Thermus thermophilus 16S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (26 of 48)
| Basepair (680:768)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
4.0 |
0.3 |
-- |
-- |
75.0* |
0.2* |
0.1 |
5.6 |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
0.1 |
11.9 |
2.4 |
0.3 | 7142 |
| 3 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
82.7* |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
13.9 |
2.8 |
-- | 6083 |
| B |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
99.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- | 4829 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- | 222 |
| C |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
98.2* |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 170 |
| E |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
81.9 |
16.2 |
-- | 1033 |
| M |
-- |
31.8 |
0.7* |
-- |
-- |
18.0 |
1.8 |
-- |
44.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
0.1 |
2.2 | 890 |
| |
| Basepair (705:716)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.2 |
0.7 |
3.0 |
1.6 |
0.9 |
0.7 |
29.5* |
0.3 |
5.1 |
0.4 |
0.1* |
0.1 |
1.3 |
55.1* |
0.1 |
0.2* |
0.7 | 7189 |
| 3 |
0.1 |
-- |
2.1 |
0.1 |
0.7 |
0.1 |
29.7* |
0.1 |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
1.4 |
63.1* |
-- |
-- |
0.1 | 6134 |
| B |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
24.5* |
-- |
2.9 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
71.3* |
-- |
-- |
0.1 | 4860 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
20.3* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
78.4* |
-- |
-- |
-- | 241 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
74.6* |
-- |
1.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
22.5* |
-- |
-- |
0.6 | 169 |
| E |
0.1 |
0.1 |
12.2 |
0.3 |
3.3 |
0.1 |
56.2* |
0.2 |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
5.9 |
20.7* |
-- |
-- |
0.3 | 1034 |
| M |
0.2 |
5.3 |
10.3* |
12.2 |
1.8* |
4.4 |
19.4 |
1.9 |
24.2* |
3.4 |
0.9* |
1.0 |
1.2 |
6.2 |
1.1 |
1.8 |
4.6 | 887 |
| |
| Basepair (708:715)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
87.6* |
0.1* |
0.3* |
8.4* |
0.3 |
-- |
0.2 |
0.3 |
-- |
0.1 |
0.8 |
0.4 |
0.1 |
0.2 |
0.4 |
0.3 |
0.4 | 7209 |
| 3 |
98.7* |
0.1* |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.4 |
-- |
0.3 | 6153 |
| B |
98.7* |
0.1* |
-- |
0.2* |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
0.5 |
-- |
0.2 | 4877 |
| A |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 241 |
| C |
94.7* |
-- |
0.6* |
1.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
0.6 |
-- |
-- |
1.2 | 169 |
| E |
98.0 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
0.8 |
-- |
-- |
0.7 | 1036 |
| M |
10.0* |
0.3* |
2.3* |
66.8* |
2.0 |
0.3 |
1.8 |
2.3 |
0.1 |
0.6 |
5.9 |
2.9 |
0.1 |
0.1 |
0.6 |
2.3 |
1.6 | 888 |
| |
| Basepair (709:714)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.7* |
95.0* |
2.5* |
0.3* |
0.1 |
0.2 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.4 |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 | 7219 |
| 3 |
0.8* |
98.3* |
0.2* |
0.1* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 6160 |
| B |
0.8* |
98.4* |
0.2* |
0.1* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- | 4885 |
| A |
3.3* |
96.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 241 |
| C |
-- |
94.7* |
1.2* |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.8 | 170 |
| E |
-- |
98.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 | 1035 |
| M |
0.3* |
71.9* |
18.4* |
1.7* |
0.4 |
1.1 |
1.3 |
0.4 |
0.1 |
1.9 |
0.2 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.3 |
-- |
1.3 | 890 |
| |
| Basepair (710:713)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1 |
0.2 |
0.6 |
-- |
-- |
0.4 |
0.8* |
0.1 |
0.2 |
0.7 |
0.1 |
-- |
26.5 |
68.8* |
0.7* |
0.1 |
0.5 | 7211 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
21.4 |
78.3 |
-- |
-- |
0.1 | 6155 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.7 |
94.1 |
-- |
-- |
0.1 | 4888 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
31.6 |
68.0 |
-- |
-- |
-- | 231 |
| C |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
66.9 |
30.8 |
-- |
-- |
1.2 | 169 |
| E |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1* |
0.1 |
-- |
-- |
93.0* |
6.2 |
-- |
-- |
0.5 | 1037 |
| M |
0.3 |
2.0* |
5.2 |
0.2* |
-- |
3.4 |
6.1 |
0.8 |
0.9 |
5.3 |
1.1 |
-- |
54.3* |
10.6 |
5.7* |
0.9 |
3.2 | 888 |
| |
Last generated : Fri Jun 28 2002 (11 : 6)