Thermus thermophilus 16S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (35 of 48)
| Basepair (973:1027)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1 |
0.2* |
2.3* |
0.6 |
-- |
-- |
0.1 |
62.4* |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
0.5 |
32.9 | 6974 |
| 3 |
0.1 |
0.2* |
2.8* |
0.6 |
-- |
-- |
0.1 |
73.5* |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.6 |
21.8 | 5664 |
| B |
0.1 |
0.3* |
3.5* |
0.8 |
-- |
-- |
0.1 |
94.0* |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.8 |
-- | 4429 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 202 |
| C |
0.6 |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
1.8 |
90.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.8 |
-- |
4.2 | 167 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.9 | 1029 |
| M |
0.1 |
-- |
0.4 |
0.3* |
-- |
-- |
-- |
3.5 |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
3.7* |
0.1 |
91.0 | 1144 |
| |
| Basepair (974:1026)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
2.0* |
0.1* |
60.5* |
0.1* |
0.1 |
3.2 |
0.7 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
32.9 | 6992 |
| 3 |
2.4* |
0.1* |
71.3* |
0.1* |
0.1 |
3.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
21.9 | 5682 |
| B |
3.0* |
0.1* |
91.2* |
0.1* |
0.1 |
5.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 | 4446 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 204 |
| C |
-- |
-- |
89.8* |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
1.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.6 |
-- |
-- |
1.8 |
1.8 | 167 |
| E |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.9 | 1029 |
| M |
0.3* |
-- |
2.7 |
0.3 |
0.1 |
0.3* |
3.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
92.6 | 1144 |
| |
| Basepair (975:1025)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
18.7* |
28.0* |
3.4* |
10.8* |
4.3 |
0.2 |
0.4 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
0.2 |
0.1 |
0.3 |
33.3 | 6982 |
| 3 |
20.9* |
34.2* |
4.0* |
11.9* |
5.2 |
0.3 |
0.5 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
0.2 |
-- |
0.1 |
22.0 | 5673 |
| B |
26.8* |
43.8* |
5.1* |
15.2* |
6.7 |
0.4 |
0.7 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.3 |
0.3 |
-- |
0.1 |
0.2 | 4437 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 204 |
| C |
69.9* |
5.4* |
1.2* |
15.1* |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
1.2 |
1.8 |
3.6 | 166 |
| E |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.9 | 1029 |
| M |
-- |
0.3* |
0.8* |
4.5* |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
93.0 | 1144 |
| |
| Basepair (976:1024)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.2* |
1.9* |
2.0* |
1.1* |
0.9 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
93.6 | 6963 |
| 3 |
0.3* |
2.3* |
2.5* |
1.3* |
1.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
92.3 | 5654 |
| B |
0.3* |
2.9* |
3.2* |
1.7* |
1.4 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
90.1 | 4418 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 204 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.9 | 166 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1029 |
| M |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1144 |
| |
| Basepair (977:1023)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
3.6* |
30.9* |
10.7* |
14.0* |
2.7 |
0.3 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.5 |
0.1 |
0.3 |
2.1 |
-- |
-- |
1.0 |
33.6 | 6970 |
| 3 |
4.4* |
36.5* |
11.9* |
16.8* |
3.3 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.6 |
0.1 |
0.3 |
2.5 |
-- |
-- |
1.1 |
22.1 | 5660 |
| B |
5.6* |
46.7* |
15.2* |
21.5* |
4.2 |
0.3 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.7 |
0.1 |
0.4 |
3.2 |
-- |
-- |
1.5 |
0.2 | 4424 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 204 |
| C |
0.6* |
51.5* |
21.0* |
13.8* |
-- |
1.8 |
1.8 |
-- |
3.0 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
0.6 |
1.2 |
4.2 | 167 |
| E |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.9 | 1029 |
| M |
0.2* |
0.5* |
3.2* |
0.3* |
-- |
0.3 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
95.2 | 1144 |
| |
| Basepair (978:1022)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
4.8* |
28.4* |
13.8* |
14.6* |
0.2 |
1.3 |
0.3 |
-- |
2.0 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
33.3 | 6976 |
| 3 |
5.6* |
33.2* |
16.0* |
17.5* |
0.2 |
1.5 |
0.4 |
-- |
2.5 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.6 |
21.9 | 5666 |
| B |
7.1* |
42.5* |
20.5* |
22.4* |
0.3 |
1.9 |
0.5 |
-- |
3.1 |
0.2 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.8 |
0.1 | 4433 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 204 |
| C |
-- |
58.1* |
28.1* |
3.6* |
-- |
2.4 |
1.2 |
-- |
0.6 |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
1.2 |
3.0 | 167 |
| E |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.9 | 1029 |
| M |
1.7* |
0.1* |
0.9* |
1.7* |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
95.1 | 1144 |
| |
| Basepair (979:1021)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
18.6* |
19.6* |
7.6* |
13.1* |
2.1 |
2.8 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.4 |
0.1 |
0.9 |
33.8 | 6948 |
| 3 |
21.8* |
24.0* |
8.8* |
14.8* |
2.5 |
3.5 |
-- |
0.1 |
0.3 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.5 |
0.1 |
1.0 |
22.1 | 5638 |
| B |
27.9* |
30.7* |
11.2* |
18.9* |
3.2 |
4.5 |
-- |
0.1 |
0.3 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.7 |
0.1 |
1.3 |
0.3 | 4405 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 204 |
| C |
39.5* |
9.0* |
7.2* |
30.5* |
3.0 |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
3.0 |
1.2 |
-- |
1.8 |
0.6 |
3.0 | 167 |
| E |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.9 | 1029 |
| M |
-- |
0.1* |
1.8* |
2.1* |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
95.7 | 1144 |
| |
| Basepair (980:1020)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
20.4* |
9.6* |
13.0* |
16.0* |
3.4 |
2.5 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.4 |
0.2 |
0.2 |
0.2 |
33.6 | 6955 |
| 3 |
25.0* |
10.1* |
15.6* |
18.9* |
4.2 |
2.7 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.5 |
0.2 |
0.2 |
0.2 |
22.1 | 5645 |
| B |
32.0* |
12.9* |
19.9* |
24.2* |
5.3 |
3.5 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.6 |
0.2 |
0.2 |
0.3 |
0.2 | 4412 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 204 |
| C |
4.2* |
56.9* |
8.4* |
9.6* |
-- |
10.2 |
0.6 |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
1.8 |
-- |
3.0 |
1.2 |
3.0 | 167 |
| E |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.9 | 1029 |
| M |
0.2* |
0.2* |
1.1* |
2.4* |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
95.9 | 1144 |
| |
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