Thermus thermophilus 16S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (24 of 48)
| Basepair (624:625)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
30.4 |
-- |
-- |
-- |
36.8 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.0 |
-- |
-- |
-- |
27.3 | 7299 |
| 3 |
-- |
-- |
35.6 |
-- |
-- |
-- |
41.1 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.8 |
-- |
-- |
-- |
17.0 | 6116 |
| B |
-- |
-- |
41.2 |
-- |
-- |
-- |
51.0 |
0.4 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
7.2 |
-- |
-- |
-- |
-- | 4842 |
| A |
-- |
-- |
77.2 |
-- |
-- |
-- |
19.0 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
3.0 |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 232 |
| C |
-- |
-- |
8.1 |
-- |
-- |
-- |
84.3* |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
4.7 |
-- |
-- |
0.6* |
1.8 | 172 |
| E |
-- |
-- |
0.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.7 | 1043 |
| M |
0.1 |
-- |
3.5* |
-- |
0.1* |
0.1 |
2.8 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
93.4 | 1012 |
| |
| Basepair (635:736)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
72.4 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
27.3 | 7223 |
| 3 |
-- |
-- |
82.4 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
17.2 | 6031 |
| B |
-- |
-- |
99.5 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 4780 |
| A |
-- |
-- |
99.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 214 |
| C |
-- |
-- |
97.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 170 |
| E |
-- |
-- |
0.2* |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.8 | 1038 |
| M |
-- |
-- |
9.0* |
0.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
90.7 | 1023 |
| |
| Base Pair (637:735)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
73.6 |
-- |
-- |
25.7 | 7096 |
| 3 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
82.4 |
-- |
-- |
17.1 | 6035 |
| B |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.4 |
-- |
-- |
-- | 4779 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.5 |
-- |
-- |
0.5 | 220 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
4.7 |
94.7 |
-- |
-- |
-- | 170 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5* |
-- |
-- |
99.3 | 1037 |
| M |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1* |
0.1 |
10.0* |
-- |
0.1 |
89.6 | 892 |
| |
| Basepair (638:734)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
17.0* |
-- |
0.1* |
70.5* |
0.5 |
-- |
0.2 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
11.1 | 7127 |
| 3 |
20.0* |
-- |
0.1* |
78.8* |
0.6 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 6066 |
| B |
1.2* |
-- |
-- |
98.1* |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 4817 |
| A |
86.9* |
-- |
-- |
11.8* |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 221 |
| C |
-- |
-- |
-- |
98.8 |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 170 |
| E |
93.3* |
0.3* |
0.4* |
3.0* |
1.8 |
-- |
0.4 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 | 1029 |
| M |
0.1* |
-- |
0.4* |
9.0* |
0.1 |
-- |
0.8 |
2.8 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
86.3 | 892 |
| |
| Basepair (639:733)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
68.8* |
0.7* |
0.3* |
6.2* |
12.7 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
10.5 | 7121 |
| 3 |
76.8* |
0.8* |
-- |
7.1* |
14.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- | 6063 |
| B |
91.2* |
0.8* |
-- |
7.5* |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- | 4815 |
| A |
87.8* |
-- |
-- |
9.5* |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 221 |
| C |
97.6* |
-- |
-- |
0.6* |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- | 168 |
| E |
6.7 |
1.3* |
-- |
4.7 |
86.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 1028 |
| M |
9.3* |
0.4* |
2.2* |
1.0* |
0.1 |
-- |
0.6 |
0.4 |
0.2 |
0.6 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.7 |
0.7 |
83.3 | 891 |
| |
| Basepair (640:732)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
5.1 |
0.4* |
64.2* |
6.0 |
12.6* |
0.2 |
0.7 |
0.1* |
0.1 |
0.3 |
0.1 |
0.1 |
1.3 |
0.1 |
0.2 |
0.7 |
7.8 | 7111 |
| 3 |
5.9 |
0.4* |
69.9* |
6.7 |
14.7* |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
1.4 |
0.1 |
0.1 |
0.4 |
-- | 6053 |
| B |
4.9* |
0.6* |
88.2* |
2.3* |
1.3 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
1.8 |
0.1 |
-- |
0.5 |
-- | 4803 |
| A |
42.1* |
-- |
-- |
57.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 221 |
| C |
2.4* |
-- |
91.0* |
1.8* |
2.4 |
1.2 |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 167 |
| E |
2.7 |
-- |
0.1 |
16.5 |
80.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4* |
0.1 |
-- | 1030 |
| M |
-- |
0.1 |
20.5* |
2.1* |
0.6 |
1.0 |
4.3 |
1.1 |
0.9 |
1.6 |
0.6* |
0.9 |
0.3 |
0.3* |
1.2 |
2.9 |
61.5 | 892 |
| |
| Basepair (641:730)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
5.7* |
6.5* |
10.1* |
23.5* |
17.8 |
0.6 |
9.4 |
1.6 |
1.7 |
5.1 |
0.1 |
0.8 |
4.5 |
0.7 |
0.8 |
2.1 |
9.0 | 7042 |
| 3 |
6.3* |
7.5* |
10.1* |
26.7* |
20.7 |
0.2 |
9.5 |
1.5 |
1.9 |
5.5 |
0.2 |
1.0 |
5.1 |
0.8 |
0.7 |
2.2 |
0.2 | 5987 |
| B |
5.8 |
6.8* |
12.2* |
16.2 |
25.5* |
0.3 |
12.0 |
0.8* |
2.3 |
6.8 |
0.2 |
0.8 |
6.2 |
1.0 |
0.3 |
2.8 |
0.1 | 4738 |
| A |
33.0* |
57.5* |
9.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 221 |
| C |
1.2 |
3.0* |
7.7 |
24.9 |
7.7* |
0.6 |
41.4* |
-- |
0.6 |
1.8 |
-- |
-- |
5.3 |
-- |
1.2* |
4.1 |
0.6 | 169 |
| E |
3.3* |
0.3 |
0.5 |
80.6* |
3.1 |
-- |
-- |
4.8 |
0.1 |
1.0* |
0.1 |
2.2 |
0.9 |
0.1 |
2.7 |
0.1 |
0.3 | 1029 |
| M |
2.3 |
0.2* |
10.7* |
1.8 |
0.5* |
2.7 |
2.5 |
2.6* |
0.8 |
3.5 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
1.4 |
1.2 |
69.6 | 887 |
| |
| Basepair (642:729)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
1.1* |
47.0* |
25.9* |
7.0* |
0.6 |
3.1 |
1.3 |
0.5 |
0.4 |
0.6 |
0.4 |
1.9 |
0.2 |
0.1 |
1.5 |
1.2 |
7.0 | 7050 |
| 3 |
1.2* |
53.9* |
27.9* |
7.3* |
0.7 |
3.6 |
0.9 |
0.1 |
0.4 |
0.3 |
0.1 |
2.2 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
1.1 |
-- | 5994 |
| B |
1.5* |
48.4* |
33.5* |
8.9* |
0.8 |
1.2 |
0.5 |
0.1 |
-- |
0.4 |
0.1 |
2.8 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
1.3 |
-- | 4744 |
| A |
-- |
87.4* |
11.7* |
0.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 222 |
| C |
0.6* |
47.9* |
42.6* |
4.7* |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
1.2 |
1.2 | 169 |
| E |
0.2* |
72.2* |
5.7* |
1.2* |
-- |
15.2 |
2.9 |
-- |
2.1 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- | 1029 |
| M |
0.5 |
0.2 |
9.5 |
5.5* |
0.3 |
0.9 |
4.2 |
3.3 |
0.7 |
2.9* |
3.0 |
0.3 |
0.9 |
0.1* |
11.4* |
2.6 |
53.8 | 888 |
| |
| Basepair (643:728)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
34.9* |
4.4* |
16.1* |
26.3* |
6.7 |
0.3 |
1.1 |
0.8 |
0.2 |
1.0 |
0.7 |
0.4 |
0.2 |
0.1 |
0.6 |
1.3 |
4.8 | 7050 |
| 3 |
38.5* |
5.1* |
17.6* |
29.3* |
7.8 |
0.3 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.5 |
0.3 | 5994 |
| B |
37.7* |
6.3* |
22.2* |
25.0* |
7.2 |
0.3 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.2 | 4748 |
| A |
99.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 221 |
| C |
78.8* |
1.8* |
1.8* |
15.3* |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 | 170 |
| E |
28.8* |
0.7* |
-- |
55.4* |
12.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
2.4 |
0.2 | 1026 |
| M |
2.3 |
1.0 |
8.9* |
8.5* |
0.3 |
0.9 |
8.0 |
6.0 |
1.2 |
7.4 |
4.7* |
2.8 |
0.8 |
0.6* |
4.2 |
6.5 |
35.8 | 887 |
| |
| Basepair (644:727)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
52.5* |
0.8* |
6.0* |
8.7* |
1.3 |
0.8 |
1.3 |
0.6 |
0.4 |
0.6 |
0.3 |
0.2 |
18.5 |
0.3 |
0.6 |
0.5 |
6.6 | 7105 |
| 3 |
59.2* |
0.8* |
5.8* |
8.4* |
1.4 |
0.8 |
0.2 |
0.3 |
0.4 |
0.1 |
0.1 |
-- |
21.6 |
0.3 |
0.4 |
0.1 |
-- | 6049 |
| B |
74.4* |
1.0* |
6.3* |
10.5* |
1.8 |
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
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|
|---|
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0.2 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 4749 |
| A |
50.4* |
-- |
3.1* |
46.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- | 226 |
| C |
71.0* |
3.0* |
3.0* |
17.8* |
4.1 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 169 |
| E |
6.8* |
2.6* |
2.2* |
87.4* |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 1023 |
| M |
28.5* |
0.1* |
2.5* |
59.0* |
1.9 |
0.1 |
2.7 |
2.7 |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
0.3 |
-- |
0.1 |
0.6 |
1.0 | 891 |
| |
| Basepair (654:718)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
55.6* |
11.3* |
3.6* |
14.5* |
0.3 |
0.2 |
0.2 |
0.3 |
-- |
-- |
0.2 |
0.4 |
0.1 |
0.1 |
4.2 |
8.7 |
0.2 | 7070 |
| 3 |
56.4* |
13.2* |
4.1 |
9.8 |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
0.4 |
-- |
0.1 |
4.9 |
10.2* |
0.1 | 6011 |
| B |
68.1* |
16.2* |
5.2* |
9.4* |
0.1 |
0.3 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 | 4751 |
| A |
62.1* |
9.9* |
-- |
27.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- | 232 |
| C |
5.3* |
2.4* |
1.2* |
88.2* |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 169 |
| E |
1.1* |
-- |
0.1 |
7.7 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
0.8 |
2.6 |
-- |
-- |
28.2 |
59.4* |
-- | 1029 |
| M |
60.4* |
0.3* |
0.8* |
32.2* |
1.2 |
0.4 |
1.1 |
1.8 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
0.9 | 891 |
| |
| Basepair (655:717)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
5.5* |
17.2 |
21.4 |
3.5* |
0.1 |
36.8* |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.7* |
0.1 |
1.0 |
0.2 |
0.1 |
0.2 |
12.5 |
0.3 | 7126 |
| 3 |
3.9* |
17.7 |
16.2 |
2.9* |
-- |
42.6* |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
1.2 |
0.2 |
0.1 |
0.2 |
14.5 |
0.1 | 6067 |
| B |
2.6* |
20.7 |
20.3 |
1.4* |
-- |
53.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
0.3 |
0.4 |
0.1 | 4806 |
| A |
45.7* |
18.5* |
-- |
35.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- | 232 |
| C |
84.6* |
-- |
0.6 |
13.0* |
-- |
1.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 169 |
| E |
0.5* |
3.6* |
0.8 |
3.0 |
0.1 |
0.5 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
0.4 |
6.9 |
-- |
0.3 |
0.1 |
83.6* |
-- | 1030 |
| M |
1.3* |
17.1* |
60.5* |
5.7* |
0.7 |
4.3 |
1.0 |
0.1 |
0.2 |
5.8 |
-- |
-- |
0.3 |
0.3 |
0.2 |
1.0 |
1.3 | 891 |
| |
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