Thermus thermophilus 16S rRNA Comparative/Crystal Structure Basepair Frequencies (37 of 48)
| Basepair (1003:1018)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.9* |
8.8* |
25.4* |
0.1* |
0.1 |
10.3 |
0.6 |
-- |
0.3 |
0.3 |
0.2 |
-- |
0.2 |
0.3 |
0.1 |
0.1 |
52.3 | 6941 |
| 3 |
1.1* |
10.8* |
29.3* |
0.1* |
0.1 |
12.4 |
0.8 |
0.1 |
0.4 |
0.4 |
0.2 |
-- |
0.3 |
0.4 |
0.1 |
0.1 |
43.8 | 5632 |
| B |
1.4* |
13.8* |
37.5* |
0.1* |
0.1 |
15.9 |
1.0 |
0.1 |
0.5 |
0.5 |
0.3 |
-- |
0.3 |
0.5 |
0.1 |
0.1 |
27.9 | 4399 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 204 |
| C |
-- |
-- |
71.1* |
-- |
-- |
8.4 |
0.6 |
-- |
0.6* |
0.6 |
-- |
0.6* |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 |
16.8 | 166 |
| E |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.9 | 1029 |
| M |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
99.8 | 1144 |
| |
| Basepair (1004:1017)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.6 |
15.0* |
2.1 |
0.3* |
-- |
0.7 |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
20.3* |
0.1 |
-- |
-- |
60.3 | 6954 |
| 3 |
0.7 |
18.5* |
2.4 |
0.3* |
0.1 |
0.9 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
23.1* |
0.1 |
-- |
-- |
53.7 | 5645 |
| B |
0.9 |
23.6* |
3.0 |
0.4* |
0.1 |
1.1 |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
29.6* |
0.2 |
-- |
-- |
40.7 | 4412 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 204 |
| C |
0.6 |
1.2* |
4.8 |
4.8* |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
67.5* |
1.2 |
-- |
0.6 |
16.3 | 166 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
99.9 | 1029 |
| M |
-- |
-- |
0.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2* |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
99.5 | 1144 |
| |
| Basepair (1005:1016)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.3* |
2.4* |
0.7* |
0.1* |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
95.9 | 7019 |
| 3 |
0.4* |
3.0* |
0.8* |
0.2* |
0.2 |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
95.1 | 5701 |
| B |
0.5* |
3.8* |
1.0* |
0.2* |
0.3 |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
93.7 | 4467 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 204 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 176 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1029 |
| M |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1144 |
| |
| Basepair (1006:1015)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.5* |
5.5* |
1.6* |
0.4* |
0.3 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
91.5 | 7013 |
| 3 |
0.7* |
6.8* |
2.0* |
0.4* |
0.4 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
89.5 | 5695 |
| B |
0.9* |
8.6* |
2.5* |
0.6* |
0.5 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
86.5 | 4461 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 204 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 176 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1029 |
| M |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1144 |
| |
| Basepair (1007:1014)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
1.5* |
41.1* |
8.1* |
5.9* |
0.3 |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
41.3 | 6976 |
| 3 |
1.8* |
48.5* |
9.8* |
7.2* |
0.3 |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.3 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
30.2 | 5666 |
| B |
2.3* |
62.0* |
12.6* |
9.2* |
0.4 |
1.7 |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
0.4 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
10.8 | 4433 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 204 |
| C |
0.6* |
73.1* |
4.2* |
2.4* |
-- |
1.2 |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
17.4 | 167 |
| E |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.9 | 1029 |
| M |
0.1* |
0.1* |
0.3* |
0.1* |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.4 | 1144 |
| |
| Basepair (1008:1013)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
6.4* |
49.8* |
0.7* |
1.5* |
0.1 |
1.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
39.5 | 6940 |
| 3 |
7.9* |
59.2* |
0.8* |
1.8* |
0.2 |
1.8 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
28.0 | 5629 |
| B |
10.1* |
75.8* |
1.0* |
2.3* |
0.2 |
2.3 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
7.9 | 4396 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 204 |
| C |
0.6* |
72.6* |
3.0* |
1.2* |
-- |
1.2 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
1.2 |
17.9 | 168 |
| E |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.9 | 1029 |
| M |
-- |
0.1* |
0.3* |
0.1* |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.4 | 1144 |
| |
Last generated : Fri Jun 28 2002 (11 : 6)