Thermus thermophilus 16S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (36 of 48)
| Basepair (984:1001)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
5.4 |
9.6* |
13.7* |
3.4 |
7.9* |
2.3 |
1.2 |
5.3* |
5.9 |
0.7 |
0.8 |
6.4 |
0.3 |
0.5 |
0.3 |
0.6 |
35.9 | 6768 |
| 3 |
6.6 |
11.8* |
15.2* |
4.0 |
9.8* |
2.1 |
1.3 |
6.5* |
7.2 |
0.8 |
0.9 |
7.9 |
0.3 |
0.6 |
0.3 |
0.7 |
23.8 | 5458 |
| B |
8.5 |
15.2* |
19.6* |
5.2 |
12.7* |
2.7 |
1.6 |
8.4* |
9.3 |
1.1 |
1.2 |
10.2 |
0.4 |
0.8 |
0.4 |
0.9 |
1.6 | 4225 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 204 |
| C |
1.2* |
4.8* |
48.5* |
3.6* |
1.2 |
24.0 |
4.8 |
0.6 |
1.2 |
1.2 |
-- |
-- |
3.6 |
-- |
-- |
1.2 |
4.2 | 167 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.9 | 1029 |
| M |
0.2* |
-- |
1.4* |
0.1* |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.0 | 1144 |
| |
| Basepair (985:1000)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
9.4* |
20.6* |
6.6 |
6.0 |
7.0 |
1.0 |
0.3* |
3.0 |
0.7 |
0.2 |
0.4 |
0.6 |
1.7 |
0.2 |
0.5 |
6.8* |
35.0 | 6810 |
| 3 |
11.7* |
24.0* |
7.1 |
7.1 |
8.6 |
1.2 |
0.3* |
3.7 |
0.9 |
0.2 |
0.5 |
0.7 |
2.1 |
0.2 |
0.6 |
8.3* |
22.8 | 5500 |
| B |
15.0* |
30.9* |
9.1 |
9.1 |
11.1 |
1.6 |
0.4* |
4.7 |
1.1 |
0.3 |
0.6 |
0.9 |
2.7 |
0.3 |
0.8 |
10.7* |
0.4 | 4267 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 204 |
| C |
-- |
50.3* |
34.1* |
2.4* |
0.6 |
1.2 |
0.6 |
2.4 |
0.6 |
1.8 |
-- |
-- |
1.8 |
-- |
-- |
1.2 |
3.0 | 167 |
| E |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.9 | 1029 |
| M |
-- |
-- |
0.6* |
1.2* |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.0 | 1144 |
| |
| Basepair (986:999)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
5.9* |
23.9* |
9.9* |
6.7* |
2.3 |
4.0 |
0.5 |
0.3 |
1.7 |
0.2 |
0.1 |
0.9 |
0.4 |
0.1 |
0.2 |
8.1 |
34.6 | 6876 |
| 3 |
7.2* |
28.4* |
10.8* |
8.0* |
2.8 |
4.9 |
0.6 |
0.4 |
2.0 |
0.2 |
0.2 |
1.1 |
0.5 |
0.1 |
0.3 |
10.0 |
22.9 | 5566 |
| B |
9.3* |
36.5* |
13.8* |
10.2* |
3.6 |
6.3 |
0.8 |
0.5 |
2.6 |
0.3 |
0.2 |
1.4 |
0.6 |
0.1 |
0.4 |
12.8 |
0.7 | 4333 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 204 |
| C |
0.6* |
37.1* |
46.7* |
4.8* |
-- |
2.4 |
0.6 |
-- |
3.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
2.4 | 167 |
| E |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.9 | 1029 |
| M |
0.1* |
-- |
0.3* |
1.0* |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
98.0 | 1144 |
| |
| Basepair (987:998)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
5.9* |
16.8* |
19.0* |
5.5* |
4.3 |
10.2 |
0.9 |
0.1 |
0.4 |
0.2 |
0.1 |
0.8 |
0.1 |
0.1 |
-- |
1.0 |
34.4 | 6928 |
| 3 |
7.2* |
20.1* |
21.4* |
6.5* |
5.3 |
12.3 |
1.1 |
0.1 |
0.5 |
0.2 |
0.1 |
1.0 |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
1.2 |
22.4 | 5618 |
| B |
9.2* |
25.8* |
27.4* |
8.3* |
6.8 |
15.8 |
1.3 |
0.1 |
0.7 |
0.3 |
0.2 |
1.3 |
0.2 |
0.2 |
0.1 |
1.6 |
0.6 | 4385 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 204 |
| C |
3.0* |
18.0* |
59.9* |
4.8* |
0.6 |
8.4 |
-- |
0.6 |
0.6 |
1.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 | 167 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.9 | 1029 |
| M |
-- |
0.2* |
0.9* |
0.5* |
-- |
0.3 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.0 | 1144 |
| |
| Basepair (988:997)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
12.9* |
25.0* |
9.2* |
5.5* |
8.0 |
4.2 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.3 |
34.1 | 6948 |
| 3 |
15.8* |
29.3* |
10.3* |
6.6* |
9.8 |
4.9 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.3 |
22.2 | 5637 |
| B |
20.3* |
37.6* |
13.1* |
8.4* |
12.5 |
6.3 |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.4 |
0.3 | 4404 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 204 |
| C |
-- |
46.4* |
33.3* |
3.6* |
1.8 |
7.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.0 |
4.2 | 168 |
| E |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.9 | 1029 |
| M |
0.3* |
0.3* |
1.0* |
0.1* |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.1 | 1144 |
| |
| Basepair (989:996)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
3.8* |
28.7* |
27.1* |
3.2* |
0.6 |
1.4 |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
34.2 | 6941 |
| 3 |
4.7* |
34.9* |
31.5* |
3.5* |
0.8 |
1.5 |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
0.2 |
22.1 | 5630 |
| B |
6.0* |
44.7* |
40.3* |
4.4* |
1.0 |
1.9 |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
0.3 |
0.2 | 4397 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 204 |
| C |
0.6* |
17.3* |
61.3* |
7.1* |
-- |
7.7 |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.8 |
3.0 | 168 |
| E |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.9 | 1029 |
| M |
0.1* |
0.3* |
0.2* |
1.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
98.2 | 1144 |
| |
| Basepair (990:995)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
7.5* |
1.9 |
0.8 |
46.4* |
0.3 |
4.5* |
-- |
1.0 |
0.1 |
0.4* |
0.1 |
0.2 |
0.2 |
0.3 |
0.3 |
0.1 |
35.7 | 6978 |
| 3 |
9.1* |
2.3 |
0.5 |
56.7* |
0.3 |
4.0* |
0.1 |
1.3 |
0.1 |
0.4* |
0.1 |
0.2 |
0.2 |
0.4 |
0.3 |
0.1 |
23.9 | 5667 |
| B |
11.7* |
2.9 |
0.6 |
72.4* |
0.4 |
5.1* |
0.1 |
1.6 |
0.2 |
0.6* |
0.2 |
0.2 |
0.3 |
0.5 |
0.3 |
0.1 |
2.8 | 4434 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 204 |
| C |
1.2 |
3.6 |
17.9 |
16.7* |
-- |
49.4* |
-- |
0.6 |
-- |
0.6 |
1.2* |
1.2 |
-- |
-- |
1.8 |
0.6 |
5.4 | 168 |
| E |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.9 | 1029 |
| M |
0.1* |
-- |
-- |
0.3* |
0.2 |
0.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
99.0 | 1144 |
| |
| Basepair (991:994)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1 |
0.1* |
0.6 |
2.9* |
0.1 |
0.1 |
2.9 |
1.6 |
0.9 |
0.3 |
0.1 |
0.1 |
61.5* |
0.7 |
1.2* |
2.6 |
24.0 | 6995 |
| 3 |
-- |
-- |
0.4 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1* |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
73.0* |
0.6 |
0.9 |
2.7* |
21.7 | 5684 |
| B |
-- |
-- |
0.4 |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
0.2* |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
93.2* |
0.8 |
1.1 |
3.4* |
-- | 4451 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 204 |
| C |
-- |
-- |
2.4 |
2.4* |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
1.2 |
0.6* |
-- |
86.9* |
-- |
-- |
2.4 |
3.6 | 168 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
99.9 | 1029 |
| M |
0.5 |
0.8 |
1.7 |
17.3* |
0.3 |
0.7 |
16.7 |
9.4 |
4.8 |
1.2* |
0.7 |
0.2 |
0.4 |
1.0* |
3.1* |
2.4 |
38.9 | 1144 |
| |
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