Thermus thermophilus 16S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (23 of 48)
| Basepair (571:634)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
71.4* |
-- |
0.4* |
0.1* |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
27.6 | 7187 |
| 3 |
81.5* |
-- |
0.4* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
17.6 | 6006 |
| B |
98.5* |
-- |
0.6* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 4736 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 228 |
| C |
94.1* |
-- |
1.8* |
-- |
1.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
1.2 | 170 |
| E |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.9 | 1042 |
| M |
8.1* |
-- |
0.2* |
0.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
90.8 | 1012 |
| |
| Basepair (572:633)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
1.2* |
16.1* |
29.7* |
10.6* |
3.2 |
9.8 |
0.4 |
0.1 |
0.1 |
0.3 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
27.6 | 7166 |
| 3 |
1.4* |
17.9* |
33.4* |
12.3* |
3.8 |
11.5 |
0.5 |
0.1 |
0.1 |
0.3 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.9 |
17.6 | 5985 |
| B |
1.5* |
20.2* |
40.9* |
15.4* |
4.7 |
14.4 |
0.7 |
0.1 |
0.1 |
0.3 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
1.1 |
0.1 | 4724 |
| A |
6.8* |
53.0* |
29.2* |
5.0* |
1.8 |
1.8 |
-- |
-- |
0.5 |
0.5 |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- | 219 |
| C |
-- |
45.9* |
35.9* |
2.9* |
-- |
10.0 |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
1.8 | 170 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.9 | 1042 |
| M |
0.1* |
0.7* |
6.6* |
1.7* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
90.7 | 1012 |
| |
| Basepair (573:632)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
2.4* |
14.1* |
25.2* |
2.6* |
1.2 |
23.6 |
0.7 |
0.2 |
0.2 |
0.5 |
-- |
-- |
0.1 |
0.3 |
-- |
1.0 |
27.5 | 7143 |
| 3 |
2.5* |
16.7* |
28.3* |
2.4* |
1.4 |
27.3 |
0.8 |
0.2 |
0.2 |
0.6 |
-- |
-- |
0.1 |
0.4 |
-- |
1.1 |
17.6 | 5961 |
| B |
3.2* |
18.4* |
34.9* |
3.0* |
1.8 |
33.8 |
0.9 |
0.3 |
0.2 |
0.7 |
-- |
-- |
0.2 |
0.4 |
-- |
1.4 |
0.1 | 4700 |
| A |
-- |
58.9* |
21.5* |
0.9* |
-- |
17.8 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- | 219 |
| C |
-- |
7.0* |
53.2* |
2.9* |
-- |
33.9 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
0.6 | 171 |
| E |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.9 | 1042 |
| M |
1.9* |
0.5* |
2.7* |
3.6* |
0.1 |
0.1 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
90.8 | 1012 |
| |
| Basepair (574:631)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
4.4* |
9.0* |
35.5* |
12.0* |
3.4 |
3.4 |
0.6 |
0.3 |
0.1 |
0.3 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
2.9 |
27.5 | 7163 |
| 3 |
5.3* |
10.5* |
40.1* |
13.2* |
3.9 |
4.0 |
0.5 |
0.4 |
0.1 |
0.4 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
3.4 |
17.7 | 5981 |
| B |
6.3* |
11.4* |
49.2* |
16.6* |
4.7 |
4.9 |
0.6 |
0.4 |
0.1 |
0.4 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
4.3 |
0.4 | 4712 |
| A |
10.1* |
39.6* |
33.0* |
4.4* |
6.2 |
4.0 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
1.8 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- | 227 |
| C |
-- |
8.2* |
72.5* |
4.7* |
2.3 |
1.2 |
5.3 |
-- |
-- |
1.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.5 |
0.6 | 171 |
| E |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.9 | 1042 |
| M |
-- |
0.1* |
2.4* |
5.6* |
0.2 |
-- |
0.4 |
-- |
0.3 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
90.8 | 1012 |
| |
| Basepair (575:630)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
27.5* |
5.5* |
13.6* |
14.1* |
2.5 |
6.1 |
0.3 |
0.2 |
0.2 |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.4 |
0.1 |
-- |
1.2 |
27.5 | 7213 |
| 3 |
32.6* |
6.5* |
15.9* |
14.6* |
2.9 |
7.2 |
0.3 |
0.2 |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
0.5 |
0.1 |
-- |
1.0 |
17.5 | 6031 |
| B |
39.2* |
7.7* |
19.4* |
17.6* |
3.5 |
9.1 |
0.4 |
0.3 |
0.3 |
-- |
0.2 |
-- |
0.5 |
0.1 |
-- |
1.2 |
0.2 | 4757 |
| A |
43.1* |
12.9* |
17.2* |
19.0* |
1.7 |
0.9 |
0.9 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
2.6 |
0.4 | 232 |
| C |
8.8* |
1.8* |
5.3* |
40.4* |
5.8 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.9 |
4.7 |
0.6 |
0.6 |
-- |
9.4 |
1.2 | 171 |
| E |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.9 | 1042 |
| M |
0.4* |
0.2* |
1.1* |
6.7* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.5 |
90.9 | 1012 |
| |
| Basepair (576:629)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
13.0* |
2.0 |
4.7 |
9.8* |
4.2 |
35.6* |
0.2 |
0.2 |
0.2 |
0.1* |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
-- |
1.3 |
27.3 | 7233 |
| 3 |
15.1* |
2.3 |
4.6 |
10.9* |
4.9 |
42.5* |
0.2 |
0.2 |
0.2 |
0.1* |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.8 |
17.3 | 6051 |
| B |
16.7* |
2.7 |
5.7 |
12.4* |
6.2 |
53.5* |
0.2 |
0.2 |
0.2 |
0.1* |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.3 |
-- |
0.9 |
0.2 | 4778 |
| A |
49.8* |
4.3 |
3.9 |
28.1* |
1.3 |
6.9* |
-- |
0.9 |
1.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.6 |
-- | 231 |
| C |
15.8* |
1.8* |
11.1* |
22.2* |
4.1 |
1.8 |
1.8 |
1.8 |
-- |
1.8 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
8.8 |
0.6 | 171 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.9 | 1042 |
| M |
-- |
0.2* |
4.0* |
1.0* |
0.2 |
0.4 |
0.4 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
2.7 |
90.9 | 1012 |
| |
| Basepair (577:628)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.3* |
20.2 |
6.3 |
1.5* |
-- |
40.2* |
1.0 |
0.5 |
0.3 |
1.3* |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.5 |
27.2 | 7202 |
| 3 |
0.4* |
24.0 |
5.9 |
1.3* |
-- |
47.7* |
1.1 |
0.4 |
0.4 |
0.9* |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
17.3 | 6020 |
| B |
0.5* |
29.2 |
6.8 |
1.5* |
-- |
57.9* |
1.3 |
0.6 |
0.5 |
1.1* |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 | 4747 |
| A |
-- |
26.0 |
15.2 |
3.9* |
-- |
51.5* |
1.7 |
-- |
-- |
1.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 231 |
| C |
0.6* |
7.0* |
49.1* |
9.4* |
-- |
15.8 |
2.9 |
4.1 |
-- |
9.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- | 171 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.9 | 1042 |
| M |
0.1 |
-- |
1.0 |
1.7 |
-- |
0.4 |
0.4 |
0.1* |
-- |
2.1* |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.1* |
-- |
2.8* |
91.0 | 1012 |
| |
| Basepair (579:627)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
1.1* |
12.7* |
0.1* |
57.0* |
0.1 |
-- |
0.3 |
0.1 |
0.5 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.5 |
27.5 | 7253 |
| 3 |
1.1* |
15.1* |
-- |
65.1* |
0.1 |
-- |
0.3 |
0.1 |
0.6 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
17.1 | 6071 |
| B |
1.1* |
19.1* |
-- |
78.0* |
0.1 |
-- |
0.3 |
0.1 |
0.7 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.3 |
-- | 4796 |
| A |
5.2* |
2.1* |
-- |
91.0* |
0.4 |
-- |
0.4 |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 233 |
| C |
-- |
-- |
-- |
88.3 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
10.5 |
-- | 171 |
| E |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.8 | 1042 |
| M |
1.9* |
-- |
0.5* |
3.5* |
0.1 |
0.1 |
0.7 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
92.7 | 1012 |
| |
| Basepair (580:626)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
71.2* |
-- |
0.1* |
0.1* |
0.1 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
27.5 | 7236 |
| 3 |
82.0 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
17.3 | 6053 |
| B |
99.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 | 4778 |
| A |
95.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 233 |
| C |
91.9* |
-- |
1.7* |
3.5* |
-- |
-- |
0.6 |
1.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 172 |
| E |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.8 | 1042 |
| M |
3.1* |
-- |
0.6* |
0.2* |
-- |
-- |
-- |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
92.7 | 1012 |
| |
| Basepair (581:623)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
3.7* |
63.1* |
2.3* |
-- |
2.9 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
27.6 | 7246 |
| 3 |
-- |
3.9* |
72.1* |
2.7* |
-- |
3.5 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
17.2 | 6063 |
| B |
-- |
5.0* |
86.6* |
3.4* |
-- |
4.3 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.3 |
0.1 | 4797 |
| A |
-- |
-- |
97.3 |
-- |
-- |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 224 |
| C |
-- |
-- |
96.5* |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
1.2 | 172 |
| E |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.8 | 1042 |
| M |
0.2* |
2.9* |
3.2* |
0.3* |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
93.1 | 1012 |
| |
| Basepair (581:625)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
66.0 |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
3.8 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
2.7 |
-- |
-- |
4.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
17.1 | 6080 |
| B |
0.1* |
0.1* |
90.8* |
-- |
-- |
-- |
3.5 |
-- |
-- |
5.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 4806 |
| A |
-- |
-- |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 232 |
| C |
-- |
-- |
97.1* |
0.6* |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 172 |
| E |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.8 | 1042 |
| M |
-- |
-- |
3.1* |
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-- |
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-- |
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-- |
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|
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| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
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| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
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-- |
0.1 |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
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9.8* |
1.4* |
-- |
2.8 |
-- |
-- |
0.1 |
0.3 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
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1.7* |
-- |
3.4 |
-- |
-- |
0.1 |
0.3 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
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| A |
-- |
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15.8* |
-- |
-- |
1.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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| C |
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1.7* |
-- |
0.6 |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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| E |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
99.8 | 1042 |
| M |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
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93.1 | 1012 |
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|
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| GC
| CG
| UA
| AU
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| UG
| AA
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| CU
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| Seq
|
|---|
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0.1* |
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- | 233 |
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-- |
27.3 |
-- |
4.7 |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.7 |
1.2 | 172 |
| E |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
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-- |
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| |
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|
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| CG
| UA
| AU
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| UG
| AA
| AC
| AG
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| CU
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| GG
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| UU
| gap
| Seq
|
|---|
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-- |
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0.2 |
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-- |
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0.1* |
-- |
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0.3 |
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-- |
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-- |
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-- |
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12.0* |
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-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- | 233 |
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0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
0.6 |
-- |
1.2 |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
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| |
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|
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| AU
| GU
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| AA
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| AG
| CA
| CC
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| GA
| GG
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| UU
| gap
| Seq
|
|---|
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4.6* |
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-- |
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-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
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-- |
0.4 |
-- |
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-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
1.5 |
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5.1* |
47.4* |
15.6 |
7.0 |
-- |
0.5 |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
1.9 |
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| A |
-- |
34.3 |
20.2 |
-- |
-- |
45.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 233 |
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-- |
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-- |
2.3 |
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-- |
0.6 |
1.2 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
2.9 |
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| E |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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0.2* |
0.2* |
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0.1* |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
96.0 | 1012 |
| |
| Basepair (586:618)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
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10.3* |
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1.7 |
4.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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27.7 | 7254 |
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42.4* |
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-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
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0.1 |
-- |
-- |
-- |
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1.3* |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 232 |
| C |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 |
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| E |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
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0.9* |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
95.9 | 1012 |
| |
| Basepair (587:617)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
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-- |
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-- |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
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-- |
-- |
17.1 | 6088 |
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-- |
1.5* |
0.5 |
1.0* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.6 |
-- |
-- |
0.1 | 4814 |
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-- |
0.4* |
8.2 |
9.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 232 |
| C |
87.7* |
1.8* |
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1.2* |
2.9 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.8 |
1.2 | 171 |
| E |
0.1* |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.8 | 1042 |
| M |
2.4* |
-- |
0.2 |
0.7* |
0.1 |
0.2* |
0.2 |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
95.7 | 1012 |
| |
| Basepair (588:616)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
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1.1 |
0.2* |
0.3 |
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-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.7 |
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1.2* |
0.5 |
1.2 |
0.1* |
0.3 |
71.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.6 |
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| B |
0.1* |
0.1 |
1.5 |
-- |
-- |
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-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
7.1 |
1.1 | 4799 |
| A |
30.4* |
10.4 |
-- |
2.2* |
7.0 |
47.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
1.3 | 230 |
| C |
-- |
-- |
2.9 |
2.3* |
-- |
90.7* |
1.2 |
-- |
0.6 |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
1.2 | 172 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.8 | 1042 |
| M |
0.1 |
-- |
0.5 |
0.4* |
0.2 |
2.5* |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1* |
-- |
-- |
0.2 |
95.7 | 1012 |
| |
| Basepair (589:615)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
1.7 |
1.7 |
1.4 |
1.7 |
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1.7* |
0.4* |
0.1 |
0.4 |
-- |
0.3* |
0.3 |
2.0 |
8.1 |
-- |
2.4 |
28.8 | 7251 |
| 3 |
2.0 |
0.8 |
0.8 |
1.9 |
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1.6* |
0.3* |
0.1 |
0.4 |
-- |
0.4* |
0.3 |
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9.7 |
-- |
2.8 |
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| B |
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1.0 |
1.0 |
2.3 |
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1.9* |
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0.5 |
-- |
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-- |
2.0 |
1.7 | 4794 |
| A |
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-- |
-- |
2.2 |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.9 |
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-- |
31.0 |
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| C |
2.3 |
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2.9* |
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1.2 |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
1.7 |
0.6 | 172 |
| E |
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-- |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
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-- |
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-- |
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-- |
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|
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
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|
|---|
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
95.8 | 1012 |
| |
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| AA
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| Seq
|
|---|
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1.0 |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
17.2 | 6097 |
| B |
64.3* |
3.3* |
1.4* |
19.9* |
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1.3 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
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| A |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.9 |
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| E |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
0.1 |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
95.9 | 1012 |
| |
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|
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| GC
| CG
| UA
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| AA
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| AG
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| UU
| gap
| Seq
|
|---|
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-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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82.1* |
-- |
-- |
0.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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99.0* |
-- |
-- |
0.3* |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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| A |
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-- |
-- |
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-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
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| C |
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-- |
1.7* |
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-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
1.7 |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
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| E |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.8 | 1042 |
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0.1* |
0.3* |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.2 | 1012 |
| |
| Basepair (601:605)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
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| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
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0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1* |
82.2* |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
17.3 | 6108 |
| B |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1* |
99.2* |
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-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.3 | 4832 |
| A |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 | 234 |
| C |
-- |
-- |
1.2 |
1.7* |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
91.3* |
-- |
-- |
1.7 |
-- |
-- |
1.7 |
1.8 | 172 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.9 | 1042 |
| M |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.3 |
1.0* |
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-- |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
2.7* |
93.7 | 1012 |
| |
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