Thermus thermophilus 16S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (28 of 48)
| Basepair (800:1506)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.2* |
88.9* |
3.7* |
-- |
-- |
0.9 |
0.1 |
-- |
1.6 |
0.3 |
0.3 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
3.6 | 2216 |
| 3 |
0.3* |
97.6* |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.3 |
0.5 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 1458 |
| B |
-- |
98.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
0.9 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 701 |
| A |
4.9* |
92.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 | 82 |
| C |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 109 |
| E |
-- |
97.3 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.3 |
0.4 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.5 | 676 |
| M |
-- |
67.7* |
12.4* |
0.2* |
-- |
3.1 |
0.3 |
-- |
5.2 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.5 |
10.2 | 651 |
| |
| Basepair (803:850)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
86.3* |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.3 |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
0.7 |
11.6 | 7229 |
| 3 |
-- |
-- |
99.7 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 | 5994 |
| B |
-- |
-- |
99.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 4744 |
| A |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 231 |
| C |
-- |
-- |
98.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 170 |
| E |
-- |
-- |
98.9 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.3 |
0.5 | 1019 |
| M |
-- |
-- |
8.8* |
0.5* |
-- |
0.1 |
1.9 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
6.9 |
4.0 |
77.4 | 1066 |
| |
| Basepair (804:856)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
77.4* |
0.2* |
0.2* |
4.9* |
13.7 |
-- |
0.1 |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.2 |
1.2 |
1.5 | 7164 |
| 3 |
84.1* |
0.3* |
-- |
0.8* |
14.5 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- | 5916 |
| B |
99.3* |
0.3* |
-- |
0.2* |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- | 4679 |
| A |
93.9 |
-- |
-- |
-- |
1.3 |
-- |
-- |
4.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 230 |
| C |
97.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 |
-- |
0.6* |
1.2 | 170 |
| E |
11.3 |
-- |
-- |
4.2 |
84.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 | 1007 |
| M |
37.3* |
0.1* |
1.5* |
27.6* |
11.5 |
0.3 |
0.4 |
1.1 |
0.2 |
-- |
0.4 |
0.5 |
0.4 |
-- |
1.2 |
8.2 |
9.5 | 1079 |
| |
| Basepair (805:855)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
23.4* |
16.1* |
18.8* |
36.5* |
0.7 |
-- |
1.7 |
0.7 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
1.5 | 7200 |
| 3 |
24.3* |
19.5* |
22.6* |
32.8* |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 | 5947 |
| B |
30.8* |
4.5* |
26.8* |
37.0* |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 | 4703 |
| A |
-- |
73.9* |
25.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 230 |
| C |
89.4* |
-- |
1.2* |
6.5* |
1.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 170 |
| E |
-- |
76.5* |
2.5* |
20.7* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 1014 |
| M |
8.0* |
0.2* |
1.3* |
61.6* |
3.4 |
-- |
11.2 |
4.1 |
0.2 |
0.3 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
9.4 | 1084 |
| |
| Basepair (806:854)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
30.9* |
28.8* |
13.1* |
22.1* |
0.2 |
0.1 |
0.3 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
3.9 | 7197 |
| 3 |
36.8* |
32.8* |
6.5* |
22.7* |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.3 | 5944 |
| B |
40.4* |
23.4* |
7.1* |
28.2* |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.4 | 4698 |
| A |
47.6* |
11.3* |
21.6* |
11.7* |
3.9 |
-- |
-- |
3.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 231 |
| C |
1.2* |
1.2* |
-- |
95.9* |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 170 |
| E |
17.8* |
81.1* |
0.3* |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 1015 |
| M |
3.3* |
11.3* |
51.5* |
7.2* |
0.4 |
0.4 |
1.4 |
-- |
0.1 |
0.3 |
0.3 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.5 |
23.4 | 1084 |
| |
| Basepair (807:853)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
15.1* |
15.4* |
38.1* |
19.2* |
2.9 |
0.1 |
0.2 |
0.8 |
0.9 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.4 |
2.5 |
0.1 |
0.2 |
3.7 | 7182 |
| 3 |
15.6* |
18.5* |
41.9* |
14.6* |
3.3 |
-- |
0.2 |
0.8 |
1.0 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.5 |
3.1 |
-- |
0.1 |
-- | 5928 |
| B |
9.5* |
21.8* |
52.7* |
15.0* |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- | 4686 |
| A |
46.3* |
32.9* |
6.9* |
12.1* |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 231 |
| C |
3.5* |
2.4* |
82.9* |
8.8* |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
1.2 | 170 |
| E |
37.0* |
-- |
-- |
13.2* |
18.4 |
-- |
0.6 |
4.5 |
5.6 |
-- |
-- |
-- |
2.6 |
17.8 |
0.1 |
0.1 |
0.1 | 1011 |
| M |
14.8* |
0.6* |
10.1* |
46.1* |
0.9 |
0.6 |
0.6 |
0.6 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
0.4 |
0.1 |
0.2 |
0.2 |
0.6 |
23.8 | 1085 |
| |
| Basepair (808:852)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
31.5* |
2.7* |
1.5* |
58.7* |
0.2 |
0.2 |
0.2 |
0.5 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.3 |
0.2 |
3.6 | 7207 |
| 3 |
33.6* |
0.6* |
0.1* |
64.8* |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- | 5954 |
| B |
37.6* |
-- |
-- |
61.7* |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- | 4708 |
| A |
68.4* |
-- |
-- |
31.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 231 |
| C |
-- |
-- |
-- |
98.2 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 170 |
| E |
7.0* |
3.3* |
0.4* |
86.5* |
0.1 |
0.1 |
0.6 |
0.8 |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
0.1 | 1015 |
| M |
24.8* |
14.7* |
9.3* |
19.4* |
0.6 |
0.9 |
0.9 |
2.2 |
-- |
0.6 |
0.3 |
0.2 |
0.5 |
-- |
2.0 |
0.1 |
23.6 | 1084 |
| |
| Basepair (809:851)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.2* |
78.8* |
15.1* |
0.2* |
-- |
0.6 |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.6 |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
3.7 | 7237 |
| 3 |
-- |
90.6* |
8.7* |
0.1* |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 5985 |
| B |
-- |
89.1* |
10.4* |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 4737 |
| A |
-- |
89.6* |
10.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 231 |
| C |
-- |
93.5* |
4.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.8 | 170 |
| E |
-- |
98.0* |
0.6* |
0.4* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 | 1017 |
| M |
1.3* |
11.4* |
52.1* |
1.0* |
-- |
3.1 |
0.2 |
1.2 |
0.2 |
2.8 |
0.3 |
0.9 |
0.1 |
0.1 |
1.5 |
0.4 |
23.4 | 1083 |
| |
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