Thermus thermophilus 16S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (29 of 48)
| Basepair (810:849)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
1.9* |
86.4* |
0.6* |
-- |
0.6 |
0.6 |
0.1 |
-- |
4.7 |
-- |
0.3 |
-- |
0.3 |
-- |
0.3 |
4.2 | 7216 |
| 3 |
-- |
1.2* |
92.7* |
0.1* |
-- |
0.3 |
0.3 |
-- |
0.1 |
4.6 |
0.1 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
0.1 |
0.3 | 5960 |
| B |
-- |
0.3* |
95.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 4710 |
| A |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 231 |
| C |
-- |
0.6* |
96.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
1.2 | 170 |
| E |
0.1* |
5.6* |
77.7* |
0.4* |
-- |
1.7 |
1.9 |
-- |
0.3 |
8.6 |
-- |
-- |
-- |
1.9 |
-- |
0.7 |
0.9 | 1019 |
| M |
-- |
6.0* |
50.5* |
0.8* |
0.1 |
2.4 |
2.2 |
0.6 |
-- |
6.0 |
0.7 |
1.9 |
-- |
0.3 |
1.7 |
1.4 |
25.6 | 1087 |
| |
| Basepair (811:835)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.5 |
0.4 |
0.2* |
9.2 |
4.3* |
8.0 |
2.5 |
1.1 |
51.8* |
-- |
1.6* |
1.6 |
-- |
3.1 |
0.1 |
0.2 |
15.2 | 7174 |
| 3 |
0.6 |
0.5 |
0.1* |
10.3 |
5.1* |
9.7 |
2.6 |
1.2 |
60.8* |
-- |
1.6* |
1.8 |
-- |
3.6 |
0.1 |
0.1 |
1.9 | 5915 |
| B |
0.1 |
0.1 |
-- |
2.0 |
0.2* |
11.6 |
3.3 |
1.1 |
73.5* |
-- |
1.8* |
1.4 |
-- |
4.5 |
0.1 |
0.1 |
0.1 | 4649 |
| A |
-- |
7.9 |
-- |
-- |
-- |
14.9 |
-- |
1.3 |
75.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 228 |
| C |
-- |
-- |
1.8* |
4.7 |
0.6* |
1.2 |
8.8 |
1.8 |
69.4* |
-- |
2.9* |
2.4 |
-- |
2.4 |
-- |
0.6 |
3.6 | 170 |
| E |
2.7* |
0.7* |
0.6* |
50.0* |
28.2 |
0.2 |
0.4 |
1.6 |
0.1 |
0.1 |
1.2 |
4.0 |
0.1 |
0.3 |
0.1 |
0.2 |
9.5 | 1038 |
| M |
-- |
0.1 |
0.5* |
3.9* |
0.5 |
0.3 |
0.7 |
0.3 |
0.3 |
0.1 |
1.7* |
0.4 |
-- |
0.1* |
0.2 |
0.6 |
90.6 | 1090 |
| |
| Basepair (812:834)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
64.5* |
0.2* |
0.9* |
8.1* |
10.2 |
-- |
0.1 |
0.6 |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.6 |
0.1 |
-- |
13.8 | 7258 |
| 3 |
76.7* |
0.2* |
0.4* |
8.6* |
11.7 |
-- |
-- |
0.7 |
0.2 |
-- |
0.3 |
-- |
0.2 |
0.8 |
0.1 |
-- |
0.1 | 5999 |
| B |
83.8* |
0.1* |
-- |
9.8* |
5.0 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 | 4729 |
| A |
93.5* |
-- |
-- |
4.3* |
-- |
-- |
-- |
2.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 231 |
| C |
35.3* |
-- |
1.2* |
34.7* |
24.7 |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.8 | 170 |
| E |
40.3 |
0.8* |
2.0* |
4.2 |
44.6* |
-- |
0.2 |
1.7* |
1.2 |
-- |
0.3 |
0.2 |
0.2 |
3.4 |
0.7 |
0.1 |
0.2 | 1039 |
| M |
2.4* |
-- |
4.0* |
1.4* |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
92.0 | 1090 |
| |
| Basepair (813:833)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
49.1* |
12.3* |
8.0* |
8.9* |
2.6 |
0.3 |
-- |
1.4 |
-- |
0.2 |
2.6 |
0.1 |
-- |
0.3 |
0.1 |
-- |
14.1 | 7282 |
| 3 |
57.6* |
14.4* |
9.3* |
9.4* |
3.0 |
0.3 |
-- |
1.7 |
-- |
0.2 |
3.2 |
0.2 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.1 | 6023 |
| B |
55.5* |
17.8* |
11.7* |
10.6* |
3.2 |
0.3 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 | 4754 |
| A |
88.7* |
3.9* |
-- |
3.5* |
3.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- | 231 |
| C |
64.1* |
1.8* |
0.6* |
24.7* |
5.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
2.4 | 170 |
| E |
60.6* |
1.3* |
0.3* |
5.0* |
1.9 |
0.1 |
0.1 |
9.4 |
-- |
0.7 |
18.1 |
0.8 |
0.1 |
0.9 |
0.2 |
0.1 |
0.5 | 1038 |
| M |
0.1* |
1.9* |
2.0* |
3.6* |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
92.0 | 1090 |
| |
| Basepair (814:832)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
10.1* |
11.5 |
10.1 |
6.2* |
1.0 |
42.2* |
0.1 |
0.2 |
0.3 |
-- |
-- |
0.2 |
0.8 |
2.4 |
0.1 |
0.9 |
13.9 | 7279 |
| 3 |
11.7* |
12.6 |
11.1 |
7.1* |
1.2 |
50.3* |
0.1 |
0.2 |
0.3 |
-- |
-- |
0.2 |
0.9 |
2.8 |
0.1 |
1.1 |
0.1 | 6020 |
| B |
2.4* |
15.4 |
13.2 |
8.2* |
-- |
58.7* |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
0.1 |
0.1 |
1.3 |
0.1 | 4751 |
| A |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
97.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
0.4 |
-- | 231 |
| C |
-- |
30.6* |
35.3* |
5.9* |
-- |
25.3 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
0.6 |
1.2 | 170 |
| E |
56.8* |
2.7* |
3.5* |
3.6* |
6.8 |
1.1 |
0.4 |
1.3 |
1.6 |
-- |
-- |
-- |
5.3 |
16.1 |
0.2 |
0.2 |
0.5 | 1038 |
| M |
2.8* |
2.2* |
0.7* |
1.8* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
92.0 | 1090 |
| |
| Basepair (815:831)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
5.7 |
1.0* |
0.5 |
2.8 |
60.5* |
0.3 |
10.8* |
0.9 |
0.6 |
-- |
-- |
0.1 |
0.5 |
1.7 |
0.1* |
0.6 |
13.8 | 7262 |
| 3 |
6.8 |
0.8* |
0.4 |
2.7 |
70.5* |
0.3 |
13.1* |
1.1 |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
2.0 |
0.2* |
0.7 |
-- | 6004 |
| B |
8.3 |
0.9* |
0.5* |
3.2 |
83.9* |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
2.5 |
-- |
0.1 |
-- | 4735 |
| A |
3.0 |
-- |
-- |
2.6 |
93.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- | 230 |
| C |
1.8 |
0.6* |
-- |
14.2 |
79.9* |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
1.8 | 169 |
| E |
0.8 |
0.7* |
0.2 |
0.3 |
4.4* |
0.4 |
75.5* |
6.2 |
4.1 |
0.1 |
-- |
-- |
3.0 |
0.1 |
1.0* |
3.4 |
-- | 1039 |
| M |
0.3 |
1.7* |
1.2* |
1.7 |
2.7* |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
92.0 | 1090 |
| |
| Basepair (816:830)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
5.7* |
2.7 |
0.9 |
2.2* |
0.3 |
65.1* |
-- |
0.4 |
0.3 |
0.1* |
-- |
0.3 |
-- |
0.1 |
6.7 |
0.7 |
14.6 | 7281 |
| 3 |
6.7* |
1.7 |
0.6 |
2.5* |
0.3 |
77.0* |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
0.2 |
8.0 |
0.8 |
1.0 | 6022 |
| B |
8.4* |
2.0 |
0.2 |
2.7* |
0.1 |
85.3* |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.2 |
0.2 |
0.2 |
0.2 | 4760 |
| A |
-- |
1.4 |
-- |
-- |
-- |
89.1 |
-- |
-- |
8.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
0.9 |
-- | 221 |
| C |
6.5* |
40.6* |
5.9* |
1.8* |
-- |
40.6 |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.8 | 170 |
| E |
0.4 |
0.7* |
3.0 |
2.2* |
1.3 |
36.3 |
-- |
2.3 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
45.4* |
3.5 |
4.7 | 1041 |
| M |
0.2* |
2.5 |
1.2 |
0.5* |
-- |
3.1* |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.3 |
92.0 | 1090 |
| |
| Basepair (817:829)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
12.1* |
19.3* |
33.2* |
4.3* |
3.9 |
11.0 |
-- |
0.1 |
0.3 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.4 |
0.2 |
0.7 |
14.2 | 7267 |
| 3 |
14.6* |
23.3* |
36.5* |
5.1* |
4.7 |
13.2 |
-- |
0.1 |
0.3 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.4 |
0.2 |
0.9 |
0.3 | 6008 |
| B |
18.3* |
15.8* |
40.7* |
6.0* |
4.6 |
12.9 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
1.1 |
0.2 | 4744 |
| A |
-- |
39.0* |
35.0* |
0.9 |
17.9* |
0.9 |
-- |
-- |
3.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.8 |
-- |
0.4 |
0.4 | 223 |
| C |
1.8* |
2.4* |
87.1* |
1.8* |
1.2 |
3.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
1.8 | 170 |
| E |
0.9 |
54.0* |
17.7* |
1.7 |
2.7* |
17.6 |
0.1 |
-- |
1.0 |
0.1 |
0.5 |
0.1 |
0.6 |
1.7 |
0.2 |
0.2 |
1.1 | 1041 |
| M |
0.1* |
0.3* |
6.5* |
0.5* |
0.1 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
92.1 | 1090 |
| |
| Basepair (818:828)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
48.4* |
4.4 |
1.7 |
8.8* |
7.8 |
8.3* |
0.3 |
0.1 |
0.5 |
-- |
0.1 |
-- |
2.0 |
3.1 |
0.1 |
0.1 |
14.1 | 7285 |
| 3 |
55.7* |
5.3 |
1.9 |
9.8* |
9.3 |
10.0* |
0.4 |
0.1 |
0.6 |
-- |
0.1 |
-- |
2.4 |
3.8 |
0.1 |
0.2 |
0.1 | 6026 |
| B |
59.9* |
3.3 |
1.3 |
10.5* |
11.2 |
12.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
0.1 | 4761 |
| A |
60.2* |
3.1* |
11.5* |
20.4* |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
2.2 |
0.4 |
-- |
-- | 226 |
| C |
85.9* |
-- |
3.5* |
5.9* |
1.8 |
1.2 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 170 |
| E |
35.2* |
15.3* |
2.2* |
4.0* |
2.7 |
0.2 |
2.2 |
0.3 |
3.3 |
0.2 |
-- |
0.1 |
13.1 |
20.6 |
0.2 |
0.3 |
0.1 | 1039 |
| M |
2.4* |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
4.2 |
-- |
-- |
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-- |
5.4 |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
5.3 |
-- |
-- |
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3.9* |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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| C |
-- |
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-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
5.5 |
-- |
-- |
11.7 |
-- |
-- |
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-- |
-- |
-- |
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| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
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-- |
-- |
92.0 |
-- |
-- |
-- |
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-- |
-- |
3.0 |
-- |
-- |
-- |
3.9 |
-- |
-- |
89.2 |
-- |
-- |
3.9 |
-- |
-- |
-- |
-- | 231 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
93.5 |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 170 |
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-- |
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-- |
-- |
0.1 |
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
-- |
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-- |
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-- |
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-- |
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| |
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