.4 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.4 | 877 |
| |
| Basepair (563:744)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
4.1* |
75.2* |
11.6* |
3.8* |
-- |
4.0 |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.2 | 6982 |
| 3 |
0.1* |
86.8* |
5.9* |
2.0* |
-- |
4.5 |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 | 5939 |
| B |
0.1* |
83.9* |
7.2* |
2.5* |
-- |
5.4 |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 | 4692 |
| A |
-- |
91.6* |
4.2* |
-- |
-- |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 214 |
| C |
0.6* |
9.0* |
86.2* |
-- |
-- |
1.8 |
1.2 |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 167 |
| E |
-- |
99.1 |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 1033 |
| M |
32.4* |
9.6* |
35.9* |
17.0* |
-- |
0.8 |
0.7 |
1.9 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.6 |
0.1 |
0.4 | 877 |
| |
| Basepair (564:743)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.3 |
0.5 |
1.2 |
0.1 |
10.3 |
0.8 |
0.1* |
0.1 |
-- |
0.5 |
0.5 |
0.6* |
16.0 |
61.1* |
3.7* |
3.1 |
1.0 | 7022 |
| 3 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
12.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6* |
-- |
-- |
18.6 |
68.4* |
-- |
-- |
0.1 | 5980 |
| B |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
14.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7* |
-- |
-- |
2.8 |
81.1* |
-- |
-- |
0.1 | 4725 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- | 220 |
| C |
-- |
-- |
3.0* |
0.6* |
1.2 |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
92.2* |
0.6 |
1.2 |
-- | 166 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
94.3 |
3.9 |
-- |
-- |
-- | 1035 |
| M |
1.9 |
3.4 |
9.1 |
1.0 |
0.2 |
5.7 |
0.3* |
1.0 |
0.1 |
0.6 |
4.0 |
4.2* |
1.4 |
5.4* |
29.4* |
24.3 |
7.7 | 877 |
| |
| Basepair (565:742)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.2 |
-- |
73.1* |
0.3 |
-- |
0.4 |
0.8 |
0.4* |
-- |
19.1 |
0.3 |
-- |
0.1 |
-- |
1.1 |
0.4 |
3.7 | 7028 |
| 3 |
0.1* |
0.1* |
77.1* |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
22.0 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- | 5985 |
| B |
-- |
0.1* |
71.3* |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
27.8 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- | 4733 |
| A |
-- |
-- |
99.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- | 219 |
| C |
-- |
-- |
91.0 |
-- |
-- |
1.2 |
2.4 |
-- |
-- |
4.2 |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- | 167 |
| E |
0.2* |
-- |
98.5* |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.9 |
-- | 1033 |
| M |
0.9 |
-- |
42.3* |
2.6 |
0.2* |
2.4 |
4.9 |
3.2* |
0.2 |
2.3 |
1.7 |
0.1 |
-- |
-- |
7.9 |
1.7 |
29.5 | 877 |
| |
| Basepair (566:741)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1 |
-- |
0.9* |
0.9 |
0.1* |
0.1 |
8.2 |
26.3 |
59.5* |
0.4 |
0.1* |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
3.1 | 6964 |
| 3 |
0.1* |
-- |
-- |
0.8 |
0.1 |
0.1 |
2.4 |
29.9 |
66.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- | 5922 |
| B |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
0.1* |
0.1 |
2.8 |
16.2 |
79.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- | 4673 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.8 |
2.8 |
95.0* |
-- |
0.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 218 |
| C |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
3.0 |
19.3 |
75.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 166 |
| E |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
97.6 |
1.2 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 | 1031 |
| M |
0.7 |
-- |
7.0 |
1.0 |
0.2* |
0.2* |
48.0* |
3.3 |
10.1 |
3.4 |
0.8* |
0.3 |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
24.1 | 877 |
| |
| Basepair (567:740)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.6 |
-- |
0.3* |
6.3 |
88.6* |
-- |
0.5 |
0.6* |
-- |
0.2 |
0.2 |
0.6 |
0.4 |
-- |
0.2 |
0.8 |
0.5 | 7034 |
| 3 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
99.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 5994 |
| B |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 4742 |
| A |
1.8 |
-- |
-- |
0.5 |
97.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 219 |
| C |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 |
98.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 167 |
| E |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
97.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.1 |
-- |
-- |
-- |
-- | 1033 |
| M |
3.9* |
-- |
2.5* |
50.0* |
14.4 |
0.3 |
4.3 |
4.9 |
0.2 |
1.7 |
1.5 |
4.5 |
0.3 |
-- |
1.6 |
6.5 |
3.2 | 874 |
| |
| Basepair (568:739)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
72.9* |
3.3* |
14.8* |
6.2* |
0.3 |
0.2 |
0.2 |
0.6 |
-- |
0.2 |
0.4 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.4 | 7026 |
| 3 |
76.9* |
3.9* |
16.9* |
1.5* |
0.1 |
0.3 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 5985 |
| B |
97.2* |
0.1* |
-- |
1.9* |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 4731 |
| A |
-- |
99.1 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 220 |
| C |
95.8* |
-- |
-- |
3.0* |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 166 |
| E |
0.1* |
0.7* |
97.7* |
-- |
-- |
1.4 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- | 1034 |
| M |
42.1* |
0.3* |
3.5* |
38.8* |
0.9 |
-- |
1.5 |
3.7 |
0.1 |
1.5 |
2.1 |
0.6 |
0.1 |
-- |
0.8 |
0.8 |
3.1 | 876 |
| |
| Basepair (569:738)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
3.7* |
62.8* |
22.5* |
2.4* |
0.4 |
5.5 |
0.4 |
0.4 |
-- |
0.4 |
0.2 |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.2 |
0.6 | 7010 |
| 3 |
-- |
71.0* |
22.0* |
0.1* |
-- |
6.3 |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- | 5968 |
| B |
-- |
77.5* |
15.3* |
-- |
-- |
6.4 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- | 4723 |
| A |
-- |
77.8* |
18.4* |
-- |
-- |
3.3 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 212 |
| C |
-- |
9.6* |
90.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 167 |
| E |
-- |
39.8* |
53.0* |
0.4* |
-- |
6.5 |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 1033 |
| M |
29.0* |
17.6* |
13.2* |
18.7* |
3.3 |
0.8 |
3.1 |
3.0 |
0.2 |
1.7 |
0.7 |
0.9 |
0.3 |
0.1 |
1.3 |
1.6 |
4.5 | 876 |
| |
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