Thermus thermophilus 16S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (34 of 48)
| Basepair (955:1297)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
0.1 |
-- |
0.3 |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
98.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 | 6782 |
| 3 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
99.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 | 5495 |
| B |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
99.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 4280 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 198 |
| C |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.8 | 166 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 | 1017 |
| M |
-- |
-- |
-- |
1.4 |
0.1 |
0.5 |
0.8 |
0.6 |
96.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2* |
0.2 | 1122 |
| |
| Basepair (956:1298)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.2 |
0.3 |
1.4* |
2.5* |
-- |
0.1 |
0.2 |
9.6 |
0.5 |
19.2 |
63.2* |
0.9 |
-- |
-- |
0.7 |
0.9 |
0.1 | 6801 |
| 3 |
0.2 |
0.2 |
1.2* |
3.0* |
-- |
0.1 |
0.2 |
11.8 |
0.6 |
5.5 |
75.0* |
0.2 |
-- |
-- |
0.8 |
1.0 |
0.1 | 5511 |
| B |
-- |
0.1 |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
7.0 |
92.3* |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 | 4294 |
| A |
3.0 |
-- |
29.3* |
8.6* |
0.5 |
1.0 |
1.5 |
1.0 |
-- |
0.5 |
14.1* |
0.5 |
0.5 |
-- |
15.2 |
24.2 |
-- | 198 |
| C |
-- |
-- |
2.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
10.8 |
84.3* |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.8 | 166 |
| E |
0.6 |
0.8* |
0.2* |
14.5 |
0.1* |
0.2 |
0.8 |
63.5* |
3.2 |
0.3 |
13.5 |
0.3 |
-- |
0.1 |
1.5 |
0.2 |
0.2 | 1019 |
| M |
-- |
0.7 |
2.0 |
0.4 |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
87.7* |
2.8 |
4.2 |
0.2 |
-- |
0.3 |
0.9* |
0.1 | 1125 |
| |
| Basepair (959:1204)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
6.7* |
0.8 |
0.1 |
-- |
0.4 |
0.2* |
0.1 |
0.1 |
1.9 |
8.9 |
0.2 |
-- |
-- |
75.3* |
0.5 |
4.8 | 6792 |
| 3 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
10.6 |
-- |
-- |
-- |
88.6 |
0.2 |
0.3 | 5484 |
| B |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
98.7 |
0.2 |
0.1 | 4276 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
73.2* |
-- |
-- |
-- |
25.3 |
1.0* |
-- | 198 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.8 |
-- |
1.2 | 166 |
| E |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
39.6* |
0.1 |
-- |
-- |
58.7 |
0.4* |
0.7 | 1006 |
| M |
-- |
39.7* |
4.3 |
0.5* |
-- |
2.2 |
1.0 |
-- |
0.6 |
11.0 |
2.2 |
1.2 |
0.2* |
0.3 |
7.9* |
2.0 |
27.0 | 1143 |
| |
| Basepair (960:1203)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
84.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
15.3 | 6835 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
99.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.3 | 5526 |
| B |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
99.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 4319 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- | 194 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
1.2 | 166 |
| E |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
0.4 |
-- |
98.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.8 | 1009 |
| M |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
9.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
90.5 | 1144 |
| |
| Basepair (961:1202)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
99.5* |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 6849 |
| 3 |
-- |
99.7* |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 5541 |
| B |
-- |
99.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 4327 |
| A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 198 |
| C |
-- |
98.2* |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 166 |
| E |
-- |
99.3* |
0.4* |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 1010 |
| M |
-- |
99.0* |
0.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.3 |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 1143 |
| |
| Basepair (962:1201)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.3* |
97.9* |
1.1* |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 6767 |
| 3 |
0.4* |
98.7* |
0.5* |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 5460 |
| B |
-- |
99.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 4252 |
| A |
-- |
98.0* |
0.5* |
-- |
-- |
1.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 196 |
| C |
-- |
97.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 166 |
| E |
2.1* |
94.5* |
2.4* |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 | 1008 |
| M |
-- |
94.0* |
4.3* |
0.2* |
0.1 |
0.3 |
0.1 |
-- |
-- |
0.3 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 | 1142 |
| |
| Basepair (963:1200)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
3.2* |
4.4* |
31.0* |
58.9* |
0.2 |
0.3 |
0.1 |
0.7 |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
0.4 |
-- | 6840 |
| 3 |
2.3* |
4.6* |
36.0* |
56.2* |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.1 | 5533 |
| B |
0.4* |
4.0* |
45.9* |
48.9* |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- | 4321 |
| A |
48.7* |
9.1* |
2.5* |
37.1* |
2.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 197 |
| C |
0.6* |
-- |
1.2* |
96.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
1.2 | 166 |
| E |
1.5* |
6.0* |
0.1* |
91.1* |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.3 |
-- |
0.1 |
0.3 | 1010 |
| M |
7.8* |
4.4* |
11.7* |
66.3* |
0.7 |
1.4 |
0.2 |
3.3 |
-- |
0.4 |
1.1 |
1.2 |
-- |
-- |
0.2 |
1.3 |
-- | 1142 |
| |
| Basepair (964:1199)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
55.2* |
8.7* |
5.7* |
27.3* |
0.8 |
0.2 |
0.3 |
0.2 |
0.1 |
0.5 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
0.1 | 6832 |
| 3 |
64.9* |
1.0* |
0.9* |
31.6* |
0.8 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
0.1 |
0.1 | 5525 |
| B |
56.6* |
1.3* |
1.2* |
39.9* |
0.6 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- | 4310 |
| A |
94.9* |
-- |
-- |
0.5* |
4.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 198 |
| C |
88.6* |
-- |
-- |
9.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
1.2 | 166 |
| E |
94.7* |
-- |
-- |
2.7* |
0.8 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
1.3 |
-- |
-- |
0.1 | 1010 |
| M |
3.9* |
46.8* |
29.9* |
9.0* |
1.1 |
1.5 |
1.4 |
0.6 |
0.4 |
3.1 |
0.5 |
0.5 |
0.4 |
-- |
0.4 |
0.2 |
0.3 | 1142 |
| |
| Basepair (965:994)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.6 |
0.7 |
1.7 |
0.8 |
1.5 |
0.8 |
0.8 |
-- |
0.5* |
19.7 |
0.7 |
2.1* |
43.2* |
0.1 |
1.9* |
1.4 |
23.3 | 6968 |
| 3 |
0.7 |
-- |
-- |
0.7* |
1.9 |
0.4* |
0.7 |
-- |
0.2 |
22.1 |
-- |
0.2 |
50.8* |
0.1 |
0.3 |
-- |
21.7 | 5658 |
| B |
0.9 |
-- |
-- |
0.9* |
2.4 |
0.5* |
0.9 |
-- |
0.3 |
28.3 |
-- |
0.3 |
64.8* |
0.1 |
0.4 |
-- |
0.1 | 4430 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 204 |
| C |
0.6 |
-- |
2.4 |
3.6* |
1.2 |
-- |
4.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
84.5* |
-- |
-- |
-- |
3.6 | 168 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
99.9 | 1023 |
| M |
-- |
4.4 |
9.9* |
0.7 |
-- |
3.3 |
1.1 |
0.1 |
2.0* |
10.6 |
4.5 |
11.6* |
0.1 |
-- |
9.9 |
8.3 |
33.5 | 1143 |
| |
| Basepair (965:1198)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
48.3* |
24.8* |
8.9* |
3.4* |
12.4 |
0.6 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.7 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.3 |
0.1 | 6852 |
| 3 |
57.3* |
23.2* |
1.1* |
2.3* |
14.9 |
0.4 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.3 |
0.1 | 5544 |
| B |
65.4* |
28.5* |
0.5* |
2.1* |
2.7 |
0.5 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- | 4333 |
| A |
67.7* |
15.2* |
5.1* |
9.1* |
3.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 198 |
| C |
79.5* |
-- |
1.8* |
8.4* |
7.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
1.2 |
1.2 | 166 |
| E |
20.8 |
2.2* |
3.1* |
2.1 |
69.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
1.7 |
0.1 | 1008 |
| M |
0.6* |
36.0* |
47.4* |
7.9* |
0.8 |
2.0 |
0.2 |
0.1 |
0.3 |
4.2 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 | 1143 |
| |
| Basepair (966:1197)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
9.6 |
18.3* |
26.1* |
6.6 |
22.1* |
2.2 |
0.1 |
0.1* |
-- |
0.9 |
0.2 |
2.4 |
0.1 |
0.1 |
-- |
10.9 |
0.2 | 6812 |
| 3 |
9.3 |
16.5* |
21.6* |
6.8 |
26.9* |
1.8 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
2.9 |
0.1 |
0.1 |
-- |
13.3 |
0.3 | 5504 |
| B |
10.0 |
20.6* |
26.2* |
7.3 |
32.9* |
2.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 | 4294 |
| A |
39.4* |
7.6* |
10.6* |
22.7* |
19.2 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 198 |
| C |
65.1* |
-- |
2.4* |
21.1* |
10.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 166 |
| E |
0.5 |
0.7 |
4.1 |
2.0 |
2.8 |
0.6 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
1.1* |
15.8 |
-- |
-- |
0.2 |
72.0* |
0.2 | 1007 |
| M |
2.6* |
29.9* |
51.9* |
3.1* |
0.6 |
4.2 |
0.4 |
0.2 |
0.1 |
5.1 |
0.1 |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 |
1.3 |
-- | 1143 |
| |
| Basepair (967:1196)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
2.0* |
78.8* |
6.9* |
0.3* |
-- |
10.6 |
0.5 |
-- |
0.1 |
0.3 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.2 | 6833 |
| 3 |
2.4* |
80.4* |
4.0* |
0.4* |
-- |
11.6 |
0.5 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 | 5528 |
| B |
-- |
80.6* |
4.4* |
-- |
-- |
14.0 |
0.6 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 4321 |
| A |
68.2* |
12.1* |
-- |
10.1* |
-- |
7.6 |
-- |
0.5 |
-- |
1.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 198 |
| C |
-- |
60.8* |
32.5* |
-- |
-- |
1.8 |
2.4 |
-- |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 166 |
| E |
-- |
93.2* |
3.2* |
-- |
-- |
1.9 |
0.4 |
-- |
-- |
0.5 |
0.1 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 1004 |
| M |
-- |
73.9* |
17.2* |
0.1* |
-- |
7.1 |
0.3 |
-- |
0.5 |
0.4 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- | 1140 |
| |
| Basepair (968:1194)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
-- |
81.3 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
17.9 | 6833 |
| 3 |
-- |
-- |
77.6 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
22.0 | 5524 |
| B |
-- |
-- |
99.5 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- | 4310 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 195 |
| C |
-- |
-- |
96.4 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 |
1.8 | 166 |
| E |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.9 | 1014 |
| M |
-- |
-- |
97.1* |
0.2* |
0.1 |
0.1 |
0.7 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.2 |
0.1* |
0.2 |
0.3 |
0.7 | 1144 |
| |
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