Thermus thermophilus 16S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (30 of 48)
| Basepair (862:889)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
78.2* |
0.5* |
-- |
0.6* |
20.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.3 | 6769 |
| 3 |
75.5 |
-- |
-- |
-- |
24.0 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 | 5468 |
| B |
96.8 |
-- |
-- |
-- |
2.6 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 | 4258 |
| A |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
99.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 217 |
| C |
95.8 |
-- |
-- |
-- |
3.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 167 |
| E |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
99.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- | 993 |
| M |
88.7* |
3.3* |
0.2* |
3.3* |
3.5 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.3 |
0.3 | 1135 |
| |
| Basepair (862:891)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
98.1 |
-- |
-- |
-- |
0.3 | 6774 |
| 3 |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
99.4 |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 5471 |
| B |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
99.3 |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 4261 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100 |
-- |
-- |
-- |
-- | 216 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.2 |
-- |
-- |
-- |
1.8 | 167 |
| E |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.8 |
0.1 |
-- |
-- |
-- | 994 |
| M |
-- |
-- |
0.5 |
0.1 |
-- |
-- |
3.4 |
-- |
-- |
3.4 |
-- |
-- |
92.2 |
-- |
-- |
-- |
0.3 | 1137 |
| |
| Basepair (863:888)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
4.3 |
-- |
-- |
14.5 |
80.7* |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 | 6853 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
3.7 |
95.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 5549 |
| B |
-- |
-- |
-- |
4.7 |
94.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 4340 |
| A |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
99.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 217 |
| C |
-- |
-- |
-- |
7.7 |
91.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 168 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 992 |
| M |
25.9* |
0.1* |
0.1* |
68.2* |
4.7 |
-- |
0.1 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.1 | 1137 |
| |
| Basepair (864:887)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
96.1* |
0.4* |
-- |
0.3 |
0.2 |
0.1 |
0.5* |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.2 | 6855 |
| 3 |
98.3* |
0.4* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.5* |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 5553 |
| B |
99.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 4345 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 216 |
| C |
94.6* |
-- |
-- |
2.4* |
1.2 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 168 |
| E |
92.3* |
2.2* |
-- |
0.4 |
-- |
0.1 |
2.7* |
1.9 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 992 |
| M |
85.6* |
0.1 |
0.3 |
1.2* |
0.8 |
0.4* |
0.4 |
9.3 |
0.1 |
-- |
0.3 |
-- |
0.2 |
0.2 |
0.8 |
0.3 |
0.4 | 1135 |
| |
| Basepair (865:886)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
8.2 |
-- |
0.1 |
-- |
15.0 |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
75.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.4 | 6858 |
| 3 |
-- |
-- |
4.4 |
-- |
0.1 |
-- |
6.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
88.3 |
0.1 |
-- |
-- |
0.4 | 5554 |
| B |
-- |
-- |
4.4 |
-- |
-- |
-- |
2.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
92.7 |
0.2 |
-- |
-- |
0.4 | 4349 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
54.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
45.1 |
-- |
-- |
-- |
-- | 213 |
| C |
-- |
-- |
6.5 |
-- |
-- |
-- |
18.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
73.8 |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 168 |
| E |
-- |
-- |
5.0 |
-- |
0.2 |
-- |
15.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
79.4 |
-- |
-- |
-- |
-- | 992 |
| M |
-- |
-- |
27.2 |
-- |
-- |
-- |
55.3 |
0.1 |
-- |
6.6 |
-- |
-- |
10.2 |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 1137 |
| |
| Basepair (866:885)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
99.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 6843 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
99.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 5538 |
| B |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
99.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 4331 |
| A |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
99.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- | 214 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.8 | 168 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- | 993 |
| M |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
0.2* |
-- |
99.1* |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.3 | 1138 |
| |
| Basepair (868:884)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
99.3 |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 | 6883 |
| 3 |
-- |
-- |
99.2 |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 | 5571 |
| B |
-- |
-- |
99.5 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 | 4362 |
| A |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 218 |
| C |
-- |
-- |
98.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 168 |
| E |
-- |
-- |
99.2 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 991 |
| M |
-- |
-- |
98.5* |
-- |
-- |
0.7 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.3 | 1145 |
| |
| Basepair (869:883)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
51.9 |
0.4 |
46.6 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.3 | 6793 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
48.3 |
0.2 |
50.8* |
-- |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 5485 |
| B |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
61.7 |
0.1 |
37.6 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 4290 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 214 |
| C |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
2.4 |
1.8 |
94.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 166 |
| E |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.3 |
0.4 |
99.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 981 |
| M |
-- |
-- |
0.2 |
2.9 |
0.1* |
0.1* |
76.7* |
1.0 |
18.2 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 1143 |
| |
| Basepair (871:882)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.5 |
-- |
1.1* |
2.7 |
90.0* |
-- |
0.2 |
0.2* |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
0.2 |
0.1 |
0.2 |
-- |
4.2 |
0.2 | 6864 |
| 3 |
0.3 |
-- |
0.5* |
0.8 |
97.5* |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1* |
-- |
-- |
0.3 |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 | 5554 |
| B |
0.3 |
-- |
-- |
1.1 |
98.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.3 |
-- |
-- |
0.2 | 4346 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.5* |
-- |
-- |
0.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 219 |
| C |
-- |
-- |
-- |
4.2 |
92.8* |
-- |
-- |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
0.6 |
1.2 | 167 |
| E |
0.3 |
-- |
2.7* |
-- |
95.8* |
-- |
0.3 |
0.5* |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- | 989 |
| M |
1.7 |
-- |
4.4* |
11.2 |
52.6* |
-- |
0.7 |
0.7 |
0.1* |
0.9 |
1.5* |
1.0 |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
24.9 |
-- | 1144 |
| |
| Basepair (872:881)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
36.3* |
9.4* |
6.1* |
19.8* |
26.4 |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
0.2 | 6950 |
| 3 |
43.7* |
9.9* |
6.1* |
6.8* |
32.0 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.3 |
0.1 |
0.1 |
0.1 | 5637 |
| B |
32.4 |
11.3* |
6.5* |
8.0 |
40.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.3 |
-- |
0.3 |
-- |
0.1 |
0.1 | 4427 |
| A |
71.2* |
2.3* |
26.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- | 219 |
| C |
0.6 |
54.7* |
38.2* |
-- |
2.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 |
1.2 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 170 |
| E |
88.1* |
5.2* |
0.2* |
2.8* |
0.3 |
2.9 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- | 991 |
| M |
5.2* |
0.2* |
1.4* |
87.0* |
2.7 |
-- |
-- |
2.6 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.4 |
0.2 | 1144 |
| |
| Basepair (873:880)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
15.2* |
35.5* |
29.1* |
3.9* |
0.2 |
14.5 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.4 |
0.5 | 6977 |
| 3 |
0.8* |
43.6* |
31.9* |
4.4* |
0.1 |
17.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.4 |
-- |
0.5 |
0.5 | 5664 |
| B |
0.4* |
52.1* |
38.1* |
4.9* |
0.1 |
3.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.7 | 4456 |
| A |
-- |
62.7* |
17.7* |
8.2* |
-- |
10.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 220 |
| C |
-- |
2.4* |
82.4* |
2.9* |
-- |
10.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
1.2 | 170 |
| E |
3.0* |
0.9 |
7.4 |
1.6* |
-- |
83.8* |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.1 |
2.6 |
0.1 | 988 |
| M |
88.6* |
0.9* |
6.9* |
1.2* |
0.7 |
0.7 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.3 |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 | 1144 |
| |
| Basepair (874:879)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
1.7* |
93.1* |
2.8* |
0.2* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.3 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.6 |
0.4 | 6991 |
| 3 |
1.5* |
94.1* |
2.9* |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.3 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.3 | 5679 |
| B |
1.8* |
96.9* |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.3 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.3 | 4470 |
| A |
-- |
95.5 |
-- |
-- |
-- |
4.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 220 |
| C |
-- |
91.1* |
6.5* |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 169 |
| E |
0.2* |
82.2* |
16.3* |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 | 989 |
| M |
3.1* |
87.5* |
2.2 |
1.4 |
0.2 |
0.6 |
0.2* |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
3.9* |
0.6 | 1144 |
| |
| Basepair (875:878)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1 |
0.1 |
0.6 |
0.2 |
-- |
0.6* |
7.4 |
0.4* |
0.2 |
1.7 |
0.5 |
0.6* |
84.8* |
-- |
0.1 |
0.2 |
2.2 | 7042 |
| 3 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
99.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 5728 |
| B |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
99.1 |
-- |
-- |
-- |
-- | 4518 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 220 |
| C |
3.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
95.3 |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 170 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
98.9 |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 990 |
| M |
0.1* |
0.7 |
2.9 |
1.4 |
0.2 |
3.9* |
44.8* |
2.7 |
1.0 |
8.7 |
3.0 |
3.8* |
12.0 |
-- |
0.4 |
1.1 |
13.3 | 1145 |
| |
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